Article de méthode

Isolement de lipoprotéines de haute densité pour les non-codant petit ARN Quantification

DOI :

10.3791/54488

⸱

28 novembre 2016

 ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Medicine, Vanderbilt University School of Medicine, 2Center for Quantitative Sciences, Vanderbilt University School of Medicine, 3Department of Cancer Biology, Vanderbilt University School of Medicine

* These authors contributed equally

Dans cet article

Résumé

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Ce protocole décrit l’isolement et la quantification des petits ARN des lipoprotéines de haute densité.

Résumé

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

La diversité des petits ARN non codants (ARNs) est en pleine expansion et leur rôle dans les processus biologiques, y compris la régulation des gènes, sont en train d'émerger. Le plus intéressant, ARNs sont également trouvés à l'extérieur des cellules et sont présents de manière stable dans tous les fluides biologiques. En tant que tel, ARNs extracellulaires représentent une nouvelle classe de biomarqueurs de la maladie et sont probablement impliqués dans la signalisation cellulaire et les réseaux de communication intercellulaire. Pour évaluer leur potentiel en tant que biomarqueurs, ARNs peuvent être quantifiés dans le plasma, l'urine et d'autres fluides. Néanmoins, pour comprendre pleinement l'impact des ARNs extracellulaires comme des signaux endocriniens, il est important de déterminer quels transporteurs transportent et de les protéger dans les fluides biologiques (par exemple, plasma), dont les cellules et les tissus contribuent à des pools de ARNs extracellulaires, et les cellules et les tissus capables d'accepter et d'utiliser extracellulaire ARNs. Pour atteindre ces objectifs, il est essentiel d'isoler des populations très pures des transporteurs extracellulairesARNs pour le profilage et la quantification. Nous avons déjà démontré que les lipoprotéines, en particulier les lipoprotéines de haute densité (HDL), le transport de microARN (miARN fonctionnels) entre les cellules et HDL-miARN sont significativement altérées dans la maladie. Ici, nous détaillons un nouveau protocole qui utilise tandem isolement HDL avec gradient de densité ultracentrifugation (DGUC) et rapide aux protéines chromatographie liquide (FPLC) pour obtenir HDL très pur pour le profilage aval et la quantification de tous les ARNs, y compris miARN, utilisant à la fois haute Le séquençage -throughput et des approches de PCR en temps réel. Ce protocole sera une ressource précieuse pour l'étude des ARNs sur HDL.

Introduction

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Extracellulaires non codantes petits ARN (ARNs) représentent une nouvelle classe de biomarqueurs de la maladie et des cibles thérapeutiques potentielles et susceptibles de faciliter la cellule à cellule communication 1. Le type le plus largement étudié des ARNs sont microARN (miARN) qui sont environ 22 nts de longueur et sont traités de plus longues formes précurseurs et transcrits primaires 2. miARN a été démontré que la post-transcriptionnel réguler l' expression génique par la suppression de la conversion des protéines et de l' induction de la dégradation de l' ARNm 2. Néanmoins, les miARN sont juste un des nombreux types de ARNs; comme ARNs peuvent être clivés de ARNt mères (des ARNs ARNt dérivés, TDR), petits ARN nucléaires (ARNs ARNs dérivés, sndRNA), petits ARN nucléolaires (des ARNs snoRNA dérivés, snARN), ARNs ribosomiques (ARNs, rdr ARNr dérivé ), Y (ARN ydr) et d' autres divers ARNs 1. Quelques exemples de ces nouveaux ARNs ont été rapportés à fonction similaire à celle miARN; cependant, le fu biologiquenctions de beaucoup de ces ARNs reste à déterminer, bien que les rôles dans la régulation des gènes sont susceptibles 3-6. Le plus intéressant, et d'autres miARN ARNs sont présents de manière stable dans les fluides extra-cellulaires, y compris la salive, le plasma, l'urine et la bile. ARNs extracellulaires sont probablement protégés de RNases par leur association avec des vésicules extracellulaires (EV), les lipoprotéines, et / ou complexes de ribonucléoprotéines extracellulaires.

Auparavant, nous avons signalé que les lipoprotéines, à savoir les lipoprotéines de haute densité (HDL), miARN de transport dans le plasma 7. Dans cette étude, les HDL ont été isolés à l'aide d'un procédé séquentiel d'une ultracentrifugation en gradient de densité (DGUC), la chromatographie liquide rapide de protéines (par exclusion de taille sur gel de chromatographie de filtration, FPLC) et la Chromatographie d'affinité (AI anti- apolipoprotéine (apoA-I) immunoprécipitation ) 7. En utilisant les deux en temps réel basés sur la PCR des réseaux à faible densité et des essais de miARN individuels, les niveaux de miARN ont été quantifiés sur HDL isolés de guérirton et les sujets hypercholestérolémiques 7. En utilisant cette approche, nous avons pu le profil de miARN et quantifier miARN spécifiques dans des préparations de HDL très pures. Depuis 2011, nous avons déterminé que, bien que la chromatographie d'affinité améliore la pureté de HDL, la saturation des anticorps limite fortement le rendement, et peut être un coût prohibitif. Actuellement, notre protocole recommande une méthode tandem séquentielle en deux étapes de DGUC suivie par FPLC, qui produit également des échantillons de HDL de haute qualité pour l'isolement en aval de l'ARN et ARNs quantification. En raison des récents progrès dans le séquençage à haut débit de ARNs (sRNAseq), par exemple, miARN et la prise de conscience accrue des autres classes non-miARN ARNs, sRNAseq est l'état actuel de la technique dans miRNA et ARNs profilage. En tant que tel, notre protocole recommande miARN quantifier et d'autres ARNs sur des échantillons HDL utilisant sRNAseq. Néanmoins, l'ARN total isolé de HDL peut également être utilisé pour quantifier les miARN individuels et d'autres ARNs ou de valider les résultats de sRNAseq en utilisant PCR en temps réel unepproches. Ici, nous décrivons en détail un protocole pour la collecte, la purification, la quantification, l'analyse des données, et la validation de haute pureté HDL-ARNs.

L'objectif global de cet article est de démontrer la faisabilité et le processus de ARNs quantification dans HDL très pur isolé du plasma humain.

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Protocole

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1. La purification HDL (~ 5,5 jours)

  1. Densité-Gradient ultracentrifugation (DGUC, ~ 5 jours)
    1. Ajouter 90 ul de 100x anti-oxydants à 9 ml de plasma isolé à partir de sang veineux frais.
    2. Ajuster la densité du plasma avec KBr de 1,006 g / mL à 1,025 g / mL en ajoutant 0,251 g KBr à 9 ml de plasma de l'étape 1.1.1 (0,0278 g / KBr ml de plasma). Rock the plasma jusqu'à ce que tout le sel est dissous à la température ambiante et transfert à ultracentrifugation tubes et faire en sorte que toutes les bulles remontent à la surface.
    3. Pliez la pointe d'une aiguille de 18 G à 90 ° 1 cm de la pointe, côté conique vers le haut. En utilisant une seringue et l'aiguille de calibre 18, placer soigneusement 3 ml de solution de superposition n ° 1 sur le plasma (tableau 1).
      REMARQUE: L'aiguille pliée assure tous les VLDL / IDL, LDL et HDL sont éliminés sans mélange avec la superposition.
    4. Retirer la majorité des bulles dans la partie supérieure, en laissant 2 - 3 mm, l'espace à partir du ménisque à l'extrémité supérieure du tube et savouplacer lly les tubes dans des seaux SW-40Ti.
    5. Peser chaque godet (avec les bouchons) sur la balance, et d'équilibrer exactement avec le seau opposé (seau + cap): # 1 à # 4, # 2 à # 5 et # 3 à # 6.
      NOTE: Ces seaux doivent être équilibrés et adapté à tout moment.
    6. Placez rotor dans ultracentrifugation (Liste des Matériaux). Centrifugeuse à 274.400 xg pendant 24 h à 4 ° C avec un frein intermédiaire n ° 4.
    7. Retirez soigneusement les seaux de rotor et les tubes des seaux.
    8. Retirez délicatement 2 mL de la couche supérieure du revêtement à l'aide d'une seringue et une aiguille recourbée. Ce sera la fraction VLDL / IDL qui peut être stocké à 4 -80 ° C ou ° C.
    9. Après avoir enlevé la fraction VLDL / IDL, recueillir les 7 ml restants de l'échantillon (plasma) et le placer dans un tube de 15 ml conique. Amener le volume de l'échantillon jusqu'à 9 ml avec une solution de revêtement # 2 (Tableau 1).
    10. Réglez la densité de l'échantillon de 1,025 g / mL à 1,080 g / mL avec KBr en utilisantenviron 0,746 g KBr dans l'échantillon 9 ml ou 0,0828 g / KBr mL d'échantillon. Secouez doucement l'échantillon jusqu'à ce que tout le KBr est dissous (environ 20 min) et transfert à l'ultracentrifugation tube tout en assurant des bulles remontent à la surface.
    11. Avec une seringue et une aiguille, placer soigneusement 3 ml de solution de recouvrement n ° 3 sur l'échantillon (tableau 1). Laissez 2 - 3 mm d'espace de ménisque à la partie supérieure du tube.
    12. Retirez la majorité des bulles restantes dans la partie supérieure du tube et placer soigneusement les tubes d'ultracentrifugation remplis dans des seaux SW-40Ti.
    13. Peser chaque godet (avec les bouchons) sur la balance, et d'équilibrer exactement avec le seau face + bouchon, comme dans 1.1.5.
    14. Placez rotor dans ultracentrifugation (voir la liste des matériaux). Centrifugeuse à 274.400 xg pendant 24 h à 4 ° C avec un frein intermédiaire n ° 4.
    15. Retirez soigneusement les seaux de rotor et les tubes des seaux.
    16. Retirez délicatement 2 mL de la couche supérieure du revêtement à l'aide d'une seringue et d'êtreaiguille nt. Ce sera la fraction LDL qui peut être stocké à 4 -80 ° C ou ° C.
    17. Après avoir retiré la fraction LDL, recueillir les approximatives restantes 7 ml d'échantillon (plasma) et le placer dans un nouveau tube de 15 ml conique. Amener le volume de l'échantillon (plasma) jusqu'à 9 mL avec 1,080 g / ml de la solution n ° 4 (Tableau 1).
    18. Réglez la densité de l'échantillon de 1.080 g / mL à 1,30 g / mL avec KBr en utilisant 3,33 g KBr dans le 9 ml d'échantillon (plasma) ou 0,37 g KBr pour chaque ml d'échantillon. Roche ou légèrement agiter l'échantillon jusqu'à ce que tous les KBr (sel) est dissous et transfert à l'ultracentrifugation tube.
    19. Avec une seringue et une aiguille, placer soigneusement 3 ml de solution de recouvrement n ° 5 sur l'échantillon (tableau 1).
    20. Retirez la majorité des bulles restantes dans la partie supérieure du tube, en laissant 2 à 3 mm d'espace de ménisque au sommet du tube et placer soigneusement les tubes d'ultracentrifugation remplis dans des seaux SW-40Ti.
    21. Peser chaque godet (avec les bouchons) sur la balance, et exactement l'équilibre avec le seau face + bouchon, comme dans 1.1.5.
    22. Placez rotor dans ultracentrifugation (voir la liste des matériaux). Centrifuger à 274 400 xg pendant 48 h à 4 ° C avec un frein # 4.
    23. Retirez soigneusement les seaux de rotor et les tubes des seaux.
    24. Retirez délicatement environ 2 mL de la couche supérieure du revêtement à l'aide d'une seringue et une aiguille recourbée. Ceci est la fraction de HDL, qui peut être stocké à 4 ° C ou -80 ° C.
      NOTE: Après HDL DGUC peut être dialysée pour éliminer les solutions riches en sel.
    25. Pour dialyser, placer la fraction HDL recueillie dans un manchon de dialyse étanche (10.000 mw cut-off) et dialyser la nuit dans 1 L 1x PBS. tampon Changement de dialyse (1x PBS) 3 fois plus de 24 h. perturbation douce du PBS avec une barre d'agitation magnétique permettra d'améliorer la dialyse.
    26. Déterminer la concentration en protéines de la DGUC HDL en utilisant une méthode BCA 8.
  2. Fast Protein Liquid Chrochromatogra- (FPLC) ou Taille-chromatographie d'exclusion (~ 6 h)
    1. Filtre 1,2 mg de DGUC-HDL (protéine totale) dans 500 pi à travers un filtre um micro-centrifuge 0,22 (voir la liste des matériaux), immédiatement avant l'injection.
      NOTE: Un filtrage supplémentaire de l'échantillon DGUC-HDL à travers un filtre um micro-centrifuge avant le filtre de 0,22 um 0,45 peut être nécessaire pour certains échantillons.
    2. Recueillir l'échantillon DGUC-HDL filtré, charger le FPLC (remplissage) seringue d'injection, et assurer qu'il n'y a pas de bulles dans la seringue avant injection dans la FPLC.
    3. Réglez le débit FPLC à 0,3 mL / min avec une limite de pression à 2,6 MPa. Equilibrer colonnes avec 0,2 volumes de colonne (environ 15 ml) de tampon, avant l'injection de l'échantillon. Injecter l'échantillon avec 3 ml de tampon dans la FPLC (boucle d'injection) instrument et commencer la course. Recueillir 1,5 ml fractions pour un total de 72 fractions.

2. Haut-débit Petit ARNSéquençage (sRNAseq, ~ 9 jours)

  1. Isolement de l' ARN (~ 1 jour)
    1. Identifier les fractions FPLC correspondant à DGUC-HDL en déterminant les niveaux de cholestérol total en utilisant un kit colorimétrique selon les instructions du fabricant. L'utilisation de ce FPLC set-up, attendre à trouver 6 - 7 fractions FPLC contenant DGUC-HDL.
    2. Recueillir tout le volume (environ 8 -1 0 ml piscine de 1,45 fraction mL volumes) à partir de fractions DGUC-HDL FPLC et de se concentrer à l'aide de 10 kDa mw unités de filtre centrifuge de coupure à 4000 g pendant 1 h à 4 ° C ou jusqu'à ce que HDL concentré est d'environ 100 pi.
    3. Recueillir le concentré de cholestérol HDL et de quantifier la concentration totale en protéines HDL en utilisant la méthode BCA 8.
    4. Déterminer la plus forte concentration de HDL protéine totale, jusqu'à 1 mg, qui peut être aliquote de chaque échantillon dans l'ensemble. Par exemple, isoler l'ARN à partir de la même quantité de protéines totales HDL pour chaque échantillon.
    5. Effectuer Isolement de l'ARN en utilisantun protocole modifié (voir la liste des matériaux).
      1. Ajouter 10x volume de réactif phénol de lyse (voir la liste des matériaux) échantillon et vortex pendant 1 min.
      2. Incuber à température ambiante pendant 5 min.
      3. Ajouter le chloroforme (20% du volume de réactif phénol de lyse utilisé dans l'étape 2.1.5.1) et agiter vigoureusement pendant 15 s.
      4. Incuber à température ambiante pendant 2 - 3 min.
      5. Centrifuger pendant 15 min à 12 000 xg à 4 ° C dans une centrifugeuse réfrigérée.
      6. Transférer la phase aqueuse supérieure dans un nouveau tube, évitant l'interphase.
      7. Ajouter le volume 1,5x de 100% d'éthanol à la phase aqueuse et vortexer pendant 1 min.
      8. Conserver les échantillons pendant au moins 1 h ou toute la nuit à -80 ° C.
      9. Poursuivre le protocole d'isolement d'ARN en utilisant des mini-colonnes fournies.
      10. Eluer avec 30 H pl de RNase 2 O. Tout d' abord , ajouter 15 pi de H 2 O directement à la fritte, rotation à faible vitesse (2000 xg) pendant 2 min, etpuis tourner à grande vitesse (max) pendant 1 min. Répétez cette étape avec un 15 pi supplémentaires de H 2 O.
    6. procéder immédiatement à la génération ou un magasin bibliothèque ARNs à -80 ° C.
  2. Generation Library (~ 6 h)
    1. Préparer des banques d'ADNc ARNs en utilisant le protocole du kit de génération de bibliothèque ARNs, conformément aux instructions du fabricant avec une modification de l'amplification par PCR comme indiqué ci-dessous.
      1. Préparer la mastermix PCR sur la glace contenant 0,5 pi de DNase / RNase H 2 O, 15 Mix PCR uL (PML) et Primer (de RP1) par échantillon (y compris 10% supplémentaires pour le pipetage erreur) 1 ul ARN PCR.
      2. Ajouter 16,5 ul de la PCR se mélangent à chaque (ADNc) échantillon.
      3. Attribuez un numéro d'index / code à barres pour chaque échantillon pour le multiplexage et ajouter 1 pl PCR Primer Index (au nombre correspondant) à l'échantillon.
      4. Effectuer une rotation rapide à l'aide de la microcentrifugeuse.
        NOTE: Le volume total devraitmaintenant 30 pi par échantillon.
      5. Effectuez les conditions de cycle pour l' amplification par PCR comme indiqué dans les tableaux 2 et 3.
  3. Taille Sélectionnez ARNs Library pour supprimer Adapter: adaptateurs (~ 1,5 h)
    1. Effectuer bibliothèque taille-sélection en utilisant le sélecteur automatique de la taille de l'ADN selon les instructions du fabricant avec les paramètres de taille suivantes: Cible: 156 pb, Début: 135 pb, End: 177 pb, Drapeau Range: Broad.
  4. DNA Clean Up (~ 0,5 h)
    1. Nettoyer la taille sélectionnée ARNs ADNc selon les instructions du fabricant.
    2. Eluer propre et concentrée ARNs ADNc avec 2 x 7 pi DNase / RNase H 2 O.
  5. Quantifier et évaluer les ARNs bibliothèque d' ADNc rendement et la qualité (~ 1 h)
    1. Évaluer la qualité bibliothèque ARNs ADNc et la taille en utilisant une puce à ADN à haute sensibilité sur une Bioanalyseur (Liste des Matériaux) selon manufactles instructions rier.
    2. Quantifier les concentrations de bibliothèque ARNs d'ADNc individuels en utilisant un test d'ADN à haute sensibilité (Liste des matériaux), selon les instructions du fabricant.
      NOTE: Il est recommandé d'avoir tous les échantillons avec différents indices être exécutés sur la même voie de la cellule d'écoulement si possible. Si plus d'une voie est nécessaire, mélanger les échantillons de cas et de contrôle de manière appropriée.
  6. Haut-débit ARNs Sequencing (~ 7 jours)
    1. Piscine individuelle indexée bibliothèques ARNs en fonction des concentrations équimolaires.
    2. Écran mis en commun des bibliothèques ARNs pour la qualité en utilisant la puce à ADN à haute sensibilité sur le Bioanalyseur et déterminer la concentration en ADN de la banque comme dans 2.5.1 - 2.5.2.
    3. Effectuer la PCR quantitative (qPCR) du contenu de l'adaptateur pour assurer la profondeur de séquençage approprié à l'aide de la bibliothèque de séquençage kit qPCR de quantification selon les instructions du fabricant (Liste des Matériaux).
    4. Effectuer le séquençage en utilisant une seule lecture, 50 bprotocole de p pour atteindre une profondeur d'environ 20 à 25 M lit / échantillon, selon les instructions du fabricant.

3. Analyse des données (~ 1 jour)

  1. Utilisez bcl2fastq2, selon les instructions de guidage de l'utilisateur, aux fichiers fastq premières prétraiter des échantillons démultiplexés (Liste des Matériaux).
  2. Utilisez Cutadapt pour couper les adaptateurs 9 et enlever lit <16 nucléotides (nt) de longueur, selon les instructions utilisateur de guidage (Liste des Matériaux).
  3. Retirer les séquences de contamination présents dans les bibliothèques ARNs, y compris la séquence de solution d'arrêt (STP: CCACGTTCCCGTGG) et adaptateur report (CTACAGTCCGACGATC) en utilisant la fonction removeSequenceInFastq dans le cadre NGSPERL, selon les instructions utilisateur de guidage (Liste des Matériaux).
  4. Effectuer des mesures de contrôle de la qualité par FastQC l'aide du Centre pour les sciences quantitatives (CQS) outils, selon les instructions utilisateur de guidage (Liste des Matériaux).
  5. Générer liste non redondante de «identique» lit (effondrement redundant lit) et le nombre de copies d'enregistrement en utilisant CQSTools, selon les instructions utilisateur de guidage (Liste des Matériaux).
  6. Alignez lit à génome humain en utilisant Bowtie1.1.2 permettant 1 mismatch (options: -a -m 100 --best --strata -v 1), selon les instructions utilisateur de guidage (Liste des Matériaux).
  7. Effectuer lire l'alignement, le comptage, et entraîner des tâches de récapitulation en utilisant NGSPERL, selon les instructions de guidage de l'utilisateur.
  8. Convertir table de comptage exporté vers un fichier tableur.
  9. Normaliser lit d'une classe spécifique (par exemple, miARN) au nombre total de lectures pour cette classe (par exemple, le nombre total de miARN lectures) et des signaux de rapport en tant Reads miRNA Per mappé (de RPMM). (Par exemple, RPMM = (miR-X / Nombre total de miRNA lectures) * 1000000).
  10. Entrée normalisée table de comptage que la technologie de couleur unique générique dans le logiciel pour le niveau bas et différencié de haut niveau des analyses selon les instructions utilisateur de guidage (Liste des Matériaux).
    NOTE: Actuellement, il y a des gènes de ménage pas bien caractérisées / SRNEn ce qui concerne le HDL-ARNs. Un contrôle de pic-in peut être utilisé, mais peut être problématique. Normaliser HDL entrée de la protéine ou le volume total est conseillé. Plus important encore, il est recommandé de valider les résultats de séquençage par l'une des différentes stratégies pour quantifier miARN et ARNs en utilisant PCR en temps réel ou PCR quantitative.

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Résultats

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Ce protocole est une série de méthodes établies reliées entre elles pour permettre la quantification des HDL sur les ARNs de haute pureté par séquençage à haut débit ou PCR en temps réel (figure 1). Pour démontrer la faisabilité et l'impact de ce protocole, HDL a été purifié à partir de plasma humain par le tandem DGUC et FPLC méthode. Les fractions recueillies FPLC correspondant aux HDL (par la distribution du cholestérol) ont été concentrées et l'ARN total a été isolé ...

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Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Ce protocole est conçu pour quantifier miARN et d'autres ARNs par séquençage à haut débit ou PCR en temps réel sur le HDL très pur. Comme pour toute approche, des considérations particulières devraient être données à chaque étape du processus de purification de HDL et de l'ARN, puis quantifier ARNs. Ce protocole est conçu pour des projets commençant par ≥ 2 mL de plasma. Néanmoins, des analyses d'ARN de haute qualité peuvent être complétés avec succès HDL purifié à partir d'aussi peu que 80 pi de plasma ...

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Déclarations de divulgation

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Les auteurs n’ont rien à divulguer.

Remerciements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Ce travail a été soutenu par des prix décernés par les National Institutes of Health, le National Heart, Lung and Blood Institute à K.C.V. HL128996, HL113039 et HL116263. Ce travail a également été soutenu par des prix de l’American Heart Association à K.C.V. CSA2066001, D.L.M POST26630003 et R.M.A. POST25710170.

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Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article
NomEntrepriseNuméro de catalogueCommentaires
Ultracentrifugeuse  ;Beckman CoulterA99839Optima XPN-80
Rotor d’ultracentrifugeuseBeckman Coulter331362SW-41Ti
AKTA Pure FPLC SystèmeGE Healthcare29018224
3x FPLC Superdex 200 Colonnes d’augmentation en ligneGE Healthcare2899094410/300 gl
SynergyMxBioTek Instruments7191000
Tabletop centrifugeuseThermo Scientific75004525Sorvall ST40R
Centrifugeuse réfrigéréeEppendorf226298675417R (achetée auprès de USA Scientific)
Microfuge  ;USA Scientific2631-0006
Bioanalyseur PippenPrepSage SciencePIP0001
2100  ;AgilentG2938B
Dosage de l’ADN haute sensibilitéAgilent5067-4626
Bibliothèque de séquençage Kit de quantification qPCRIlluminaSY-930-1010
ProFlex Thermal CyclerApplied Biosystems4484073
QuantStudio 12k FlexApplied Biosystems4471134
EpMotion Robot Eppendorf9600001115070
Tubes à centrifuger ultra-clairsBeckman Coulter344059
Bromure de potassiumFisher ChemicalsP205-500
Tube conique 15 mLThermo Scientific339650
Filtres micro-centrifuges 0,45 & micro ; mMilliporeUFC30HV00
Filtres micro-centrifuges 0,22 & micro ; mMilliporeUFC30GV00
miRNAEasy Total RNA Isolation KitsQiagen217004
Total Cholesterol colormetrickit Cliniqa (Raichem)R80035
10 000 m.w. filtre de centrifugation à coupureAmiconUFC801024acheté via Millipore
PCR Tubes de bandelettesAxygenPCR-0208-Cacheté via Fisher
microARN Kit RTLife Technologies4366597Pour 1000 réactions
PCR Master mixLife Technologies4440041Flacon de 50 mL
Kit Pierce BCAThermo Scientific23225
Kit de nettoyage et de concentrationZymoD4014
Tubulure de dialyseSpectrum Labs132118acheté auprès de Fisher
bcl2fastq2Illuminan/aSoftware
Cutadapthttps://github.com/marcelm/cutadaptn/aSoftware
NGSPERLgithub.com/shengqh/ngsperln/aSoftware
CQSToolsgithub.com/shengqh/CQS.Toolsn/aSoftware
Bowtie 1.1.2  ;http://bowtie-bio.sourceforge.netn/aLogiciel
GeneSpringGX13.1.1Agilentn/aLogiciel

Références

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Vickers, K. C., Roteta, L. A., Hucheson-Dilks, H., Han, L., Guo, Y. Mining diverse small RNA species in the deep transcriptome. Trends Biochem Sci. 40, 4-7 (2015).
  2. Bartel, D. P. MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell. 116, 281-297 (2004).
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  4. Li, Z., et al. Extensive terminal and asymmetric processing of small RNAs from rRNAs, snoRNAs, snRNAs, and tRNAs. Nucleic Acids Res. 40, 6787-6799 (2012).
  5. Martens-Uzunova, E. S., Olvedy, M., Jenster, G. Beyond microRNA--novel RNAs derived from small non-coding RNA and their implication in cancer. Cancer Lett. 340, 201-211 (2013).
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  7. Vickers, K. C., Palmisano, B. T., Shoucri, B. M., Shamburek, R. D., Remaley, A. T. MicroRNAs are transported in plasma and delivered to recipient cells by high-density lipoproteins. Nat Cell Biol. 13, 423-433 (2011).
  8. Smith, P. K., et al. Measurement of protein using bicinchoninic acid. Anal Biochem. 150, 76-85 (1985).
  9. Chen, C., Khaleel, S. S., Huang, H., Wu, C. H. Software for pre-processing Illumina next-generation sequencing short read sequences. Source Code Biol Med. 9, 8(2014).
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