Este es un protocolo para la visualización dual de microglia e infiltración de macrófagos en el tejido cerebral del ratón. TMEM119 (que etiqueta la microglia selectivamente), cuando se combina con IBA1 (que proporciona una visualización excepcional de su morfología), permite investigar los cambios en la densidad, distribución y morfología. La cuantificación de estos parámetros es importante para proporcionar información sobre los roles ejercidos por la microglia, los macrófagos residentes del cerebro. En condiciones fisiológicas normales, la microglia se distribuye regularmente en un patrón similar a un mosaico y presenta un pequeño soma con procesos ramificados. Sin embargo, como respuesta a factores ambientales (es decir, trauma, infección, enfermedad o lesión), la densidad microglial, la distribución y la morfología se alteran de diversas maneras, dependiendo del insulto. Además, el método de doble tinción descrito permite la visualización de macrófagos infiltrados en el cerebro en función de su expresión de IBA1 y sin colocalización con TMEM119. Por lo tanto, este enfoque permite la discriminación entre la microglia y la infiltración de macrófagos, que se requiere para proporcionar información funcional sobre su participación distinta en la homeostasis cerebral en diversos contextos de salud y enfermedad. Este protocolo integra los últimos hallazgos en neuroinmunología que se refieren a la identificación de marcadores selectivos. También sirve como una herramienta útil tanto para los neuroinmólogos experimentados como para los investigadores que buscan integrar la neuroinmunología en los proyectos.