El glaucoma es una de las principales causas de ceguera a nivel mundial, caracterizado por un mecanismo patogénico complejo que dificulta la recuperación de la visión. Los ratones sirven como modelos animales valiosos para estudiar la patogénesis y el tratamiento del glaucoma debido a su fondo genético relativamente homogéneo y a las células ganglionares de la retina (RGC), que estructuralmente se parecen a las de los humanos. La evaluación precisa del daño de RGC y los resultados del tratamiento en modelos de glaucoma de ratón requiere determinar el número de RGC en toda la retina. Este protocolo describe un método integral que implica el aislamiento de toda la retina, el etiquetado de las RGC con anticuerpos específicos y el recuento automático rápido y preciso de las RGC mediante un programa basado en IA. El enfoque simplificado permite una cuantificación eficiente y precisa de los números de RGC en las retinas de ratones, lo que facilita la evaluación de la degeneración de RGC y las posibles intervenciones terapéuticas. Al permitir a los investigadores evaluar el alcance del daño de RGC, este protocolo contribuye a una comprensión más profunda de la patogénesis del glaucoma y ayuda a desarrollar estrategias de tratamiento efectivas para controlar y prevenir la pérdida de visión.