Descompresión quirúrgica e irrigación epidural continua para un absceso epidural espinal extenso secundario al absceso mayor del músculo psoas

Resumen

Este artículo presenta el caso de un paciente con un absceso epidural espinal (SEA) extenso, detallando la intervención quirúrgica y los resultados clínicos posteriores.

Resumen

Un absceso epidural espinal (SEA) extenso es una condición rara y potencialmente mortal que requiere reconocimiento rápido y un manejo adecuado para evitar complicaciones potencialmente desastrosas. Cuando un SEA es generalizado, la descompresión extensa con laminectomía suele ser imposible, ya que puede someter al paciente a tiempos operarios muy largos, pérdida de sangre extensa e inestabilidad mecánica. Aquí informamos de un paciente masculino de 57 años que acudió a urgencias con fiebre alta, una disminución significativa de la fuerza muscular en las extremidades derechas, rigidez nucal e hiperreflexia en ambas extremidades inferiores. La resonancia magnética (RM) de la columna reveló un absceso epidural espinal difuso que se extiende de C2 a S1. Las investigaciones de laboratorio fueron consistentes con signos prominentes de infección aguda. Se sometió a una intervención quirúrgica de urgencia, complementada por una irrigación epidural continua postoperatoria combinada con terapia antibiótica. El curso postoperatorio fue favorable, con el paciente mostrando una notable mejoría clínica. Basándonos en este caso, concluimos que el drenaje quirúrgico rápido combinado con la irrigación epidural continua y la terapia antibiótica complementaria representa un enfoque clínico viable para el manejo del SEA.

Introducción

El absceso epidural espinal (SEA) es una infección rara pero potencialmente devastadora, que históricamente afecta a 0,2-2 por cada 10.000 ingresos^{hospitalarios 1}, aunque evidencias recientes sugieren un aumento de la incidencia que podría alcanzar hasta 5,1 por cada 10.000^{ingresos 2}. Este aumento se debe a factores como el envejecimiento de la población, la mejora del diagnóstico, comorbilidades como la diabetes mellitus y estados inmunodeprimidos, el uso intravenoso de fármacos y la creciente prevalencia de instrumentación^{espinal 3,4}. El SEA extenso, definido de forma variable como que involucra más de cinco niveles vertebrales o abarca las tres regiones espinales (cervical, torácica, lumbar), representa un subconjunto excepcionalmente raro (aproximadamente 1%) y grave⁵. El diagnóstico sigue siendo complicado debido a la frecuente ausencia de la tríada clásica (fiebre, dolor de espalda, déficit neurológico), lo que a menudo conduce a retrasos con consecuencias catastróficas, incluyendo paraplejía irreversible o muerte⁶. Aunque la resonancia magnética (RM) se considera el estándar de oro diagnóstico, la estrategia óptima de manejo, especialmente para el SEA extenso, sigue siendo compleja. Aunque la terapia antibiótica es fundamental, la descompresión quirúrgica se defiende ampliamente para detectar un deterioro neurológico significativo o un manejo médico^fallido. La asiática asiática extensa presenta desafíos quirúrgicos únicos: las laminectomías tradicionales multinivel conllevan riesgos significativos de inestabilidad, pérdida excesiva de sangre y prolongación de la cirugía⁸. En consecuencia, técnicas mínimamente invasivas como las laminectomías selectivas "skip" o "apicales" a niveles estratégicos (por ejemplo, los ápices de curvaturas espinales) combinadas con la irrigación epidural y el drenaje han surgido como alternativas prometedoras para lograr una descompresión adecuada y control de fuentes, mitigando la morbilidad^{quirúrgica 9}. Este informe de caso contribuye a la evolución de la literatura sobre el manejo de esta condición crítica al describir la laminectomía cervical C3 y torácica T9 con desbridamiento por descompresión y absceso epidural, combinado con irrigación intraespinal continua y drenaje.

PRESENTACIÓN DEL CASO:
Un trabajador de la construcción de 57 años se presentó con 10 días de dolor lumbar progresivo y debilidad bilateral en la extremidad inferior, que culminaron en dolor lumbar agudo de inicio intenso, fiebre (38,5 °C) y parálisis flácida en el lado derecho 24 horas antes del ingreso. La evaluación inicial en un hospital local reveló espondilolistesis L4 (grado I) en una resonancia lumbar, gestionada de forma conservadora con antiinflamatorios no esteroideos (AINEs) y mecobalamina sin mejoría. En cuanto a la exacerbación de los síntomas, los análisis de urgencias mostraron leucocitosis (glóbulos blancos 40,14 × 10⁹/L, 94,4% neutrófilos), CRP elevada (>200 mg/L) y TAC que sugerían un absceso del psoas derecho con posible extensión epidural L4-S1, lo que provocó transferencia. Al ingresar, los signos vitales incluyeron fiebre (38,8 °C), taquipnea (22/min) y taquicardia (96 lpm). El examen neurológico mostró confusión, disartria, rigidez nucal, hemiplejia derecha (UE 1-2/5, LE 0/5), debilidad del UE izquierdo (3/5), hipertonía generalizada, hiperalgesia, hiperreflexia bilateral y signos positivos de Hoffmann. Los antecedentes médicos anteriores incluían hipertensión y enfermedad de Parkinson bajo terapia antiplaquetaria/estatina, sin traumatismos recientes ni procedimientos invasivos.

Diagnóstico, evaluación y planificación:
Las pruebas diagnósticas iniciales priorizaron la resonancia magnética espinal debido a déficits neurológicos agudos (parálisis flácida, hiperreflexia) y signos de infección sistémica (fiebre, leucocitosis), lo que generó preocupación por la compresión de la médula espinal frente a la mielitis inflamatoria. Los estudios de laboratorio de emergencia —incluyendo una PCR marcadamente elevada (>200 mg/L) y leucocitosis neutrofílica (leucocitosis 40,14 × 10⁹/L)— proporcionaron evidencia objetiva de sepsis bacteriana grave, lo que motivó un análisis inmediato de LCR mediante punción lumbar para identificar patógenos; La tinción de Gram con LCR reveló cocos Gram-positivos, lo que indicaba la selección empírica de antibióticos mientras se esperaba el cultivo. La resonancia magnética espinal definitiva (Figura 1) demostró un absceso epidural contiguo de C2-S1 con desplazamiento posterolateral y edema de C3-6, corroborando el diagnóstico clínico de absceso epidural espinal (SEA).

Figura 1: Imágenes preoperatorias de resonancia magnética. (A,B)Imágenes de resonancia magnética sagital ponderadas en T2 de la columna vertebral que muestran un extenso absceso epidural en la región cervical y torácica. (C,D) Las imágenes axiales ponderadas en T2 a los niveles de C2 y C3 demuestran un absceso epidural en el canal espinal que comprime la médula espinal. (E,F) La resonancia magnética lumbar con contraste mostró múltiples lesiones de mejora en los cuerpos vertebrales y dentro del canal espinal, junto con un absceso subcutáneo. Las imágenes coronales ponderadas en T2 revelaron un absceso en el psoas. Por favor, haz clic aquí para ver una versión ampliada de esta figura.

El plan de tratamiento se centró en la laminectomía descompresiva emergente para aliviar la compresión del cordón, con hallazgos intraoperatorios que confirmaron material purulento compatible con el SEA. La justificación de la urgencia quirúrgica incluía parálisis flácida progresiva (indicando una lesión irreversible del cordón inferior) y sepsis con inestabilidad hemodinámica. Se instituyó el riego epidural continuo mediante catéteres permanentes postoperatorios para reducir el riesgo de recurrencia de abscesos manteniendo la concentración local de antibióticos. Se iniciaron antibióticos intravenosos de amplio espectro inmediatamente después del diagnóstico para cubrir los cocos Gram-positivos (incluido el MRSA) y los bacilos Gram-negativos, pendientes de los resultados del cultivo y la secuenciación de nueva generación (NGS); Este régimen se seleccionó en función de patrones locales de resistencia y penetración en cavidades de absceso. Se añadió oxigenoterapia hiperbárica adjunta para mitigar el edema medular mediante una mayor difusión del osígeno.

Protocolo

Este protocolo sigue las directrices del Comité de Ética en Investigación Humana del Primer Hospital Afiliado de la Facultad de Medicina de la Universidad de Zhejiang. Se obtuvo el consentimiento informado por escrito de los pacientes para participar en el estudio. Los consumibles y equipos requeridos se enumeran en la Tabla de Materiales.

1. Procedimiento quirúrgico

1. Preparación preoperatoria: Los estudios de laboratorio y de imagen exhaustivos excluyeron contraindicaciones quirúrgicas absolutas. Se planeó que el paciente se sometiera a anestesia general para la laminectomía cervical C3 y la laminectomía torácica T9 con descompresión y desbridamiento por absceso epidural.
2. Anestesia: Administrar anestesia combinada intravenosa por inhalación siguiendo protocolos aprobados institucionalmente.
3. Incisión y exposición:
   1. Tras la inducción de la anestesia, se realizó una incisión cutánea en la línea media. La fascia subcutánea y los músculos paraespinales se diseccionaron mediante electrocauterización, dejando al descubierto las láminas.
   2. Se observó proliferación inflamatoria del tejido conectivo con exceso de líquido turbio en la musculatura cervical/lumbar profunda; se recogieron muestras de fluido para cultivo.
4. Laminectomía: Se utilizó bisturí óseo ultrasónico para realizar laminectomía ósea a niveles C3 y T9.
5. Resección del ligamento flava:
   1. El ligamento flavo fue meticulosamente diseccionado para exponer el saco dural dorsal.
   2. Se identificó abundante material blanco purulento dentro del espacio epidural; se obtuvieron especímenes para cultivo y secuenciación de nueva generación (NGS).
6. Descompresión: Se logró una descompresión neural adecuada de las raíces nerviosas cervical/lumbar y del saco dural, con restauración de la pulsación dural.
7. Riego:
   1. El campo quirúrgico fue abundantemente irrigado con lavado pulsado utilizando solución fisiológica normal, solución de povidona-yodo y suero fisiológico infundido con vancomicina (1 g/500 mL).
   2. El fluido de irrigación producido durante la operación se aspiraba a través del sistema central de succión quirúrgica.
   3. Los parámetros del sistema se establecieron en una presión negativa de -0,03 MPa a -0,07 MPa y una tasa mínima de desplazamiento de aire de 30 L/min.
8. Colocación de catéteres de riego y riego postoperatorio:
   1. Se emplearon tres catéteres urinarios infantiles fenestrados de 6Fr (2 mm de diámetro) para irrigación continua con antibióticos intraoperatoria y postoperatoria. Estos catéteres se insertaron luego en el espacio epidural espinal mediante las incisiones de laminectomía a los niveles C3 y T9, respectivamente ^8,10 (Figura 2):
      1. El primer catéter se introdujo en el lugar de la laminectomía C3 y avanzó caudalmente dentro del canal espinal, alcanzando el nivel de T9.
      2. El segundo catéter se insertó en el lugar de la laminectomía T9 y avanzó la cefalada aproximadamente 20 cm.
      3. El tercer catéter también se insertó en el sitio T9 y avanzó caudalmente aproximadamente 30 cm, alcanzando la región lumbar.
   2. Durante la operación, los tres catéteres se irrigaron secuencialmente con solución salina normal y vancomicina para eliminar el material purulento del canal espinal.
   3. Tras la operación, se estableció un régimen continuo de irrigación, infundiendo 500 mL de solución salina normal mezclada con solución de vancomicina a través de los catéteres cada 24 horas. El irrigante se drenaba posteriormente mediante un tubo de drenaje paraespinal separado.
9. Colocación de los desagües:
   1. Se colocaron dos drenajes Jackson-Pratt de 12 franceses en el nivel C3 y nivel T9, cada uno situado en la capa muscular profunda en los sitios de laminectomía.
   2. Los desagües se colocaron en succión bulbosa para la eliminación del líquido de irrigación postoperatorio, hemorragias y exudado tisular.
10. Cierre de heridas:
    1. Las incisiones se irrigaron a fondo y la capa muscular se suturó mediante una sutura con púas, seguida de la aproximación del tejido subcutáneo con una sutura absorbible 2-0. Finalmente, la capa epidérmica se cerró con grapas cutáneas.

2. Tratamiento postoperatorio

1. Terapia antibiótica inicial: Se iniciaron antibióticos intravenosos de amplio espectro (vancomicina 1000 mg cada 12 horas + meropenema 2 g cada 8 horas) en postoperatorio, logrando control de la fiebre (temperatura media 37 °C).
2. Ajuste de antibióticos basado en NGS:
   1. Se recogieron muestras de la zona infectada para NGS. El ADN del huésped se agotó con nucleasa 1U y 0,5% Tween 20; el ADN/ARN microbiano se extrajo mediante kits de extracción de ADN/ARN, eliminando ARNr mediante un kit de agotamiento de ARNr y sintetizando ADNc usando reactivos de síntesis de ADNc.
   2. Los ácidos nucleicos libres de células plasmáticas se purificaron utilizando un kit de ácidos nucleicos circulantes.
   3. Las bibliotecas se construían con un kit de preparación de bibliotecas de ADN, se comprobaban la calidad mediante un bioanalizador y qPCR, y luego se secuenciaban en un secuenciador.
   4. Las lecturas en bruto se filtraban con fastp, se mapeaban a hg38 (HISAT2) para eliminar secuencias de huésped; el análisis microbiano utilizó Kraken 2, especies diferenciales mediante prueba de suma de rangos, ARGs mediante DeepARG y modelos clínicos (AUC, validación 10 veces).
   5. La expresión diferencial se analizó usando DESeq2, con umbrales establecidos en |log2 Fold Change| ≥ 1.0 y p < 0.05. NGS identificó la infección por Streptococcus intermedius, lo que llevó a un cambio de régimen a vancomicina (1000 mg cada 12 horas) más levofloxacina (750 mg cada 24 horas), con continuidad de la irrigación epidural con vancomicina y suero fisiofisiológico (1 g/500 mL cada 6 horas).
3. Modificación del régimen secundario: Tras alteraciones en los marcadores de función hepática y renal, se cambiaron los antibióticos a ceftriaxona (2 g cada 24 horas) y levofloxacina (500 mg cada 24 horas).
4. Respuesta terapéutica: Tras 14 días de terapia dirigida, el paciente seguía afebril y mostró una mejora significativa en los marcadores inflamatorios.
5. Drenaje del absceso del psoas: Bajo la guía por ultrasonidos, se realizó drenaje percutáneo del absceso del psoas derecho en el día 7 postoperatorio, que generó 100 mL de líquido purulento; los cultivos confirmaron Staphylococcus intermedius (S. intermedius).
6. Recuperación neurológica: La evaluación post-drenaje observó una reducción notable del dolor en la extremidad inferior derecha y una mejora de la fuerza motora (LE derecho: 0/5 → 3/5).
7. Protocolo de riego continuo: Se mantuvo el riego epidural antibiótico durante 3 semanas, complementado con cambios semanales de vendaje en la herida en condiciones estériles.

Resultados

Este paciente se sometió con éxito a una laminectomía con descompresión y desbridamiento de abscesos epidurales, seguida de antibióticos e irrigación continua de la columna. En la reevaluación postoperatoria de 2 semanas, la resonancia magnética cervical-torácico-lumbar demostró una resolución significativa de los abscesos epidurales, aunque aún con pequeños residuos (Figura 3). Posteriormente, se realizó la retirada de catéteres de irrigación y drenajes quirúrgicos tras la normalización de los marcadores inflamatorios (CRP 3,2 mg/L, leucocitos 6,8×10⁹/L) bajo protocolo estéril. A la semana 4, la recuperación neurológica sostenida se evidenció mediante una mejora de la fuerza motora (extremidad superior derecha 4+/5, extremidades inferiores bilaterales 4+/5), con una resonancia magnética de seguimiento que confirmó regresión estable de abscesos residuales sin nueva patología compresiva, lo que llevó a traslado a un centro especializado de rehabilitación para la neurorecuperación estructurada (Figura 4).

Figura 2: Imágenes operativas. (A) Las imágenes intraoperatorias muestran dos incisiones en los niveles vertebrales C3 y T9. (B) El riego se realizó con vancomicina en solución salina normal. (C) En este punto se observan convergiendo los catéteres de irrigación epidural, cervical y torácica. (D) Se proporciona un diagrama esquemático del enfoque quirúrgico. Las flechas negras representan los lugares de colocación de los catéteres de drenaje. Se colocó un catéter de drenaje en la región cervical, dirigido desde el cefálade hasta la cauda. Se colocaron dos catéteres de drenaje en la región lumbar, uno cefalad dirigido y otro en cauda dirigida, respectivamente. Por favor, haz clic aquí para ver una versión ampliada de esta figura.

Figura 3: Imágenes postoperatorias. (A-E) Las imágenes ponderadas por resonancia magnética T2 de la columna cervical y lumbar muestran la posición de los catéteres de irrigación intraespinal, indicada por flechas blancas. Por favor, haz clic aquí para ver una versión ampliada de esta figura.

Figura 4: Seguimiento postoperatorio. (A) Las imágenes ponderadas en T2 de la resonancia magnética postoperatoria de cuatro semanas a los niveles C3, T4 y L3 demuestran una resolución significativa de los abscesos. (B) Los gráficos lineales que muestran los niveles de CRP y WBC muestran tendencias descendentes sostenidas durante todo el periodo de hospitalización. (C) Las imágenes ponderadas en T2 de la columna cervicotorácica muestran una mejora notable en comparación con los estudios preoperatorios. Por favor, haz clic aquí para ver una versión ampliada de esta figura.

Discusión

El SEA es una infección grave con una tasa de mortalidad global del 5%-16%, y menos del 50% de los supervivientes se recuperan completamente. Los hombres se ven afectados con mayor frecuencia que las hembras, con una proporción de 2:1, por razones que aún se^{desconocen 11}. Los SEA se manifiestan como una condición multisegmentaria (3-4 segmentos) porque las bacterias pueden propagarse por el espacio epidural sin obstáculos^{anatómicos 12}. Este informe presenta un caso desafiante de SEA holocord que abarca de C2 a S1, originándose de forma única en un absceso del músculo psoas. La continuidad anatómica entre el compartimento psoas y el espacio epidural espinal a través de los forámenes neurales subraya la importancia de una evaluación integral por imagen en^{SEA 13}. Como se demuestra aquí, la falta de identificación y drenaje de los focos infectivos primarios —lograda mediante drenaje del psoas guiado por ultrasonido— implica un riesgo de infección persistente a pesar de la descompresión^{espinal 7}. Esta etiología atípica amplía nuestra comprensión de la patogénesis del SEA más allá de la propagación hematógena o la inoculación directa.

La estrategia quirúrgica empleada —laminectomías dirigidas en C3 y T9 junto con irrigación epidural continua— refleja una evolución en el manejo de la gran asieste asiático. Las laminectomías multinivel tradicionales conllevan riesgos sustanciales de inestabilidad mecánica y pérdida de sangre^14,15, especialmente en pacientes comórbidos como el nuestro con enfermedad de Parkinson. La decisión de implementar la irrigación epidural continua se debió a la naturaleza potencialmente mortal de un absceso epidural espinal difuso. Como se ha informado previamente en la literatura, esta técnica puede ser un procedimiento de salvamento. Dada la extensión de la infección, la laminectomía quirúrgica convencional de arriba a abajo se consideró de alto riesgo. Este enfoque fue el plan más factible y óptimo dentro de nuestras limitaciones tecnológicas, lo que finalmente resultó en la supervivencia del paciente, una recuperación completa sin meningitis y un alta oportuna. Creemos que el resultado exitoso subraya el valor de presentar este enfoque innovador en un escenario desafiante. Adoptando un enfoque selectivo centrado en los sitios de máxima compresión de la médula mientras utilizamos riego para abordar los segmentos intermedios, logramos el control de fuentes preservando la integridad espinal. Esto se alinea con técnicas contemporáneas como las "laminectomías apicales", donde la descompresión estratégica minimiza la morbilidad sin comprometer la^{eficacia 10}.

Clave para el éxito terapéutico fue la rápida identificación de patógenos mediante secuenciación de nueva generación (NGS). La detección de Streptococcus intermedius —un comensal oral rara vez implicado en el SEA— provocó una desescalada oportuna de antibióticos de una cobertura empírica de amplio espectro a una terapia^{dirigida 16}. Esta precisión microbiológica evitó posibles complicaciones renales y hepáticas derivadas de una exposición prolongada e innecesaria a antimicrobianos, ejemplificando cómo los diagnósticos avanzados optimizan la gestión en infecciones complejas. Los ajustes posteriores en el régimen subrayan aún más la necesidad de una vigilancia terapéutica dinámica durante los tratamientos prolongados.

Una innovación notable en este manejo fue el protocolo extendido de 3 semanas de riego epidural continuo con vancomicina. El riego intraoperatorio se utiliza ampliamente en el tratamiento^{SEA 17}. La irrigación siempre se utiliza con un tipo de catéter, como el catéter de embolectomía de Fogarty, catéter de silicio y catéter urinario^{pediátrico 18}. La administración local prolongada de antibióticos postoperatorios probablemente contribuyó a la rápida normalización de marcadores inflamatorios y a la resolución casi completa del absceso observada en la resonancia magnética seriada. La duración del riego varía desde 3^{días 18} hasta 2 semanas¹⁹. Sin embargo, falta investigación sistemática sobre las complicaciones del riego epidural continuo.

La recuperación neurológica significativa —desde la parálisis flácida hasta la función ambulatoria en cuatro semanas— subraya el impacto transformador de la intervención de emergencia²⁰. La ventana de 24 horas entre el inicio de la parálisis y la descompresión quirúrgica probablemente preservó la viabilidad de la médula espinal, en contraste con los casos en los que la cirugía retrasada resultó en déficits permanentes. La oxigenoterapia hiperbárica adjunta puede haber mitigado aún más la lesión isquémica al mejorar la difusión de oxígeno hacia tejidos neurales^{comprometidos 21}. La debilidad asimétrica residual refleja la gravedad inicial de la compresión del cordón, al tiempo que afirma que una recuperación funcional significativa sigue siendo alcanzable con una intervención multimodal oportuna.

Una consideración diagnóstica crítica en este caso se refiere a la secuencia de evaluación clínica. En nuestro servicio de urgencias, existe un requisito estricto de establecer un diagnóstico claro antes de trasladar al paciente a un servicio quirúrgico especializado. Por ello, para descartar urgentemente una infección intracraneal o meningitis, que habría alterado el manejo inmediato, el equipo de urgencias realizó una punción lumbar antes de nuestra consulta quirúrgica. Reconocemos los riesgos asociados a este procedimiento en este contexto, pero fue un paso necesario dentro de nuestra vía clínica específica. Aunque reconocemos que la punción lumbar en el contexto de sospecha de SEA conlleva riesgos teóricos de siembra meníngea o deterioro neurológico, el procedimiento en este caso fue negativo para pleocitosis del líquido cefalorraquídeo y sirvió para excluir la meningitis concomitante, reforzando así la indicación de descompresión quirúrgica en lugar de un manejo médico único.

Varias limitaciones de este informe merecen ser reconocidas. En primer lugar, como estudio de caso único, los hallazgos y resultados terapéuticos descritos aquí pueden no ser generalizables a la población más amplia de pacientes con SEA extensa. El resultado favorable refleja una confluencia de factores específicos del paciente, una intervención oportuna y cuidados multidisciplinares intensivos que pueden no ser replicables en todos los entornos clínicos. En segundo lugar, aunque la irrigación epidural continua demostró eficacia en este caso, la duración óptima, la concentración de antibióticos y el volumen de irrigación siguen sin definirse, y la ausencia de protocolos estandarizados limita la reproducibilidad de esta técnica. En tercer lugar, las posibles complicaciones de la cateterización epidural prolongada ---incluida infección asociada al catéter, fuga de LCR o lesión neurológica--- no se observaron en este paciente, pero siguen siendo preocupaciones que requieren una investigación adicional. En cuarto lugar, la contribución de la oxigenoterapia hiperbárica a la recuperación neurológica sigue siendo especulativa, ya que su uso fue complementario y su eficacia en el SEA no se ha establecido mediante estudios controlados. Por último, no se ha evaluado el resultado funcional a largo plazo más allá del periodo de seguimiento de 4 semanas, y la recuperación sostenida dependerá de la rehabilitación continua y del seguimiento de la recurrencia. Se necesitan estudios prospectivos con cohortes más grandes y protocolos de tratamiento estandarizados para validar el enfoque descrito aquí y establecer directrices basadas en la evidencia para el manejo de abscesos epidurales espinales extensos.

Materiales

Lista de materiales utilizados en este artículo

Nombre	Empresa	Número de catálogo	Comentarios
Absorbable Suture	ETHICON	VCP739D
Absorbable Suture	ETHICON	SXPP1A404
AGILENT 2100 Bioanalyzer	AGILENT	2100
DeepARG	gaarangoa	https://github.com/gaarangoa/deeparg
Fastp	OpenGene	https://github.com/OpenGene/fastp
Illumina NextSeq 550 Sequencing System	Illumina	https://www.illumina.com/systems/sequencing-platforms/nextseq/specifications.html	Sequencer
Kraken2	DerrickWood	https://github.com/DerrickWood/kraken2
Maxima Reverse Transcriptase	Thermo Fisher	18080093
Nextera XT DNA Library Prep Kit	Illumina	https://www.illumina.com/products/by-type/sequencing-kits/library-prep-kits/nextera-xt-dna.html	DNA library preparation kit
Nuclease	Thermo Fisher	EN0321
QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit	QIAGEN	55114	Circulating nucleic acid Kit
QIAamp UCP Pathogen DNA Kit	QIAGEN	50214	DNA/RNA extraction kits
QIAamp Viral RNA Kit	QIAGEN	52904
Ribo-Zero rRNA Removal Kit	Illumina	https://www.illumina.com/products/by-type/molecular-biology-reagents/ribo-zero-plus-rrna-depletion.html	rRNA depletion kit
Skin Stapler	Covidien	54887
Tween 20	SIGMA	P9416