GSE100927 se analizó como un conjunto de datos secundarios públicamente accesible y no identificable. No se reclutaron participantes, no se recolectaron nuevas muestras humanas y no se accedió a identificadores personales directos; por lo tanto, no se requirió aprobación adicional del comité de revisión institucional ni consentimiento informado. Los experimentos con células utilizaron únicamente una línea celular de macrófagos murinos establecida y no involucraron animales vivos, tejidos animales primarios, participantes humanos ni materiales humanos primarios; por lo tanto, no era aplicable la aprobación ética institucional para seres humanos ni para animales.
Identificación de Compuestos Bioactivos y Dianas de HQT
Se accedió a las bases de datos Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP), PubMed, China National Knowledge Infrastructure (CNKI) y UniProt utilizando las versiones disponibles el 16 de julio de 2026. Scutellaria baicalensis Georgi, Paeonia lactiflora Pall., Glycyrrhiza uralensis Fisch. y Ziziphus jujuba Mill. se buscaron por separado en la base de datos TCMSP utilizando sus nombres latinos, en inglés y sus nombres medicinales chinos. Se conservaron los compuestos con una biodisponibilidad oral (OB) ≥30 % y un valor de similitud con fármacos (DL) ≥0,18. Los compuestos duplicados identificados en más de un material botánico se fusionaron utilizando el nombre del compuesto y el identificador correspondiente de TCMSP.
Se realizó una búsqueda en PubMed utilizando los términos (“Huangqin Tang” OR “Huang-Qin-Tang” OR “Huang Qin Tang”) AND (constituyente OR compuesto OR ingrediente OR fitoquímico OR diana), y en CNKI se utilizó “Huangqin Tang” AND (“constituyentes químicos” OR “ingredientes activos” OR “dianas farmacológicas”). Se revisaron artículos publicados hasta el 16 de diciembre de 2025. Solo se incluyeron compuestos o dianas cuando se hubiera informado explícitamente su asociación con HQT o con uno de sus cuatro componentes botánicos. Se excluyeron revisiones que carecieran de evidencia primaria rastreable, compuestos sin nombre especificado y dianas predichas sin apoyo experimental o de bases de datos.
Los blancos proteicos se mapearon utilizando la herramienta de mapeo de identificadores en la base de datos UniProt, restringiendo el organismo a Homo sapiens (identificador taxonómico 9606). Se conservaron los símbolos génicos humanos aprobados, mientras que se eliminaron las entradas sin mapear y duplicadas. La lista de enlaces compuesto-blanco depurada se importó al software de visualización de redes Cytoscape (versión 3.7.2), donde se construyó la red de interacción compuesto-blanco de HQT.
Identificación y análisis bioinformático de dianas asociadas con AS
Se accedió a las bases de datos GeneCards, Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), Comparative Toxicogenomics Database (CTD) y Gene Expression Omnibus (GEO) mediante las versiones disponibles el 16 de julio de 2026. Se utilizó el término «aterosclerosis» para buscar en GeneCards, OMIM y CTD. Se conservaron los genes obtenidos de GeneCards con una Puntuación de Relevancia ≥1.163, que corresponde a la puntuación mediana de todos los registros recuperados. Solo se incluyeron genes asociados directamente con AS y documentados en OMIM y CTD.
La matriz de la serie GSE100927, el archivo de anotación de muestras y el archivo de anotación de la plataforma GPL17077 se descargaron de GEO. Las 104 muestras humanas de arterias periféricas se clasificaron como AS o Control según los metadatos del fenotipo del repositorio, y ninguna muestra se excluyó en función de la ubicación arterial.
Los análisis bioinformáticos se realizaron utilizando el software estadístico R (versión 4.3.2) con el paquete limma (versión 3.58.1), el paquete ggplot2 (versión 3.4.4), el paquete ComplexHeatmap (versión 2.18.0), el paquete clusterProfiler (versión 4.10.1) y el paquete org.Hs.eg.db (versión 3.18.0). Las sondas se anotaron utilizando el archivo de anotación de la plataforma GPL17077, y se eliminaron las sondas que carecían de símbolos génicos aprobados. Las sondas múltiples que se asignaban al mismo gen se promediaron utilizando la función avereps. Se aplicó una transformación log2(x + 1) solo cuando el percentil 99 superaba 100; de lo contrario, se conservaron los valores logarítmicos proporcionados. Los microarreglos se normalizaron utilizando el método de cuantiles.
Las muestras se codificaron como «Control» y «AS», y se generó una matriz de diseño sin intercepto utilizando model.matrix(~0 + group). Los modelos lineales se ajustaron usando las funciones lmFit, makeContrasts, contrasts.fit y eBayes. Todos los genes se extrajeron mediante topTable(number = Inf, adjust.method = “BH”). Los genes diferencialmente expresados se definieron como aquellos con un cambio absoluto en el log2 de expresión mayor a 1 y un valor p nominal <0,05, mientras que los valores p ajustados por Benjamini–Hochberg se conservaron en la salida completa.
Se generaron gráficos de tipo volcán utilizando valores de cambio de expresión log2 y valores de p nominales −log₁₀. Los mapas de calor se construyeron tras la estandarización por puntuación z por filas de los genes seleccionados. Se aplicaron idénticos ajustes de preprocesamiento y visualización a todas las muestras.
Los genes obtenidos de GeneCards, OMIM, CTD y GEO se estandarizaron utilizando la base de datos UniProt. Los identificadores de genes se convirtieron a símbolos de genes aprobados en mayúsculas, y se eliminaron las entradas en blanco, sin mapear y duplicadas dentro de cada fuente de datos. Los blancos asociados con la EA por consenso se definieron como genes identificados en al menos dos de las cuatro fuentes de datos. Se utilizó la función intersect() en R para identificar los genes compartidos con el conjunto estandarizado de blancos de HQT.
Los objetivos HQT-AS superpuestos se enviaron a la base de datos STRING (versión 12.0), accedida el 16 de diciembre de 2025. El análisis se restringió a Homo sapiens, el puntaje mínimo de interacción se estableció en 0.700, se mantuvieron todos los canales de evidencia, y no se agregaron interactores de primera ni segunda capa. La tabla de interacciones se exportó e importó en Cytoscape como una red no dirigida. Se eliminaron los bucles autocerrados y las aristas duplicadas, y se calcularon los valores de centralidad de grado, intermediación y cercanía mediante el complemento CentiScaPe (versión 2.2). Los genes centrales se definieron como aquellos cuyas tres medidas de centralidad superaban las medias correspondientes de la red.
Los símbolos de genes aprobados se convirtieron en identificadores Entrez utilizando la función bitr. Se eliminaron los identificadores no mapeados y duplicados, y todos los genes mapeados con éxito en el conjunto de datos anotado se utilizaron como fondo. Se realizó un análisis de enriquecimiento de Gene Ontology para todas las ontologías utilizando enrichGO (ont = “ALL”), y se realizó un análisis de enriquecimiento de vías de la Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes utilizando enrichKEGG (organism = “hsa”). Se aplicó la corrección de Benjamini–Hochberg, y se conservaron los términos enriquecidos con un valor p ajustado <0.05.
Los scripts completos de preprocesamiento, expresión diferencial, visualización y enriquecimiento se proporcionaron como TCMSP analysis.R y Transcriptome analysis.R. Basándonos en los resultados del análisis de redes y en evidencia publicada, se identificaron la paeoniflorina (PF), la liquiritina, la baicalina, la wogonósido y el ácido glicirrícico como los constituyentes principales de HQT20. Se seleccionó la PF como compuesto representativo debido a sus funciones descritas en la regulación del metabolismo de lípidos y de la señalización de la proteína quinasa activada por AMP.
Preparación del extracto de HQT
Se combinaron S. baicalensis Georgi, P. lactiflora Pall., G. uralensis Fisch. y Z. jujuba Mill. auténticos en una proporción de peso seco de 3:2:2:3. Se añadió agua desionizada en una proporción de 1:10 (p/v) y la mezcla se sometió a reflujo durante 1 h. El extracto se filtró en caliente y el residuo se extrajo por segunda vez con agua desionizada en una proporción de 1:8 (p/v) durante 1 h, como se describió previamente19. Los filtrados se combinaron, concentraron bajo presión reducida a 60°C y se secaron al vacío hasta peso constante; el rendimiento de extracción fue del 36,34%. El extracto seco se disolvió en agua estéril a una concentración de 1 g/mL, se filtró a través de una membrana de 0,22 µm, se fraccionó, y se almacenó a −20°C hasta su uso. Las concentraciones experimentales se expresaron como microgramos de extracto seco por mililitro de medio de cultivo.
Cultivo celular, transfección y tratamiento
Los macrófagos murinos RAW264.7 se cultivaron en medio de Eagle modificado por Dulbecco con alta concentración de glucosa, suplementado con 10% de suero bovino fetal, 100 U/mL de penicilina y 100 µg/mL de estreptomicina, a 37°C en un incubador humedecido que contenía 5% de CO2. Las células se subcultivaron cuando alcanzaron aproximadamente el 80% de confluencia, y solo se utilizaron células entre los pasajes 5 y 20 posteriores al descongelamiento. La identidad de la línea celular se verificó comparándola con el certificado del repositorio, y se monitorearon rutinariamente la morfología celular, la adherencia y las características de crecimiento. Solo se utilizaron cultivos negativos para micoplasma. Se descartaron aquellos cultivos que mostraran contaminación, crecimiento anormal, vacuolización sustancial, abundantes restos celulares, desprendimiento marcado o distribución desigual de las células.
Para el silenciamiento de AMPKα1, las células se sembraron a 2 × 105 células por pocillo en 2 mL de medio de cultivo en placas de 6 pocillos y se transfirieron cuando alcanzaron una confluencia del 50 % al 60 %. Un total de 100 pmol de si-AMPKα1 o ARNip no dirigido se diluyó en 125 µL de medio con suero reducido, mientras que 5 µL de reactivo de transfección basado en lípidos se diluyeron por separado en 125 µL de medio con suero reducido. Tras una incubación de 15 min a temperatura ambiente, las dos soluciones se combinaron y se añadieron gota a gota a las células para obtener una concentración final de ARNip de 50 nM. Las secuencias de si-AMPKα1 fueron las siguientes: sentido, 5′-CCCATCTTATAGTTCAACCAT-3′, y antisentido, 5′-ATGGTTGAACTATAAGATGGG-3′. El medio de cultivo se reemplazó tras 6 h, y la incubación se continuó durante un total de 48 h antes del tratamiento con ox-LDL y PF. La reducción de AMPKα1 se confirmó mediante qRT-PCR e inmunotransferencia, y solo se incluyeron en los análisis posteriores los experimentos que mostraron una reducción significativa en comparación con el grupo de control negativo con ARNip.
El PF, la dorsomorfina y el BAY 11-7082 se prepararon en dimetilsulfóxido (DMSO), mientras que el HQT se preparó en agua estéril. La concentración final de DMSO se mantuvo en ≤0,1 % en todos los grupos de tratamiento, y el vehículo correspondiente se añadió a los grupos control.
Para la selección de concentración, las células fueron tratadas durante 24 h con PF a 0, 1, 5, 10, 20 o 40 µM o con HQT a 0, 12,5, 25, 50, 100 o 200 µg/mL. Posteriormente se evaluó la viabilidad celular y la fosforilación de AMPK. En función de estos resultados, se seleccionaron 20 µM de PF y 100 µg/mL de HQT para todos los experimentos posteriores.
Para la comparación entre PF y HQT, los grupos de tratamiento incluyeron un grupo control, un grupo con ox-LDL al 50 µg/mL, un grupo con ox-LDL más PF al 20 µM y un grupo con ox-LDL más HQT al 100 µg/mL. Todos los grupos se incubaron durante 24 h. Para la inhibición farmacológica de AMPK, el grupo con ox-LDL más PF fue pretratado con 10 µM de dorsomorphin durante 1 h antes del tratamiento conjunto de 24 h21,22.
Para la inhibición genética de AMPK, las células fueron transfectadas con si-NC o si-AMPKα1 durante 48 h y luego asignadas a los grupos Control, ox-LDL, PF, o si-AMPK más PF. Los grupos PF y si-AMPK más PF recibieron 50 µg/mL de ox-LDL junto con 20 µM de PF durante 24 h. El grupo ox-LDL recibió solo ox-LDL, mientras que el grupo Control recibió el vehículo correspondiente.
Para evaluar la participación de la señalización de NF-κB, un grupo de tratamiento adicional fue pretratado con 10 µM de BAY 11-7082 durante 1 h antes de la exposición a 50 µg/mL de ox-LDL durante 24 h23,24,25. Posteriormente, se determinó la expresión de ABCA1, el eflujo de colesterol, la acumulación de lípidos y las proporciones de macrófagos CD86⁺ y CD206⁺.
A menos que se indique lo contrario, las células se sembraron 12–16 h antes del tratamiento, y se utilizaron tres pocillos por cada grupo de tratamiento. Cada ensayo se realizó utilizando tres preparaciones celulares cultivadas independientemente en días diferentes (n = 3), excepto el cribado de viabilidad celular, que constó de cinco experimentos independientes con cinco pocillos replicados técnicamente por concentración. Los réplicas técnicas, las mediciones duplicadas y los múltiples campos microscópicos se promediaron jerárquicamente para obtener un valor único por cada experimento independiente.
Solo se utilizaron cultivos que estaban uniformemente adheridos y con una confluencia aproximada del 60% al 80%, o del 50% al 60% para experimentos de transfección, para el tratamiento. Los materiales, software y equipos esenciales se enumeran en la Tabla de materiales adjunta.
Ensayo de viabilidad celular y PCR cuantitativa en tiempo real
Las células RAW264.7 se sembraron a una densidad de 5 × 103 células por pocillo en placas de 96 pocillos y se dejaron adherir durante la noche. Las células se trataron durante 24 h con las concentraciones de PF y HQT descritas en la Sección 4. La viabilidad celular se determinó reemplazando el medio de cultivo por 100 µL de solución de trabajo del ensayo de viabilidad celular, seguido de una incubación de 2 h a 37°C en la oscuridad. La absorbancia se midió a 450 nm.
Se incluyeron pozos en blanco con solo reactivo, y sus valores de absorbancia se restaron de todas las mediciones. Se promediaron los valores de absorbancia de cinco pozos replicados técnicamente para cada concentración. La viabilidad celular se calculó como (absorbancia del grupo tratado / absorbancia del grupo control) × 100, definiéndose el control no tratado como 100%. Se realizaron cinco experimentos independientes.
Se extrajo ARN total utilizando un reactivo de extracción de ARN con fenol–guanidinio, y solo se utilizaron muestras con valores de A260/A280 entre 1,8 y 2,0. Un microgramo de ARN total se transcribió a reversa, y cada reacción de PCR cuantitativa (qPCR) de 20 µL contenía 10 µL de mezcla maestra SYBR Green 2×, 0,4 µL de cada cebador (directo e inverso) de 10 µM, 2 µL de ADNc y 7,2 µL de agua libre de nucleasas.
Se realizó una PCR cuantitativa a 95 °C durante 30 s, seguida de 40 ciclos de 95 °C durante 10 s y 60 °C durante 30 s. Posteriormente, se realizó un análisis de la curva de fusión desde 65 °C hasta 95 °C. Las secuencias de los cebadores fueron las siguientes: Prkaa1 sentido, 5′-ACCAGAAGCGGTGCCGGAAAGCTGG-3′; Prkaa1 antisentido, 5′-TGTAGTCGGTTTATGCAGCAACGAG-3′; Gapdh sentido, 5′-CGACTTCAACAGCAACTCCCACTCTTCC-3′; y Gapdh antisentido, 5′-TGGGTGGTCCAGGGTTTCTTACTCCTT-3′.
Cada muestra se analizó por triplicado técnico y se incluyeron controles sin plantilla. Se aceptaron los pares de cebadores solo cuando se observó un único pico de fusión y no se detectó amplificación en los controles sin plantilla. La expresión relativa de Prkaa1 se calculó mediante el método 2−ΔΔCt utilizando Gapdh como gen de referencia, y la expresión en el grupo si-NC se normalizó a 1.
Medición de la acumulación de lípidos, niveles de ATP y efлюjo de colesterol
Para la tinción con Oil Red O, las células RAW264.7 se sembraron a una densidad de 5 × 104 células por pocillo en 500 µL de medio de cultivo en placas de 24 pocillos. Tras el tratamiento, las células se lavaron dos veces con 500 µL de solución salina tamponada con fosfato (PBS), se fijaron con 500 µL de formalina al 10 % tamponada y neutra durante 20 min, se lavaron dos veces con PBS, se enjuagaron una vez con 500 µL de isopropanol al 60 %, y se tiñeron con 500 µL de solución de trabajo recién preparada de Oil Red O durante 15 min a temperatura ambiente. Las células teñidas se lavaron con agua destilada hasta que el fondo fuera claro. Se obtuvieron cinco campos microscópicos de cada pocillo según se describe en la Sección 8, y el área positiva para Oil Red O se calculó como el área positiva dividida por el área total del campo × 100, utilizando un umbral de color fijo. Los resultados de la tinción se aceptaron únicamente cuando las células control mostraron tinción mínima, las células tratadas con ox-LDL exhibieron gotas lipídicas intracelulares discretas y el fondo extracelular permaneció claro. Las muestras que mostraron precipitados difusos, tinción irregular o desprendimiento celular extenso fueron excluidas y se repitió el procedimiento de tinción.
Para la medición de ATP, las células se sembraron a 5 × 105 células por pocillo en 2 mL de medio de cultivo en placas de 6 pocillos. Tras el tratamiento, las células se lavaron dos veces con 1 mL de PBS frío con hielo, se lisaron con 200 µL de tampón de lisis para el ensayo de ATP y se centrifugaron a 12.000 × g durante 5 min a 4°C. Se mezcló una alícuota de 10 µL del sobrenadante con 100 µL del reactivo de detección de ATP y se midió la quimioluminiscencia. Las concentraciones de ATP se calcularon a partir de una curva patrón. Cada lisado se midió por duplicado, y se analizaron tres pocillos replicados en cada uno de tres experimentos independientes.
Para el análisis del eflujo de colesterol, las células se sembraron a 5 × 104 células por pocillo en 500 µL de medio de cultivo en placas de 24 pocillos. Tras el tratamiento, las células se cargaron con 1 µg/mL de colésterol NBD durante 24 h, se lavaron tres veces con 500 µL de PBS e incubarón durante 4 h en 500 µL de medio sin suero que contenía ya sea 10 µg/mL de apolipoproteína A-I o 50 µg/mL de lipoproteína de alta densidad. Se recogieron los sobrenadantes del cultivo y se centrifugaron a 1.000 × g durante 5 min. Las células se lavaron dos veces con PBS y se lisaron con 200 µL de tampón de lisis. La fluorescencia en los sobrenadantes y lisados se midió por duplicado a longitudes de onda de excitación y emisión de 485 y 535 nm, respectivamente. Se restaron los valores de fluorescencia obtenidos de los pocillos sin colésterol NBD, y el eflujo de colesterol se calculó como la fluorescencia del sobrenadante dividida entre la suma de la fluorescencia del sobrenadante y del lisado × 100 para cada aceptor de colesterol.
Medición de citocinas inflamatorias, potencial de membrana mitocondrial, especies reactivas de oxígeno y apoptosis
Para el ensayo de inmunoabsorción ligado a enzimas (ELISA), las células RAW264.7 se sembraron a una densidad de 5 × 105 células por pocillo en 2 mL de medio de cultivo en placas de 6 pocillos. Tras 24 h de tratamiento, se recogieron los sobrenadantes del cultivo, se centrifugaron a 1.000 × g durante 10 min a 4°C y se analizaron inmediatamente o se alícuotaron y almacenaron a −80°C hasta su análisis. Se evitó repetir ciclos de congelación-descongelación. Las concentraciones de TNF-α, IL-6 e IL-1β en ratón se midieron utilizando kits de ELISA tipo sándwich. Todos los reactivos se llevaron a temperatura ambiente antes de su uso. Se cargaron estándares, blancos y muestras por duplicado, con 100 µL por pocillo. Después de cada incubación con anticuerpo, los pocillos se lavaron cinco veces con 300 µL de tampón de lavado. La aparición del color se realizó con sustrato de tetrametilbencidina, la reacción se detuvo según las instrucciones del fabricante y se midió la absorbancia a 450 nm. Las concentraciones de citocinas se calcularon a partir de curvas estándar logísticas de cuatro parámetros y se expresaron en pg/mL. Las mediciones cuyos coeficientes de variación duplicados superaran el 15 % se repitieron, y las muestras que excedieran el rango del ensayo se diluyeron antes de un nuevo análisis.
Para el análisis del potencial de membrana mitocondrial, las células se sembraron a 5 × 104 células por pocillo en 500 µL de medio de cultivo en placas de 24 pocillos. Tras el tratamiento, las células se lavaron dos veces e incubaron con 500 µL de solución de trabajo de JC-1 durante 20 min a 37°C en la oscuridad. Luego, las células se lavaron dos veces con tampón de tinción, y se adquirieron las fluorescencias del agregado rojo y del monómero verde a partir de los mismos campos microscópicos con longitudes de onda de excitación/emisión de 525/590 nm y 490/530 nm, respectivamente. Posteriormente, se calculó la relación de fluorescencia verde-roja corregida por fondo.
Para el análisis de especies reactivas de oxígeno (ROS) intracelulares, las células se sembraron a una densidad de 5 × 104 células por pocillo en placas de 24 pocillos. Tras el tratamiento, las células se lavaron dos veces con medio libre de suero e incubaron con 10 µL de diacetato de dihidroclorofluoresceína 2′,7′-dicloro diluido en 200 µL de medio de cultivo durante 2 h a 37°C en la oscuridad. Durante la incubación, las placas se agitaron suavemente cada 5 min. Luego, las células se lavaron tres veces y se midió la fluorescencia a longitudes de onda de excitación y emisión de 488 y 525 nm, respectivamente.
Para el análisis de apoptosis, las células se sembraron a 5 × 104 células por pocillo en placas de 24 pocillos. Tras el tratamiento, las células se lavaron dos veces, se fijaron con paraformaldehído al 4% durante 20 min, se lavaron tres veces y se permeabilizaron con Triton X-100 al 0,1% en tampón salino fosfato (PBS) durante 10 min. Se añadió un volumen total de 250 µL de la mezcla de reacción de etiquetado de extremos rotos de dUTP mediante transferasa de脱oxinucleotídilos terminales (TUNEL) y las células se incubaron durante 60 min a 37°C en una cámara húmeda y oscura. Tras tres lavados, los núcleos se contratinjeron con 4′,6-diamidino-2-fenilindol (DAPI) durante 5 min. En cada experimento se incluyó un control negativo sin transferasa de脱oxinucleotídilos terminales.
El potencial de membrana mitocondrial conservado se indicó por una fluorescencia roja de JC-1 predominantemente puntiforme, mientras que la despolarización de la membrana se indicó por un aumento de la fluorescencia verde difusa. Las imágenes de ERO se aceptaron solo cuando la fluorescencia verde era intracelular y estaba libre de precipitados o saturación de señal. La tinción de apoptosis se aceptó solo cuando la fluorescencia roja era predominantemente nuclear y el control sin enzima mostraba una señal de fondo mínima.
Adquisición de imágenes y análisis cuantitativo
Se adquirieron imágenes de campo brillante y de fluorescencia mediante un microscopio invertido de fluorescencia equipado con una cámara digital y un objetivo de 20×. Se recopilaron cinco campos no superpuestos de cada pocillo, incluyendo un campo central y cuatro campos periféricos. Se excluyeron las áreas que contenían arañazos, bordes de los pocillos, láminas de células desprendidas o grandes restos antes de revelar las identidades de los tratamientos. Se desactivaron los ajustes automáticos de exposición y ganancia. La intensidad de iluminación, el tiempo de exposición, la ganancia, el objetivo y las dimensiones de la imagen se establecieron utilizando pocillos representativos de Control y de ox-LDL para asegurar que la señal de fluorescencia más intensa permaneciera sin saturar. Se mantuvieron idénticos los parámetros de adquisición de imágenes para todos los grupos de tratamiento dentro de cada experimento independiente. Se adquirieron los canales de fluorescencia roja y verde apareados sin reposicionar la platina del microscopio. Las imágenes sin ajustar se analizaron utilizando el software de análisis de imágenes ImageJ mientras el investigador permanecía cegado respecto a la asignación de tratamientos. Se restó la señal de fondo de una región libre de células y se establecieron los umbrales de imagen utilizando imágenes representativas de Control y de ox-LDL. Se aplicaron los mismos umbrales en todo el experimento. Solo se realizaron ajustes uniformes de toda la imagen para la presentación de las figuras. Los resultados de JC-1 se expresaron como la relación de fluorescencia verde a roja. Las señales de especies reactivas de oxígeno y de apoptosis se expresaron como fluorescencia media corregida por fondo y normalizada al área analizada, con el valor medio del grupo Control normalizado a 1 para los análisis relativos. Se promediaron cinco campos microscópicos para obtener un valor por cada pocillo, y se promediaron los valores de tres pocillos para generar un valor por cada experimento independiente.
Análisis de inmunotransferencia
Las células RAW264.7 se sembraron a una densidad de 5 × 105 células por pocillo en 2 mL de medio de cultivo en placas de 6 pocillos, y se preparó un lisado proteico de cada pocillo. Para la extracción de proteínas de células completas, las células se lavaron dos veces con PBS frío, se lisaron durante 30 min en hielo utilizando tampón de ensayo de inmunoprecipitación con radioinmunoensayo (RIPA) suplementado con inhibidores de proteasas y fosfatasas, y se centrifugaron a 12.000 × g durante 15 min a 4°C. Para la extracción de proteínas nucleares, las células se suspendieron en un tampón que contenía 10 mM HEPES, 10 mM KCl, 1,5 mM MgCl2, 0,5 mM ditionitritol y inhibidores de proteasas/fosfatasas, y se incubaron en hielo durante 15 min. Se añadió un detergente no iónico hasta una concentración final del 0,5%, seguido de una breve vortexación y centrifugación a 700 × g durante 5 min a 4°C. El precipitado nuclear se extrajo durante 30 min en hielo con mezclas intermitentes en un tampón que contenía 20 mM HEPES, 420 mM NaCl, 1,5 mM MgCl2, 0,2 mM EDTA, 25% de glicerol, 0,5 mM ditionitritol y inhibidores de proteasas/fosfatasas. Posteriormente, el extracto se centrifugó a 14.000 × g durante 15 min a 4°C.
Las concentraciones de proteína se determinaron utilizando el ensayo de ácido bicinconínico. Se cargaron cantidades iguales de proteína (25–30 µg) en cada pocillo, se calentaron a 95°C durante 5 min, se separaron en geles de dodecilsulfato de sodio–poliacrilamida al 8%–12% y se transfirieron a membranas de fluoruro de polivinilideno de 0,45 µm a 100 V durante 90 min bajo condiciones de refrigeración. Las membranas que contenían proteínas totales se bloquearon con leche descremada al 5%, mientras que las membranas que contenían proteínas fosforiladas se bloquearon con albúmina sérica bovina al 5% preparada en solución salina tamponada con Tris que contenía polisorbato 20 durante 1 h. Las membranas se incubaron durante la noche a 4°C con anticuerpos primarios contra AMPK, AMPK fosforilada, BAX, BCL-2, caspasa-3, ABCA1, p65, p65 fosforilada, LXRα, IκB-α, IκB-α fosforilada e histona H3 a una dilución de 1:1.000, excepto para la histona H3, que se utilizó a una dilución de 1:2.000. Los anticuerpos contra GAPDH y β-actina se utilizaron a una dilución de 1:5.000. Tras la incubación con el anticuerpo primario, las membranas se lavaron tres veces durante 10 min cada una e incubadas durante 1 h con anticuerpos secundarios de cabra anti-conejo o de cabra anti-ratón conjugados con peroxidasa de rábano picante diluidos 1:5.000. Después de lavados adicionales, las bandas proteicas se detectaron utilizando un reactivo de detección de quimioluminiscencia mejorada. Se seleccionó la exposición más corta que producía bandas no saturadas para todas las proteínas diana, y se mantuvieron idénticas la exposición y las condiciones de adquisición de imágenes para todos los grupos en la misma membrana.
Las bandas proteicas se cuantificaron mediante el software de análisis de imágenes ImageJ tras la sustracción del fondo local. La AMPK total, ABCA1, BAX, BCL-2, caspasa-3, IκB-α y la IκB-α fosforilada se normalizaron respecto a GAPDH o β-actina. Se calcularon las relaciones entre AMPK fosforilada y AMPK total, y entre p65 fosforilada y p65 total. Los niveles de LXRα, p65 y p65 fosforilada en el núcleo se normalizaron respecto a la histona H3, y el valor medio del grupo Control o si-NC dentro de cada experimento independiente se normalizó a 1. Solo se incluyeron en el análisis las transferencias que mostraron bandas definidas en los pesos moleculares esperados, bajo fondo, señales no saturadas y controles de carga comparables. Las membranas que presentaban carriles distorsionados, transferencia incompleta de proteínas, fondo excesivo o saturación de señal se reprocesaron o se excluyeron. Se realizaron tres experimentos independientes utilizando lisados proteicos preparados por separado.
Ensayo de desplazamiento térmico celular
Las células RAW264.7 se sembraron a una densidad de 3 × 106 células en 10 mL de medio de cultivo en placas de 100 mm y se incubaron durante la noche. Las células se recolectaron, lavaron dos veces con PBS frío, se lisaron durante 30 min en hielo en PBS que contenía 0,4 % de NP-40 y inhibidores de proteasa/fosfatasa, y se centrifugaron a 20 000 × g durante 20 min a 4 °C. Los lisados clarificados se ajustaron a una concentración proteica de 2 mg/mL. Volúmenes iguales de lisado clarificado se incubaron con 20 µM de PF o con 0,1 % de DMSO durante 1 h a temperatura ambiente. Cada muestra se dividió en alícuotas de 50 µL y se calentó durante 3 min a 37 °C, 41 °C, 45 °C, 49 °C, 53 °C, 57 °C, 61 °C, 65 °C, 69 °C o 73 °C. Las muestras se enfriaron inmediatamente a 4 °C durante 3 min y se centrifugaron a 20 000 × g durante 20 min a 4 °C. Se analizaron volúmenes iguales de los sobrenadantes solubles mediante inmunotransferencia para detectar AMPK y AMPK fosforilada. La señal obtenida a cada temperatura se normalizó respecto a la señal correspondiente a 37 °C, definida como 100 %. La abundancia de proteína soluble se representó en función de la temperatura, y el ensayo completo se repitió tres veces utilizando células cultivadas independientemente. Solo se incluyeron en el análisis los experimentos que mostraron una banda de referencia detectable a 37 °C, pérdida progresiva de AMPK soluble con el aumento de temperatura y ausencia de distorsión grave de las bandas o aumentos anómalos de proteína soluble a las temperaturas más altas.
Análisis de citometría de flujo
Las células RAW264.7 se sembraron a una densidad de 5 × 105 células por pocillo en 2 mL de medio de cultivo en placas de 6 pocillos. Tras el tratamiento, las células se lavaron dos veces con PBS frío con hielo y se desprendieron suavemente utilizando una espátula celular en PBS que contenía 2% de suero bovino fetal y 2 mM de EDTA. Las suspensiones celulares se centrifugaron a 400 × g durante 5 min a 4°C, se lavaron dos veces con PBS y se ajustaron a una concentración de aproximadamente 1 × 106 células por muestra. Las células se marcaron con un colorante de viabilidad fijable reactivo con aminas durante 20 min a temperatura ambiente en oscuridad. Tras el lavado, los receptores Fc se bloquearon con un anticuerpo anti-CD16/32 de ratón durante 15 min a 4°C. Se añadieron anticuerpos conjugados con fluorocromo contra CD45, CD11b, F4/80, CD86 y CD206 a razón de 5 µL por anticuerpo por cada 1 × 106 células, y las células se incubaron durante 30 min a 4°C en la oscuridad.
Después de la tinción con anticuerpos, las células se lavaron dos veces, se resuspendieron en 300 µL de tampón de tinción y se analizaron mediante citometría de flujo. Se adquirieron al menos 50.000 eventos totales y, siempre que fue posible, al menos 20.000 eventos viables CD45⁺CD11b⁺F4/80⁺ por cada muestra. Se incluyeron controles sin tinción, controles de compensación monocromáticos y controles de fluorescencia menos uno para CD86 y CD206. Se aplicó la misma matriz de compensación a todos los grupos de tratamiento dentro de cada experimento. Se excluyeron los restos celulares en función de las características de dispersión directa y lateral, y se excluyeron los dobletes utilizando el área de dispersión directa frente a la altura de dispersión directa. Se identificaron las células negativas para el colorante de viabilidad, se seleccionaron las células CD45⁺ y se definieron los macrófagos como células CD11b⁺F4/80⁺. Las células CD86⁺ y CD206⁺ se cuantificaron dentro de la puerta de macrófagos utilizando umbrales establecidos a partir de los controles correspondientes de fluorescencia menos uno. Se aplicó la misma jerarquía de selección de puertas a todas las muestras. Se preparó una suspensión de células teñidas a partir de cada uno de tres pocillos replicados, y los porcentajes obtenidos de los tres pocillos se promediaron para generar un valor por cada experimento independiente. El experimento se repitió tres veces utilizando células cultivadas independientemente.
Seguridad y eliminación de desechos
Todos los procedimientos de cultivo celular, manipulación de ox-LDL y procesamiento de materiales derivados de células se realizaron en una cabina de seguridad biológica de Clase II, de acuerdo con las prácticas de nivel de seguridad biológica 2. Durante todos los procedimientos se usaron bata de laboratorio, guantes y protección ocular. Las superficies de trabajo y el equipo se descontaminaron después de su uso. El formaldehído y el paraformaldehído se manipularon con las precauciones adecuadas debido a su toxicidad y potencial carcinogenicidad. Los fijadores, las soluciones de rojo de aceite O, las soluciones que contienen DMSO y las soluciones de tinción fluorescente se manejaron utilizando equipo de protección personal adecuado y ventilación suficiente. Los fijadores, soluciones de tinción, soluciones que contienen DMSO y medios de cultivo que contienen ox-LDL se recogieron por separado y se eliminaron como residuos químicos peligrosos de acuerdo con las regulaciones institucionales. Los medios de cultivo que contienen células, los materiales desechables contaminados y las muestras de citometría de flujo se trataron como residuos biológicos. Los residuos biológicos líquidos se desinfectaron con hipoclorito de sodio al 10 % recién preparado durante al menos 30 minutos, y los residuos biológicos sólidos se autoclavarón antes de su eliminación, de acuerdo con los procedimientos institucionales de seguridad biológica.
Análisis estadístico
Todos los análisis estadísticos se realizaron utilizando el software estadístico GraphPad Prism (versión 10.1.2). Los datos se presentan como la media ± desviación estándar. El valor de n representó el número de experimentos independientes, y no el número de pocillos técnicos replicados, mediciones del instrumento o campos microscópicos. Para todos los análisis estadísticos se utilizaron los valores promediados jerárquicamente obtenidos de cada experimento independiente, tal como se describió en las secciones anteriores. Las comparaciones entre dos grupos se realizaron utilizando una prueba t de Student no pareada de dos colas t-prueba. Las comparaciones entre tres o más grupos se realizaron mediante análisis de varianza unidireccional seguido de la prueba de comparaciones múltiples de Tukey. Todas las pruebas estadísticas fueron bilaterales, y un p valor <Se consideró estadísticamente significativo un valor de 0,05.