Las comunidades polimicrobianas son omnipresentes en la naturaleza, pero estudiar sus interacciones a nivel de una sola célula es difícil. Por lo tanto, se ha desarrollado un método basado en microscopía para observar las interacciones entre especies entre dos patógenos bacterianos. El uso de este método para interrogar las interacciones entre un patógeno Gram-negativo móvil, Pseudomonas aeruginosa y un patógeno Gram-positivo no móvil, Staphylococcus aureus se muestra aquí. Este protocolo consiste en co-inocular cada especie entre un cubreobjetos y una almohadilla de agarosa, que mantiene las células en un solo plano y permite la visualización de comportamientos bacterianos tanto en el espacio como en el tiempo.
Además, la microscopía de lapso de tiempo que se ha demostrado aquí es ideal para visualizar las interacciones tempranas que tienen lugar entre dos o más especies bacterianas, incluidos los cambios en la motilidad de las especies bacterianas en el monocultivo y en el cocultivo con otras especies. Debido a la naturaleza del espacio limitado de la muestra en la configuración de la microscopía, este protocolo es menos aplicable para estudiar las interacciones posteriores entre las especies bacterianas una vez que las poblaciones celulares son demasiado altas. Sin embargo, hay varias aplicaciones diferentes del protocolo que incluyen el uso de tinción para imágenes de células bacterianas vivas y muertas, la cuantificación de la expresión génica o proteica a través de reporteros fluorescentes, y el seguimiento del movimiento celular bacteriano en experimentos de una sola especie y multiespecie.