Se identificaron dos nuevas variantes candidatas en PCNT (c.5675A>G y c.9734G>T) en un niño de 7 años con retraso grave del crecimiento, retraso del desarrollo y características dismórficas. Los hallazgos son compatibles con un fenotipo atípico sospechoso de enanismo primordial relacionado con PCNT. Ambas variantes siguen clasificándose como variantes de significado incierto, a la espera de una validación adicional.
Informe de caso
Secuenciación del exoma completo identifica nuevas variantes candidatas en PCNT en un niño con características superpuestas de MOPD II: un reporte de caso
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Resumen
Resumen
Un niño chino de 7 años presentó una grave insuficiencia del crecimiento posnatal (altura <percentil 3 a los 7 años), retraso global del desarrollo, discapacidad intelectual moderada y características dismórficas típicas, incluyendo hipertelorismo, fisuras palpebrales cortas, orejas implantadas bajas y puente nasal ancho. Un único electrocardiograma mostró un intervalo QT corregido en límite de normalidad (QTc = 450 ms). No se identificaron arritmias, medicamentos que prolonguen el QT, alteraciones electrolíticas ni antecedentes familiares cardíacos relevantes. Este hallazgo requiere seguimiento longitudinal con cardiología y no debe interpretarse como síndrome de QT largo definitivo. El secuenciamiento del exoma completo identificó dos nuevas variantes de sentido erróneo en el gen PCNT (NM_006031.5): c.5675A>G (p.Glu1892Gly) en el exón 28 y c.9734G>T (p.Arg3245Ile) en el exón 45. Ambas variantes estaban ausentes en gnomAD, ExAC, la base de datos del Proyecto de los 1000 Genomas y bases de datos de la población china, cumpliendo así el criterio PM2 de la ACMG. Aunque se clasificaron como variantes de significado incierto (VUS) debido a la escasa evidencia funcional y a predicciones in silico contradictorias, las variantes ocurren en un gen asociado al enanismo primordial y se acompañan de una superposición fenotípica parcial con el enanismo primordial osteodisplásico microcefálico tipo II (MOPD II). Sin embargo, no se dispuso del análisis de segregación parental; por lo tanto, no pudo confirmarse la fase de las variantes, ni establecerse un mecanismo de enfermedad recesivo. Estos hallazgos respaldan la presencia de variantes candidatas en PCNT en un fenotipo atípico de enanismo primordial e ilustran la utilidad del secuenciamiento del exoma completo para generar hipótesis moleculares comprobables en trastornos del crecimiento genéticamente heterogéneos. Actualmente no puede establecerse un diagnóstico molecular definitivo, y el hallazgo aislado del QTc en límite requiere una evaluación clínica adicional.
Introducción
La enanismo primordial osteodisplásico microcefálico tipo II (MOPD II) es un trastorno autosómico recesivo excepcionalmente raro (prevalencia estimada <1:1.000.000) caracterizado por un fracaso severo del crecimiento intrauterino y posnatal, microcefalia progresiva, displasia esquelética y rasgos craneofaciales distintivos1,2. En 2008, se estableció la asociación molecular del MOPD II con variantes patogénicas bialélicas en el gen PCNT (pericentrina)3. A pesar de esta caracterización genética, el diagnóstico clínico sigue siendo difícil debido a la heterogeneidad fenotípica significativa, la expresividad dependiente de la edad y la superposición sustancial con otros síndromes de enanismo primordial, incluyendo el síndrome de Seckel y el síndrome de Meier-Gorlin4. Los enfoques diagnósticos convencionales que se basan únicamente en criterios clínicos a menudo producen resultados inconcluyentes, particularmente en pacientes jóvenes que aún no han desarrollado el espectro fenotípico completo5.
La secuenciación del exoma completo (WES) ha surgido como un enfoque diagnóstico valioso para trastornos genéticamente heterogéneos, ofreciendo ventajas distintas frente a la prueba secuencial de un solo gen. WES permite el análisis simultáneo de más de 20.000 genes que codifican proteínas. Este enfoque proporciona diagnósticos moleculares definitivos en aproximadamente el 25%–40% de los trastornos del crecimiento previamente sin diagnóstico, reduciendo así los retrasos diagnósticos6. A diferencia del cariotipado o del análisis con microarray cromosómico, que principalmente detectan variantes estructurales grandes, WES identifica eficazmente variantes de un solo nucleótido (SNVs) e inserciones/eliminaciones pequeñas (InDels) que podrían subyacer a trastornos monogénicos7. En casos clínicos ambiguos, WES prioriza las variantes candidatas para estudios posteriores de segregación y validación funcional, en lugar de proporcionar un diagnóstico molecular definitivo por sí solo. Este enfoque es particularmente relevante dada la amplia variedad de mutaciones del gen PCNT, que comprende numerosas variantes distribuidas a lo largo de sus 47 exones y que presenta correlaciones genotipo-fenotipo incompletas3.
Este informe de caso describe a un niño chino de 7 años en quien el WES identificó dos nuevas variantes candidatas de tipo missense en PCNT (c.5675A>G y c.9734G>T). El paciente presentaba un fracaso grave del crecimiento posnatal, retraso global del desarrollo y dismorfismo craneofacial característico, aunque notablemente no presentaba microcefalia evidente en la evaluación inicial, un rasgo que típicamente caracteriza al MOPD II clásico. Sin embargo, el MOPD II seguía siendo una consideración diagnóstica principal porque la microcefalia en los trastornos relacionados con PCNT a menudo muestra una progresión dependiente de la edad, con algunos individuos afectados que desarrollan una desaceleración significativa del crecimiento cefálico solo durante la infancia tardía o la adolescencia4. Además, la combinación de estatura muy baja, características craneofaciales típicas, discapacidad intelectual y maduración esquelética retardada se ajusta estrechamente al espectro fenotípico fundamental del enanismo primordial relacionado con PCNT. Este caso resalta la utilidad del WES para generar hipótesis moleculares comprobables en presentaciones clínicas atípicas y subraya la importancia del monitoreo fenotípico longitudinal para resolver la incertidumbre diagnóstica.
Caso clínico:
A un niño de 7 años se le derivó al Departamento de Genética del Hospital de Atención Sanitaria para Madres y Niños de Changsha en abril de 2019 debido a un retraso profundo del crecimiento y retraso global del desarrollo. Nació de padres sanos y no consanguíneos (altura del padre: 173 cm; altura de la madre: 160 cm). No había antecedentes familiares de condiciones similares ni de consanguinidad, aunque la abuela materna tenía antecedentes de diabetes mellitus.
La historia perinatal fue notable por un parto a las 38 semanas de gestación con un peso al nacer de 2,5 kg. Aunque el registro clínico inicial clasificó este peso al nacer como normal, corresponde aproximadamente al percentil 10 para la edad gestacional, lo que es consistente con un peso bajo para la edad gestacional (SGA, por sus siglas en inglés) en lugar de la restricción grave del crecimiento intrauterino típicamente observada en el MOPD II clásico. Desde la primera infancia, el paciente presentó un fracaso importante del crecimiento posnatal con una velocidad de crecimiento de solo 2–3 cm/año. A la edad de 7 años (abril de 2019), la talla era de 103,5 cm (–4,04 DE), el peso era de 16,7 kg (
Se obtuvieron radiografías de estudio esquelético, incluyendo vistas anteroposteriores de la mano izquierda y la muñeca, en abril de 2019. La interpretación radiológica realizada por un radiólogo pediátrico mediante el atlas de Greulich–Pyle mostró una edad ósea de 6 años con una edad cronológica de 7 años y 1 mes. El estudio esquelético no reveló evidencia de anomalías esqueléticas características del MOPD II, tales como displasia del cuello del fémur, ensanchamiento metafisario o edad ósea avanzada de los huesos carpianos. La resonancia magnética (RM) cerebral mostró una estructura cerebral y mielinización normales, sin malformaciones evidentes, lo que ayudó a descartar otras causas sindromáticas de fallo de crecimiento severo y retraso neuroevolutivo.
El paciente presentó retraso en los hitos motores y del lenguaje. La evaluación cognitiva formal mediante la Escala de Inteligencia para Niños de Wechsler (WISC), realizada a una edad cronológica de 7 años y 1 mes, arrojó un Coeficiente Intelectual Total (FSIQ) de 50. Según el Manual Diagnóstico y Estadístico de los Trastornos Mentales, quinta edición (DSM-5), esta puntuación es compatible con discapacidad intelectual leve a moderada (leve: 50-69; moderada: 35-49). El examen físico reveló hipertelorismo, fisuras palpebrales cortas, orejas implantadas bajas y puente nasal ancho. No se documentó microcefalia evidente en la evaluación inicial. Un electrocardiograma basal de 12 derivaciones mostró un intervalo QT corregido (QTc) límite de 450 ms (Figura 1A, B). El paciente no tenía antecedentes de síncope, palpitaciones ni arritmias documentadas. No hubo exposición a medicamentos que prolonguen el QT, las concentraciones séricas de electrolitos estaban dentro de los límites normales y los antecedentes familiares fueron negativos para muerte cardíaca súbita o arritmias hereditarias. Se recomendó repetir el electrocardiograma y una consulta formal con cardiología pediátrica.
Figura 1: Electrocardiograma (ECG) representativo obtenido del paciente durante la evaluación clínica inicial. (A) ECG estándar de 12 derivaciones registrado a una velocidad del papel de 25 mm/s y una calibración de 10 mm/mV. El trazado muestra un ritmo sinusal normal con una frecuencia cardíaca de 97 latidos/min. El intervalo PR mide 116 ms, la duración del QRS mide 78 ms y el intervalo QT corregido (QTc), calculado mediante la fórmula de Bazett, mide 450 ms. (B) Vista ampliada de las derivaciones II, V5 y V6, que resalta la morfología de la onda T y el intervalo QT. Nota: El ECG representa un único registro basal obtenido durante la evaluación clínica inicial. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
La evaluación endocrina confirmó una edad ósea retrasada. Una prueba de provocación de la hormona del crecimiento demostró una respuesta normal pico de hormona del crecimiento (12,39 ng/mL), excluyendo así la deficiencia de hormona del crecimiento como causa principal de la baja estatura. La función tiroidea fue normal (TSH: 1,76 mUI/L; T4L: 21,93 pmol/L), y la resonancia magnética de la hipófisis mostró una morfología normal (4,5 × 9,1 × 3,1 mm). Tras esta evaluación, se inició la terapia con hormona del crecimiento humana recombinante (rhGH) el 28 de julio de 2019, junto con intervenciones en el estilo de vida, que incluyeron la optimización de la ingesta dietética de proteínas y ejercicios regulares de salto (por ejemplo, saltar la cuerda) e higiene del sueño mejorada.
La secuenciación del exoma completo (WES) realizada utilizando ADN de sangre periférica identificó dos nuevas variantes de cambio de aminoácido en el gen PCNT (NM_006031.5): c.5675A>G (p.Glu1892Gly) en el exón 28 y c.9734G>T (p.Arg3245Ile) en el exón 45. Ambas variantes no estaban presentes en las principales bases de datos de población (gnomAD, ExAC, el Proyecto 1000 Genomas y la base de datos genómica china específica Shenzhou). Las herramientas de predicción in silico arrojaron resultados divergentes. La variante c.5675A>G fue predicha como perjudicial por SIFT y posiblemente dañina por PolyPhen-2 (puntuación PHRED CADD: 18,82), mientras que la variante c.9734G>T fue predicha como tolerada o benigna (puntuación CADD: 7,87). El análisis mediante CNV-seq no identificó variantes patógenas de número de copias (Figura 2). De acuerdo con las directrices de ACMG/AMP, ambas variantes se clasificaron como variantes de significado incierto (VUS). No se dispuso de muestras de ADN parentales; por lo tanto, no fue posible realizar un análisis de segregación para determinar la fase de las dos variantes.
Figura 2: Análisis por secuenciación de variantes en el número de copias (CNV-seq). Gráfico de CNV-seq a nivel del genoma generado a partir del ADN obtenido de sangre periférica del paciente. El eje x representa las coordenadas genómicas (cromosomas 1–22, X e Y), y el eje y representa la relación del log2 de la profundidad de lectura. Las líneas discontinuas horizontales indican los umbrales para ganancia en el número de copias (>0.3) y pérdida en el número de copias (<–0.3). No se identificaron aneuploidías cromosómicas ni variantes patógenas en el número de copias superiores al umbral de detección de 100 kb. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Diagnóstico, evaluación y plan:
Una evaluación clínica, radiológica, endocrina, cardíaca y genómica exhaustiva respaldó un diagnóstico de enanismo primordial sospechoso relacionado con PCNT, con características superpuestas de enanismo primordial osteodisplásico microcefálico tipo II (MOPD II). La evaluación diagnóstica incluyó mediciones antropométricas estandarizadas, una evaluación neurodesarrollista que mostró retraso global del desarrollo y discapacidad intelectual moderada, electrocardiografía basal de 12 derivaciones, un estudio óseo completo, una evaluación endocrina, resonancia magnética cerebral (RM), secuenciación de variantes en el número de copias (CNV-seq) y secuenciación del exoma completo (WES) (Figura 3). La CNV-seq descartó variantes patogénicas en el número de copias y anomalías cromosómicas grandes, mientras que la WES identificó dos variantes candidatas de tipo missense en el gen PCNT. De acuerdo con las directrices de ACMG/AMP, ambas variantes se clasificaron como variantes de significado incierto (VUS). Dado que no se dispuso de muestras de ADN parentales, no fue posible realizar un análisis de segregación para determinar si las variantes estaban presentes en trans, lo que impidió confirmar un diagnóstico molecular recesivo.
Figura 3: Resonancia magnética (RM) cerebral que muestra hallazgos intracraneales normales. (A) Imagen sagital ponderada en T1 con contraste que muestra estructuras intracraneales medianas y tronco encefálico normales, sin realce anormal. (B) Imagen coronal ponderada en T1 con contraste que muestra parénquima cerebral y región selar normales, sin evidencia de lesión ocupante de espacio intracraneal. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Tras la evaluación inicial, se inició la terapia con hormona del crecimiento humana recombinante (rhGH) el 28 de julio de 2019, junto con intervenciones en el estilo de vida, que incluyeron la optimización de la ingesta dietética de proteínas, ejercicios regulares de saltos (por ejemplo, saltar la cuerda) y una mejor higiene del sueño. Se ofreció asesoramiento genético a la familia sobre la clasificación actual de la VUS, el riesgo teórico de recurrencia asociado a un trastorno autosómico recesivo y las opciones reproductivas disponibles, incluyendo el diagnóstico prenatal y la prueba genética de preimplantación.
Dado que actualmente no existe una terapia curativa para los trastornos relacionados con PCNT, el manejo a largo plazo se centra en la vigilancia multidisciplinaria. Se recomendó realizar anualmente una angiografía por resonancia magnética (ARM) cerebral a partir de los 5 años de edad en pacientes con DMPM II debido al riesgo reconocido de complicaciones cerebrovasculares, incluyendo la enfermedad de moyamoya, de acuerdo con las recomendaciones publicadas sobre vigilancia vascular. Se recomendó repetir el electrocardiograma de 12 derivaciones y una evaluación cardiológica pediátrica formal para determinar si el intervalo QTc limítrofe era reproducible. En el momento de la evaluación no se indicó intervención farmacológica, pero se reconsideraría si apareciera un alargamiento persistente del QTc (>460 ms) o arritmias sintomáticas. También se recomendó continuar con seguimiento endocrinológico, evaluación del desarrollo, terapia del habla, terapia ocupacional y apoyo educativo individualizado. La terapia con hormona del crecimiento debe seguir evaluándose con precaución debido a su eficacia incierta y a los riesgos vasculares teóricos descritos en los trastornos relacionados con PCNT.
No se dispuso de datos de seguimiento longitudinal porque el paciente se perdió al seguimiento después de la evaluación inicial en 2019. Por consiguiente, no pudo documentarse el monitoreo endocrino posterior, incluyendo la evaluación de la eficacia de la hormona de crecimiento recombinante (rhGH) y las concentraciones de factor de crecimiento similar a la insulina 1 (IGF-1), el progreso del desarrollo, una nueva evaluación cardíaca y la asesoría genética adicional. El curso clínico a largo plazo y la respuesta al tratamiento, por lo tanto, permanecen desconocidos.
La evaluación diagnóstica se vio limitada por la indisponibilidad de muestras de ADN de los padres para el análisis de segregación y por la ausencia de estudios funcionales para determinar los efectos biológicos de las variantes de PCNT identificadas. En consecuencia, no pudo establecerse la fase de las dos variantes (cis frente a trans), no pudo confirmarse la heterocigosis compuesta y ambas variantes siguen clasificándose como variantes de significado incierto (VUS). Además, el secuenciamiento completo del exoma no puede excluir variantes patógenas localizadas en regiones intrónicas profundas o reguladoras; por lo tanto, en futuras investigaciones podría considerarse el secuenciamiento completo del genoma. Dado el riesgo reconocido de complicaciones cerebrovasculares y metabólicas asociadas con los trastornos relacionados con PCNT, la vigilancia multidisciplinaria a largo plazo sigue siendo adecuada.
Protocolo
Este estudio se llevó a cabo estrictamente de acuerdo con la Declaración de Helsinki y fue aprobado por el Comité de Ética del Hospital de Changsha para la Mujer & Atención Médica Infantil (Número de aprobación CSSFYBJYEC-SOP-005-F07V2.0). Se obtuvo el consentimiento informado por escrito de los padres del paciente para la participación en este estudio y para la publicación de los datos clínicos e imágenes asociadas. Todos los datos e imágenes del paciente presentados en este manuscrito han sido estrictamente desidentificados para proteger la privacidad del paciente. Las herramientas de investigación utilizadas en este protocolo se enumeran en el Tabla de materiales
1. Evaluación clínica inicial y caracterización fenotípica
- Las mediciones antropométricas se obtuvieron con el paciente de pie, descalzo y en posición erecta, utilizando estadiómetros digitales calibrados y balanzas electrónicas.
- La talla y el peso se representaron en las Normas Nacionales Chinas de Crecimiento de 2009 para evaluar el estado de crecimiento. La circunferencia occipitofrontal (COF) se midió con una cinta métrica inextensible y se representó en gráficas de crecimiento específicas por edad y sexo para evaluar la microcefalia, definida como una COF por debajo de –2 DE o por debajo del percentil 3rd.
- Un genetista clínico certificado realizó un examen dismórfico completo para documentar las características craneofaciales. La evaluación del neurodesarrollo se llevó a cabo utilizando la Escala de Inteligencia de Wechsler para Niños (WISC).
- Se calculó y se interpretó el Coeficiente Intelectual Total (CIT) según los criterios diagnósticos del Manual Diagnóstico y Estadístico de los Trastornos Mentales, quinta edición (DSM-5), para el trastorno del desarrollo intelectual (leve: 50–69; moderado: 35–49; grave: 20–34; profundo: <20).
2. Evaluación cardiovascular y esquelética
- Se obtuvo un electrocardiograma (ECG) estándar de 12 derivaciones utilizando una velocidad del papel de 25 mm/s y una calibración de 10 mm/mV. El intervalo QT se midió manualmente en las derivaciones II y V5, y el intervalo QT corregido (QTc) se calculó mediante la fórmula de Bazett (QTc = QT/√RR). La prolongación del QTc se definió según los valores de referencia pediátricos como >440 ms en varones.
- Se obtuvieron radiografías de estudio esquelético completo, incluyendo vistas anteroposteriores y laterales de la mano y la muñeca izquierdas. La edad ósea fue evaluada por un radiólogo pediatra utilizando el atlas de Greulich–Pyle para valorar la maduración esquelética y descartar displasia esquelética.
3. Estudio diagnóstico genético
- Se realizó una secuenciación de variantes del número de copias cromosómicas (CNV-seq) utilizando ADN de sangre periférica. Se llevó a cabo una secuenciación de genoma completo de bajo paso para evaluar aneuploidías cromosómicas y variantes patógenas del número de copias con una resolución de detección superior a 100 kb.
- Se realizó una secuenciación del exoma completo (WES) en ADN genómico extraído de leucocitos de sangre periférica utilizando un kit comercial de extracción de ADN. La captura del exoma se realizó con un kit comercial de captura del exoma, seguida de la secuenciación en una plataforma de secuenciación de nueva generación, generando lecturas apareadas de 2 × 150 pb.
- Las lecturas de secuencia se alinearon al genoma de referencia GRCh38/hg38 utilizando un algoritmo de alineamiento validado, y la identificación de variantes se realizó mediante una tubería bioinformática validada.
- Las métricas de control de calidad mostraron una profundidad media de secuenciación superior a 100×, con más del 98 % de los exones diana alcanzando al menos una cobertura de 20× y la cobertura del exón PCNT superando el 99 %.
- Se realizó una secuenciación Sanger para confirmar la presencia y la zigocidad de las variantes identificadas en PCNT en el probando. Debido al largo período transcurrido desde la evaluación clínica inicial, los cromatogramas originales de la secuenciación Sanger ya no estaban disponibles en los archivos institucionales.
- No se dispuso de muestras de ADN de los padres; por lo tanto, no fue posible realizar un análisis de segregación para determinar la fase de las variantes identificadas.
- La interpretación de las variantes se realizó según las directrices ACMG/AMP de 2015. El flujo de trabajo bioinformático incluyó la anotación de variantes, la evaluación de la frecuencia en la población mediante gnomAD (v2.1.1), ExAC y la base de datos genómica específica para la población china Shenzhou Genome Database, la predicción in silico de la patogenicidad mediante SIFT, PolyPhen-2 y CADD (v1.6), el análisis de conservación evolutiva mediante PhyloP y alineamiento multiz (UCSC Genome Browser), y la asignación de dominios proteicos mediante UniProt y la base de datos de estructuras proteicas AlphaFold.
- También se revisó la literatura publicada y la base de datos ClinVar para asignar las clasificaciones finales de las variantes.
4. Marco de diagnóstico diferencial
- Se priorizó la microcefalia osteodisplásica enano primordial tipo II (MOPD II; OMIM #210720) debido al fracaso grave del crecimiento con inicio prenatal, discapacidad intelectual y características craneofaciales típicas, a pesar de la ausencia de microcefalia evidente en la evaluación inicial (puntaje Z del PC ajustado por edad y sexo > –2 DE).
- Se consideró el síndrome de Seckel (OMIM #210600), pero se descartó debido a la ausencia de un perfil facial en forma de cabeza de pájaro y a la falta de variantes patógenas o probablemente patógenas en los genes asociados (por ejemplo, ATR y CEP152) identificadas mediante el análisis del conjunto de datos de WES.
- Se descartó el síndrome de Meier–Gorlin (OMIM #224690) porque no había ausencia o hipoplasia de la rótula, y no se identificaron variantes patógenas o probablemente patógenas en los genes del complejo pre-replicativo (por ejemplo, ORC1, ORC4, ORC6, CDC6, CDC45, GMNN y MCM5) durante el análisis del conjunto de datos de WES.
Resultados
La evaluación clínica exhaustiva y el análisis genómico identificaron un perfil molecular y fenotípico consistente con una forma sospechosa de enanismo primordial relacionado con PCNT. El secuenciamiento del exoma completo (WES) identificó dos nuevas variantes de cambio de aminoácido en el gen PCNT (NM_006031.5): c.5675A>G (p.Glu1892Gly) en el exón 28 y c.9734G>T (p.Arg3245Ile) en el exón 45. El secuenciamiento para la detección de variantes en el número de copias (CNV-seq) no identificó variantes patógenas en el número de copias ni aneuploidías cromosómicas por encima del umbral de detección de 100 kb (Figura 2).
La designación de estas variantes como «nuevas» se basa en su ausencia en importantes bases de datos poblacionales (gnomAD, ExAC, la base de datos del Proyecto de los 1000 Genomas y la base de datos genómica china específica Shenzhou), en la base de datos ClinVar, en repositorios específicos de enfermedades (por ejemplo, LOVD para PCNT) y en la literatura publicada disponible en el momento del análisis. Los análisis in silico arrojaron predicciones divergentes. La variante c.5675A>G obtuvo una puntuación PHRED-CADD de 18,82 y fue predicha como perjudicial por SIFT, mientras que la variante c.9734G>T obtuvo una puntuación CADD de 7,87 y fue predicha como tolerada o benigna. Los análisis de conservación evolutiva mediante PhyloP y alineamientos multiz realizados con el navegador del genoma UCSC demostraron patrones de conservación evolutiva distintos. El residuo Glu1892 estuvo altamente conservado en 100 especies de vertebrados (puntuación PhyloP: 4,88), mientras que el residuo Arg3245 fue estrictamente conservado dentro de los primates, pero mostró mayor variabilidad en otras líneas mamíferas. El mapeo de dominios proteicos mediante UniProt localizó ambas variantes en el dominio central en forma de varilla de hélice alfa enrollada (coiled-coil) de la pericentrina.
Clínicamente, el paciente presentó un fracaso grave del crecimiento posnatal, con una altura de 103,5 cm (–4,04 DE) en la evaluación inicial, lo que corresponde a por debajo del percentil 3º para la edad. La evaluación del neurodesarrollo mostró retraso global del desarrollo y un coeficiente intelectual total (CIT) de 50. El examen físico reveló hipertelorismo, fisuras palpebrales cortas, orejas implantadas bajas y un puente nasal ancho. La evaluación electrocardiográfica mostró un único intervalo QT corregido (QTc) en límite de normalidad de 450 ms (Figura 1A, B).
De acuerdo con las directrices de ACMG/AMP y la evidencia resumida en la Tabla 1, ambas variantes de PCNT se clasificaron como variantes de significado incierto (VUS).
| Variante | Notación HGVS | Criterios ACMG aplicados | Resumen de evidencia | Clasificación final | ||
| Variante 1 | NM_006031.5:c.5675A>G p.(Glu1892Gly) | PM2, PP3 | PM2: Ausente en bases de datos poblacionales (gnomAD, ExAC, la base de datos del Proyecto de los 1000 Genomas y la base de datos genómica china específica Shenzhou). PP3: La evidencia computacional apoyó un efecto deletéreo basado en SIFT y un puntaje PHRED-CADD de 18,82. Los análisis de conservación evolutiva mediante PhyloP y alineamientos multiz mostraron una fuerte conservación del residuo Glu1892 (puntaje PhyloP: 4,88). | VUS | ||
| Variante 2 | NM_006031.5:c.9734G>T p.(Arg3245Ile) | PM2, PP3 | PM2: Ausente en bases de datos poblacionales (gnomAD, ExAC, la base de datos del Proyecto de los 1000 Genomas y la base de datos genómica china específica Shenzhou). PP3: Los análisis computacionales proporcionaron evidencia limitada. Aunque la conservación evolutiva dentro de los primates y la evaluación estructural sugirieron un posible efecto sobre el dominio central de hélice alfa enrollada, el puntaje CADD (7,87) y las predicciones in silico no aportaron evidencia suficiente para apoyar una patogenicidad más allá de la clasificación de VUS. | VUS | ||
| Abreviaturas: ACMG, Colegio Estadounidense de Genética Médica y Genómica; CADD, Depleción por Anotación Combinada Dependiente; HGVS, Sociedad Internacional de Variación del Genoma Humano; PM2, ausente en bases de datos poblacionales; PP3, evidencia computacional; VUS, Variante de Significado Incierto. | ||||||
Tabla 1: Clasificación ACMG/AMP de las variantes PCNT identificadas. Resumen de las dos variantes de sentido erróneo en PCNT identificadas mediante secuenciación de exoma completo, que incluye la nomenclatura HGVS, los criterios ACMG/AMP aplicados, la evidencia de apoyo y la clasificación final de la variante.
Discusión
Este informe de caso describe a un niño chino de 7 años que presenta dos nuevas variantes de sentido erróneo en el gen PCNT (c.5675A>G/p.Glu1892Gly y c.9734G>T/p.Arg3245Ile) y que mostró un fracaso grave del crecimiento posnatal (altura 103,5 cm, –4,04 DE a los 7 años), retraso global del desarrollo, discapacidad intelectual (CI total = 50 en la Escala de Inteligencia de Wechsler) y dismorfismo craneofacial característico, pero carecía de varias características canónicas de la forma clásica de MOPD II. En comparación con el fenotipo diagnóstico clásico, el paciente no presentó restricción grave del crecimiento intrauterino (peso al nacer de 2,5 kg, clasificado como pequeño para la edad gestacional), displasia esquelética característica ni microcefalia evidente. La evaluación esquelética mostró una edad ósea retrasada (6 años) sin anomalías radiográficas características, y la circunferencia occipitofrontal ajustada por edad y sexo permaneció por encima del umbral diagnóstico para microcefalia (puntaje Z: –1,2) en la evaluación inicial. Además, el análisis mediante CNV-seq no identificó variantes patógenas en el número de copias ni aneuploidías cromosómicas superiores a 100 kb, lo que apoya la evaluación posterior de una etiología monogénica.
Aunque el fenotipo difiere de los criterios diagnósticos clásicos para el MOPD II, los trastornos relacionados con PCNT presentan una heterogeneidad fenotípica considerable y una expresividad dependiente de la edad. Estudios previos de cohortes han demostrado que la microcefalia y las manifestaciones esqueléticas pueden ser leves o volverse más evidentes durante la infancia tardía o la adolescencia, y algunos individuos afectados presentan principalmente un fallo grave del crecimiento posnatal y características craneofaciales típicas sin restricción clásica del crecimiento intrauterino ni displasia esquelética3,4. Por consiguiente, estos hallazgos se interpretan mejor como un fenotipo atípico, sospechoso de enanismo primordial relacionado con PCNT con características superpuestas al MOPD II, más que como un diagnóstico definitivo de MOPD II clásico.
La respuesta normal del pico de hormona de crecimiento (12,39 ng/mL), observada a pesar de la baja estatura profunda, es consistente con la comprensión actual de que el deterioro del crecimiento en las afecciones relacionadas con PCNT se asocia principalmente con anomalías en el desarrollo esquelético y la función de las placas de crecimiento, más que con deficiencia de hormonas hipofisarias. Esta observación subraya aún más la importancia de una evaluación genómica integral en pacientes con baja estatura severa y pruebas endocrinas normales.
Las predicciones divergentes in silico obtenidas para las dos variantes de PCNT ilustran las limitaciones de la evaluación computacional de la patogenicidad para variantes de sentido erróneo en proteínas grandes con múltiples dominios. La variante c.5675A>G recibió mayor respaldo computacional para patogenicidad (puntuación PHRED de CADD 18,82; SIFT perjudicial), mientras que la variante c.9734G>T se predijo consistentemente como tolerada o benigna (puntuación CADD 7,87). Estos hallazgos demuestran que la predicción computacional por sí sola es insuficiente para la clasificación de variantes, especialmente en proteínas estructurales grandes con dominios estructurales y funcionales complejos. La pericentrina, codificada por PCNT, es una proteína estructural centrosómica esencial implicada en la organización del huso mitótico, la respuesta al daño del ADN y la regulación del ciclo celular8. Estudios experimentales han demostrado además que la pérdida de pericentrina altera la asociación de los centríolos en los polos del huso, provocando una separación prematura de los centríolos y anormalidades en los centrosomas9.
Un electrocardiograma mostró un intervalo QT corregido límite de 450 ms. Este hallazgo no estuvo acompañado de síntomas, alteraciones electrolíticas, exposición a medicamentos que prolongan el QT o antecedentes familiares de arritmia hereditaria10. Aunque estudios experimentales han sugerido posibles funciones de las proteínas centrosómicas en la biología cardiovascular, incluyendo la regulación de las células musculares lisas vasculares y el control del ciclo celular en cardiomiocitos, la relevancia clínica del QTc límite observado en este paciente sigue siendo incierta11. Sería necesario repetir el electrocardiograma, realizar un monitoreo ambulatorio y una evaluación pediátrica cardiológica formal para determinar si este hallazgo es reproducible y clínicamente relevante12.
Se deben considerar varias limitaciones al interpretar este caso. Al tratarse de un informe de un solo paciente, los hallazgos no pueden establecer relaciones genotipo–fenotipo definitivas. No se dispuso de muestras de ADN de los padres, lo que impidió realizar un análisis de segregación y confirmar la configuración en trans de las dos variantes de PCNT. En consecuencia, no pudo confirmarse la heterocigosis compuesta, y ambas variantes siguen clasificándose como variantes de significado incierto (VUS). No se realizaron estudios funcionales para evaluar los efectos biológicos de estas variantes, por lo que sus consecuencias moleculares permanecen sin resolver. Aunque el WES ofrece una amplia cobertura de las regiones codificantes, no pueden descartarse variantes patógenas ubicadas en regiones intrónicas profundas o reguladoras. Además, no se dispuso de datos de seguimiento longitudinal porque el paciente se perdió en el seguimiento tras la evaluación inicial, lo que impidió evaluar la respuesta al tratamiento, los resultados del desarrollo y una nueva evaluación cardíaca.
A pesar de estas limitaciones, la identificación de variantes candidatas en los exones 28 y 45 aporta información clínica y molecular adicional al espectro en expansión de trastornos relacionados con PCNT y resalta el valor del análisis genómico integral en pacientes con retraso grave del crecimiento y retraso del desarrollo4. Estos hallazgos también respaldan un manejo multidisciplinario, que incluye vigilancia de complicaciones vasculares de acuerdo con las recomendaciones publicadas para la vigilancia vascular10 y seguimiento continuo en cardiología por el intervalo QTc límite observado. El asesoramiento genético debe comunicar claramente la clasificación actual de VUS y la incertidumbre en torno a la causalidad de la enfermedad hasta que se disponga de evidencia adicional de segregación o funcional. Los estudios futuros deberían centrarse en la caracterización funcional de estas variantes mediante fibroblastos derivados de pacientes para evaluar la localización centrosómica y los defectos del huso mitótico13, la evaluación cardíaca sistemática en cohortes más grandes de PCNT y el intercambio continuo de datos a través de repositorios como ClinVar para facilitar la clasificación futura de variantes.
Divulgaciones
Los autores no tienen nada que revelar.
Agradecimientos
Los autores agradecen al paciente y a su familia su participación en este estudio y por otorgar el consentimiento para la publicación de este informe de caso. Los autores también reconocen al equipo de genética clínica del Hospital de Atención Sanitaria Materno-Infantil de Changsha por sus contribuciones al cuidado del paciente y a la caracterización fenotípica, así como al personal de laboratorio del Centro de Genética Médica por su apoyo técnico en la secuenciación del exoma completo. Este trabajo fue financiado por la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China (número de beca 82301845) y la Fundación de Ciencias Naturales de la Provincia de Hunán (número de beca 2024JJ40187). Las entidades financiadoras no tuvieron ningún papel en el diseño del estudio, la recopilación de datos, el análisis de datos, la decisión de publicar ni en la preparación del manuscrito.
Materiales
| Nombre | Empresa | Número de catálogo | Comentarios |
|---|---|---|---|
| Electrocardiógrafo de 12 derivaciones | GE Healthcare | MAC 5500 HD (Software v2.0) | Evaluación cardíaca y medición del intervalo QT |
| Analizador Genético ABI 3730xl | Applied Biosystems | Firmware v3.0 | Validación mediante secuenciación Sanger |
| ANNOVAR | Hospital Pediátrico de Filadelfia (CHOP) | v2021-02-01 | Anotación de variantes |
| Kit BigDye Terminator v3.1 para secuenciación por ciclo | Thermo Fisher Scientific | Cat. No. 4337456 | Reacciones de secuenciación Sanger |
| BWA-MEM | Broad Institute | v0.7.17 | Alineamiento de secuencias |
| ClinVar | Centro Nacional de Información sobre Biotecnología (NCBI) | Accedido en junio de 2026 | Base de datos clínica de variantes |
| Depleción Dependiente de Anotación Combinada (CADD) | Universidad de Washington | v1.6 | Predicción in silico de patogenicidad |
| Sistema de radiografía digital (DR) | Siemens Healthineers | Ysio Max (syngo.via v4.0) | Estudio esquelético y evaluación de edad ósea |
| Predictor del Efecto de la Variante de Ensembl (VEP) | EMBL-EBI | v104 | Anotación de variantes |
| GATK HaplotypeCaller | Broad Institute | v4.2.6.1 | Detección de variantes |
| Base de datos de agregación del genoma (gnomAD) | Broad Institute | v2.1.1 / v3.1.2 | Base de datos de frecuencia poblacional |
| Genoma de referencia GRCh38/hg38 | Consortium de Referencia del Genoma | Build 38, Patch 13 | Referencia para alineamiento de secuencias |
| Kit comercial para preparación de bibliotecas de secuenciación de genoma completo de baja cobertura | Berry Genomics | Suministrado comercialmente | Preparación de bibliotecas para CNV-seq |
| Sistema de secuenciación NovaSeq 6000 | Illumina | Kit de reactivo v1.5 (300 ciclos) | Secuenciación de exoma completo |
| PolyPhen-2 | Escuela de Medicina de Harvard | v2.3.10 | Predicción in silico de patogenicidad |
| QIAamp DNA Blood Mini Kit | QIAGEN | Cat. No. 51104 | Extracción de ADN genómico |
| SIFT | Instituto J. Craig Venter | v5.2.2 | Predicción in silico de patogenicidad |
| Kit SureSelect Human All Exon V6 | Agilent Technologies | Cat. No. G9904B | Captura de exoma y preparación de bibliotecas |
Referencias
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