Hibridación in situ de ARN con inmunofluorescencia secuencial de proteínas en ensayo en tándem

Danielle L. Stolley; Anna K. Casasent; Basant T. Gamal; Akshay Basi; Xuehong Gui; Javier A. Gomez; Sungnam Cho; Lidia Rocha; Vincent Li; Thomas Huynh; Sammy Ferri-Borgogno; Jared K. Burks

doi:10.3791/68615

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Artículo de método

Hibridación in situ de ARN con inmunofluorescencia secuencial de proteínas en ensayo en tándem

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DOI:

10.3791/68615

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10 de octubre de 2025

Danielle L. Stolley^*¹ , Anna K. Casasent^*¹ , Basant T. Gamal² , Akshay Basi³ , Xuehong Gui¹ , Javier A. Gomez³ , Sungnam Cho⁴ , Lidia Rocha⁵ , Vincent Li⁵ , Thomas Huynh⁵ , Sammy Ferri-Borgogno² , Jared K. Burks¹

¹Department of Hematopoietic Biology & Malignancy, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, ²Department of Gynecologic Oncology and Reproductive Medicine, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, ³Department of Leukemia, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, ⁴Department of Melanoma Medical Oncology Research, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, ⁵Department of Veterinary Medicine & Surgery, The University of Texas MD Anderson Cancer Center

^* These authors contributed equally

En este artículo

Resumen

Este protocolo detalla la hibridación in situ de ARN con inmunofluorescencia secuencial de proteínas en tejido en una plataforma automatizada para caracterizar múltiples ómicas espaciales a nivel celular dirigido.

Resumen

La funcionalidad de las células dentro de un huésped no depende de señales aisladas. En cambio, todos los componentes, desde las moléculas de ARN más pequeñas hasta las proteínas más grandes, deben operar en armonía y coordinación dentro del cuerpo humano. Como tal, la importancia de los enfoques que integran las investigaciones espaciales a nivel celular en múltiples ómicas es primordial para comprender las interacciones célula-célula y la progresión de la enfermedad. La disección del proteoma y el transcriptoma en el mismo ensayo espacial nos ayuda a comprender cómo no solo se le indica a una célula que lleve a cabo (ARN), sino también cómo ejecuta esas instrucciones en el contexto del nicho microambiental en el que se encuentra (proteína). Este manuscrito se centra en la integración de la inmunofluorescencia secuencial (SeqIF) con la hibridación in situ de ARN (ISH) con un sistema impulsado por microfluidos en tejidos para la investigación de proteínas y ARN de alto rendimiento en un contexto espacial (seqRNA-ISH + seqIF) que permitirá agregar hasta 12 dianas de ARN y 24 proteínas en una sola ejecución con dianas proteicas adicionales posibles a través de Ejecuciones secuenciales. Este método proporciona una plataforma multiómica dirigida secuencial que no requiere consideración de compatibilidad de fluoróforos y una optimización extensa para un plexing más alto. Esto permite comprender qué mensajes está preparando o enviando la célula a su microambiente. Este enfoque dirigido ayuda a validar los métodos de transcriptoma completo mientras examina las interacciones entre el ARN y las proteínas de una manera más precisa.

Introducción

El complejo funcionamiento de las células dentro del cuerpo humano se basa en una intrincada interacción de señales, desde pequeñas moléculas de ARN hasta proteínas grandes, todas trabajando en coordinación¹. Esta interacción subraya la importancia de los enfoques integradores que examinan las interacciones espaciales a nivel celular en varias capas ómicas ^2,3. Tales metodologías son esenciales para comprender las complejidades de las interacciones célula-célula y la progresión de la enfermedad. Muchos métodos tradicionales, como la citometría de flujo<....