Todas las operaciones de farmacología en redes se llevaron a cabo de acuerdo con las Directrices para Métodos de Evaluación de Farmacología en Red. Todos los procedimientos experimentales se realizaron cumpliendo con las normativas de gestión de laboratorios de la Universidad Sci-Tech de Zhejiang.
Farmacología de redes
Predicción de posibles objetivos de GAS: El SMILES canónico de GAS (PubChem CID: 1150) fue recuperado de la base de datosPubChem 42. La estructura SMILES fue subida a la base de datos SwissTargetPrediction (http://www.swisstargetprediction.ch/)43. El parámetro de especie se estableció en Homo sapiens. Se mantuvieron objetivos predichos con un valor de probabilidad > 0,1 para reducir las predicciones falsas positivas. Todos los objetivos proteicos predichos se estandarizaron a símbolos génicos oficiales utilizando la base de datosUniProt 43 (especie limitada a Homo sapiens), y se eliminaron entradas duplicadas.
Los genes relacionados con la EA se recogieron de la base de datos GeneCards (https://www.genecards.org/)44,45 y de la base de datos OMIM (https://www.omim.org/)46 utilizando "enfermedad de Alzheimer" como término de búsqueda. En GeneCards, se seleccionaron genes con una puntuación de relevancia > 10. Se fusionaron los objetivos obtenidos de GeneCards y OMIM, se eliminaron duplicados y se estandarizaron los nombres de genes usando UniProt.
Los objetivos predictos para el GAS y los genes relacionados con la EA se importaron a la plataforma online Venny 2.1 para obtener objetivos superpuestos. Un total de 52 genes intersectantes (véase Tabla Suplementaria 1) fueron identificados como posibles objetivos terapéuticos del SGA en la EA.
Los 52 objetivos que se intersectaban se subieron a la base de datos STRING (https://string-db.org/)47 para el análisis PPI. La especie se estableció en Homo sapiens, y la puntuación mínima requerida de interacción se estableció en 0,4 (confianza media). Los nodos desconectados estaban ocultos. Los datos de interacción resultantes se exportaron y visualizaron utilizando el software Cytoscape (versión 3.9.1).
Análisis de enriquecimiento GO y KEGG: Los 52 objetivos intersectantes se subieron a la base de datos Metascape (https://metascape.org/)48 para análisis de enriquecimiento de Ontología Génica (GO) y la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto (KEGG). La especie se ajustó a Homo sapiens. Los criterios de enriquecimiento se definieron como valor p < 0,01, solapamiento mínimo ≥ 3 y factor de enriquecimiento > 1,5. Las vías KEGG se clasificaron según el valor p y se seleccionaron las 20 vías con mayor enriquecimiento significativo para su visualización. Los resultados del enriquecimiento se visualizaron utilizando una plataforma de bioinformática en línea.
El archivo de estructura proteica de GSK-3β se obtuvo de la base de datos RCSB PDB. El archivo de estructura de GAS en formato SDF se descargaba desde la base de datos PubChem y posteriormente se convertía al formato Mol2 usando el software Open Babel GUI. Los archivos mencionados anteriormente se procesaron usando el software AutoDock para añadir átomos de hidrógeno, eliminar moléculas de agua y asignar cargas. Los archivos procesados se guardaban posteriormente en formato PDBQT. Tras detectar y procesar enlaces de torsión en las moléculas de ligando, los archivos se almacenaron en formato PDBQT. La menor energía de unión entre las dos moléculas se obtuvo realizando acoplamiento molecular usando el software AutoDock Vina. Posteriormente, los resultados del acoplamiento se visualizaron y analizaron utilizando PyMOL.
Preparación de la solución de culo
El polvo OA (25 μg) se disolvió completamente en 1200 μL de dimetilsulfóxido al 10% (DMSO) preparado con solución salina estéril tamponada con fosfato (PBS) para generar una solución de stock de 25 μM. La solución de la serie fue alicotizada y almacenada a -80 °C. Antes de cada experimento, la OA se diluía frescamente con el Medio Águila Modificado (DMEM) completo de Dulbecco (véase Tabla de Materiales) hasta las concentraciones de trabajo deseadas. El polvo de GAS (20 mg) se disolvía en 1,4 mL de PBS estéril, se filtraba a través de una membrana de 0,22 μm para su esterilización y se preparaba como una solución de 50 mM, que se almacenaba a -20 °C. Antes de su uso, la solución original se diluyó con DMEM completo a las concentraciones de trabajo indicadas.
Construcción del modelo de celda AD
Se obtuvieron y utilizaron células SH-SY5Y para neuroblastoma humano en este estudio (véase Tabla de Materiales). Las células SH-SY5Y se indujeron con concentraciones de gradiente de OA (0, 10, 20, 40, 80, 160 nM) durante duraciones de 12, 24 y 36 horas, respectivamente, para establecer el modelo de células de AD.
Ensayo de viabilidad celular
Para determinar la concentración óptima y la duración de inducción de la AO para establecer el modelo de células de AD, se trataron las células SH-SY5Y con concentraciones de gradiente de OA (0, 10, 20, 40, 80 y 160 nM) durante diferentes periodos de tiempo (12, 24 y 36 h), y se evaluó la viabilidad celular utilizando el ensayoCCK-8 49. Las células SH-SY5Y se sembraron en placas de 96 pozos con una densidad de 7,5 × 103 celdas por pozo en 100 μL de DMEM completo. Las placas se incubaron a 37 °C en una incubadora humidificada con un 5% de CO₂ durante 24 horas para permitir la unión celular. Tras 24 horas de acoplamiento, se añadieron 100 μL de solución de trabajo de OA a cada pozo para alcanzar concentraciones finales de 0, 10, 20, 40, 80 y 160 nM en un volumen total de 200 μL por pozo. El grupo control (CON) recibió un volumen igual de DMEM completo sin OA, mientras que el grupo OA recibió OA a las concentraciones indicadas. Las células se incubaron durante 12 horas, 24 horas o 36 horas bajo condiciones estándar de cultivo. Cada concentración y punto temporal se establecía con seis pozos replicados. Se incluyeron tres pozos en blanco (solo medio) para la corrección de fondo.
Determinación del índice de estrés oxidativo celular
Las células SH-SY5Y en la fase de crecimiento logarítmico se sembraron en una placa de 6 pozos. Tras el tratamiento celular, el medio anterior fue descartado de los pozos. Posteriormente, los pozos fueron lavados tres veces con PBS preenfriado a 4 °C. Después de eso, se añadió un buffer de lisis celular y las células se lisaron sobre hielo usando el método adecuado indicado por el kit. El contenido proteico de las muestras se cuantificó utilizando el kit de ensayos de proteínas BCA (véase Tabla de Materiales). Las actividades de T-AOC, SOD y MDA se determinaron según las instrucciones proporcionadas con los respectivos kits de ensayo (véase la Tabla de Materiales).
Detección de apoptosis celular
La apoptosis celular se evaluó utilizando un kit de tinción doble Annexin V-FITC/PI (véase la Tabla de Materiales) según las instrucciones del fabricante. Brevemente, se recogieron células flotantes y adherentes. Las células adherentes se digerieron usando tripsina sin EDTA para evitar daños en membranas artificiales y se combinaron con células flotantes. Las células se lavaron dos veces con PBS frío y se resuspendieron en 500 μL de tampón de unión 1× a una densidad de 0,5–1 × 106 celdas.
Posteriormente, se añadieron 5 μL de Annexin V-FITC y 5 μL de yoduro propidio (PI) a cada muestra, se mezclaron suavemente e incubaron a temperatura ambiente en la oscuridad durante 10–20 minutos. Las muestras se colocaron sobre hielo y se analizaron en un plazo de 1 hora utilizando un citómetro de flujo.
Para el análisis citométrico de flujo, se utilizaron controles sin tinción y controles con una sola tinción (solo Annexin V-FITC y solo PI) para establecer parámetros de compensación y compuertas de cuadrantes. La compuerta de dispersión frontal y lateral (FSC/SSC) se aplicó primero para excluir residuos y agregados celulares. Se adquirieron un mínimo de 10.000 eventos por muestra. Los datos se analizaron utilizando el software FlowJo.
Análisis cuantitativo de PCR en tiempo real (RT-qPCR)
Según las instrucciones proporcionadas por el kit de transcripción inversa AG, el ARN extraído fue sometido a transcripción inversa para generar ADN complementario (ADNc), que posteriormente se diluyó diez veces con agua estéril para servir de plantilla. El sistema de reacción RT-qPCR se preparó siguiendo el protocolo del kit Green Master Mix (No Rox), y el análisis se realizó utilizando un instrumento fluorescente de PCR cuantitativa (véase Tabla de Materiales). Los valores de Ct obtenidos fueron procesados y analizados, y los niveles de expresión de los genes objetivo se calcularon utilizando el método 2-ΔΔCt, donde ΔCt representa la diferencia entre los valores de Ct en el grupo tratado y GAPDH, y ΔΔCt representa la diferencia entre los valores de ΔCt en el grupo de tratamiento y el grupo de control. La lista de cebadores se puede encontrar en la Tabla Suplementaria 2.
Análisis de Western blot
El tampón de lisis celular, junto con un inhibidor de proteasa y un inhibidor de fosfatasa, se combinaron en una proporción de 100:1:1. Las células se lisaron para extraer proteínas celulares. La concentración de proteínas se determinó utilizando el kit de ensayo BCA. Las proteínas (20–30 μg por carril) se separaron en geles SDS-PAGE al 10% a 80 V para el gel apilante y 120 V para el gel resolutivo. Las proteínas se transfirieron a las membranas PVDF (0,45 μm) a 300 mA durante 90 minutos mediante transferencia húmeda. La membrana se bloqueó con leche desnatada al 5% a temperatura ambiente durante 2 horas, seguida de una incubación nocturna con anticuerpo primario (véase Tabla de Materiales) a 4 °C. Tras incubar con el anticuerpo secundario a temperatura ambiente durante 1 hora, la membrana se lavó cuatro veces con TBST durante 5 minutos cada una. Las bandas se visualizaron utilizando reactivos de detección de quimioluminiscencia (ECL) mejorada (véase Tabla de Materiales), y la detección se realizó con un sistema de imagen en gel. Los valores en escala de grises se analizaron utilizando el software ImageJ para obtener información sobre los datos.