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Artículo de investigación
Este estudio integra farmacología de redes, acoplamiento molecular y simulación de dinámica molecular (MD) para elucidar componentes activos centrales y objetivos terapéuticos de Kongsheng Zhenzhong Dan (KSZZD) en el trastorno del espectro autista (TEA), identifica residuos clave de unión mediante escaneo de alanina y valida efectos en un modelo de rata TEA inducido por ácido valproico.
El trastorno del espectro autista (TEA) es un trastorno neurodesarrollativo complejo, y su patogénesis está estrechamente asociada con la neuroinflamación crónica. Como fórmula clásica de la medicina tradicional china (MTC), Kongsheng Zhenzhong Dan (KSZZD) se utiliza para trastornos del neurodesarrollo y de la memoria debido a sus efectos neuroprotectores reportados, pero su mecanismo molecular específico en el TEA sigue siendo incierto. Este estudio integra farmacología de redes, análisis de acoplamiento molecular y simulación de MD para dilucidar sistemáticamente los componentes activos principales y los objetivos terapéuticos candidatos de KSZZD para TEA tanto a nivel sistémico como atómico. Posteriormente, se identifican los residuos clave de unión mediante escaneo flexible de alanina y se evalúan los efectos biológicos utilizando un modelo de rata de TEA inducido por ácido valproico (VPA). El análisis de farmacología de redes reveló que la quercetina, un componente clave en la KSZZD, puede actuar en parte regulando la vía inflamatoria de señalización mediada por el TNF-α. Los resultados del acoplamiento molecular mostraron que las energías de unión de los componentes centrales de KSZZD a sus objetivos eran todas inferiores a -5,0 kcal/mol, entre las cuales la quercetina mostró la mayor afinidad de unión al TNF (-8,52 kcal/mol). La simulación de MD sugirió que la quercetina podría mantener una unión estable al bolsillo activo de TNF-α, y el escaneo de alanina identificó además GLU104 y GLN102 como residuos clave de aminoácidos para mantener la estabilidad estructural del complejo. Experimentos in vivo demostraron que la intervención con quercetina mejoró significativamente los comportamientos locomotores y exploratorios en ratas con TEA inducidas por VPA, y redujo eficazmente los niveles de expresión de TNF-α en el tejido sérico y cerebral. Estos hallazgos sugieren que la quercetina puede contribuir a los efectos predichos de KSZZD, al menos en parte, mediante la inhibición de la vía de señalización TNF-α.
El Trastorno del Espectro Autista (TEA) es un trastorno neurodesarrollativo complejo caracterizado por una comunicación social deteriorada, intereses restringidos y conductas estereotipadasrepetitivas. El mecanismo patológico del TEA es altamente complejo, implicando la interacción de variaciones genéticas, regulación epigenética y factores ambientales, lo que finalmente conduce a una plasticidad sináptica deteriorada y conectividad anormal de circuitosneuronales 2,3. La inflamación crónica en el sistema nervioso central (SNC) desempeña un papel central en la patogénesis del TEA, y las intervenciones dirigidas a la neuroinflamación han surgido como estrategias terapéuticas prometedoras.
Kongsheng Zhenzhong Dan (KSZZD), una fórmula clásica de la MTC, fue registrada por primera vez en Essential Prescriptions Worth a Thousand Gold for Emergencies. Consta de cuatro hierbas medicinales: caparazón de tortuga, Os draconis, Polygalae Radix y Acori Tatarinowii Rhizoma. La KSZZD se utiliza tradicionalmente para tonificar el corazón y el riñón, tranquilizar la mente y estabilizar el espíritu. Clínicamente, se utiliza comúnmente para tratar el retraso intelectual del desarrollo y el deterioro de la memoria4. Estudios farmacológicos modernos han sugerido que la KSZZD y sus componentes activos ejercen efectos neuroprotectores, antiinflamatorios y antioxidantes, y pueden mejorar comportamientos de aprendizaje, memoria y ansiedad en modelos de trastornosneurodesarrollativos 5. Nuestro análisis fitoquímico reveló que la quercetina y otros flavonoides son los componentes activos clave de esta fórmula, que pueden penetrar la barrera hematoencefálica y mostrar una actividad antiinflamatoriasignificativa 6. Sin embargo, el mecanismo por el cual estos componentes activos median los efectos terapéuticos de la ECS en el TEA sigue siendo poco comprendido.
Con el rápido desarrollo de la biología computacional, técnicas como la farmacología de redes, el acoplamiento molecular, la simulación de dinámica molecular y el cálculo de la química cuántica han proporcionado herramientas poderosas para esclarecer las interacciones entre los componentes activos de la medicina tradicional china y los objetivos de enfermedades a nivelatómico 7,8,9,10,11 . Al integrar fuentes de datos heterogéneas, la farmacología de redes permite la construcción de una red compleja e interactiva de "vía componente-objetivo" desde una perspectiva de biología de sistemas, identificando así preliminarmente nodos biológicos clave para la intervención de la medicina tradicional china en enfermedades.
Sobre esta base, el acoplamiento molecular puede utilizarse además para simular la correspondencia geométrica y el ajuste de energía entre componentes y proteínas objetivo, y predecir sus modos de unión y actividades potenciales. Posteriormente, se realiza una simulación de dinámica molecular (MD) para investigar la fluctuación estructural y la estabilidad de unión del complejo bajo condiciones acuosas y fisiológicas. Combinado con el escaneo de alanina, se aplica simulación de mutagénesis dirigida al sitio para localizar con precisión los residuos centrales de puntos calientes responsables de mantener la afinidad de unión y para aclarar el peso de contribución del farmacóforo a nivel de aminoácidos. Finalmente, la verificación basada en experimentos farmacológicos bien diseñados puede revelar eficazmente el mecanismo molecular subyacente a los efectos terapéuticos de los compuestos de la medicina tradicional china sobre enfermedades específicas.
Por ello, este estudio tiene como objetivo primero detectar los componentes y objetivos principales de la KSZZD en el tratamiento del TEA mediante farmacología en redes. Posteriormente, combinado con acoplamiento molecular, simulación de dinámica molecular y escaneo flexible de alanina, se identificarán los "residuos de puntos calientes" que mantienen la estabilidad compleja y se evaluará el patrón de interacción dinámica entre quercetina y TNF-α. Finalmente, los resultados computacionales serán verificados experimentalmente en un modelo de rata TEA inducido por la VPA utilizando evaluaciones del comportamiento animal, histopatología cerebral y niveles de expresión de factores inflamatorios. Este estudio pretende explorar los posibles mecanismos por los cuales los componentes derivados de KSZZD pueden afectar las vías inflamatorias relacionadas con el autismo desde una perspectiva a múltiples escalas, proporcionando una base para una investigación más profunda de las intervenciones de la medicina tradicional china en trastornos del neurodesarrollo.
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Análisis de farmacología de redes
"Autismo" se utilizó como palabra clave para buscar en la base de datos GeneCards (https://www.genecards.org/) objetivos relacionados conel autismo 12,13,14. Los objetivos recuperados de las bases de datos se fusionaron tras eliminar las entradas duplicadas. Los objetivos conocidos de componentes activos no capturados por las predicciones de la base de datos se complementaron basándose en informes de la literatura15. Los objetivos de la enfermedad y los posibles objetivos de los componentes del fármaco se estandarizaron uniformemente a símbolos génicos utilizando la base de datos de proteínas UniProt (https://www.uniprot.org/), y estos dos conjuntos de objetivos se mapearon para identificar los posibles objetivos terapéuticos de KSZZD para el autismo16.
Según la Plataforma de Datos y Análisis de Sistemas de Farmacología de Medicina Tradicional China (TCMSP, http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php), se filtraron los compuestos bioactivos potenciales en KSZZD y sus respectivos objetivos de acuerdo con los criterios de biodisponibilidad oral (OB ≥ 0,30) e índice de semejanza del fármaco (DL ≥ 0,18)17. Los identificadores SMILES de los compuestos se recuperaron de la base de datos PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/), y se empleó además la Predicción de Objetivos Suiza (http://swisstargetprediction.ch/) para explorar los posibles objetivos no incluidos en la plataforma18 de TCMSP. Posteriormente, la base de datos HERB (http://herb.ac.cn) se utilizó para el cribado suplementario conforme a la Regla de Cinco de Lipinski, con los siguientes criterios: peso molecular (MW ≤ 500 Da), coeficiente de partición octanol-agua (AlogP ≤ 5), número de donantes de enlaces hidrógeno (Hdon ≤ 5), número de aceptores de enlaces hidrógeno (Hacc ≤ 10) y número de enlaces rotativos (RBN ≤ 10). Después, se realizó el cribado objetivo utilizando la base de datos BATMAN-TCM (http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/) con los siguientes criterios: corte de puntuación (≥0,84), puntuación de drogabilidad (≥0,10) y valor P (≤0,05). Finalmente, se empleó la base de datos UniProt (https://www.uniprot.org) para convertir los nombres de los objetivos seleccionados en símbolos génicos estándar.
Los objetivos superpuestos entre los objetivos de fármacos y los objetivos de autismo se identificaron utilizando la herramienta online Draw Venn Diagram (http://bioinformatics.psb.ugent.be). Estos objetivos superpuestos se importaron a la base de datos STRING (https://string-db.org/) para construir una red de interacción proteína-proteína (PPI) 19. La especie se ajustó a Homo sapiens, y se filtraron las interacciones proteína-proteína con puntuaciones de confianza inferiores a 0,40. La red resultante fue importada al software Cytoscape 3.10.0 para análisisvisual 16, donde fármacos, compuestos y objetivos se representaban con diamantes rojos, círculos azules y triángulos verdes, respectivamente, y los pesos de las aristas reflejaban el grado de centralidad de los nodos. El plugin CytoNCA se utilizó entonces para calcular los valores de centralidad de grados, clasificar los compuestos principales e identificar los compuestos principales. El análisis de enriquecimiento bioinformático de los genes objetivo se realizó utilizando la plataformaMetascape 20, incluyendo análisis GO (proceso biológico, BP; función molecular, MF; componente celular, CC) y análisis de vías KEGG.
Acoplamiento molecular
Las proteínas receptoras relacionadas con el autismo identificadas anteriormente fueron preprocesadas antes de acoplarse reparando residuos faltantes, optimizando el estado de protonación y eliminando moléculas de agua cristalina para mantener la integridad estructural de los receptores. A partir de entonces se empleó el método de acoplamiento semi-flexible en el móduloCDOCKER 21 . Los residuos dentro de 10 Å del ligando cocristalino se definieron como el bolsillo activo, y se simuló la unión al receptor del ligando dentro de esta región.
Los resultados del acoplamiento se evaluaron utilizando la Energía de Interacción CDOCKER como índice clave, con valores de energía más bajos que indican una unión predicha más estable entre el ligando y el receptor. La fiabilidad del modo de acoplamiento se evaluó comparando la conformación de unión espacial del componente central con la del ligando cocristalino en el bolsillo activo. El complejo con la energía de enlace óptima y la interacción más fuerte fue seleccionado como conformación inicial para la posterior simulación de dinámica molecular.
Simulación de dinámica molecular
Basándose en los hallazgos del acoplamiento molecular, se realizó una simulación de dinámica molecular para explorar el mecanismo de unión entre el complejo de quercetina y el TNF-α. Este enfoque simula el movimiento molecular y las interacciones a nivel atómico y analiza los cambios dinámicos en proteínas, ligandos y el entorno circundante, proporcionando así información sobre el cambio conformacional molecular, la estabilidad de unión y la dinámica proteína-ligando. El complejo receptor-ligando fue solvenciado utilizando el modelo de agua TIP3P, con una distancia de amortiguamiento de al menos 12 Å entre el complejo y el límite del sistema para asegurar la solvatación completa y reducir los efectos del límite. La concentración iónica se estableció en 0,154 M, y se añadieron iones Na⁺ y Cl⁻ para neutralizar la carga del sistema. Para mejorar la precisión de la simulación, se adoptó el campo de fuerza proteico Amber14SB22 , que describe eficazmente las interacciones intermoleculares no enlazadas y los modos de unión, y es especialmente adecuado para estudios del complejo proteína-ligando23.
Para la minimización inicial de la energía, se ejecutó el método de descenso más pronunciado durante 5000 pasos para eliminar contactos irrazonables y conformaciones de alta energía, utilizando un umbral de convergencia de 10 kJ/mol/nm para asegurar la relajación de los parámetros del campo de fuerzas. El método del gradiente conjugado se ejecutó durante 2.000 pasos para optimizar aún más el estado termodinámico y asegurar la estabilidaddel sistema 24.
Durante la equilibración, la simulación de ensamble NVT se realizó primero a 100 ps con un paso de tiempo de 2 fs. El sistema se calentó gradualmente hasta 300 K para reducir la influencia de la estructura inicial y alcanzar el equilibrio termodinámico. El conjunto se cambió entonces a TNP y se realizó una equilibración adicional de 100 ps a una presión constante de 1 bar para estabilizar la densidad y la presión. Esta etapa se utilizó para llevar el sistema a un estado termodinámico estable antes de la simulaciónde producción 25. La simulación formal de dinámica molecular se realizó durante 20 ns, manteniendo la temperatura en 300 K, la presión de 1 bar y un paso de tiempo de 2 fs. La trayectoria se guardaba cada 10 ps. Para garantizar la estabilidad y precisión de la simulación, se monitorizaban regularmente parámetros físicos, incluyendo temperatura, presión y volumen, para confirmar que se mantenían dentro de los rangos esperados.
Escaneo flexible de alanina
Según la conformación estable obtenida mediante la simulación de dinámica molecular, se realizó un escaneo de alanina en todos los residuos de aminoácidos dentro de un radio de 3 Å de la interfaz de unión al ligando. En este procedimiento, los residuos objetivo se reemplazan sistemáticamente por alanina, truncando así la cadena lateral mientras se preserva la conformación de la cadena principal y se eliminan las interacciones específicas mediadas por ellas. El peso de contribución de cada residuo a la afinidad de unión se cuantificó calculando el cambio en la energía libre de unión entre los complejos de tipo salvaje y mutante. A diferencia de los modelos estáticos tradicionales, este estudio introdujo un mecanismo de relajación flexible de cadena lateral, permitiendo que el entorno alrededor del sitio de mutación experimente una relajación estructural y simule de forma más realista la respuesta dinámica de la interfaz de unión. Este análisis tuvo como objetivo identificar residuos de puntos calientes candidatos que mantengan una estabilidad compleja, proporcionando una huella energética para la optimización de compuestos líderes dirigidos a proteínas relacionadas con el autismo.
Experimentos con animales
Animales experimentales
Se seleccionaron ratas Sprague-Dawley (SD) sanas de grado SPF (tres machos y tres hembras, de 3 meses), nacidas y criadas en condiciones idénticas. La temperatura de la habitación se controlaba entre 18 y 22 °C, la humedad relativa se mantenía entre el 60% y el 70%, y el ciclo de luz era de 12 h: 12 h (luz: oscuro). Todas las operaciones experimentales con animales fueron aprobadas por el Comité de Ética Experimental de Animales del Primer Hospital Popular de Zunyi (Aprobación: LunShen (2025)-2-362).
Apareamiento animal, identificación del embarazo y agrupación
Todas las ratas fueron alimentadas de forma adaptativa en un entorno SPF durante una semana después de la compra. Una rata hembra y un macho eran enjaulados juntos a las 18:00 cada tarde. El examen vaginal del plug se realizó a las 8:00 de la mañana siguiente (12 horas después de la jaula). La presencia de un tapón vaginal se consideró un apareamiento exitoso, y ese mismo día se designó como día gestacional 0,5 (GD0,5). Las ratas embarazadas se alojaban individualmente en jaulas separadas. El peso corporal de las ratas embarazadas se medía y registraba diariamente. El peso corporal de las ratas embarazadas aumentó continuamente, con un aumento diario medio de 2–5 g, y el peso corporal total podía aumentar aproximadamente un 30% antes del parto. Tras aproximadamente 10 días de embarazo, se observaba una típica protuberancia asimétrica en forma de pera en el abdomen, y se podían sentir masas duras de fetos al palpar, lo que se distinguía de la circunferencia abdominal uniforme y blanda causada por la obesidad.
Establecimiento de modelos y configuración de grupos de control:
Para el grupo modelo, dos ratas embarazadas fueron seleccionadas aleatoriamente e inyectadas intraperitonealmente con solución VPA (600 mg/kg) una vez en el día gestacional 12,5 (DG12,5). La APV se administró mediante una única inyección intraperitoneal a una dosis de 600 mg/kg en el día gestacional 12,5. Este régimen fue seleccionado basándose en el trabajo fundamental de Schneider yPrzewłocki 26, quienes establecieron que la exposición a la VPA en este punto gestacional específico recapitula tanto las características neuroanatómicas como conductuales del TEA humano. Este protocolo se ha convertido desde entonces en el modelo estándar y ha sido validado de forma constante en estudios farmacológicos recientes utilizando parámetrosidénticos 27. Para el grupo de control en blanco, se seleccionó una rata embarazada e inyectó intraperitonealmente con un volumen igual de 0,9% de solución salina normal en el mismo momento. Las ratas embarazadas partieron de forma natural, y el día de nacimiento de la descendencia se registró como día postnatal 0 (PND0). Todas las ratas descendentes fueron destetadas y alojadas por separado por género en PND21.
Agrupación e intervención de la descendencia
En PND28, se seleccionaron aleatoriamente 12 crías machos de la descendencia de ratas embarazadas expuestas a VPA (6 en el grupo modelo y 6 en el grupo de intervención con quercetina), y 6 crías machos fueron seleccionadas aleatoriamente de la descendencia de ratas preñadas expuestas a suero fisiológico (6 en el grupo en blanco). Se aseguró que no hubiera diferencias significativas en el peso corporal entre los cachorros de cada grupo. Las crías nacidas de ratas embarazadas tratadas con suero fisiológico normal fueron asignadas al grupo en blanco, las nacidas de ratas embarazadas tratadas con VPA al grupo modelo, y las nacidas de ratas embarazadas tratadas con EVP al grupo de intervención con quercetina.
Se realizó intervención continua durante 4 semanas a partir de la PND28. Para el grupo de intervención con quercetina se administró intrágicamente en suspensión de quercetina a una hora fija cada día con una dosis de 100 mg/kg/día. Esta dosis se seleccionó basándose en la siguiente evidencia integrada: (i) un estudio previo de dosis variables identificó 100 mg/kg como la dosis óptima para aliviar conductas similares a la ansiedad y reducir las citocinas proinflamatorias en un modelo de rata neuroinflamatorioinducido por LPS 28; (ii) se ha demostrado que la quercetina a 50 mg/kg previene déficits de interacción social y daño cerebral oxidativo en un modelo29 de rata autista inducido por VPA prenatal; y (iii) recientemente se demostró que la quercetina oral reduce los niveles de TNF-α cerebral y mejora conductas similares al autismo en un modelo30 de rata autista inducido por ácido propiónico. En conjunto, estas validaciones independientes apoyan la selección de 100 mg/kg para asegurar un compromiso robusto de la vía inflamatoria mediada por TNF-α en el modelo postnatal de TEA inducido por VPA. Para los grupos en blanco y modelo, se administró intragásticamente cada día un volumen igual de solución salina normal CMC-Na. Todos los animales tuvieron acceso libre a comida y agua durante el periodo de intervención, y se midieron sus pesos corporales cada semana para ajustar el volumen de administración según su peso corporal.
Prueba en campo abierto
Tras 4 semanas de intervención (aproximadamente PND56), se realizó la prueba de campo abierto para evaluar la actividad espontánea y los niveles de ansiedad. La prueba de campo abierto (OFT) es un experimento conductual clásico para evaluar conductas relacionadas con la ansiedad en animales de experimentación. Los indicadores medidos fueron la capacidad de movimiento espontáneo de las ratas en un entorno abierto y el tiempo que pasan en el centro del campo abierto. El aparato OFT para ratas medía 30 cm de altura, 50 cm de largo y 50 cm de ancho en la parte inferior, con paredes interiores blancas, y estaba dividido artificialmente en 16 pequeñas rejillas, incluyendo 4 en la zona interior y 12 en la zona exterior. El lugar experimental se mantuvo en silencio para evitar estimulación sonora que pudiera afectar la precisión de los resultados experimentales. Cada rata se colocaba en el centro del fondo de la caja, y la grabación de vídeo y el tiempo se realizaban simultáneamente. El campo de visión de la cámara cubría todo el campo abierto y registraba el movimiento espontáneo de las ratas y el número de cruces entre cuadrículas. Cada prueba duraba 5 minutos, tras lo cual se detenía la grabación de vídeo. La pared interior y el fondo de la caja abierta se limpiaron con alcohol al 75% para evitar que las heces y el olor corporal que dejara un animal afectaran a los resultados de la prueba del siguiente. La operación se repitió tras reemplazar las ratas hasta que todas completaron la prueba.
Método de detección patológica
Tras la fijación con paraformaldehído al 4%, el tejido cerebral fue sometido a deshidratación por gradiente mediante un deshidratador totalmente automático: 75% etanol durante 2 horas, 85% etanol durante 1 hora, 95% durante 1 hora y etanol absoluto I-IV durante 20 minutos cada uno. Los tejidos se limpiaron con el agente limpiador I durante 25 minutos y el agente de limpieza II durante 30 minutos, seguido de la incrustación de parafina. Las secciones de un grosor de 5 μm se deceraron con la solución de dewaxing I y II durante 30 minutos cada una y se rehidrataron con etanol gradiente. Las secciones se tiñeron con hematoxilina durante 5–10 minutos, se diferenciaron con alcohol de ácido clorhídrico durante 3 segundos y se contrateñieron con agua alcalina para volverse azules. Luego se contrateñieron con eosina soluble en alcohol durante 3 minutos, se deshidrataron con etanol gradiente, se limpiaron, se cubrieron con un medio de montaje neutro y se observaron bajo el microscopio.
Detección de niveles de TNF-α en suero y tejido cerebral
Tras la última administración, se recogió sangre de la aorta abdominal de ratas y se centrifugó a 3.000 r/min a 4 °C durante 15 minutos, y se recogió el sobrenadante sérico. Mientras tanto, se diseccionaron tejidos hipocampales y corticales, y se añadió PBS preenfriado en una proporción de 1:9 para la homogeneización mecánica. El homogenado se centrifugó entonces a 12.000 r/min a 4 °C durante 20 minutos para recoger el sobrenadante. El método BCA se utilizó para la cuantificación de proteínas tisulares. Siguiendo las instrucciones del kit ELISA, se añadieron las muestras a analizar y los anticuerpos biotinilados a la microplaca en secuencia. Tras la incubación y el lavado, se añadió e incubó el complejo avidina-peroxidasa. Tras otro lavado, se añadió solución de sustrato para el desarrollo del color, la reacción terminó con solución de parada y se midió la absorbancia a 450 nm usando un lector de microplacas. Las concentraciones de TNF-α en suero (pg/mL) y tejido cerebral (pg/mg prot) se calcularon utilizando la curva estándar.
Análisis estadístico
La función RANDBETWEEN en Microsoft Excel se utilizó para aleatorizar las ratas y generar números aleatorios para la asignación de ratas. Todos los datos experimentales de este estudio se expresaron como media ± desviación estándar (DS). Antes del análisis estadístico, se realizaban primero la prueba de normalidad (prueba de Shapiro-Wilk) y la prueba de homogeneidad de varianza (prueba de Levene) sobre los datos de cada grupo. Para los datos que se ajustaban a la distribución normal y la homogeneidad de la varianza, se utilizó análisis unidireccional de la varianza (ANOVA unidireccional). Si la diferencia era estadísticamente significativa, se utilizó además el método LSD para comparaciones múltiples. Se consideró estadísticamente significativo un valor de *p < 0,05, **p < 0,01 y ***p < 0,001.
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Análisis de los resultados de un estudio de farmacología en redes sobre la enfermedad de la enfermedad (KSZZD) en el tratamiento del autismo
Un total de 15.770 objetivos relacionados con el autismo fueron recuperados de la base de datos GeneCards. Se seleccionaron objetivos con una puntuación de relevancia ≥ 4,21 como posibles objetivos para el autismo, resultando en 1014 objetivos de enfermedades. Los 827 objetivos de KSZZD se intersectaron c...
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Una cuestión crítica es por qué se seleccionó la quercetina, en lugar de otros componentes principales, para validación experimental y si puede representar los efectos holísticos de KSZZD. Esta selección se basó en las siguientes líneas de evidencia convergentes: (i) en un modelo de rata inducido por VPA prenatal, la quercetina prevenió significativamente déficits de interacción social y daño cerebraloxidativo 29; (ii) en un modelo de autismo inducido por ácido pr...
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Los autores no tienen conflictos de interés que declarar.
Esta obra forma parte de No.: Zun Shi Ke He HZ Zi (2024) No. 54. Título del proyecto: Estudio sobre el efecto terapéutico de Jiawei Kongsheng Zhenzhong Dan en el autismo basado en la vía de señalización BDNF-ERK-CREB.
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| Nombre | Empresa | Número de catálogo | Comentarios |
|---|---|---|---|
| 0.5% CMC-Na normal saline solution | Not specified in manuscript | Not specified | Vehículo utilizado para grupos en blanco/modelo y suspensión de quercetina. |
| 0.9% normal saline | Not specified in manuscript | Not specified | Vehículo para inyecciones maternas de control en blanco. |
| 4% Paraformaldehyde in PBS | Thermo Scientific Chemicals | J61899.AK | Usado para la fijación de tejido cerebral. |
| 75% alcohol | Not specified in manuscript | Not specified | Utilizado para limpiar el aparato de campo abierto entre animales. |
| Absolute ethanol | Not specified in manuscript | Not specified | Usado para la deshidratación de tejidos antes del embebido. |
| Alkaline water | Not specified in manuscript | Not specified | Utilizado para azulear secciones teñidas con hematoxilina. |
| Amber14SB protein force field | Not specified in manuscript | Not applicable | Campo de fuerza proteico utilizado para simulaciones de dinámica molecular. |
| BATMAN-TCM database | Not specified in manuscript | Not applicable | Base de datos de detección de objetivos en línea: http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/ |
| BCA Protein Assay Kit | Thermo Scientific | 23225 | Usado para la cuantificación de proteínas en homogenizados de tejido. |
| Bluing reagent | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | 7301 | Usado después de la tinción con hematoxilina para azulear núcleos. |
| CDOCKER module | Not specified in manuscript | Not applicable | Módulo de acoplamiento semi-flexible utilizado para acoplamiento molecular. |
| Clearing / dewaxing reagent | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | Clear-Rite 3, 6901 | Puede usarse para limpieza y desparafinización en flujos de trabajo de histología. |
| CytoNCA plugin | Not specified in manuscript | Not applicable | Plugin de Cytoscape utilizado para el análisis de centralidad de grado. |
| Cytoscape software | Not specified in manuscript | Version 3.10.0 | Usado para la visualización de redes y análisis de interacción proteína-proteína. |
| Discovery Studio software | Not specified in manuscript | Versions 2019 and 2021 | Usado para preprocesamiento de receptores, acoplamiento y exploración alanina. |
| Draw Venn Diagram online tool | Not specified in manuscript | Not applicable | Herramienta en línea para diagramas de Venn: http://bioinformatics.psb.ugent.be |
| Eosin-Y (alcoholic) | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | 7111 | Usado para contra-tinción citoplasmática en tinción H&E. |
| Fully automatic dehydrator | Not specified in manuscript | Not specified | Utilizado para la deshidratación gradual del tejido cerebral fijo. |
| GeneCards database | Not specified in manuscript | Not applicable | Base de datos en línea utilizada para obtener objetivos relacionados con el autismo: https://www.genecards.org/ |
| GraphPad Prism software | Not specified in manuscript | Version 9.5 | Usado para análisis estadístico y graficación. |
| Hematoxylin staining solution | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | 7211 | Usado para tinción nuclear en tinción H&E. |
| HERB database | Not specified in manuscript | Not applicable | Base de datos en línea utilizada para el cribado de compuestos complementarios: http://herb.ac.cn |
| Hydrochloric acid alcohol | Not specified in manuscript | Not specified | Utilizado para la diferenciación durante la tinción H&E. |
| Metascape platform | Not specified in manuscript | Not applicable | Plataforma en línea utilizada para el análisis de enriquecimiento GO y KEGG. |
| Microplate reader | Thermo Scientific | Multiskan FC, 51119000 | Usado para la lectura de absorbancia a 450 nm. |
| Microscope | Not specified in manuscript | Not specified | Usado para observar secciones cerebrales teñidas con H&E. |
| Microsoft Excel software | Microsoft | Not specified | Usado para aleatorizar ratas con la función RANDBETWEEN. |
| Mounting medium | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | 4111 | Usado para el montaje permanente de secciones teñidas con cubreobjetos. |
| Open field test apparatus | Not specified in manuscript | Not specified | Caja de 50 cm × 50 cm × 30 cm usada para pruebas de comportamiento. |
| Paraffin | Not specified in manuscript | Not specified | Utilizado para el embebido en parafina del tejido cerebral. |
| Phosphate-buffered saline (PBS), pH 7.4 | Gibco | 10010023 | Usado como tampón pre-enfriado para la homogeneización de tejidos. |
| PLIP interaction fingerprinting | Not specified in manuscript | Not applicable | Usado para el análisis de huellas dactilares de interacción proteína-ligando. |
| PubChem database | Not specified in manuscript | Not applicable | Base de datos en línea utilizada para obtener identificadores SMILES: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ |
| Quercetin | Not specified in manuscript | Not specified | Administrado por sonda a 100 mg/kg/día. |
| Rat TNF-α ELISA Kit | Invitrogen | ERA56RB | Apto para la detección de TNF-α en suero y homogenizado de tejido. |
| Refrigerated centrifuge | Thermo Scientific | Sorvall ST 16R, 75004383 | Usado para la centrifugación de suero y homogenizado de tejido. |
| Schrödinger Suite software | Schrödinger, LLC | Version 2024 | Usado para construir el sistema de simulación de dinámica molecular. |
| SPF-grade Sprague-Dawley rats | Not specified in manuscript | Not specified | 3 ratas machos y 3 hembras usadas para el establecimiento del modelo animal. |
| SPSS software | Not specified in manuscript | Version 25.0 | Usado para análisis estadístico. |
| SRplot platform | Not specified in manuscript | Not applicable | Plataforma en línea utilizada para visualización: https://www.bioinformatics.com.cn/ |
| STRING database | Not specified in manuscript | Version 12.0 | Usado para construir la red de interacción proteína-proteína: https://string-db.org/ |
| SwissTargetPrediction platform | Not specified in manuscript | Not applicable | Plataforma en línea utilizada para la predicción de objetivos: http://swisstargetprediction.ch/ |
| TCMSP database | Not specified in manuscript | Not applicable | Plataforma en línea utilizada para el cribado de compuestos bioactivos: http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php |
| TIP3P water model | Not specified in manuscript | Not applicable | Modelo de agua usado para la simulación de dinámica molecular. |
| UniProt protein database | Not specified in manuscript | Not applicable | Usado para estandarizar los nombres de objetivos a Símbolo Gen: https://www.uniprot.org/ |
| Valproic acid (VPA) solution | Not specified in manuscript | Not specified | Administrado intraperitonealmente a 600 mg/kg el día gestacional 12.5. |
| Video recording system/camera | Not specified in manuscript | Not specified | Usado para grabar el movimiento de las ratas durante la prueba de campo abierto. |