Instituto Leonidas e Maria Deane - Fiocruz Amazonia 1 article published in JoVE Biochemistry Improvement of Bacillus subtilis Spore Enumeration and Label Analysis in Flow Cytometry Késsia Caroline Alves1,2, Yury Oliveira Chaves1,3,4, Maria Edilene Almeida1,4, Maria Gabriella Vasconcelos1,4, Paulo Afonso Nogueira1,3,6, Joyce Melo1,9, Jéssica Marques8, Juliana Pavan Zuliani7, Charles Nunes Boeno7, Mauro Valentino Paloschi7, Rachele Isticato5, Ezio Ricca5, Luís André Mariúba1,2,3,6 1Laboratório de diagnóstico e controle de doenças infecciosas na Amazônia, Instituto Leônidas e Maria Deane - Fiocruz Amazônia, 2Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal do Amazonas (UFAM), 3Programa de Pós-Graduação em Biologia da Interação Patógeno-Hospedeiro - Fiocruz Amazônia, 4Programa de Pós-graduação em Ciências Aplicadas à Hematologia PPGH-UEA/HEMOAM, 5Department of Biology, Federico II University, 6Programa de Pós-Graduação em Imunologia Básica e Aplicada, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal do Amazonas (UFAM), 7Laboratório de Imunologia Celular Aplicada à saúde, Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ Rondônia, 8Centro Multiusuário para Análises de Fenômenos Biomédicos (CMABio-UEA), Universidade Estadual do Amazonas, 9Universidade Federal do Amazonas (UFAM) This protocol focuses on the use of flow cytometry and counting beads to quantify bacterial spores labeled with ethidium bromide. The method is also efficient for analyzing the covalent coupling of proteins on the surface of intact spores.