Presentamos la microespectroscopía Raman confocal multimodal (RS) y la microscopía de fase tomográfica (TPM) para el fenotipado morfoquímico rápido de células de cáncer de mama humano (MDA-MB-231). Aprovechando la naturaleza no perturbativa de estas técnicas avanzadas de microscopía, capturamos datos morfomoleculares detallados de células vivas y libres de etiquetas en su entorno fisiológico nativo. Se desarrollaron canales de procesamiento de datos sin sesgos humanos para analizar imágenes Raman hiperespectrales (que abarcan modos Raman de 600 cm-1 a 1800 cm-1, que caracterizan de manera única una amplia gama de enlaces moleculares y estructuras subcelulares), así como datos morfológicos de tomografías de índice de refracción tridimensionales (que proporcionan mediciones de volumen celular, área de superficie, huella y esfericidad a resolución nanométrica, junto con la masa seca y la densidad). Al desglosar sistemáticamente los ricos detalles unicelulares que brindan RS y TPM, demostramos, de manera cuantitativa, la ventaja de un método de microscopía multimodal de este tipo para fenotipar células tumorales de cáncer de mama. Nuestras herramientas también brindan más información sobre la información subcelular sin el uso de etiquetas. Finalmente, estudiamos y discutimos cualquier información única o correlacionada que presenten los conjuntos de datos derivados de RS y TPM. Creemos que nuestras herramientas y canales de análisis de datos cuantitativos pueden revolucionar las tareas de fenotipado en la investigación biomédica cuando se necesita un método rápido y no perturbativo en células vivas en cultivo, con el potencial de una futura traducción en aplicaciones clínicas y de diagnóstico.