Al investigar los circuitos neuronales, una limitación estándar del enfoque de abrazadera de parche in vitro es que los axones de múltiples fuentes a menudo se mezclan, lo que dificulta aislar las entradas de fuentes individuales con estimulación eléctrica. Sin embargo, mediante el uso de la asignación de circuitos asistidos de channelrhodopsin (CRACM), esta limitación ahora se puede superar. Aquí, informamos de un método para utilizar el CRACM para mapear las entradas ascendentes de núcleos de tronco cerebral auditivo inferior y entradas commissurales a una clase identificada de neuronas en el colículo inferior (IC), el núcleo cerebral medio del sistema auditivo. En el IC, los axones locales, comisarios, ascendentes y descendentes están fuertemente entrelazados y, por lo tanto, son indistinguibles con la estimulación eléctrica. Mediante la inyección de una construcción viral para impulsar la expresión de una canalizarpsina en un núcleo presináptico, seguido de la grabación de abrazaderas de parche para caracterizar la presencia y fisiología de entradas sinápticas que expresan la canalizar, proyecciones de una fuente específica a una población específica de neuronas IC se puede mapear con precisión específica del tipo de célula. Mostramos que este enfoque funciona tanto con Chronos, un canal rhodopsin activado por luz azul, como con ChrimsonR, un canal de cambio rojo. A diferencia de los informes anteriores del anteceleo, encontramos que ChrimsonR se trafica sólidamente por los axones de las neuronas principales del núcleo coclear dorsal, lo que indica que ChrimsonR puede ser una herramienta útil para los experimentos CRACM en el tronco cerebral. El protocolo presentado aquí incluye descripciones detalladas de la cirugía de inyección de virus intracraneal, incluyendo coordenadas estereolíticas para apuntar las inyecciones al núcleo coclear dorsal y el IC de los ratones, y cómo combinar la grabación de la abrazadera de parche de células enteras con activación de la cdicrodona para investigar proyecciones de largo alcance a las neuronas IC. Aunque este protocolo está diseñado para caracterizar las entradas auditivas del IC, se puede adaptar fácilmente para investigar otras proyecciones de largo alcance en el tronco cerebral auditivo y más allá.