Quantification des populations de fibres de muscle donne une idée plus précise des effets de la maladie, un traumatisme, et d'autres influences sur la composition du muscle squelettique. Diverses méthodes chronophages ont traditionnellement été utilisées pour étudier les populations de fibres dans de nombreux domaines de recherche. Cependant, récemment mis au point des méthodes immunohistochimiques basées sur l'expression des protéines de chaîne lourde de la myosine fournir une alternative rapide pour identifier les types de fibres multiples dans une seule section. Nous présentons ici un protocole rapide, fiable et reproductible pour une meilleure qualité de coloration, ce qui permet l'acquisition automatique des sections entières et la quantification automatique des populations de fibres avec ImageJ. A cet effet, les muscles squelettiques sont coupés intégrés dans les sections transversales, colorées à l'aide des anticorps chaînes lourdes de myosine avec des anticorps fluorescents secondaires et DAPI pour la coloration des noyaux de cellules. des sections transversales entières sont ensuite balayées automatiquement à l'aide d'un scanner de diapositives pour obtenir composite à haute résolutionimages de l'échantillon entier. Les analyses de la population des fibres sont ensuite effectuées pour quantifier les fibres lentes, intermédiaires et rapides en utilisant une macro automatique pour ImageJ. Nous avons déjà montré que cette méthode permet d'identifier les populations de fibres de manière fiable à un degré de ± 4%. De plus, cette méthode réduit la variabilité inter-utilisateur et le temps par des analyses en utilisant de manière significative la plate-forme open source ImageJ.