Análisis transcriptómico de pacientes sanos y con PE
Para analizar las diferencias de expresión génica entre el grupo normal (Normal) y los pacientes con PE, se examinó la expresión diferencial mediante el paquete R limma en los conjuntos de datos combinados. Se identificaron un total de 89 genes diferencialmente expresados (DEG) (p < 0,05 y |log2FC| > 0,5), de los cuales 69 fueron genes regulados hacia arriba y 20 regulados hacia abajo en GSE75010 (Figura 1A). Hubo 2.097 genes diferencialmente expresados, con 1.121 genes regulados hacia arriba y 976 regulados hacia abajo (Figura 1B). En el conjunto de datos GSE60438 se identificaron 7.633 DEG, con 3.371 genes regulados hacia arriba y 4.262 regulados hacia abajo (Figura 1C). Las diferencias sustanciales en el número de DEG entre los tres conjuntos de datos probablemente reflejan variaciones en el tamaño de la muestra, el origen del tejido (villi placentarios frente a decidua basal) y la clasificación de la gravedad de la PE, lo que resalta aún más la importancia de considerar la intersección entre los conjuntos de datos para identificar DEG comunes y robustos.
Análisis de enriquecimiento funcional de los genes diferencialmente expresados
Para la identificación sistemática de los principales DEG asociados con la PE, se realizó un análisis de Venn con los DEG de los conjuntos de datos de PE GSE75010, GSE10588 y GSE60438, identificándose finalmente 56 DEG comunes (Figura 2A). Se construyó una red PPI para estos 56 DEG comunes utilizando la plataforma en línea STRING (puntuación de interacción ≥0,15), y se identificaron además los 20 principales genes centrales según su grado de conectividad dentro de la red, clasificados mediante el software Cytoscape (Figura 2B). Con base en dichos genes, también se realizó un enriquecimiento GO para explorar funcionalidades potenciales en BP, CC y MF (Figura 2C). Es probable que los DEG se enriquezcan principalmente en la secreción hormonal y la regulación de la señalización del receptor transmembrana serina/treonina quinasa. En cuanto a las células, los genes se localizaron principalmente en adhesiones focales, uniones célula-sustrato y una variedad de genes relacionados con vesículas y lisosomas. En cuanto a funciones moleculares, los términos enriquecidos fueron actividad de prolil hidroxilasa, actividad hormonal y transporte transmembrana de moléculas relacionadas con lípidos. Estos resultados sugieren que los DEG podrían desempeñar funciones importantes en la señalización celular placentaria, la interacción célula-matriz y el mantenimiento de funciones relacionadas con el sistema endocrino. Al mismo tiempo, se encontró que el enriquecimiento de vías KEGG arrojó que los DEG probablemente se enriquecieran en la interacción citocina-receptor de citocina, la interacción de moléculas de adhesión celular y las vías de señalización TGF-β y HIF-1 (Figura 2D). El enriquecimiento de ciertos términos relacionados con virus (por ejemplo, virus de la hepatitis, Ebolavirus) probablemente refleja una superposición no específica con genes inmunorreguladores compartidos, más que una asociación biológica directa con la PE; por lo tanto, el enfoque interpretativo permanece en las vías relacionadas con inflamación, adhesión y hipoxia. Estas vías están relacionadas con la respuesta inflamatoria, la señalización mediada por adhesión celular y la hipoxia, y podrían influir en la progresión de la PE al modificar el estado inmuno-inflamatorio y la comunicación entre células en el microentorno placentario.
El aprendizaje automático identifica SASH1 como un gen clave en la PE
Para identificar genes pronósticos clave, se aplicaron cuatro métodos de aprendizaje automático para la selección de características. La regresión LASSO con validación cruzada mostró que el modelo alcanzó el error mínimo de validación cruzada cuando log(λ.min) = -3.8075. Los genes con coeficientes distintos de cero en este valor de λ se seleccionaron como características clave identificadas por LASSO (Figura 3A–B). El algoritmo Boruta evalúa la importancia de las características comparándolas con características sombra. Los genes con valores de importancia superiores a shadowMax se etiquetaron como Confirmados y se consideraron genes candidatos clave, mientras que aquellos con valores de importancia inferiores a shadowMin se etiquetaron como Rechazados y se consideraron sin contribución significativa. Los genes entre estos dos umbrales se etiquetaron como Tentativos, lo que indica una importancia potencial pero incierta (Figura 3C). El análisis SVM-RFE demostró que cuando se conservaron 40–50 características, la precisión de validación cruzada alcanzó el nivel más alto o cercano al más alto, lo que sugiere un rendimiento predictivo óptimo a esta escala de características (Figura 3D). La precisión moderada de validación cruzada (~0.6) indica que ningún algoritmo individual funcionó de forma óptima para este conjunto de datos; por lo tanto, se adoptó una estrategia de intersección multi-algoritmo para mejorar la solidez de la selección de características. XGBoost cuantificó la importancia relativa de los genes utilizando valores de Ganancia, identificando así las características con mayor contribución a la predicción del modelo (Figura 3E). El análisis de intersección de Venn de los resultados de los cuatro métodos identificó a SASH1 como el único gen común. Aunque SASH1 fue clasificado como Tentativo por el algoritmo Boruta, su selección consistente en los otros tres algoritmos respalda su designación como gen candidato por consenso (Figura 3F).
Análisis de una sola célula
Se investigó la heterogeneidad celular y los procesos moleculares en tejidos placentarios de PE. Las células se filtraron por calidad según el número de genes detectados, el número de conteos de ARN y el porcentaje de expresión de genes mitocondriales. Se eliminaron las células de baja calidad (menos de 200 genes detectados o con más del 20 % de contenido de genes mitocondriales) para obtener una muestra de célula única de alta calidad para el análisis posterior. Las métricas de control de calidad y la identificación de genes altamente variables se muestran en la Figura Suplementaria 1A–B. Tras normalizar e identificar los genes altamente variables, se realizó un análisis de componentes principales (PCA) utilizando los 2.000 genes altamente variables principales y los componentes principales significativos mediante análisis JackStraw y análisis ElbowPlot (Figura Suplementaria 2A–B).
Con base en los componentes principales, se utilizó la aproximación y proyección uniforme de variedades (UMAP) para reducir la dimensionalidad y realizar agrupamiento no supervisado, en el que todas las células se clasificaron en 22 grupos, destacando la alta heterogeneidad celular en el tejido placentario (Figura 4A). Mediante el estudio de la expresión de genes marcadores específicos de cada grupo y la visualización de genes diferencialmente expresados (DEG) en un mapa térmico (Figura 4B), cada grupo se anotó según un marcador canónico y se proyectó nuevamente sobre la representación UMAP (Figura 4C). A partir de estos grupos principales, se identificaron las poblaciones celulares placentarias, incluyendo células B/células plasmáticas, células endoteliales, fibroblastos/células estromales, macrófagos/células dendríticas, células asesinas naturales, células T y células trofoblásticas. Las comparaciones entre los grupos control y PE revelan que varios tipos de células presentan una distribución relativa sustancial en placentas con PE, lo que sugiere una remodelación del microentorno placentario (Figura 4D).
El origen del tejido y el estado de la enfermedad se utilizaron para rastrear las células en el mismo agrupamiento UMAP según la fuente del tejido (decidua frente a vellosidades) y la agrupación por enfermedad (control frente a PE) (Figura 4E). La distribución del número de células se separó parcialmente según el origen del tejido, mientras que las células de diferentes grupos de enfermedad estaban altamente interconectadas. Esto sugiere que la PE no reorganiza sustancialmente toda la estructura transcriptómica, pero podría tener efectos sobre poblaciones celulares individuales o sobre características moleculares específicas. La expresión de SASH1 se proyectó sobre el UMAP para explorar su distribución entre las poblaciones celulares placentarias (Figura 4F–G). SASH1 muestra una expresión fuertemente específica de tipo celular, con diferencias notables entre las poblaciones celulares deciduales y vellosas. La comparación estadística de la expresión de SASH1 entre los grupos PE y control a través de los tipos celulares (prueba de suma de rangos de Wilcoxon) reveló diferencias significativas en múltiples poblaciones celulares placentarias, con el aumento más pronunciado observado en células trofoblásticas de muestras con PE (Figura 4H). Este hallazgo proporciona evidencia a nivel de célula individual de que la desregulación de SASH1 es particularmente marcada en el compartimento trofoblástico, lo que respalda el uso de la línea celular trofoblástica HTR-8/SVneo para experimentos funcionales posteriores.
La inhibición de SASH1 impide la apoptosis de los trofoblastos inducida por hipoxia y las respuestas inflamatorias
Para validar las predicciones bioinformáticas, se estableció un modelo celular de trofoblasto relacionado con la PE bajo condiciones hipóxicas (1 % O2). Se realizaron análisis de qPCR e inmunotransferencia para evaluar la expresión de SASH1 (Figura 5A–B). En comparación con las células HTR-8/SVneo normóxicas, las células tratadas con hipoxia mostraron niveles significativamente aumentados de expresión de ARNm y proteína SASH1, lo que proporciona una validación experimental preliminar de los resultados bioinformáticos. Para evaluar el efecto del silenciamiento de SASH1 sobre los procesos patológicos relacionados con la PE, se silenció SASH1 en células HTR-8/SVneo tratadas con hipoxia. Los análisis de PCR cuantitativa e inmunotransferencia (Figura 5C–D) mostraron que la expresión de SASH1 se redujo significativamente en todos los grupos sh-SASH1 en comparación con el grupo sh-NC. Entre ellos, sh-SASH1#3 presentó la mayor eficiencia de silenciamiento y, por lo tanto, se seleccionó para experimentos posteriores. Se realizaron tinción TUNEL y ELISA bajo tres condiciones: control normóxico (Normal), hipoxia con ARNip control negativo (Hipoxia + sh-NC) e hipoxia con silenciamiento de SASH1 (Hipoxia + sh-SASH1). En comparación con el grupo Normal, el grupo Hipoxia + sh-NC mostró un aumento significativo de apoptosis y una secreción elevada de citocinas proinflamatorias IL-1β, IL-6 y TNF-α, confirmando la lesión del trofoblasto inducida por hipoxia. El silenciamiento de SASH1 atenuó marcadamente estos efectos, reduciendo la apoptosis (Figura 5E) y los niveles de citocinas (Figura 5F) hasta niveles cercanos a los del grupo Normal, lo que sugiere que el silenciamiento de SASH1 puede revertir en gran medida la apoptosis del trofoblasto y las respuestas inflamatorias inducidas por hipoxia. Para establecer aún más el papel causal de SASH1, se realizaron experimentos de ganancia de función. La qPCR y la inmunotransferencia confirmaron una sobreexpresión exitosa de SASH1 en células HTR-8/SVneo (Figura 5G–H). Bajo condiciones normóxicas, la sobreexpresión de SASH1 (OE-SASH1) aumentó significativamente la apoptosis del trofoblasto y la secreción de citocinas proinflamatorias en comparación con el grupo OE-NC, reproduciendo el fenotipo inducido por hipoxia (Figura 5I–J). En conjunto, los datos de pérdida y ganancia de función establecen que SASH1 es tanto necesario como suficiente para inducir la apoptosis del trofoblasto y las respuestas inflamatorias, confirmando su papel causal en la patología relacionada con la PE.
Los P-EXOS suprimen la apoptosis de los trofoblastos inducida por hipoxia y las respuestas inflamatorias mediante la modulación de SASH1
Se considera que P-EXOS tiene un valor terapéutico potencial en la PE. En este estudio, el análisis bioinformático sugirió que SASH1 está asociado con vías de señalización relacionadas con los exosomas (como se indica en el enriquecimiento GO y KEGG, Figura 2C–D), lo que nos llevó a plantear la hipótesis de que P-EXOS podría ejercer un efecto protector en la PE mediante la regulación de SASH1. Antes de los estudios funcionales, se caracterizaron primero los P-EXOS aislados. El análisis mediante inmunotransferencia confirmó la presencia de proteínas marcadoras de exosomas PLAP, CD63 y TSG101, sin expresión detectable del marcador del aparato de Golgi GM130, lo que indica una alta pureza de las vesículas aisladas. La microscopía electrónica de transmisión reveló además estructuras vesiculares típicas con forma de taza (Figura 6A–B). Para verificar si P-EXOS podían internalizarse eficientemente por las células diana, se realizó tinción de inmunofluorescencia para evaluar la captación celular de P-EXOS. En comparación con el grupo control, las células HTR-8/SVneo tratadas con P-EXOS mostraron señales de co-localización prominentes en las imágenes fusionadas, lo que indica que P-EXOS fueron internalizados eficazmente por las células HTR-8/SVneo (Figura 6C).
Posteriormente, las células HTR-8/SVneo se co-cultivaron con P-EXOS en condiciones hipóxicas. Tanto los ensayos de PCR cuantitativa como de inmunotransferencia Western mostraron una reducción pronunciada en los niveles de ARNm y proteína de SASH1 en el grupo tratado con P-EXOS en comparación con los controles (Figura 6D–E), lo que proporciona evidencia inicial de una interacción reguladora entre P-EXOS y SASH1. En consonancia con estos cambios moleculares, la tinción TUNEL reveló una atenuación sustancial de la apoptosis inducida por hipoxia en las células HTR-8/SVneo tras el tratamiento con P-EXOS (Figura 6F). Al mismo tiempo, los ensayos de ELISA demostraron una disminución notable en la secreción de citocinas proinflamatorias, incluyendo IL-6, IL-1β y TNF-α (Figura 6G).
Para determinar si los efectos protectores de P-EXOS dependen mecanísticamente de la supresión de SASH1, se realizó un experimento de rescate bajo condiciones hipóxicas. Se compararon células que sobreexpresan SASH1 (OE-SASH1 + P-EXOS) con células de control negativo (OE-NC + P-EXOS). La sobreexpresión de SASH1 anuló significativamente los efectos protectores de P-EXOS, como lo demuestra el aumento de la apoptosis (Figura 6H) y la secreción elevada de citocinas proinflamatorias (Figura 6I) en comparación con el grupo OE-NC + P-EXOS. Estos resultados demuestran que el efecto protector de P-EXOS está mediado específicamente a través de la supresión de SASH1, y no mediante vías paralelas, destacando el potencial terapéutico de P-EXOS en la PE.
DISPONIBILIDAD DE LOS DATOS:
Los conjuntos de datos que respaldan los hallazgos de este estudio están disponibles públicamente y fueron obtenidos de la base de datos Gene Expression Omnibus (GEO) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/), con los números de acceso GSE75010, GSE10588, GSE60438 y GSE183338. La anotación de tipos celulares se realizó con referencia a la Base de Datos de Clasificación Celular (https://ngdc.cncb.ac.cn/celltaxonomy/). Las imágenes originales de inmunotransferencias no recortadas y todos los demás datos experimentales brutos que respaldan los hallazgos de este estudio se proporcionan en la carpeta Datos Brutos Suplementarios .

Figura 1: Identificación de genes diferencialmente expresados (DEG) en tejidos placentarios y deciduales de preeclampsia (PE) en tres conjuntos de datos independientes. (A) Gráfico de volcán de los DEG entre 157 muestras placentarias de PE y 173 muestras placentarias no PE del conjunto de datos combinado GSE75010. (B) Gráfico de volcán de los DEG entre muestras placentarias de PE grave (n = 17) y muestras placentarias normales (n = 26) del conjunto de datos GSE10588. (C) Gráfico de volcán de los DEG entre muestras deciduales de PE y muestras deciduales de control normotensas del conjunto de datos GSE60438. Los DEG se identificaron utilizando p < 0,05 y |log2FC| > 0,5. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 2: Análisis funcional de enriquecimiento y de interacciones proteína-proteína (PPI) de los DEG comunes asociados con la preeclampsia. (A) Diagrama de Venn de los DEG identificados a partir de los conjuntos de datos relacionados con la preeclampsia GSE75010, GSE10588 y GSE60438. (B) Red de interacciones proteína-proteína (PPI) de los 20 principales genes centrales seleccionados entre los 56 DEG comunes según su grado de conectividad, clasificados mediante el software Cytoscape (puntaje de interacción STRING ≥0.15). (C) Los análisis de enriquecimiento GO y KEGG de los DEG comunes se presentan como gráficos de barras. (D) Los análisis de enriquecimiento GO y KEGG de los DEG comunes, presentados como diagramas de acordes. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 3: Selección basada en aprendizaje automático de genes centrales candidatos asociados a la preeclampsia. (A) Análisis de regresión LASSO que muestra los perfiles de coeficientes de los genes candidatos. (B) Selección del parámetro de regularización óptimo (λ) mediante regresión LASSO utilizando validación cruzada. (C) Algoritmo Boruta. (D) Análisis SVM-RFE. (E) Algoritmo XGBoost. (F) Diagrama de Venn que muestra la intersección de los genes candidatos identificados por los algoritmos LASSO, Boruta, SVM-RFE y XGBoost. Abreviaturas: LASSO = operador de contracción y selección de mínima absoluta; SVM-RFE = eliminación recursiva de características mediante máquina de vectores de soporte. Haga clic aquí para ver una versión ampliada de esta figura.

Figura 4: El análisis transcriptómico a nivel de célula individual revela patrones específicos de expresión de SASH1 según el tipo celular en la preeclampsia. (A) Agrupamiento UMAP del conjunto de datos de célula individual. (B) Análisis de las cinco principales anotaciones marcadoras del conjunto de datos transcriptómicos de célula individual de preeclampsia GSE183338. (C) Anotación de subpoblaciones celulares. (D) Gráfico de barras que muestra la distribución de las proporciones celulares en muestras de control y preeclampsia. (E) Gráfico UMAP coloreado según el origen tisular (decidua y vellosidades) y el estado de la enfermedad (control y preeclampsia). (F) Gráfico UMAP que muestra la expresión de SASH1 en poblaciones celulares placentarias agrupadas por origen tisular (decidua y vellosidades). (G) Gráfico UMAP que muestra la expresión de SASH1 en poblaciones celulares placentarias agrupadas por estado de la enfermedad (control y preeclampsia). (H) Gráfico de violín que muestra la distribución de expresión de SASH1 en diferentes tipos celulares placentarios. ns p > 0.05; *p < 0.05; **p < 0.01; ***p < 0.001. Abreviaturas: UMAP = aproximación y proyección uniforme de variedades; ns = no significativo. Haga clic aquí para ver una versión ampliada de esta figura.

Figura 5: SASH1 regula la apoptosis e inflamación trofoblástica inducida por hipoxia. (A) Análisis mediante qPCR de la expresión de ARNm de SASH1 y cuantificación densitométrica de los niveles proteicos de SASH1 en células HTR-8/SVneo bajo condiciones normales y hipóxicas. (B) Imágenes representativas de inmunotransferencia correspondientes a los datos densitométricos mostrados en (A). (C) Análisis mediante qPCR de la expresión de ARNm de SASH1 y cuantificación densitométrica de los niveles proteicos de SASH1 en células HTR-8/SVneo tratadas con hipoxia y transfectadas con constructos sh-NC o sh-SASH1 (sh-SASH1#1, sh-SASH1#2 y sh-SASH1#3). (D) Imágenes representativas de inmunotransferencia correspondientes a los datos densitométricos mostrados en (C). (E) Tinción TUNEL de células HTR-8/SVneo en los grupos Normal, Hipoxia + sh-NC e Hipoxia + sh-SASH1(#3). Barra de escala = 20 µm. (F) Análisis mediante ELISA de citocinas inflamatorias (IL-1β, IL-6 y TNF-α) en los grupos Normal, Hipoxia + sh-NC e Hipoxia + sh-SASH1(#3). (G) Análisis mediante qPCR de la expresión de ARNm de SASH1 y cuantificación densitométrica de los niveles proteicos de SASH1 en células HTR-8/SVneo transfectadas con constructos OE-NC u OE-SASH1. (H) Imágenes representativas de inmunotransferencia correspondientes a los datos densitométricos mostrados en (G). (I) Tinción TUNEL de células HTR-8/SVneo en los grupos Normal + OE-NC y Normal + OE-SASH1. Barra de escala = 20 µm. (J) Análisis mediante ELISA de citocinas inflamatorias (IL-1β, IL-6 y TNF-α) en los grupos Normal + OE-NC y Normal + OE-SASH1. *p < 0,05; **p < 0,01; ***p < 0,001. Los datos se presentan como media ± DE de tres réplicas biológicas independientes (n = 3). Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 6: Los P-EXO alivian la lesión trofoblástica inducida por hipoxia mediante la supresión de SASH1. (A) Análisis por inmunotransferencia de las proteínas marcadoras de P-EXO: PLAP, CD63 y TSG101, con GM130 como control negativo. (B) Análisis de la morfología de los P-EXO mediante microscopía electrónica de transmisión (TEM). Barra de escala = 1,0 µm. (C) Imágenes de microscopía láser confocal que muestran la incorporación de P-EXO marcados con PKH67 (verde) en células HTR-8/SVneo (rojo). Los núcleos fueron contrasteñados con DAPI (azul). Barra de escala = 20 µm. (D) Análisis por qPCR de la expresión de ARNm de SASH1 y cuantificación densitométrica de los niveles de la proteína SASH1 en células HTR-8/SVneo en los grupos Control y P-EXO. (E) Imágenes representativas de inmunotransferencia correspondientes a los datos densitométricos mostrados en (D). (F) Tinción TUNEL de células HTR-8/SVneo en los grupos Control y P-EXO. Barra de escala = 20 µm. (G) Análisis por ELISA de citocinas inflamatorias (IL-1β, IL-6 y TNF-α) en células HTR-8/SVneo tratadas con hipoxia en los grupos Control y P-EXO. (H) Tinción TUNEL de células HTR-8/SVneo en los grupos OE-NC + P-EXO y OE-SASH1 + P-EXO. Barra de escala = 20 µm. (I) Análisis por ELISA de citocinas inflamatorias (IL-1β, IL-6 y TNF-α) en células HTR-8/SVneo tratadas con hipoxia en los grupos OE-NC + P-EXO y OE-SASH1 + P-EXO. Abreviaturas: P-EXO = exosomas derivados de placenta; TEM = microscopía electrónica de transmisión; PLAP = fosfatasa alcalina placentaria; TSG101 = gen de susceptibilidad tumoral 101. *p < 0,05; **p < 0,01. Los datos se representan como media ± DE de tres réplicas biológicas independientes (n = 3). Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura suplementaria 1: Control de calidad de los datos de secuenciación de ARN a nivel de célula individual. (A) Gráfico de violín de los niveles de expresión génica tras el control de calidad. (B) Gráfico de características variables que muestra los genes altamente variables identificados tras el control de calidad.Haga clic aquí para descargar este archivo.
Figura suplementaria 2: Determinación de componentes principales estadísticamente significativos para la agrupación de células individuales. (A) Gráfico de puntos JackStraw utilizado para identificar componentes principales estadísticamente significativos. (B) Gráfico de puntos de codo que muestra la varianza explicada por los componentes principales.Haga clic aquí para descargar este archivo.
Tabla suplementaria 1: Secuencias diana de shRNA utilizadas para el silenciamiento de SASH1. Secuencias diana de shRNA (5′–3′) para el control negativo (sh-NC) y tres construcciones dirigidas a SASH1 (sh-SASH1#1, sh-SASH1#2 y sh-SASH1#3) utilizadas para el silenciamiento génico.Haga clic aquí para descargar este archivo.
Tabla suplementaria 2: Secuencias de cebadores utilizadas para PCR cuantitativa. Secuencias de cebadores directos e inversos (5′–3′) para SASH1 y β-actina (control interno de referencia) utilizadas en el análisis de qPCR.Haga clic aquí para descargar este archivo.