El tejido óseo es un órgano importante que soporta la carga del cuerpo humano. El ejercicio moderado mejora la masa ósea a través de la carga mecánica, mientras que el ejercicio de alta intensidad puede suprimirla. La terapia infrarroja mejora la circulación, reduce el dolor / inflamación y ayuda a la reparación de tejidos. Este artículo presenta un protocolo para dilucidar los efectos moduladores de la terapia infrarroja en los trastornos metabólicos esqueléticos inducidos por el ejercicio de alta intensidad y sus mecanismos moleculares. En este estudio, 24 ratones de 6 semanas de edad se dividieron aleatoriamente en grupos de control (CTR, N = 8), entrenamiento de ejercicios en cinta rodante de alta intensidad (HIT, N = 8) y terapia infrarroja después del ejercicio en cinta rodante de alta intensidad (IRT, N = 8). Los dos últimos grupos fueron entrenados durante 8 semanas. En la primera semana, los ratones se sometieron a un entrenamiento de aclimatación en cinta rodante. En la segunda semana, los ratones se ejercitaron a una velocidad de 24 m/min durante 50 min, que aumentó a razón de 1 m/min y 10 min cada semana hasta alcanzar los 28 m/min durante 80 min, con un gradiente de 5° durante 6 días. En la quinta semana, los ratones del grupo HIT fueron sometidos a una intervención de terapia infrarroja de cuerpo entero, con la temperatura controlada entre 42 °C y 45 °C. Todo el proceso de tratamiento duró ~ 40 min, 3 veces por semana. Los resultados mostraron que en el grupo HIT en comparación con los del grupo CTR, el volumen óseo / volumen total y el número trabecular disminuyeron significativamente, la separación trabecular aumentó significativamente, los genes relacionados con la osteogenia de Atf4, Runx2 y Ocn se regularon a la baja, y los genes relacionados con los osteoclastos de Ctsk y Mmp9 fueron regulados al alza. Los resultados de micro-CT de los ratones del grupo IRT no mostraron diferencias significativas, pero los genes relacionados con la osteogénesis Alp, Atf4, Runx2, Ocn y Osx se regularon al alza en el fémur. Además, el gen Ctsk relacionado con los osteoclastos se reguló a la baja. El ejercicio de alta intensidad a largo plazo en cinta rodante puede reducir la masa ósea. Si bien la terapia infrarroja no afecta la densidad mineral ósea, puede mejorar el metabolismo óseo.