Los astrocitos protoplasmáticos (PrA) ubicados en la corteza cerebral del ratón están estrechamente yuxtapuestos, formando una matriz tridimensional aparentemente continua en etapas adultas. Hasta ahora, ninguna estrategia de inmunodetención puede señalarlos y segmentar su morfología en animales maduros y en el transcurso de la corticogénesis. Cortical PrA se origina a partir de progenitores ubicados en el palio dorsal y se puede dirigir fácilmente utilizando en electroporación de úteros de vectores integrativos. Aquí se presenta un protocolo para etiquetar estas células con la estrategia de marcadores de color que integra el genoma (MAGIC), que se basa en la transposición piggyBac/Tol2 y la recombinacióncre/lox para expresar estocásticamente proteínas fluorescentes distintas (azul, cian, amarillo y rojo) dirigidas a compartimentos subcelulares específicos. Esta estrategia de mapeo del destino multicolor permite marcar in situ progenitores corticales cercanos con combinaciones de marcadores de color antes del inicio de la gliogénesis y rastrear a sus descendientes, incluidos los astrocitos, desde etapas embrionarias hasta adultas a nivel celular individual. El etiquetado semitransparente logrado ajustando la concentración de vectores electroporados y contrastes de color proporcionados por los marcadores de color multiajustables que integran el genoma (MAGIC Markers o MM) permiten individualizar astrocitos y destacar su territorio y su compleja morfología a pesar de su densa disposición anatómica. Aquí se presenta un flujo de trabajo experimental completo que incluye los detalles del procedimiento de electroporación, la adquisición de pilas de imágenes multicanal mediante microscopía confocal y la segmentación tridimensional asistida por computadora que permitirá al experimentador evaluar el volumen y la morfología individuales de PrA. En resumen, la electroporación de magic markers proporciona un método conveniente para etiquetar individualmente numerosos astrocitos y obtener acceso a sus características anatómicas en diferentes etapas de desarrollo. Esta técnica será útil para analizar las propiedades morfológicas de los astrocitos corticales en varios modelos de ratón sin recurrir a cruces complejos con líneas de reportero transgénicos.