Name: Ampliación de la comprensión del microambiente tumoral mediante imágenes de espectrometría de masas de muestras de tejido fijadas en formalina e incrustadas en parafina (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-06-29T13:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 47 s
Description: Aprende a utilizar imágenes de espectrometría de masas para analizar el microambiente tumoral en muestras de tejido fijadas en formalina e incrustadas en parafina, permitiendo la caracterización simultánea de hasta 40 marcadores con resolución de célula única.

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Los autores agradecen a Don Norwood de Editing Services, Research Medical Library del MD Anderson por editar este artículo y al Multiplex Immunofluorescence and Image Analysis Laboratory del Department of Translational Molecular Pathology del MD Anderson. Esta publicación resultó en parte de la investigación facilitada por el apoyo científico y financiero para los Centros de Análisis y Monitoreo Inmunológico del Cáncer-Red de Datos Inmunológicos del Cáncer (CIMAC-CIDC) proporcionado a través del Acuerdo de Cooperación del Instituto Nacional del Cáncer (NCI) (U24CA224285) al Centro de Análisis y Monitoreo Inmunológico del Cáncer (CIMAC) del MD Anderson Cancer Center de la Universidad de Texas.

<ol><li>Laplane, L., Duluc, D., Bikfalvi, A., Larmonier, N., Pradeu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Beyond+the+tumour+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Cancer%22%5BJournal%5D)">Beyond the tumour microenvironment.</a> International Journal of Cancer. 145 (10), 2611-2618 (2019).</li>
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<li>Mathieson, W., Thomas, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Why+formalin-fixed%2C+paraffin-embedded+biospecimens+must+be+used+in+genomic+medicine%3A+An+evidence-based+review+and+conclusion%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Histochemistry+and+Cytochemistry%22%5BJournal%5D)">Why formalin-fixed, paraffin-embedded biospecimens must be used in genomic medicine: An evidence-based review and conclusion.</a> The Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 68 (8), 543-552 (2020).</li>
<li>Baghban, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumor+microenvironment+complexity+and+therapeutic+implications+at+a+glance%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Communication+and+Signaling%22%5BJournal%5D)">Tumor microenvironment complexity and therapeutic implications at a glance.</a> Cell Communication and Signaling. 18 (1), 59(2020).</li>
<li>Cai, S., Allam, M., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+spatial+bioimaging+for+combination+therapy+design%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Cancer%22%5BJournal%5D)">Multiplex spatial bioimaging for combination therapy design.</a> Trends in Cancer. 6 (10), 813-818 (2020).</li>
<li>Allam, M., Cai, S., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+bioimaging+of+single-cell+spatial+profiles+for+precision+cancer+diagnostics+and+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Precision+Oncology%22%5BJournal%5D)">Multiplex bioimaging of single-cell spatial profiles for precision cancer diagnostics and therapeutics.</a> NPJ Precision Oncology. 4, 11(2020).</li>
<li>Rad, H. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Pandora%27s+box+of+novel+technologies+that+may+revolutionize+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Lung+Cancer%22%5BJournal%5D)">The Pandora's box of novel technologies that may revolutionize lung cancer.</a> Lung Cancer. 159, 34-41 (2021).</li>
<li>Tan, W. C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Overview+of+multiplex+immunohistochemistry%2Fimmunofluorescence+techniques+in+the+era+of+cancer+immunotherapy%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Commununications%22%5BJournal%5D)">Overview of multiplex immunohistochemistry/immunofluorescence techniques in the era of cancer immunotherapy.</a> Cancer Commununications. 40 (4), 135-153 (2020).</li>
<li>Ptacek, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+ion+beam+imaging+%28MIBI%29+for+characterization+of+the+tumor+microenvironment+across+tumor+types%5BTitle%5D)+AND+%22Laboratory+Investigation%22%5BJournal%5D)">Multiplexed ion beam imaging (MIBI) for characterization of the tumor microenvironment across tumor types.</a> Laboratory Investigation. 100 (8), 1111-1123 (2020).</li>
</ol>

Los autores no tienen conflictos que revelar.

La elucidación exhaustiva de las complejas e intrincadas interacciones entre los múltiples componentes de un TME sigue siendo un objetivo fundamental de la investigación del cáncer. Los fabricantes han introducido numerosos ensayos multiplexados como parte de este esfuerzo, especialmente en los últimos 5 años. El análisis espacial multiplexado es una herramienta versátil y poderosa que facilita la categorización simultánea de varios objetivos al tiempo que preserva la morfología estructural en muestras tumorales. Las téc...

La importancia de los numerosos tipos de células que rodean a las poblaciones de tumores clonales es un elemento crucial en la categorización de la carcinogénesis. El interés en dilucidar esta composición e interacciones del microambiente tumoral (TME) ha aumentado continuamente después del establecimiento de la terapia basada en el sistema inmunitario como parte del arsenal de tratamiento del cáncer. Por lo tanto, las estrategias de tratamiento han pasado de un enfoque centrado en el tumor a uno centrado en TME1.
Los esfuerzos para dilucidar el papel de las células inmunes en la vigilancia tumoral y el desarrollo del cáncer han aumentado notablemente en los últimos años 2,3. En la investigación médica, surgió una gran cantidad de métodos, incluidos los métodos basados en citometría y las tecnologías de imágenes singleplex y multiplex, como parte de este intento de descifrar las interacciones únicas de múltiples elementos de TME.
Los métodos pioneros como la citometría de flujo (inventada en la década de 1960), la clasificación celular activada por fluorescencia y la citometría de masas se centran principalmente en identificar y cuantificar los componentes de TME4. Aunque las técnicas cuantitativas basadas en la citometría permiten el fenotipado del paisaje inmune, determinar la distribución espacial celular es imposible. Por el contrario, métodos como la inmunohistoquímica singleplex estándar preservan la arquitectura tisular y permiten a los investigadores analizar la distribución celular, aunque un número reducido de dianas en una sola sección de tejido es una limitación de estos métodos 5,6. En los últimos años, las tecnologías de imágenes multiplexadas para la resolución de una sola célula, como la inmunofluorescencia múltiple, las imágenes de fluorescencia de código de barras y la espectrometría de masas de imágenes, han surgido como estrategias integrales para adquirir información sobre la tinción simultánea de marcadores utilizando la misma sección7 de tejido.
Aquí presentamos una tecnología que combina anticuerpos marcados con metales y espectrometría de masas de iones secundarios y permite la cuantificación de resolución de células individuales, la coexpresión de marcadores (fenotipado) y el análisis espacial utilizando muestras de tejido fijado en formalina, embebido en parafina (FFPE) y congelado fresco (FF) 8,9. Las muestras FFPE son los materiales más utilizados para el archivo de muestras de tejidos y representan un recurso más fácilmente disponible para las tecnologías de imágenes multiplexadas que las muestras congeladas frescas10. Además, esta tecnología ofrece la posibilidad de volver a adquirir imágenes meses después. Aquí, discutimos nuestros protocolos de tinción y procesamiento de imágenes utilizando muestras de tejido FFPE.

<table><tbody><tr><td>100% Reactivo Alcohol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>R8382</td><td></td></tr><tr><td>95% Reactivo Alcohol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>R3404</td><td></td></tr><tr><td>80% Reactivo Alcohol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>R3279</td><td></td></tr><tr><td>70% Reactivo Alcohol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>R315</td><td></td></tr><tr><td>20X TBS-T</td><td>Ionpath</td><td>567005</td><td></td></tr><tr><td>10X bajo en bario PBS pH 7.4</td><td>Ionpath</td><td></td><td></td>567004</tr><tr><td>10X Tris pH 8.5&nbsp;</td><td>Ionpath</td><td>567003</td><td></td></tr><tr><td>4&deg; C Refrigerador</td><td>ThermoScientific</td><td>REVCO</td><td></td></tr><tr><td>Puntas de pipeta con barrera contra aerosoles P10</td><td>Olympus</td><td>24-401</td><td></td></tr><tr><td>Puntas de pipeta con barrera contra aerosoles P20</td><td>Olympus</td><td>24-404</td><td></td></tr><tr><td>Puntas de pipeta con barrera contra aerosoles P200</td><td>Olympus</td><td>24-412</td><td></td></tr><tr><td>Puntas de pipeta con barrera contra aerosoles P1000</td><td>Olympus</td><td>24-430</td><td></td></tr><tr><td>Filtro centrífugo Ultrafree-MC</td><td>Fisher Scientific</td><td>UFC30VV00</td><td></td></tr><tr><td>Ionpath de H2O desionizado</td><td></td><td>567002</td><td></td></tr><tr><td>suero de burro</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D9663</td><td></td></tr><tr><td>EasyDip Frasco de tinción de portaobjetos, verde</td><td>Microscopía electrónica Sciences</td><td>71385-G</td><td></td></tr><tr><td>EasyDip Tarro de tinción de portaobjetos, amarillo</td><td>Ciencias de la Microscopía Electrónica</td><td>71385-Y</td><td></td></tr><tr><td>EasyDip Kit de tinción de portaobjetos (tarro + rejilla), blanco</td><td>Microscopía electrónica Ciencias</td><td>71388-01</td><td></td></tr><tr><td>EasyDip Soporte de acero inoxidable</td><td>Microscopía electrónica Ciencias</td><td>71388-50</td><td></td></tr><tr><td>Glutaraldehído 70% Grado EM</td><td>Microscopía electrónica Sciences</td><td>16360</td><td></td></tr><tr><td>Tampón de recuperación de epítopos inducido por calor (HIER): 10X Tris con EDTA, pH 9</td><td>Dako</td><td>S2367</td><td></td></tr><tr><td>Portaobjetos resistente al calor cámara</td><td>Microscopía electrónica Sciences</td><td>62705-01</td><td></td></tr><tr><td>Bolígrafo de barrera hidrofóbica</td><td>Fisher</td><td>50-550-221</td><td></td></tr><tr><td>Software MIBI/O</td><td>Ionpath</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>MIBIsoftware de control</td><td>Ionpath</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>MIBIslide</td><td>Ionpath</td><td>567001</td><td></td></tr><tr><td>MIBIscope</td><td>Ionpath</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Microcentrífuga</td><td>Eppendorf</td><td>5415D</td><td></td></tr><tr><td>Microtomo</td><td>Leica</td><td>RM2135</td><td></td></tr><tr><td>Cámara de humedad (cámara húmeda)</td><td>Simport</td><td>M922-1</td><td></td></tr><tr><td>Tabletas de solución salina tamponada con fosfato (PBS)</td><td>Módulo Fisher Scientific</td><td>BP2944100</td><td></td></tr><tr><td>PT</td><td>Thermo Scientific</td><td>A80400012</td><td></td></tr><tr><td>Unidades de filtro desechables estériles de flujo rápido</td><td>Fisher Scientific</td><td>097403A</td><td></td></tr><tr><td>Shaker</td><td>BioRocker</td><td>S2025</td><td></td></tr><tr><td>Columna de centrifugado (Filtro de centrifugado Ultrafree-MC, 0,5 ml 0,1 mm; m )</td><td>MillQ</td><td>UFC30VV00</td><td></td></tr><tr><td>Horno deslizante</td><td>Fisher Scientific</td><td>6901</td><td></td></tr><tr><td>Desecador de gabinete de vacío</td><td>VWR</td><td>30621-076</td><td></td></tr><tr><td>Látigo de trabajo</td><td>Kimberly Clark</td><td>34155</td><td></td></tr><tr><td>Xileno</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>534056-4L</td><td></td></tr></tbody></table>

ampliación de la comprensión del microambiente tumoral mediante imágenes de espectrometría de masas de muestras de tejido fijadas en formalina e incrustadas en parafina

Expanding the Comprehension of the Tumor Microenvironment using Mass Spectrometry Imaging of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Samples

Los avances en las terapias basadas en el sistema inmunitario han revolucionado el tratamiento y la investigación del cáncer. Esto ha desencadenado una creciente demanda para la caracterización del paisaje inmune tumoral. Aunque la inmunohistoquímica estándar es adecuada para estudiar la arquitectura de los tejidos, se limita al análisis de un pequeño número de marcadores. Por el contrario, técnicas como la citometría de flujo pueden evaluar múltiples marcadores simultáneamente, aunque se pierde información sobre la morfología del tejido. En los últimos años, las estrategias multiplexadas que integran el análisis fenotípico y espacial han surgido como enfoques integrales para la caracterización del paisaje inmune tumoral. Aquí, discutimos una tecnología innovadora que combina anticuerpos marcados con metal y espectrometría de masas de iones secundarios que se centra en los pasos técnicos en el desarrollo y optimización de ensayos, la preparación de tejidos y la adquisición y procesamiento de imágenes. Antes de la tinción, se debe desarrollar y optimizar un panel de anticuerpos marcado con metal. Este sistema de imagen hi-plex admite hasta 40 anticuerpos marcados con metal en una sola sección de tejido. Cabe destacar que el riesgo de interferencia de señal aumenta con el número de marcadores incluidos en el panel. Después del diseño del panel, se debe prestar especial atención a la asignación de isótopos metálicos al anticuerpo para minimizar esta interferencia. Las pruebas preliminares de panel se realizan utilizando un pequeño subconjunto de anticuerpos y pruebas posteriores de todo el panel en tejidos de control. Las secciones de tejido fijadas en formalina e incrustadas en parafina se obtienen y montan en portaobjetos recubiertos de oro y se tiñen aún más. La tinción dura 2 días y se parece mucho a la tinción inmunohistoquímica estándar. Una vez que las muestras se tiñen, se colocan en el instrumento de adquisición de imágenes. Se seleccionan los campos de vista y se adquieren, cargan y almacenan las imágenes. La etapa final es la preparación de la imagen para el filtrado y la eliminación de interferencias utilizando el software de procesamiento de imágenes del sistema. Una desventaja de esta plataforma es la falta de software analítico. Sin embargo, las imágenes generadas son compatibles con diferentes software de patología computacional.

Se obtuvieron secciones de tejido TMA de adenofégdalas y pulmón (5 mm de espesor) y se colocaron en el centro de portaobjetos recubiertos de oro siguiendo las especificaciones con respecto al tamaño del tejido y los márgenes seguros de los portaobjetos. Los márgenes de vidrio libre de 5 mm y 10 mm entre el borde del tejido y los bordes lateral e inferior de los portaobjetos de vidrio, respectivamente, son necesarios para una tinción óptima. Las secciones de tejido se hornearon durante la noche en un horno antes de la tin...

En la era de la inmunoterapia contra el cáncer, el interés en dilucidar la dinámica del microambiente tumoral ha aumentado sorprendentemente. Este protocolo detalla una técnica de imagen de espectrometría de masas con respecto a sus pasos de tinción e imagen, que permiten un análisis espacial altamente multiplexado.

Ampliación de la comprensión del microambiente tumoral mediante imágenes de espectrometría de masas de muestras de tejido fijadas en formalina e incrustadas en parafina

Advances in immune-based therapies have revolutionized cancer treatment and research. This has triggered growing demand for the characterization of the ...

Estos protocolos permiten la cuantificación de la resolución de células individuales, la coexpresión de marcadores y un análisis especial utilizando muestras de tejido fresco congelado fijado en formalina e incrustado en parafina para dilucidar las funciones de las células inmunes en el cáncer. Esta técnica es una poderosa herramienta que facilita la caracterización simultánea de un marcador 40 en una sola sección de tejido, preservando ampliamente la estructura del tejido en las muestras. El paso crítico es la optimización y validación de anticuerpos.Si no se completa el paso, se pueden producir imágenes de baja calidad que pueden comprometer la retención de datos y resultados reproducibles de alta calidad. Comience girando todos los tubos que contienen anticuerpos a 10, 000 x G durante cinco minutos, agregue anticuerpos individuales al tampón de bloqueo y mezcle bien. No altere la parte inferior del tubo de anticuerpos al pipetearlo.Filtre el panel de anticuerpos humedeciendo previamente un dispositivo de filtro centrífugo de 0,1 micrómetros con 100 microlitros de tampón de bloqueo. Gire el filtro a 10, 000 x G durante dos minutos y retire el flujo del búfer de bloqueo con una pipeta. Luego transfiera el panel de anticuerpos a una columna de centrifugado y gire el filtro a 10, 000 x G durante dos minutos.Deseche la columna de centrifugado y utilice el flujo como panel de anticuerpos filtrados. Para la tinción de anticuerpos, retire el amortiguador de bloqueo de las diapositivas inclinando cada portaobjetos de lado y golpeando suavemente los bordes contra un limpiaparabrisas de tareas. Coloque los portaobjetos en una cámara de humedad y agregue de 100 a 200 microlitros de mezcla maestra de anticuerpos al tejido.Agregue portaobjetos de control positivo y negativo al lote de tinción e incube los portaobjetos a 4 grados centígrados durante la noche. Para configurar el instrumento, inicie sesión en el software de control y haga clic en Despertar, si el instrumento está en modo de suspensión. Haga clic en Exchange Sample para cargar una diapositiva y luego haga clic en Continue para abrir la puerta.Coloque la diapositiva en la ranura de carga con una muestra hacia arriba y la etiqueta a la derecha, haga clic en Continuar para cerrar la puerta. Seleccione el proyecto y, a continuación, seleccione el nombre de diapositiva para la muestra cargada. Visualice la imagen panorámica en el panel de imagen óptica de diapositiva para el campo de visión o la selección de campo de visión, haga clic en el menú Modo y seleccione Detector de electrones secundario, luego haga clic en el menú Modo de imagen y seleccione QC 300 micrómetros.Haga clic en Jog Stage para controlar la ubicación del campo de visión y luego haga clic en las flechas para navegar y seleccionar la posición del FOV. Haga clic en agregar FOV, establezca 400 micrómetros por 400 micrómetros como tamaño de campo y seleccione Fino como Modo de imagen y 1 milisegundo de Tiempo de permanencia, haga clic en Confirmar. Después de crear una lista de campo de visión, continúe con el enfoque de la imagen y ajuste la estigmatización moviendo el haz a una región de tejido que no se visualizará.Ajuste los parámetros hasta obtener una imagen central clara, haga clic en Iniciar ejecución. Las imágenes adquiridas se cargarán automáticamente y se almacenarán en la aplicación de gestión de imágenes basada en la web. La matriz que se muestra aquí describe el porcentaje de diafonía derivada de la pureza y los óxidos de la sonda.Aquí los cuadros azules indican mayor o igual que 0.5% diafonía y los cuadros claros indican menos de 0.5% diafonía. Para las etiquetas Mass se muestran aquí las sondas que contribuyeron con al menos un 0,5% de diafonía en ningún canal, uno o dos canales, o más de dos canales. También se muestran canales masivos que reciben al menos 0,5% de diafonía sin sondas, una o dos sondas, o más de dos sondas.Aquí se representan las imágenes representativas de tinción en diferentes tejidos como adenocarcinoma de pulmón, riñón no neoplásico y amígdalas. Aquí se presenta una imagen de una sección de tejido de amígdalas teñida con esta técnica y visualizada utilizando un programa de software de análisis de imágenes digitales de terceros antes del filtrado y la corrección. Aquí se muestra la imagen de la misma sección en las mismas condiciones después de los pasos de filtrado y corrección.Este método genera imágenes que se pueden cargar en un software de análisis de imágenes digitales de terceros, lo que permite un análisis exhaustivo como la compartimentación de tejidos, la segmentación celular, la coexpresión de marcadores, así como el análisis de vecinos y el análisis a distancia. Los métodos de imagen altamente multiplex están disponibles a través de la investigación. Mediante la construcción de diferentes paneles, los investigadores pueden investigar muestras de cáncer, normales, paraneoplásicas, inflamatorias e infecciosas.

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Investigación

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Investigación del cáncer

Los análisis en profundidad de los proteomas de las células cancerosas facilitan la identificación de nuevas dianas farmacológicas y biomarcadores de diagnóstico. Describimos un flujo de trabajo experimental para el análisis cuantitativo de (fosfo-)proteomas en subpoblaciones de células cancerosas derivadas de tumores líquidos y sólidos. Esto se logra combinando estrategias de enriquecimiento celular con espectrometría de masas cuantitativa basada en Super-SILAC.

Misa cuantitativa espectrometría de perfiles de los proteomas de células del cáncer derivados de líquidos y tumores sólidos

Aquí se describe un método para separar y enriquecer los componentes del microambiente tumoral inmune y no inmune en tumores subcutáneos establecidos. Esta técnica permite el análisis separado de infiltrado inmune tumor y fracciones de tumor no inmune que pueden permitir una caracterización completa del microambiente tumoral inmune.

Enriquecimiento y caracterización de los microambientes Tumor inmunes y no inmunes en tumores murinos subcutáneos establecidos

Un novedoso método de preparación de la muestra fue desarrollado para acomodar el cocultivo de células y tejidos para detectar cambio de molécula pequeña usando spectrometry total de la proyección de imagen.

Molécula pequeña comunicación entre tejidos y células mediante espectrometría de masas en la proyección de imagen de captura

Aquí, describimos una estrategia simple y accesible para visualizar, cuantificar y mapear células inmunitarias en secciones de tejido tumoral incrustado en parafina fija de formalina. Esta metodología combina las técnicas existentes de análisis de imágenes y digitales con el propósito de ampliar la capacidad de multiplexación y el análisis multiparámetro de ensayos de imágenes.

Visualización, cuantificación y mapeo de poblaciones de células inmunes en el microambiente tumoral

Este protocolo presenta un método para aumentar el porcentaje de contenido tumoral de las muestras de tejido incrustadas en parafina fijadas en formalina.

Mejorar el contenido tumoral a través de la macrodisección tumoral

Este protocolo describe un flujo de trabajo de alto rendimiento para la segmentación impulsada por inteligencia artificial de regiones de interés confirmadas por patología a partir de imágenes de sección de tejido delgado teñidas para el enriquecimiento de poblaciones celulares resueltas por histología utilizando microdisección láser. Esta estrategia incluye un algoritmo novedoso que permite la transferencia de demarcaciones que denotan poblaciones celulares de interés directamente a los...

Microdisección láser industrializada guiada por inteligencia artificial para el análisis proteómico a microescala del microambiente tumoral

En este artículo, se describe un protocolo para la inmunofluorescencia múltiple (mIF) de amplificación manual de señal de tiramida (TSA) combinada con análisis de imágenes y análisis espacial. Este protocolo se puede utilizar con secciones fijadas en parafina con formalina (FFPE) para la tinción de dos a seis antígenos por portaobjetos, dependiendo del escáner de portaobjetos disponible en el laboratorio.

Inmunofluorescencia múltiple combinada con análisis de imágenes espaciales para la evaluación clínica y biológica del microambiente tumoral

En este artículo se describe un protocolo de inmunofluorescencia multiplex optimizado para caracterizar la arquitectura tridimensional de las metástasis peritoneales.

Imágenes tridimensionales de tejido tumoral mediante el enfoque de blanqueamiento iterativo que extiende la multiplexidad

Aquí, establecemos un método proteómico basado en espectrometría de masas utilizando regiones aisladas de interés en secciones de tejido fijadas en formol e incluidas en parafina. Este protocolo se utiliza para analizar el proteoma de áreas específicas de tejido en secciones de tejido archivadas fijadas en formol e incluidas en parafina.

Un enfoque simplificado para la proteómica basada en espectrometría de masas utilizando regiones de tejido seleccionadas

Este protocolo proporciona una guía paso a paso para diseñar un panel de anticuerpos de inmunofluorescencia multiplex para la obtención de imágenes basadas en códigos de barras de ADN de tejidos murinos de melanoma FFPE. También describimos una línea de análisis de imágenes que utiliza herramientas de código abierto para generar información proteómica espacial sobre el microambiente inmunológico del tumor de melanoma murino.

Imágenes de inmunofluorescencia múltiple basadas en códigos de barras de ADN para analizar muestras de FFPE de melanoma murino reprogramado genéticamente

Aprende a utilizar imágenes de espectrometría de masas para analizar el microambiente tumoral en muestras de tejido fijadas en formalina e incrustadas en parafina, permitiendo la caracterización simultánea de hasta 40 marcadores con resolución de célula única.

Ampliación de la comprensión del microambiente tumoral mediante imágenes de espectrometría de masas de muestras de tejido fijadas en formalina e incrustadas en parafina (Video) | JoVE Journal

Ampliación de la comprensión del microambiente tumoral mediante imágenes de espectrometría de masas de muestras de tejido fijadas en formalina e incrustadas en parafina

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