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Los endosomas son orgánulos unidos a la membrana que desempeñan funciones esenciales en el tráfico intracelular, la transducción de señales y el reciclaje de membranas. Aunque sus funciones en biología cardiovascular están ganando reconocimiento, el aislamiento eficiente de los endosomas del tejido cardíaco sigue siendo un desafío técnico importante. Desarrollamos un protocolo rápido y de alto rendimiento para aislar endosomas del tejido cardíaco de ratón mediante la combinación de fraccionamiento subcelular con una plataforma de aislamiento de nanofiltración ultrarrápida. Este método incluye centrifugación secuencial, nanofiltración y recuperación de vesículas basada en membranas nanoporosas. Los endosomas aislados se caracterizaron mediante western blotting, dispersión dinámica de luz (DLS) y análisis de citometría de nanoflujo (NanoFCM). Para evaluar la bioactividad, los endosomas purificados se cocultivaron con cardiomiocitos neonatales primarios. Los marcadores endosomales EEA1 y Rab7 estaban altamente enriquecidos en vesículas aisladas. El análisis DLS reveló un diámetro medio de vesícula de 187,30 ± 23,42 nm y un potencial zeta de -26,60 ± 5,79 mV (n = 12). La cuantificación de NanoFCM arrojó aproximadamente 1,07 ± 0,31 × 1012 partículas/ml (n = 12) de 100 mg de tejido cardíaco. Se observó una captación funcional de endosomas por parte de los cardiomiocitos después del cocultivo in vitro , lo que indica la preservación de la integridad y actividad de las vesículas. Esta plataforma de aislamiento integrada proporciona un método reproducible y eficiente para la extracción de endosomas de alta pureza de los tejidos cardíacos. El protocolo facilita los estudios bioquímicos y funcionales posteriores, ofreciendo una herramienta valiosa para investigar el papel de los endosomas en la fisiología y la enfermedad cardiovascular.