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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Cette vidéo documente les méthodes de collecte des échantillons d'eau côtiers marins et à leur traitement pour diverses applications en aval y compris la concentration de la biomasse, la purification d'acides nucléiques, l'abondance des cellules, des nutriments et des analyses de gaz de trace.
Cette vidéo documente les méthodes de collecte des échantillons d'eau côtiers marins et à leur traitement pour diverses applications en aval y compris la concentration de la biomasse, la purification d'acides nucléiques, l'abondance des cellules, des nutriments et des analyses de gaz de trace. Pour les échantillons de la manifestation d'aujourd'hui ont été recueillies à partir du pont de l'exploitation du HMS John Strickland dans l'inlet Saanich. Un cadre A-derrick, un treuil multi-usage et le système de câble, est utilisé en combinaison avec Niskin ou Go-Flo bouteilles de prélèvement d'eau. Conductivité, température et profondeur (CTP) capteurs sont également utilisés pour échantillonner la masse d'eau sous-jacente. Afin de minimiser le dégazage, des échantillons de gaz de traçage sont collectées en premier. Ensuite, les nutriments, la chimie de l'eau, et numération des cellules sont déterminées. Enfin, les eaux sont collectées pour la filtration de la biomasse. Le temps de mise en place et la collecte d'une fonte unique est ~ 1,5 heures à une profondeur maximale de 215 mètres. Par conséquent, un total de 6 heures est généralement nécessaire pour compléter la série de collecte décrites ici.
Partie 1: Collecte des eaux
Partie 2: collecte d'échantillons de gaz
Partie 3: prélèvement des nutriments
Partie 4: prélèvement ammoniac
Partie 5: prélèvement d'échantillons pour le dénombrement des cellules
Partie 6: prélèvement d'échantillons pour les mesures de sulfure d'hydrogène
Partie 7: collecte de petit volume pour la concentration de la biomasse
Partie 8: collecte de grand volume pour la concentration de la biomasse
Partie 9: Résultats Représentant
Le résultat final de l'eau de mer d'échantillonnage des résultats dans environ 12 échantillons d'oxygène dissous, de 32 à 48 échantillons de gaz, 16 échantillons de nutriments, 32 échantillons d'ammonium, 16 échantillons de sulfure d'hydrogène, 16 échantillons pour les comptages cellulaires, 6 bonbonnes de 20 litres, 16 bouteilles de 1 litre et 4 Sterivex 0.22μm des filtres contenant de la biomasse microbienne préservé avec de l'ARN tard.
Les auteurs n’ont rien à divulguer.
Cette vidéo documente les méthodes de collecte des échantillons d'eau côtiers marins et à leur traitement pour diverses applications en aval y compris la concentration de la biomasse, la purification d'acides nucléiques, l'abondance des cellules, des nutriments et des analyses de gaz de trace.
Nous tenons à remercier la Fondation canadienne pour l'innovation, le Fonds de développement des connaissances en Colombie-Britannique et les sciences naturelles et en génie (CRSNG) du Canada pour soutenir les études en cours sur les régions pauvres en oxygène des eaux côtières et océaniques ouverts. De plus, DAW a été soutenu par des bourses du CRSNG, la Fondation Killam et TULA Centre a financé pour la diversité microbienne et évolution.
| 20L Carboys | Fisher Scientific | 02-960-15 | ||
| 3/8" Tygon | Cole-Parmer | 06429-36 | ||
| Filtres | Sterivex | Fisher Scientific | SVG010RS | |
| Préfiltre Unité | de Boîtier | AMD | 501200 | |
| Luer Fitting | Cole-Parmer | 31507-27 | ||
| 1/4 » Tube | Tygon | Cole-Parmer | 06429-24 | |
| 1/4 » Tube | Tygon | Cole-Parmer | 06429-24 | |
| 1/4 » Tube | Tygon | Cole-Parmer | 06429-24 | |
| 50ml Tubes | en plastique | |||
| Bouteilles de sérum en | verre Collection | |||
| d’échantillons en verreSepta et bouchons en aluminium pour flacons | de sérum en verre | |||
| Sertisseuse | à main | |||
| 20-200ul Pipette et pointes | ||||
| Tubes | en verre | Collection d’échantillons d’ammonium | ||
| Bouteilles | en plastique 30ml | Collection de nutriments | ||
| Filtres | Acrodisc EMD Millipore | |||
| 5 ml Tubes | Nitrite Collection d’échantillons | |||
| 37 % Formaldéhyde | Réactif | Pour les échantillons de comptage cellulaire | ||
| 20 % Acétate de zinc | Réactif | Pour les échantillons de | ||
| sulfure Chlorure mercurique | Réactif | Pour les échantillons de gaz | ||
| milliQ | eau Réactif | |||
| Réactif de travail à l’ammonium | Réactif | Tampon de borate, sulfite de sodium, orthophaladialdéhyde | ||
| Sulfanilamide | Réactif | 5g dans 450ml d’eau et 50ml HCl | ||
| N-(1-naphty)--éthylène solution de dichlorhydrate | Réactif | 0,5g dans 500ml d’eau |