Reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa para enumerar bacteriófagos

0 vistas3:25 min • July 8th, 2025

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Para enumerar bacteriófagos mediante reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa, qPCR, obtenga un cóctel de reacción qPCR que contenga ADN polimerasa Taq, cebadores, trifosfatos de desoxinucleótidos (dNTP) y moléculas de colorante reportero fluorescente en un tampón optimizado. Transfiera a los pocillos de una placa de qPCR.

Agregue bacteriófagos tratados térmicamente. El tratamiento térmico libera ADN de bacteriófagos de partículas de bacteriófagos. Selle la placa, evitando la evaporación de la mezcla. Cargue la placa en el sistema qPCR, estableciendo las condiciones de ciclo adecuadas.

El calentamiento a altas temperaturas desnaturaliza el ADN bicatenario en hebras simples. También activa la ADN polimerasa Taq. El recocido hace que los cebadores específicos de secuencia se unan a las cadenas de ADN de bacteriófagos complementarios. La extensión permite que la ADN polimerasa Taq activada agregue dNTP al extremo 3 'del cebador, extendiendo la hebra de ADN en crecimiento en la dirección 5' a 3'.

Las moléculas de tinte se intercalan en el ADN bicatenario recién sintetizado, lo que provoca un aumento de la intensidad de la fluorescencia. Cada ciclo de PCR duplica la cantidad de ADN objetivo, aumentando la intensidad de la fluorescencia.

Determine el valor del ciclo umbral, Ct, en el que la fluorescencia medida excede el nivel de fondo.

El valor de Ct está inversamente relacionado con la cantidad inicial de ADN, con cada genoma de bacteriófago equivalente a una partícula de bacteriófago, lo que facilita la cuantificación de bacteriófagos a partir de la curva estándar de ADN de bacteriófagos.

Después de la amplificación, realice un análisis de la curva de fusión, aumentando gradualmente la temperatura de reacción. A una temperatura de fusión específica, la mitad del ADN se separa en hebras simples, liberando moléculas de tinte y causando una disminución repentina de la fluorescencia.

Una temperatura de fusión distinta, única para el producto qPCR, valida la especificidad del producto.

Prepare la premezcla de qPCR para 10 muestras de fagos biopanizados de concentración desconocida y 7 muestras de concentraciones estándar por triplicado, lo que da como resultado una premezcla para 51 muestras que contienen 255 microlitros de mezcla maestra de qPCR, 51 microlitros de cebadores y 102 microlitros de agua.

Alícuotas de 8 microlitros de la mezcla de PCR preparada en 51 pocillos de una placa de qPCR de 96 pocillos. A continuación, agregue dos microlitros de muestras de fagos T7 tratadas térmicamente a cada uno de estos pocillos, dispensándolos debajo de la superficie de la premezcla de qPCR. Con una película adhesiva, selle la placa.

Envuelva la placa en papel de aluminio para minimizar el fotoblanqueo por fluorescencia y luego, proceda a ejecutar la placa en el equipo de qPCR. Configure las condiciones de ciclo y la configuración de la curva de fusión como se describe en el protocolo de texto.

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Última actualización: 15 agosto 2026