Manejo clínico y resultados de la neumonía por Chlamydia pneumoniae diagnosticada mediante secuenciación dirigida de nueva generación: informe de caso y perspectivas

Resumen

Este informe describe el diagnóstico preciso dirigido y habilitado por NGS de la neumonía por C. pneumoniae en un adolescente, facilitando el éxito de la terapia con macrólidos y destacando su utilidad en infecciones respiratorias atípicas.

Resumen

Chlamydia pneumoniae es una causa importante de neumonía adquirida en la comunidad, pero su diagnóstico sigue siendo complicado debido a síntomas inespecíficos y a las limitaciones de métodos tradicionales como la serología, que pueden causar retrasos. Presentamos el caso de una chica de 14 años ingresada con tos y dolor en el lado derecho del pecho. Las pruebas iniciales de laboratorio no resultaron destacables, salvo por un resultado positivo en C. pneumoniae IgM. Una tomografía computarizada de tórax reveló infiltraciones en el lóbulo superior derecho. A pesar de la azitromicina empírica, su mejora fue limitada. Se realizó una broncoscopia y se analizó el fluido de lavado broncoalveolar mediante secuenciación de nueva generación dirigida (tNGS), que identificó a C. pneumoniae como el patógeno dominante con un alto recuento de secuencias (9886), proporcionando una sólida evidencia de la etiología. Se continuó la terapia con macrólidos dirigida (transición a doxiciclina oral), lo que llevó a una mejora clínica notable en 72 horas. La monitorización longitudinal en laboratorio reveló una transaminitis auto-resoluble y un aumento del suero amiloide A tras el tratamiento. Este caso sugiere que el TGG puede servir como una herramienta complementaria valiosa para proporcionar un diagnóstico etiológico rápido e independiente del cultivo de neumonías atípicas, ayudando a guiar una terapia eficaz en pacientes seleccionados con infecciones respiratorias complejas.

Introducción

La neumonía adquirida en la comunidad (PAC) representa una carga significativa para la salud global, con un espectro complejo y diverso de patógenos causantes que complican el tratamiento^{empírico 1}. Entre las bacterias atípicas, Chlamydia pneumoniae es un agente etiológico bien establecido, responsable de un estimado entre el 10% y el 15% de los casos de PAC en todos los grupos^{de edad 2}. Desde su identificación como especie distinta en 1986, C. pneumoniae ha sido reconocida no solo por causar infecciones respiratorias agudas, sino también por sus posibles vínculos epidemiológicos con enfermedades crónicas como el asma y la aterosclerosis ^3,4.

A pesar de su importancia clínica, el diagnóstico preciso y oportuno de la neumonía por C. pneumoniae sigue siendo un desafío formidable para los clínicos. El método serológico, históricamente establecido, la microinmunofluorescencia (MIF), requiere un conjunto de sueros agudos y convalecientes, lo que impide un diagnóstico precoz, y sufre de una mala estandarización y una significativa reactividad cruzada entre especies de Chlamydia ^5,6. Aunque los estudios fundamentales han aislado con éxito C. pneumoniae de muestras respiratorias inferiores como el líquido de lavado broncoalveolar⁷, el cultivo de este patógeno intracelular obligado es técnicamente exigente, tardado y frecuentemente insensible, lo que lo hace poco práctico para el uso clínico^{rutinario 8}. Aunque los paneles multiplex de PCR respiratorios disponibles comercialmente ofrecen tiempos de respuesta rápidos y pueden detectar múltiples infecciones mixtas comunes, su dependencia de objetivos predefinidos limita su capacidad para detectar patógenos amplios, inesperados o más raros simultáneamente.

La llegada de las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento ha comenzado a revolucionar el diagnóstico de patógenos en enfermedades^{infecciosas 9}. Entre ellas, la secuenciación dirigida de nueva generación (tNGS) representa un avance significativo al combinar la detección de amplio espectro con una mayor sensibilidad y rentabilidad. A diferencia de la NGS metagenómica (mNGS), que secuencia todos los ácidos nucleicos de una muestra, la tNGS utiliza paneles de enriquecimiento dirigidos para secuenciar profundamente grupos patógenos específicos, mejorando así la profundidad de cobertura para objetivos relevantes, reduciendo el ruido de fondo del huésped y agilizando el análisis^{bioinformático 10.} Esto la hace especialmente adecuada para entornos clínicos donde los resultados rápidos y accionables son fundamentales. Estudios previos han demostrado la superior sensibilidad de los métodos basados en NGS (>90%) para detectar patógenos respiratorios en comparación con los cultivos tradicionales, con la ventaja añadida de identificar infecciones mixtas en hasta un 30%–50% más de^{casos 11}. Además, el tNGS ha demostrado ser valioso en infecciones respiratorias complejas donde los diagnósticos tradicionales no logran identificar una etiología en una proporción sustancial (40%–60%) de^{los casos 11}.

Sin embargo, los informes sobre la aplicación específica e impacto clínico del tNGS para el diagnóstico de la neumonía por C. pneumoniae , especialmente en la población pediátrica y adolescente, siguen siendo escasos. Existe una carencia notable en la literatura respecto a flujos de trabajo estandarizados que integran el tNGS desde la selección del paciente hasta la interpretación de resultados y la toma de decisiones terapéuticas. El objetivo general de este informe de caso es ilustrar el posible papel del tNGS en el algoritmo diagnóstico para la posible neumonía atípica y proporcionar conocimientos clínicos prácticos sobre su aplicación. Presentamos el caso de una adolescente con neumonía por C. pneumoniae , apoyada por tNGS por BALF tras un estudio inicial inconcluso. Este informe pretende delimitar las ventajas de la tNGS frente a técnicas diagnósticas alternativas, situar su utilidad dentro del conjunto más amplio de la literatura diagnóstica de enfermedades infecciosas y proporcionar información clara para ayudar a los clínicos a determinar cuándo un enfoque diagnóstico tan avanzado es apropiado para sus pacientes.

Presentación del caso
Una estudiante de 14 años sin antecedentes médicos significativos fue ingresada en el departamento de Medicina Respiratoria y de Cuidados Críticos en junio de 2025. Presentó un historial de tos de siete días y expectoración de esputo purulento amarillo-verdoso. La tos se intensificó con un dolor agudo y punzante en el lado derecho en el pecho al inspirarse un día antes de ingresar. También informó síntomas concomitantes de dolor de garganta, congestión nasal y secreción nasal purulenta. Cabe destacar que negó fiebre, escalofríos, sibilancias, dificultad para respirar, hemoptisis, sudores nocturnos, dolor articular o erupción. Se automedicó con una mezcla compuesta de Houttuynia cordata durante cinco días sin alivio sintomático. Una tomografía computarizada de tórax ambulatoria reveló sombras en el lóbulo superior derecho, sugestivas de infección, lo que provocó su ingreso por sospecha de neumonía adquirida en la comunidad.

En el examen físico en el momento del ingreso, sus signos vitales estaban estables: temperatura de 36,4 °C, pulso de 88 latidos/minuto, frecuencia respiratoria de 18 respiraciones/minuto y presión arterial de 87/57 mmHg. Estaba alerta y consciente. El examen de la cabeza y el cuello no reveló cianosis labial, con congestión faríngea leve. Su pared torácica era simétrica, la percusión era clara bilateralmente y la auscultación revelaba sonidos respiratorios claros sin ninguna rala audible. El examen cardíaco demostró un ritmo regular a 88 latidos/min sin soplos patológicos. El examen abdominal fue suave y no sensible. El examen neurológico no fue nada destacable.

Diagnóstico, evaluación y plan
El diagnóstico inicial al ingresar fue neumonía adquirida en la comunidad (lóbulo superior derecho). Se realizaron exámenes auxiliares para esclarecer la etiología. Los resultados de laboratorio mostraron un hemograma completo normal (glóbulos blancos 7,05 × 10⁹/L, neutrófilos 56,6%) y marcadores inflamatorios poco destacados (CRP de alta sensibilidad 0,55 mg/L, amiloide sérica A <5 mg/L, procalcitonina <0,04 ng/mL). Una pista clave fue una serología positiva de Chlamydia pneumoniae IgM (COI 22,9, referencia <10). Sin embargo, un panel integral de ácidos nucleicos del virus respiratorio (incluyendo adenovirus, gripe A/B, RSV, Mycoplasma pneumoniae, rinovirus humano y SARS-CoV-2) dio resultados negativos, al igual que pruebas para tuberculosis (tinción rápida con ácido esputo, ADN de TB, prueba cutánea de proteína de fusión recombinante Mycobacterium tuberculosis) e infección por criptococos. La tomografía computarizada de tórax confirmó sombras de alta densidad con parches en el lóbulo superior derecho (Figura 1).

Se consideró cuidadosamente un diagnóstico diferencial. Se consideró menos probable la neumonía bacteriana debido a la ausencia de fiebre alta y a los marcadores inflamatorios normales. La tuberculosis pulmonar se consideró poco probable dadas las pruebas de apoyo negativas y la ausencia de síntomas constitucionales. La neumonía por Mycoplasma pneumoniae fue descartada por la IgM en suero negativa. El principal desafío diagnóstico residía en interpretar la IgM positiva de C. pneumoniae . Aunque sugiere una infección reciente, un solo resultado positivo de IgM puede reflejar una infección pasada, reactividad cruzada o una respuesta inmunitaria inespecífica, lo que lo convierte en un indicador poco fiable para comprometerse con un tratamiento dirigido^{prolongado 6}. Esta incertidumbre diagnóstica, junto con la clara evidencia radiográfica de neumonía, creó una justificación convincente para buscar un diagnóstico microbiológico definitivo.

Por ello, se formuló el plan de gestión para resolver este estancamiento diagnóstico. Tras conversar con la familia del paciente, se decidió proceder a una broncoscopia por fibra óptica para obtener una muestra del tracto respiratorio inferior directamente del lugar de la infección. El plan específico era: (1) realizar broncoscopia con lavado broncoalveolar (BAL) en el lóbulo superior derecho afectado; (2) someter el fluido BAL (BALF) para un análisis integral de patógenos utilizando secuenciación dirigida de nueva generación (tNGS); (3) ajustar la terapia antiinfecciosa en función de los resultados del tNGS; y (4) monitorizar de cerca los síntomas y signos clínicos del paciente durante el tratamiento. Este enfoque fue diseñado para ir más allá de las limitaciones de la serología y obtener datos inequívocos y específicos de patógenos para guiar un enfoque de medicina de precisión en su atención.

Protocolo

Este estudio está aprobado por el Comité de Ética del Hospital Tercer Pueblo de Yueqing (Aprobación nº 2026003), asegurando el cumplimiento de los estándares éticos para la investigación en humanos. El objetivo principal es obtener una muestra de alta calidad del tracto respiratorio inferior para un análisis exhaustivo de patógenos. Se obtuvo el consentimiento informado por escrito del tutor legal del paciente para el procedimiento clínico y la publicación de este informe de caso. El siguiente protocolo se implementa para la evaluación diagnóstica y el manejo de pacientes con sospecha de neumonía atípica, utilizando secuenciación de nueva generación dirigida (tNGS) para lograr un diagnóstico etiológico. Los reactivos y el equipo utilizado se enumeran en la Tabla de Materiales.

1. Selección del paciente e indicación clínica para el tNGS

1. La selección del paciente se basó en evidencia clínica y radiográfica de neumonía adquirida en la comunidad (PAC).
2. La decisión de proceder con diagnósticos moleculares avanzados se motivó por la convergencia de varios factores: serología positiva pero potencialmente inespecífica de C. pneumoniae IgM, falta de respuesta inflamatoria sistémica significativa y la necesidad clínica de excluir otros patógenos como Mycobacterium tuberculosis.

2. Recogida y procesamiento de muestras

1. La broncoscopia se realizó bajo anestesia intravenosa utilizando propofol (220 mg) y alfentanil (0,4 mg). El broncoscopio se adelantó al lóbulo afectado.
   1. Para garantizar la consistencia de la muestra, se realizó lavado broncoalveolar (BAL) específicamente en el segmento medio del pulmón, y el líquido del segmento anterior se descartó sistemáticamente. Se inculcó solución salina estéril y se aspiró aproximadamente entre 5 y 10 mL de líquido de lavado broncoalveolar (BALF) utilizando técnicas estériles.
2. La muestra de BALF se separó inmediatamente en dos alicotas bajo condiciones estériles. La primera alitera fue enviada para un estudio microbiológico rutinario. La segunda alicuota, designada para el análisis de tNGS, se colocó en un tubo estéril con tapa de rosca y se transportó bajo condiciones controladas de cadena fría (≤20 °C) al laboratorio para preservar la integridad de los ácidos nucleicos.

3. Análisis de laboratorio mediante secuenciación dirigida de nueva generación

1. Se licuaron muestras de fluido viscoso de lavado broncoalveolar (BALF) utilizando una solución digestiva y vórtice.
   1. El fluido procesado se mezclaba con un conservante de ácido nucleico y se realizaba la lisis mecánica utilizando un aparato de batido de perlas para asegurar una eficiente alteración de la pared celular. Los ácidos nucleicos totales se extrajeron utilizando una plataforma automatizada de coextracción según las instrucciones del fabricante.
2. Se construyeron bibliotecas de secuenciación utilizando un kit de enriquecimiento dirigido a patógenos respiratorios. Tras la purificación y cuantificación mediante análisis fluorométrico, las bibliotecas fueron sometidas a un enriquecimiento dirigido de patógenos respiratorios. Las bibliotecas agrupadas se convirtieron en nanobolas y se secuenciaron en una plataforma de secuenciación de alto rendimiento.
3. Los datos de secuenciación en bruto se procesaron automáticamente mediante software de análisis de patógenos, que realizaba control de calidad, filtrado de lecturas y alineación con una base de datos de referencia seleccionada para identificar y semicuantificar microorganismos detectados.

4. Interpretación de resultados e intervención terapéutica

1. El informe de tNGS fue revisado en un plazo de 48 horas. El umbral para las cargas de patógenos clínicamente relevantes se estableció dinámicamente en función del ruido de fondo de los controles negativos (NC) dentro del lote experimental específico.
2. Según los resultados, se ajustó la terapia antiinfecciosa. Para C. pneumoniae confirmada, se continuó la terapia intravenosa con macrólidos, seguida de una terapia secuencial oral con un antibiótico de clase tetraciclina (100 mg dos veces al día durante 10 días).

Resultados

La implementación de este protocolo diagnóstico basado en tNGS proporcionó evidencia crítica que identificó a Chlamydia pneumoniae como el patógeno dominante, guiando la terapia antimicrobiana precisa y resultados clínicos favorables. Como se detalla en el perfil completo de patógenos (Figura 2), el análisis tNGS de BALF confirmó la infección por C. pneumoniae con 9.886 secuencias, identificando también al rinovirus A como una coinfección s...

Discusión

Este caso demuestra la posible utilidad de la secuenciación dirigida de nueva generación (tNGS) para ayudar en el diagnóstico de la neumonía por Chlamydia pneumoniae . Cuando los hallazgos serológicos demuestran ser inconclusos y la terapia empírica produce una respuesta subóptima, el análisis tNGS de muestras respiratorias inferiores proporciona una identificación completa del patógeno, permitiendo una intervención terapéutica dirigida.

En comparació...

Materiales

Lista de materiales utilizados en este artículo

Nombre	Empresa	Número de catálogo	Comentarios
–80°C Ultra-Low Temperature Freezer	Thermo Scientific	905	Para almacenamiento a largo plazo de especímenes y ácidos nucleicos.
Biological Safety Cabinet	Thermo Scientific	1300 Series A2	Proporciona un ambiente estéril para el procesamiento de muestras.
Bronchoalveolar Lavage (BAL) Catheter	Teleflex	22-160	Para la instilación y recuperación de solución salina estéril durante el procedimiento de BAL.
Computer Workstation	Dell	Precision 5860 Tower	Computación de alto rendimiento para análisis de datos.
Cryogenic Vial (2.0 mL)	Thermo Scientific	375418	Para el almacenamiento de ADN extraído a temperaturas controladas.
DNA/RNA Shield	Zymo Research	R1100	Solución de preservación de ácidos nucleicos utilizada durante el procesamiento de muestras.
Doxycycline Hyclate Capsules	(Proveedor local)	100 mg	Antibiótico de clase tetraciclina para terapia oral secuencial.
Fiberoptic Bronchoscope	Olympus	BF-XP190	Utilizado para el lavado broncoalveolar (BAL) bajo sedación consciente.
High-Speed Centrifuge	Eppendorf	5425 R	Para la preparación y procesamiento de muestras.
High-Throughput Sequencer	MGI	MGISEQ-200	Plataforma de secuenciador genético para análisis de NGS dirigido.
Microcentrifuge Tubes (1.5 mL)	Eppendorf	22431021	Tubos estériles libres de DNase/RNase para el manejo de muestras.
Pathogen Analysis Software	Genseq	Genseq-PM	Pipeline bioinformático para identificación a nivel de especie.
Qubit 4.0 Fluorometer	Thermo Fisher Scientific	Q33238	Utilizado para la cuantificación precisa de bibliotecas.
Sequencing Reaction Kit	Dian Diagnostics	No. 20240005	Kit universal para la reacción de secuenciación en la plataforma MGI.
Serological Test Kit (C. pneumoniae IgM)	Euroimmun	EI 2390-9601 G	Utilizado para el cribado serológico inicial.
Sterile Normal Saline (0.9%)	Baxter	2B2324	Utilizado como fluido de lavado durante la broncoscopia.
Targeted NGS Enrichment Panel	Dian Diagnostics	Respiratory Pathogen 200+ Panel	Panel personalizado (Genseq RTI) que cubre más de 200 patógenos.