Name: De gran volumen (20 litros +) Filtración de muestras de agua marina costera (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-18T00:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 58 s
Description: Aprenda a filtrar grandes volúmenes de agua marina costera para recolectar biomasa microbiana entre 0,22 μm y 2,7 μm. Este método permite estudiar la diversidad microbiana en ecosistemas marinos de manera eficiente.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Nos gustaría agradecer a la Fundación Canadiense para la Innovación, el British Columbia Fondo de Desarrollo de conocimientos y el Nacional de Ciencias e Ingeniería de Investigación (NSERC) de Canadá para apoyar los estudios en curso en las regiones de bajo nivel de oxígeno de las aguas oceánicas costeras y abiertas. DAW fue apoyado por becas de NSERC, Killam y la Fundación Centro TULA financiado por la diversidad microbiana y la evolución.

<ol><li> Puesta en marcha de aparatos de filtración <ol><li> Para configurar el equipo de filtración, use pinzas para colocar un grado GF / D de filtro en la unidad de vivienda pre-filtro. Apriete ligeramente la carcasa con la mano. Como regla general, no apretar en exceso o de la unidad se fuga una vez que se inicia el bombeo. </li><li> Vuelva a colocar la tapa de la bombona con la tapa del autoclave y tubos conectados por cuidado de insertar el tubo interno en la bombona, pero sin tocarlo. Si es necesario, use pinzas para guiar el tubo en la garrafa. </li><li> Pase la tubería externa a través de la bomba peristáltica. </li><li> Colocar las unidades de vivienda prefiltro hasta el final de los dos tubos externos (es decir, 2 unidades por bombona). Apriete la conexión con los alicates. </li></ol></li><li> Filtración de agua de mar <ol><li> Para empezar a filtrar el agua de mar, a su vez en la bomba y ajustar la velocidad de flujo a 1. Reloj para asegurar que el agua se bombea en la dirección correcta. </li><li> Permita que 500 ml de agua a fluir libremente a través de la unidad de pre-filtro y en un vaso de 1 litro. </li><li> Apague la bomba y coloque un filtro Sterivex a la conexión luer macho en el extremo libre de la configuración del prefiltro. Apriete el prefiltro de la vivienda cómodamente con la mano. </li><li> Esté atento a la vivienda en el prefiltro y la conexión entre la vivienda pre-filtro y el tubo que conduce a la bombona. Si se producen fugas, apagar la bomba y aflojar y apretar la cubierta prefiltro en consecuencia. Encienda la bomba de nuevo. </li><li> Recoger el filtrado en 4 frascos L. Una vez que se llena y vacía los frascos en una bombona de limpieza. Asegúrese de anotar el volumen pasa a través de cada filtro. Recogidos filtrado pueden ser procesados, tales como la filtración de virus. </li><li> Continuar el filtrado hasta que no quede agua en el bombonas. Filtración habitual gama veces entre 4-5 h / 20 bombona L, sin embargo, esto depende de manera dramática en la cantidad de biomasa en el agua. </li><li> Una vez que la filtración se haya completado, el interruptor de la bomba y desconecte el filtro Sterivex. </li></ol></li><li> El almacenamiento de filtros <ol><li> Para almacenar los filtros, en primer lugar expulsar cualquier resto de agua con una jeringa de 30-60. </li><li> Con una pipeta, añadir 1,8 ml de solución amortiguadora de lisis del filtro, manteniendo ~ 200 ul de espacio en el filtro para la adición posterior de los reactivos. </li><li> Selle la parte inferior y superior del filtro Sterivex con un pequeño trozo de Parafilm, y la etiqueta de los filtros con la fecha y la identificación de la muestra. </li><li> Tienda de los filtros en un pre-etiquetados tubo Falcon de 50 ml a -80 ° C </li><li> Retire los filtros de la unidad de vivienda y colocarlos en un recipiente etiquetado tubos Falcon de 50 ml que contiene 2 ml de tampón de lisis. Guarde estos documentos a -80 ° C. </li></ol></li><li> Limpieza <ol><li> Para la limpieza final, coloque el tubo que estaba dentro de la bombona en un matraz que contenía 0,1 M de HCl </li><li> Dirigir la tubería que conducen al matraz 4L en la bombona original. </li><li> Encienda la bomba y correr a los 3, recogiendo el flujo a través de carreras en la bombona original. </li><li> Por último, enjuagar la tubería con agua esterilizada. </li></ol></li></ol> Los resultados representativos: El resultado final consiste en dos filtros Sterivix cada uno con la biomasa microbiana del agua de mar de aproximadamente 10 L en el rango de tamaño de 0.22μm y 2.7μm. Esto se almacena en buffer de lisis y listo para la extracción de ADN. Además, este procedimiento se acumula y concentra la biomasa superior a 2,7 micras, en los prefiltros GF / D. Esto también se almacena en buffer de lisis y listo para la extracción de ADN. Si los pasos de procesamiento adicionales se toman, el 0,22 M a través de flujo se pueden concentrar hasta recoger la fracción viral también.

Los autores no tienen nada que revelar.

Es imprescindible para limpiar los bancos y las bombas con una toalla húmeda después de cada uso para eliminar cualquier rastro persistente de agua salada que de otra manera corroer el equipo. Aunque el procedimiento es simple, el tiempo requerido puede ser extensa en función de la concentración de la biomasa o los residuos de la muestra que se filtra.

<table><tbody><tr><td>Bomba peristáltica</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tubo Tygon LFL</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Para el aparato de filtración</td></tr><tr><td>Abrazaderas para manguera</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Para el aparato de filtración</td></tr><tr><td>Adaptadores de tubería de 1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221;</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Para el aparato de filtración</td></tr><tr><td>Carcasa de prefiltro de polipropileno</td><td></td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Para el aparato de filtración</td></tr><tr><td>Conector metálico luer (extremo de manguera a luer macho con bloqueo)</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Para el aparato de filtración</td></tr><tr><td>Imanes de 2&amp;#8220;</td><td></td><td></td><td>Para el aparato de filtración</td><td></td></tr><tr><td>Tapas de garrafa de 3 vías</td><td></td><td></td><td></td><td>Para el aparato de filtración</td></tr><tr><td>Filtros GV STERIVIX de 0,22 &amp;mu;m</td><td></td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>Filtros GF/D de 47 mm de diámetro y 2,7 &amp;mu;m</td><td></td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>Tampón de lisis</td><td> Reactivo</td><td></td><td></td><td>0,75 M de sacarosa, 40 mM de EDTA, 50 mM de Tris (pH 8,3)</td></tr><tr><td>HCl al 0,1 %</td><td>Reactivo</td><td></td><td></td><td>Para enjuague posterior a la filtración</td></tr><tr><td>Agua autoclavada</td><td>Reactivo</td><td></td><td></td><td>Para enjuague posterior a la filtración</td></tr></tbody></table>

de gran volumen (20 litros +) filtración de muestras de agua marina costera

Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

El flujo de trabajo comienza con la recolección de las aguas marinas costeras de la comunidad microbiana abajo, análisis de gases en nutrientes y oligoelementos. Para este método, se recogieron muestras de la cubierta de la operación HMS John Strickland en Saanich Inlet. Este volumen de vídeo documentos de gran tamaño (≥ 20 L) de filtración de la biomasa microbiana, que oscilan entre 0.22μm y 2.7μm de diámetro, desde la columna de agua. Dos muestras de 20 litros se pueden filtrar de forma simultánea utilizando una unidad de una sola bomba equipada con cuatro cabezales rotativos. La filtración se lleva a cabo en el campo de los viajes largos, o inmediatamente después del regreso de excursiones de un día. Es importante registrar la cantidad de agua que pasa por cada unidad sterivex filtro. Para prevenir la formación de biofilm entre los viajes de muestreo, todo el equipo de filtración debe ser enjuagado con HCl diluido y agua destilada y autoclave inmediatamente después del uso. Este procedimiento durará aproximadamente cinco horas más una hora adicional para la limpieza.

Este volumen de vídeo documentos de gran tamaño (≥ 20 L) de filtración de la biomasa microbiana, que oscilan entre 0.22μm y 2.7μm de diámetro, desde la columna de agua.

De gran volumen (20 litros +) Filtración de muestras de agua marina costera

El flujo de trabajo comienza con la recolección de aguas marinas costeras para los análisis posteriores de la comunidad microbiana, nutrientes y gases traza. Para este método, ...

Hola, soy David Walsh en el laboratorio de Steven Hallam en el Departamento de Microbiología e Inmunología de la Universidad de Columbia Británica. Hoy les mostraremos un procedimiento para filtrar grandes volúmenes de agua de mar con el fin de obtener biomasa microbiana. Utilizamos este procedimiento en nuestro laboratorio para estudiar la diversidad microbiana en el ambiente marino.Así que comencemos. Para montar el aparato de filtración, use pinzas para colocar un filtro de grado GFD en la unidad del alojamiento del prefiltro. Ajuste ligeramente el alojamiento a mano.Como regla general, no apriete en exceso o la unidad presentará fugas. Una vez que comience la bomba, sustituya la tapa del garrafón por la tapa de autoclave y conecte el tubo insertando cuidadosamente el tubo interno en el coche sin tocarlo. Si es necesario, use pinzas para guiar el tubo hacia el coche.Luego, apriete la tapa, pase el tubo externo a través de la bomba peristáltica. Conecte las unidades de alojamiento del prefiltro al extremo de ambos tubos externos. Apriete la conexión con una llave inglesa para comenzar a filtrar el agua de mar.Encienda la bomba y ajuste la velocidad de flujo a un reloj para asegur

large-volume-20l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

Investigación

JoVE Journal

Biology

Biología

Este video documenta los métodos de recogida de muestras de agua marina costera y su procesamiento para diversas aplicaciones de aguas abajo como la concentración de biomasa, la purificación de ácidos nucleicos, la abundancia de células, los nutrientes y análisis de trazas de gas.

El agua de mar de muestreo y recolección

Este video documenta pequeño volumen (aproximadamente 1 L) de filtración de la biomasa microbiana de la columna de agua.

Volumen pequeño (1-3L) Filtración de muestras de agua marina costera

Aquí, presentamos un protocolo integral para evaluar la disponibilidad de nutrientes orgánicos e inorgánicos y la abundancia y estructura de las comunidades microbianas y virales en entornos marinos remotos.

Desentrañar los jugadores invisibles en el Océano - Guía de Campo a la química del agua y Microbiología Marina

Este manuscrito describe un enfoque automatizado de selección del tamaño del gel para purificar fragmentos de ADN para la secuenciación de próxima generación. La tecnología Ranger proporciona una automatización completa de todo el proceso de carga de gel de agarosa, análisis electroforético y recuperación de fragmentos de ADN específicos, lo que permite bibliotecas de secuenciación de próxima generación de alto rendimiento y alta calidad.

Automatizado Gel Tamaño Selección para mejorar la calidad de las bibliotecas de secuenciación de próxima generación Preparado a partir de muestras de agua del medio ambiente

Presentamos el VacuSIP, un método simple, no intrusivo y confiable para el muestreo puntual limpio y preciso de agua. El sistema fue desarrollado y evaluado para la recolección simultánea del agua inhalada y exhalada por alimentadores de suspensión bentónica in situ, para medir limpiamente la remoción y excreción de partículas y compuestos disueltos.

VacuSIP, un método mejorado para InEx<em&gt; In Situ</em&gt; Medición de las partículas y compuestos disueltos procesada por Alimentadores Active Suspension

Describimos un protocolo para la filtración de muestras de agua con un cartucho de filtro y la extracción de ADN ambiental (eDNA) sin tener que abrir la carcasa para quitar el filtro. Este protocolo está desarrollado para el metabarcoding del eDNA de los peces, pero también es aplicable al eDNA de otros organismos.

El uso de un cartucho de filtro para la filtración de agua Las muestras y extracción de ADN del Medio Ambiente

Plancton y partículas en suspensión juegan un papel importante en los ciclos biogeoquímicos en el mar. Aquí, nos proporcionan un método ultra limpia y bajo estrés para la colección de varios tamaños de partículas y plancton en el mar con la capacidad de manejar grandes volúmenes de agua de mar.

Un aparato de múltiples capas ultra limpio para recoger plancton marino tamaño fraccionado y partículas en suspensión

Este protocolo es para la determinación de lípidos en agua de mar y especímenes biológicos. Los lípidos en los filtrados se extraen con cloroformo o mezclas de cloroformo y metanol en el caso de los sólidos. Las clases de lípidos se miden mediante cromatografía de capa delgada de varilla con detección de ionización de llama y su suma da el contenido total de lípidos.

Determinación de clases totales de lípidos y lípidos en muestras marinas

Aquí, presentamos un protocolo novedoso para recuperar eDNA marino a través de la recolección y filtración de muestras de agua de mar de transbordadores operativos y otros buques comerciales.

El laboratorio flotante: procedimiento operativo estándar para recolectar y filtrar muestras de agua de mar de transbordadores operativos para análisis de ADN ambiental

Aquí, describimos métodos de muestreo de las zonas eufóticas de los ecosistemas marinos y de agua dulce para aislar cianofagos (y sus huéspedes) y procesos posteriores al muestreo que enriquecen genotipos individuales y caracterizan la dinámica de interacción virus-huésped.

Muestreo ambiental de microbios fotosintéticos y sus virus: del campo al laboratorio

Este protocolo describe un flujo de trabajo estandarizado para la recogida de muestras de ADN ambiental (eADN) de cetáceos de embarcaciones de avistamiento de ballenas. Se prioriza la viabilidad para investigadores y científicos ciudadanos formados, mientras que las condiciones ambientales, el tiempo de filtración, la turbidez y la logística a bordo definen los límites prácticos de su aplicación.

Muestreo ambiental de ADN en buques de avistamiento de ballenas para el monitoreo de cetáceos

Aprenda a filtrar grandes volúmenes de agua marina costera para recolectar biomasa microbiana entre 0,22 μm y 2,7 μm. Este método permite estudiar la diversidad microbiana en ecosistemas marinos de manera eficiente.

De gran volumen (20 litros +) Filtración de muestras de agua marina costera

Explorar más videos