Sistemas de cultivo celular (3D) tridimensional a menudo más de cerca recapitulan en vivo respuestas celulares y funciones que los sistemas de dos dimensiones tradicionales de la cultura (2D). Sin embargo, medición de función de las células en cultura 3D suele ser más difícil. Muchos ensayos biológicos requieren recuperación de material celular que puede ser difícil en las culturas 3D. Una forma de enfrentar este desafío es desarrollar nuevos materiales que permitan la medición de función de la célula dentro del material. Aquí, se presenta un método para la medición de actividad de la metaloproteinasa (MMP) de matriz celular en hidrogeles 3D en un formato de 96 pozos. En este sistema, un hidrogel de poly(ethylene glycol) (PEG) es functionalized con sensor escindibles fluorógenos MMP. Actividad MMP celular es proporcional a la intensidad de fluorescencia y puede medirse con un lector de microplacas estándar. Miniaturización de este ensayo a un formato de 96 pocillos reduce el tiempo requerido para la instalación experimental por 50% y el reactivo de uso 80% condición en comparación con la versión anterior de 24 pocillos de ensayo. Este ensayo también es compatible con otras mediciones de la función celular. Por ejemplo, un análisis de la actividad metabólica es demostrado aquí, que puede realizarse simultáneamente con las mediciones de actividad de la MMP dentro el mismo hidrogel. El ensayo se demuestra con las células de melanoma humano encapsuladas en una gama de siembra la densidad para determinar la densidad de encapsulación apropiada para el rango de trabajo del ensayo de la célula. Después de 24 h de encapsulación de la célula, MMP y lecturas de la actividad metabólica fueron proporcionales a la densidad de siembra de la célula. Mientras que el ensayo se demuestra aquí con un substrato degradable fluorógenos, el ensayo y la metodología podrían ser adaptados para una gran variedad de sistemas de hidrogel y otros sensores fluorescentes. Tal un ensayo proporciona una plataforma de cultivo 3D práctica, eficiente y accesible para una amplia variedad de aplicaciones.