Name: Una plataforma integrada para la asignación de todo el genoma de cromatina Estados mediante secuenciación del ChIP de alto rendimiento en los tejidos del Tumor (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-04-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 41 s
Description: Aprende a identificar patrones de estados cromatínicos en tejidos tumorales mediante ChIP-seq de alto rendimiento. Este protocolo optimizado permite procesar múltiples modificaciones de histonas simultáneamente para investigar la epigenética del cáncer.

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Agradecemos a Marcus Coyle, Curtis Gumbs, núcleo de SMF en el MDACC para apoyo de la secuencia. El trabajo descrito en este artículo fue apoyado por subvenciones de la subvención del NIH (CA016672) a base de SMF y NCI premios (1K99CA160578 y R00CA160578) para K. R.

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Autores no declaran conflictos.

Este protocolo describe un módulo de ChIP-seq alto rendimiento completo e integral para la asignación de todo el genoma de Estados de cromatina en líneas celulares y tejidos del tumor humano. En cualquier protocolo de ChIP-seq, uno de los pasos más importantes es la especificidad del anticuerpo. Aquí, este método ilustra las condiciones de la inmunoprecipitación de las describe seis modificaciones de las histonas, las cuales son de ChIP-grado y han sido previamente validadas en nuestro y otros laboratorios<sup class="xre...

La mayoría de los genomas mamíferos (98-99%) se compone de secuencia codifica, y estas regiones nocoding contienen elementos reguladores que participan en el control de la expresión génica y cromatina organización1,2. En una célula normal, el conjunto específico de la DNA genomic en estructura de la cromatina compactada es crítico para la organización espacial, la regulación y sincronización precisa de diversos procesos asociados de ADN3,4,5. En una célula cancerosa sin embargo, modificaciones de la cromatina por mecanismos epigenéticos aberrantes pueden llevar a la inadecuada organización de la estructura de la cromatina, incluido el acceso a elementos reguladores, sistemas de bucles cromosómicos y gene expresión patrones6, 7,8,9,10.
A pesar de los avances recientes, hemos limitado entendimiento de las alteraciones epigenéticas que se asocian a progresión del tumor o la respuesta terapéutica. El epigenoma consiste en una serie de modificaciones, incluyendo marcas de histonas y la metilación del ADN, que forman colectivamente un estado dinámico (denominado estado de cromatina) que inmiscuye en redes de expresión de genes y otros procesos críticos para el mantenimiento de identidad celular. Recientemente, alteraciones en potenciadores se han demostrado en múltiples neoplasias malignas mediante el estudio de perfiles de H3K27Ac11. Aunque tales estudios proporcionan la penetración en la correlación de las marcas epigenéticas aisladas, más de 100 modificaciones epigenéticas han sido identificados12,13 sin el claro entendimiento de sus papeles biológicos y interdependencia. Además, hay un número aún mayor de posibles patrones combinatorios de estas histonas y ADN modificaciones y es estos patrones combinatorios - modificaciones no individuales - que dictan Estados epigenéticos14. Por lo tanto, hay una tremenda necesidad de identificar alteraciones en estos Estados de cromatina durante la progresión del cáncer o la respuesta a la terapia. Amplio conocimiento de las alteraciones del epigenoma en cánceres ha sido rezagadas en parte debido a la técnica (por ejemplo, generación de datos a gran escala de pequeña cantidad de células solo material clínicas) y analíticos (por ejemplo, algoritmos para definir problemas de combinatoria de Estados). Por lo tanto, hay una necesidad crítica de métodos robustos de alto rendimiento para perfiles de gran número de marcas de modificación de las histonas de material clínico y fácil de implementar enfoques computacionales para predecir patrones combinatorios que facilitará determinación de Estados epigenéticos asociados a diferentes etapas de la tumorigénesis y resistencia a la terapéutica. Además, datos recientes epigenoma perfilado estudios15,16,17,18,19,20,21, 22,23 en tejidos normales y líneas celulares puede ser integrado con los perfiles de la cromatina de tumores para mayores revelaciones en el epigenoma contribución a la biología del tumor.
Cromatina de perfiles se ha convertido en una poderosa herramienta para la identificación de los patrones de enlace global de diferentes modificaciones de la cromatina15,24. En los últimos años, ChIP-seq se ha convertido en el "gold standard" para el estudio de las interacciones DNA-proteína en una escala global25,26,27. Para cualquier experimento de ChIP-seq, son pasos críticos necesarios para su éxito, incluyendo la disociación y el procesamiento de tejido, determinar condiciones óptimas de sonicación, determinar la concentración óptima del anticuerpo para precipitación, preparación de la biblioteca, la secuencia de procesamiento de datos y posteriores análisis. Cada uno de estos pasos contienen puntos clave de control de calidad y en conjunto, son crucial para correctamente identificar posibles objetivos para la validación funcional. A través de la innovación en estos pasos, varios estudios anteriores han desarrollado metodologías para realizar el ChIP o ChIP-Seq de pequeña cantidad de tejidos28,29,30,31,32 . Además, algunos estudios han sugerido protocolos para experimentos de ChIP de alto rendimiento seguidos de PCR basado en la cuantificación de33,34. Finalmente, algunas plataformas de análisis disponible públicamente para ChIP-Seq datos ahora están disponibles como Easeq35 y36de la galaxia. Sin embargo, ha faltado una plataforma integrada para realizar ChIP-Seq en un modo de alto rendimiento en combinación con una tubería computacional para realizar la sola marca así como el análisis del estado de cromatina.
Este protocolo describe un flujo completo e integral de ChIP-seq para el mapeo del genoma de Estados de la cromatina en los tejidos del tumor y líneas celulares, con fácil seguir las pautas que abarca todos los pasos necesarios para un exitoso experimento. Mediante la adopción de un método de alto rendimiento previamente descrito por Blecher-Gonen et al. 37, este protocolo puede realizarse en decenas de muestras en paralelo y se ha aplicado con éxito en líneas celulares de cáncer y tumores humanos como melanoma, colon, próstata y multiforme del glioblastoma. Se demuestra la metodología de seis modificaciones de las histonas del core que representan componentes claves del paisaje regulación epigenético en líneas celulares de melanoma humano y muestras tumorales. Estas modificaciones incluyen H3K27ac (potenciadores), H3K4me1 (potenciadores activos y listos), H3K4me3 (promotores), H3K79me2 (transcrito regiones), H3K27me3 (polycomb represión) y H3K9me3 (heterochromatic represión). Estas marcas pueden utilizarse solo o en combinación para identificar Estados de cromatina funcionalmente distintas que representan ámbitos represivos y activadas.

<table><tbody><tr><td>Anticuerpo H3K4me1 de grado ChIP</td><td>Abcam</td><td>ab8895</td><td></td></tr><tr><td>Anticuerpo H3K27ac de grado ChIP</td><td>Abcam</td><td>ab4729</td><td></td></tr><tr><td>Anticuerpo H3K4me3 de grado ChIP</td><td>Abcam</td><td>ab8580</td><td></td></tr><tr><td>Anticuerpo H3K79me2 de grado ChIP</td><td>Abcam</td><td>ab3594</td><td></td></tr><tr><td>Anticuerpo H3K27me3 de grado ChIP</td><td>Abcam</td><td>ab6002</td><td></td></tr><tr><td>H3K9me3 de grado ChIP anticuerpo</td><td>Abcam</td><td>ab8898</td><td></td></tr><tr><td>1M Tris HCl, pH 8.0</td><td>Teknova</td><td>T1080</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E9884</td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S7653</td><td></td></tr><tr><td>Glycine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G8898</td><td></td></tr><tr><td>Desoxicolato de sodio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>30970</td><td></td></tr><tr><td>DPBS</td><td>Sigma - Vida Ciencias</td><td>D8537-500ML</td><td></td></tr><tr><td>SDS</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>74255</td><td></td></tr><tr><td>Triton-X</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>X100-100ML</td><td></td></tr><tr><td>LiCl</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>746460</td><td></td></tr><tr><td>NP-40</td><td>Calbiochem</td><td>492016-100ML</td><td></td></tr><tr><td>1% TWEEN-20</td><td>Fisher Bioreactivos</td><td>BP337-500</td><td></td></tr><tr><td>BSA - Sigma libre de IgG</td><td>- Vida Ciencias</td><td>A2058-5G</td><td></td></tr><tr><td>HBSS</td><td>Gibo</td><td>14025092</td><td></td></tr><tr><td>GentleMACS Tubo C</td><td>GentleMACS</td><td>120-008-466</td><td>tubo de disociación</td></tr><tr><td>16% Formaldehído</td><td>Peierce</td><td>28906</td><td></td></tr><tr><td>miniInhibidor de proteasa&nbsp;</td><td>Roche Diagnostics</td><td>11836153001</td><td>comprimidos inhibidores de la proteasa</td></tr><tr><td>Dynabeads Protein G&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>10009D</td><td></td></tr><tr><td>Bioruptor Tubos NGS 0,65 mL</td><td>Tubos de sonicación</td><td>Diagenode</td><td>C30010011</td></tr><tr><td>DynaMag - 96 Faldón lateral</td><td>Invitrogen</td><td>120.27</td><td>Soporte magnético de 96 pocillos</td></tr><tr><td>Tampón TE</td><td>Promega</td><td>V6231</td><td></td></tr><tr><td>RNasa A</td><td>Invitrogen</td><td>12091021</td><td></td></tr><tr><td>Proteinasa K</td><td>Invitrogen</td><td>100005393</td><td></td></tr><tr><td>Perlas AMPure XP</td><td>Beckman Coulter</td><td>A63882</td><td>perlas paramagnéticas</td></tr><tr><td>Etanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023</td><td></td></tr><tr><td>Qubit ds Kit de ensayo de ADN de alta sensibilidad</td><td>Invitrogen</td><td>Q32854</td><td>reactivos de ADN de alta sensibilidad</td></tr><tr><td>NEBNext Ultra II Kit de preparación de bibliotecas de ADN</td><td>New England BioLabs</td><td>E7645L</td><td>Kit de preparación de bibliotecas</td></tr><tr><td>de ADN Agua</td> <td>sin nucleasasAmbion</td><td>AM9932</td><td></td></tr><tr><td>Alta sensibilidad D1000 ScreenTape</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-5584</td><td>reactivos de ADN de alta</td></tr><tr><td>sensibilidad Reactivos D1000 de alta sensibilidad</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-5585</td><td>reactivos de ADN de alta sensibilidad</td></tr><tr><td>Multiplex Oligos (Index primers- Set 1)</td><td>New England BioLabs</td><td>E7335L</td><td>Multiplex Oligos&nbsp;</td></tr><tr><td>Multiplex Oligos (Index primers- Set 2)</td><td>New England BioLabs</td><td>E7500L</td><td>Multiplex Oligos&nbsp;</td></tr><tr><td>TapeStation 4200</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2991AA</td><td>instrumento de electroferograma de ADN de alta sensibilidad</td></tr><tr><td>Bioruptor Pico dispositivo de sonicación&nbsp;</td><td>Diagenode</td><td>B01060001</td><td>baño de agua disuputor</td></tr><tr><td>Mezclador</td><td>Nutator</td><td>421105</td><td></td></tr><tr><td>Bio-Rad C1000 Touch Termociclador</td><td>Bio-Rad</td><td>1851196</td><td>PCR Termociclador</td></tr><tr><td>Baño de agua</td><td>Fisher Scientific</td><td>2322</td><td></td></tr><tr><td>Pipeta multicanal</td><td>Denville</td><td>1003123</td><td></td></tr><tr><td>tubo Revólver</td><td>Thermo-Scientific</td><td></td><td></td>88881001</tr><tr><td>Placa con faldón de 96 pocillos</td><td>Eppendorf</td><td>47744-110</td><td></td></tr><tr><td>Allegra X-12R Centrífuga&nbsp;</td><td>Centrífuga de sobremesa</td> <td>Beckman Coulter</td><td>A99464</td></tr><tr><td>Centrífuga 5424</td><td>Centrífuga de sobremesa</td><td>Eppendorf</td><td>22620461</td></tr><tr><td>Tiras de tubo óptico (8x Strip)</td><td>Agilent Technologies</td><td>401428</td><td></td></tr><tr><td>Tapas de tiras de tubo óptico (8x strip)</td><td>Agilent Technologies</td><td>401425</td><td></td></tr><tr><td>Puntas de carga, 10 unidades</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-5599</td><td></td></tr><tr><td>Vórtice IKA MS3 Vórtice</td><td>IKA</td><td>3617000</td><td></td></tr></tbody></table>

una plataforma integrada para la asignación de todo el genoma de cromatina estados mediante secuenciación del chip de alto rendimiento en los tejidos del tumor

An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues

Modificaciones de las histonas constituyen un componente importante del epigenoma y desempeñan importantes funciones reguladoras para determinar el estado transcripcional de loci asociados. Además, la presencia de modificaciones específicas se ha utilizado para determinar la posición y elementos funcionales no codificante de identidad como potenciadores. En los últimos años, seguida por la secuencia de generación siguiente (ChIP-seq) de inmunoprecipitación de cromatina se ha convertido en una poderosa herramienta en la determinación de los perfiles de genoma de modificaciones de las histonas individuales. Sin embargo, se ha vuelto cada vez más claro que los patrones combinatorios de modificaciones de la cromatina, denominados Estados de cromatina, determinan la identidad y la naturaleza del locus genómico asociado. Por lo tanto, los flujos de trabajo de sólidas metodologías de (HT) de alto rendimiento para perfilar una serie de marcas de modificación de las histonas, así como tuberías de análisis computacional capaces de manejar miríadas de ChIP-Seq perfiles conjuntos de datos, son necesarios para determinación integral de epigenómica Estados en gran número de muestras. Flujo de trabajo de la HT-ChIP-Seq presentada consta de dos módulos: 1) un protocolo experimental para perfilar varias modificaciones de la histona de pequeñas cantidades de muestras tumorales y líneas celulares en un formato de 96 pozos; y 2) una tubería de análisis computacional de datos que combina las herramientas existentes para calcular combinatoria cromatina estado patrones y ocupación de cada marca. Juntos, estos dos módulos facilitan el fácil procesamiento de cientos de muestras de ChIP-Seq en forma rápida y eficiente. El flujo de trabajo que presentamos se utiliza para derivar patrones de cromatina estado de 6 perfiles de marca de las histonas en melanoma tumores y líneas celulares. En general, se presenta un flujo de trabajo de ChIP-seq integral que puede aplicarse a decenas de muestras de tumores humanos y líneas celulares de cáncer para determinar aberraciones epigenómicas en varias malignidades.

Este protocolo permite la inmunoprecipitación de los tejidos del tumor congelado y líneas celulares que se pueden realizar en decenas de muestras en paralelo utilizando un método de alto rendimiento (figura 1A). Fragmentos de cromatina deben estar comprendida entre ~ 200-1000 bps para la inmunoprecipitación óptima. Hemos observado que el tiempo necesario para alcanzar la misma longitud de corte es diferente para diferentes tejidos y tipos cel...

Aquí, describimos un protocolo de secuencia de ChIP de alto rendimiento optimizado y tubería de análisis computacional para la determinación de patrones de estado de todo el genoma cromatina de líneas celulares y tejidos del tumor congelado.

Una plataforma integrada para la asignación de todo el genoma de cromatina Estados mediante secuenciación del ChIP de alto rendimiento en los tejidos del Tumor

Histone modifications constitute a major component of the epigenome and play important regulatory roles in determining the transcriptional status of ...

El objetivo general de este protocolo es identificar de forma imparcial los patrones de estado combinatorio de la cromatina en tejidos tumorales y líneas celulares cancerosas. Este método podría ayudar a responder preguntas clave en el campo de la epigenética del cáncer, como cómo un estado de modificación de histonas estéril podría contribuir a la génesis del tumor. La principal ventaja de esta técnica es que se pueden procesar múltiples modificaciones de histonas, así como múltiples muestras, tanto de manera simultánea como eficiente.Primero, disocie 50 miligramos de tejido de melanoma manualmente y dos mililitros de la solución salina equilibrada de Hank o HBSS, usando una hoja de afeitar estéril. Picar el tejido en trozos de tres o cuatro milímetros durante aproximadamente cinco minutos en una placa de cultivo de tejidos estéril. Transfiera la solución tisular a un tubo disociador y agregue otro octavo de mililitros de HBSS.Disociar aún más el tejido, utilizando un disociador, hasta homogeneizarlo. A continuación, reticular el tejido, añadiendo 200 microlitros de formaldehído al 16% por cada tres mililitros de HBSS. Con una batidora, agite la mezcla a 10 rpm durante exactamente 10 minutos a 37 grados centígrados.Después de retirar la muestra de la incubadora, agregue 200 microlitros de glicina tumoral por tres mililitros de muestra y agite la mezcla a 10 rpm durante cinco minutos a 37 grados centígrados. Haga girar la muestra a 934 veces g durante cinco minutos a cuatro grados centígrados utilizando una centrífuga de sobremesa. Cuando termines, retira el sobrenadante y añade cinco mililitros de PBS helado.A continuación, vuelva a centrifugar la muestra a 934 veces g y, a continuación, retire el sobrenadante. Añadir 300 microlitros de tampón ChIP con inhibidores de la proteasa por cada 50 miligramos de tejido y lisar las muestras durante 30 minutos en hielo. Mientras las células están lisando, encienda el disruptor del baño de agua y el sistema de enfriamiento asociado y permita que la temperatura alcance los cuatro grados centígrados.Coloque el tubo sonicador en el disruptor del baño de agua y sonique el tejido de melanoma durante 60 ciclos a 30 segundos de encendido y 30 segundos de apagado para obtener fragmentos de cromatina de 200 a 600 pares de bases. Para ocho miligramos de tejido de melanoma, incubar tres microgramos de cada anticuerpo de histonas con 20 microlitros de perlas magnéticas de proteína g y 100 microlitros de tampón de bloqueo de unión durante dos horas a cuatro grados Celsius con rotación, usando un revólver de tubo. Después de la sonicación, diluya la muestra cinco veces con tampón de dilución ChIP para reducir la concentración de SDS al 0,1%Una vez finalizada la incubación de las perlas magnéticas de anticuerpos y proteínas g, retire el tampón de dilución ChIP y vuelva a suspender las perlas en 240 microlitros del tampón fresco.Luego, coloque 20 alícuotas de microlitros de las cuentas en 12 tubos separados, cada uno de los cuales se utilizará para una muestra de tejido separada. Alícuota el material sonicado uniformemente a las perlas de proteína g con anticuerpo específico y girar los tubos con un revólver de tubo durante la noche a cuatro grados centígrados. A la mañana siguiente de la reticulación inversa, transfiera la solución de proteína de anticuerpo a una placa de 96 pocillos y colóquela en un soporte magnético.Después de dejar que las cuentas se adhieran durante al menos 30 segundos, retire el sobrenadante. Lave las perlas cinco veces con 150 microlitros de tampón de lavado RIPA helado utilizando una pipeta multicanal. Mueva el imán continuamente durante 30 segundos por lavado, luego retire el sobrenadante.Después de los pasos de lavado, agregue una mezcla maestra de tampón de elución, que contenga 44 microlitros de tampón de elución directa, un microlitro de Rnasa y cinco microlitros de protenasa k por chip e ingrese la muestra para la reticulación inversa. Incubar las muestras utilizando un termociclador de PCR durante cuatro horas a 37 grados centígrados, cuatro horas a 50 grados centígrados y de ocho a 16 horas a 65 grados centígrados. A la mañana siguiente, vuelva a colocar las muestras en el imán y transfiera el sobrenadante a una nueva placa de PCR de 96 pocillos que contiene el ADN precipitado amino.Añada 2,3 perlas paramagnéticas a la solución y pipetee cuidadosamente hacia arriba y hacia abajo 25 veces con una pipeta multicanal. Después de esto, incube a temperatura ambiente durante cuatro minutos. A continuación, vuelva a colocar las muestras en el imán e incube a temperatura ambiente durante otros cuatro minutos.Después de desechar el sobrenadante, agregue 150 microlitros de etanol al 70% a las muestras e incube a temperatura ambiente durante 30 segundos sin alterar las perlas. Después de dejar que las perlas se sequen, retire las muestras del imán y agregue 30 microlitros de traza de 10 milimolares. Mezclar pipeteando 25 veces.Después de incubar las muestras a temperatura ambiente, vuelva a colocarlas en el imán e incube a temperatura ambiente durante otros cuatro minutos. Transfiera 20 microlitros de cada muestra a una nueva placa de 96 pocillos para la preparación de la biblioteca. Después de la amplificación por PCR, retire las muestras y lleve el volumen total a 100 microlitros utilizando agua sin núcleo.Realice la selección del tamaño paramagnético a doble cara añadiendo primero 55 microlitros de perlas a cada muestra y mezclando 25 veces con una pipeta. A continuación, incubar a temperatura ambiente durante cuatro minutos. Vuelva a colocar las muestras en el imán e incube a temperatura ambiente durante otros cuatro minutos para obtener fragmentos grandes en las perlas que no son adecuados para la secuenciación.Después de la incubación, transfiera el sobrenadante a una nueva placa de PCR de 96 pocillos. Agregue otros 25 microlitros de perlas paramagnéticas y mezcle pipeteando 25 veces e incube a temperatura ambiente fuera del imán durante cuatro minutos. Después de incubar a temperatura ambiente, vuelva a colocar las muestras en el imán e incube a temperatura ambiente durante cuatro minutos.A continuación, deseche el sobrenadante. Mientras deja las muestras en el imán, agregue 150 microlitros de etanol al 70% e incube a temperatura ambiente durante 30 segundos sin alterar las perlas. Retire el etanol y repita el lavado.Después de dejar que las perlas se sequen, retire las muestras del imán y agregue 25 microlitros de traza de 10 milimolares pH 8.0. Mezclar pipeteando 25 veces e incubar a temperatura ambiente, fuera del imán durante cuatro minutos. Después de incubar a temperatura ambiente, vuelva a colocar las muestras en el imán e incube a temperatura ambiente durante cuatro minutos.Ahora, cuantifique las bibliotecas utilizando un instrumento de electroferograma de ADN de alta sensibilidad antes de la multiplexación para asegurarse de que los tamaños sean adecuados para la secuenciación. Este protocolo permite la inmunoprecipitación de tejidos tumorales congelados y líneas celulares que se pueden realizar en docenas de muestras y en paralelo utilizando un método de alto rendimiento. Los fragmentos de cromatina deben oscilar entre 200 y 1000 pares de bases para una inmunoprecipitación óptima.El ADN ChIP purificado debe cuantificarse antes de proceder a la preparación de la biblioteca. Las bibliotecas completas adecuadas para la multiplexación y la secuenciación de próxima generación deben oscilar entre 200 y 600 pares de bases y estar desprovistas de dímeros de cebadores. Tras la secuenciación posterior, hay muchas métricas de control de calidad que deben cumplirse antes de continuar con los pasos posteriores de la canalización, como las llamadas máximas de macs y el análisis chromHmm.Las muestras de ChIP deben enriquecerse con el ADN de entrada y cada modificación de histonas debe mostrar un perfil distinto que represente un componente específico del panorama epigenético. El algoritmo HMM de cromo utiliza un modelo de Markov oculto multivariante para identificar los patrones de cromatina combinatoria y espacial recurrentes más destacados en función de las modificaciones de histonas estudiadas. Utilizando estas seis modificaciones, el cromo HMM identifica estados de cromatina funcionalmente distintos que representan dominios represivos y activos, como la represión polycomb, la represión heterocromática, la transcripción activa y los potenciadores activos.Una vez dominada, esta técnica se puede realizar en tres o cuatro días, si se realiza correctamente. Al intentar este procedimiento, es importante determinar las condiciones óptimas de sonicación y la especificación de los anticuerpos antes de continuar con la preparación de la biblioteca y el análisis de datos. Para aprender este procedimiento, se pueden realizar otros métodos, como la secuenciación RRS y la captura de confirmación cromosómica para determinar la coalición de partes del estado de la cromatina con expresión génica y estructura de cromatina superior.Después del experimento, la técnica ha allanado el camino para que los investigadores en el campo de la epigenética del cáncer exploren los patrones de estado de la cromatina en muestras tumorales de pacientes. Después de ver este video, debería tener una buena comprensión de cómo procesar y disociar tejidos tumorales, realizar la inmunoprecipitación de cromatina, preparar bibliotecas para el secuenciaje de próxima generación, procesar datos posteriores a la secuenciación y obtener información sobre los pasos iniciales del análisis posterior. No olvide que cuando se trabaja con formaldehído, puede ser extremadamente peligroso y siempre se deben tomar precauciones, como una campana extractora adecuada, al realizar este procedimiento.

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Una plataforma integrada para la asignación de todo el genoma de cromatina Estados mediante secuenciación del ChIP de alto rendimiento en los tejidos del Tumor (Video) | JoVE Journal

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