Los análisis de Randomización Mendeliana (MR) utilizaron datos de un GWAS (https://gwas.mrcieu.ac.uk/) de acceso público, que ya había obtenido las aprobaciones éticas e informadas necesarias durante la recogida inicial de datos. Por lo tanto, no se requería ningún consentimiento ético o informado adicional para el estudio. El software y las bases de datos utilizadas se enumeran en la Tabla de Materiales.
1. Datos de exposición
La información resumen GWAS sobre la ingesta relativa de macronutrientes dietéticos como grasas, proteínas, carbohidratos y azúcar se obtuvo de más de 235.000 individuos de ascendencia europea23. La ingesta dietética del día anterior (UKB) o habitual (todas las demás cohortes) se capturó mediante cuestionarios completos sobre alimentos. La ingesta relativa de cada macronutriente se corrigió por la ingesta total de energía, permitiendo efectos no lineales. Siguiendo estrictos procedimientos de control de calidad, el tamaño agregado final de la muestra es de 235.391 para azúcar y 268.922 para grasas, proteínas ycarbohidratos 23. Las características básicas de los participantes incluidos en el GWAS en cuanto a la ingesta relativa de macronutrientes dietéticos se resumen en la Tabla 1.
Los datos de asociación genética para micronutrientes se obtuvieron de una revisión exhaustiva de la literatura existente y de la disponibilidad de GWAS robustos en poblaciones europeas. En resumen, se incluyeron estadísticas resumen GWAS para siete minerales esenciales: calcio sérico, cobre, hierro, magnesio, fósforo, selenio (medido en muestras de sangre o uñas de los pies) yzinc 24,25,26,27,28,29,30,31 , así como siete vitaminas, incluyendo 25-hidroxivitamina D, vitamina A1 (retinol), vitamina B6, vitamina B9 (ácido fólico), vitamina B12, vitamina C y vitaminaE 32,33,34,35,36,37. Las características básicas de los participantes incluidos en el GWAS de los micronutrientes se resumen en la Tabla 1.
2. Datos de resultados
Los datos de resultados se obtuvieron del Proyecto GWAS del IEU (https://gwas.mrcieu.ac.uk/), desarrollado en la Unidad de Epidemiología Integrativa del MRC en la Universidad de Bristol. Específicamente, la miopía se examinó como resultado utilizando datos de la fuente: ukb-b-6353 (n = 460.536), cataratas de la fuente: ebi-a-GCST90018814 (n = 491.877), glaucoma de la fuente: ebi-a-GCST90013865 (n = 406.927) y degeneración macular temprana relacionada con la edad desde la fuente: ebi-a-GCST010723 (n = 105.248). Las características básicas de los participantes incluidos en el GWAS de miopía y otros trastornos oculares importantes se resumen en la Tabla 2. Las definiciones de fenotipos de enfermedades oculares se basaron en los conjuntos de datos originales de GWAS. La miopía (ukb-b-6353) se derivó del Biobanco del Reino Unido y se definió en base al uso autoinformado de gafas o lentes de contacto, principalmente para la visión a distancia (miopía). Los resultados de cataratas y glaucoma se obtuvieron a partir de grandes metaanálisis GWAS basados en casos clínicamente diagnosticados a través de historiales médicos o estadísticas de episodios hospitalarios. La degeneración macular temprana relacionada con la edad (DMAE) se definió según criterios diagnósticos estandarizados utilizados en los estudios originales del consorcio GWAS. Las diferencias en las definiciones de fenotipos entre estudios pueden introducir cierta heterogeneidad y deben tenerse en cuenta al interpretar los resultados.
3. Selección de variables instrumentales
Se seleccionaron como variables instrumentales polimorfismos de nucleótido único (SNPs) asociados a exposiciones con significación genómica general (P < 5 × 10⁻8). Se seleccionaron SNPs independientes como variables instrumentales con un umbral r2 de < 0,001, basado en su distancia dentro de 10.000 kb en los datos europeos de 1000G, utilizando el paquete R "TwoSampleMR". La fuerza de los instrumentos seleccionados se evaluó utilizando la estadísticaF 38. Una estadística F mayor que 10 se considera generalmente indicativa de variables instrumentalesfuertes 39. Todos los análisis se armonizaron para asegurar la alineación de los alelos de efecto entre los conjuntos de datos de exposición y de resultados.
4. Estimaciones de aleatorización mendeliana
Para estimar la relación causal entre los macronutrientes y micronutrientes de la dieta y la miopía y otros trastornos oculares importantes, se aplicó el paquete R "TwoSampleMR" para análisis de RM. Se utilizaron variantes genéticas asociadas a cada uno de los macronutrientes y micronutrientes dietéticos como variables instrumentales para examinar su relación causal con la miopía y otros trastornos oculares importantes. El análisis de RM se basa en tres supuestos clave: (1) la suposición de relevancia, según la cual las variantes genéticas están fuertemente asociadas con la exposición; (2) la suposición de independencia, según la cual las variantes son independientes de los factores de confusión; y (3) la suposición de restricción de exclusión, por la cual las variantes influyen en el resultado solo a través de la exposición de interés. Se implementaron múltiples métodos de RM, incluyendo la ponderación inversa de la varianza (IVW), la mediana ponderada, el modo ponderado y MR-Egger, siendo la IVW el enfoque principal y otros métodos utilizados para evaluar la robustez de los hallazgos. El método IVW proporciona la estimación causal más precisa cuando todas las variables instrumentales son válidas o cuando la pleiotropía horizontal se equilibra entre variantes. El estimador mediano ponderado puede generar estimaciones consistentes incluso si hasta el 50% de los instrumentos genéticos no son válidos. El método de regresión MR-Egger permite la detección de pleiotropía direccional estimando un término de intercepción que refleja el efecto pleiotrópico medio a través de variantes genéticas. Inicialmente, se calcularon estimaciones causales utilizando modelos de IVW de efectos fijos, y se emplearon modelos de IVW de efectos aleatorios cuando se detectó heterogeneidad significativa (p < 0,05). Para tener en cuenta múltiples comparaciones entre múltiples exposiciones y resultados, se aplicó la corrección por tasa de descubrimiento de falsos (FDR) utilizando el método de Benjamini–Hochberg. La significación estadística se definió como P ajustada por FDR < 0,05, mientras que P < 0,05 se consideró nominalmente significativa. Todos los análisis se realizaron en R (versión 4.1.2). Para aclarar el marco analítico, en la Figura 1 se muestra una representación esquemática del diseño y las suposiciones de la RM.
5. Análisis de heterogeneidad y sensibilidad
Para evaluar la robustez de los resultados de la RM, se realizaron pruebas de heterogeneidad para detectar posibles inconsistencias entre las variables instrumentales. La heterogeneidad se evaluó utilizando la estadística Cochran Q, donde un valor P de < 0,05 indicó una heterogeneidadsignificativa 40. Se realizaron análisis de sensibilidad adicionales para evaluar la posible pleiotropía, donde variantes genéticas pueden influir en el resultado a través de vías biológicas distintas a la exposición de interés. La pleiotropía direccional se evaluó utilizando la prueba de intercepción de regresiónMR-Egger 41. Además, se aplicó el método Mendelian Randomization Pleiotropy RESidual Sum and Outlier (MR-PRESSO) para identificar y eliminar posibles valores pleiotrópicos (p < 0,05) y para proporcionar estimaciones causales corregidas cuandofuera necesario 41.