El desarrollo, la función y la regeneración de órganos dependen de las células madre, que residen dentro de espacios anatómicos discretos llamados nichos de células madre. El incisivo de ratón en continuo crecimiento proporciona un excelente modelo para estudiar células madre específicas de tejido. Las células madre específicas del tejido epitelial del incisivo se encuentran en el extremo proximal del diente en un nicho llamado asa cervical. Proporcionan una afluencia continua de células para contrarrestar la abrasión constante de la punta autoafilada del diente. Aquí se presenta un protocolo detallado para el aislamiento y cultivo del extremo proximal del incisivo de ratón que alberga células madre y su nicho. Este es un protocolo modificado de cultivo de órganos tipo Trowell que permite el cultivo in vitro de piezas de tejido (explantes), así como los cortes gruesos de tejido en la interfaz líquido / aire en un filtro soportado por una rejilla metálica. El protocolo de cultivo de órganos descrito aquí permite manipulaciones de tejidos no factibles in vivo , y cuando se combina con el uso de un informador fluorescente, proporciona una plataforma para la identificación y el seguimiento de poblaciones de células discretas en tejidos vivos a lo largo del tiempo, incluidas las células madre. Varias moléculas reguladoras y compuestos farmacológicos pueden ser probados en este sistema por su efecto sobre las células madre y sus nichos. En última instancia, esto proporciona una herramienta valiosa para estudiar la regulación y el mantenimiento de las células madre.