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El mantenimiento de la función cerebral normal requiere un suministro suficiente y eficiente de oxígeno y nutrición por una compleja red de vasos. Sin embargo, la regulación del flujo sanguíneo cerebral (CBF) se entiende incompletamente, especialmente a nivel capilar. La microscopía de dos fotones es una poderosa herramienta ampliamente utilizada para estudiar CBF y su regulación. Actualmente, este campo está limitado por la falta de estudios in vivo sin microscopía de dos fotones que examinen (1) las respuestas de la CBF en tres dimensiones, (2) las respuestas vasculares realizadas y (3) las intervenciones localizadas dentro de la red vascular. Aquí, describimos un método 3D in vivo usando microscopía de dos fotones para estudiar las respuestas vasculares realizadas provocadas por la eyección local de ATP con una micro-pipeta de vidrio. Nuestro método utiliza imágenes rápidas y repetitivas de dos fotones hiperpila que proporcionan mediciones precisas de diámetro mediante la proyección de intensidad máxima de las imágenes obtenidas. Además, demostramos que este método también se puede utilizar para estudiar las respuestas astrocíticas de calcio 3D. También discutimos las ventajas y limitaciones de la inserción de micropipetas de vidrio y la imagen de hiperpila de dos fotones.