Détermination de l’emplacement chromosomique optimale pour un élément d’ADN chez Escherichia coli en utilisant une nouvelle approche induite par le Transposon

Jakob Frimodt-Møller; Godefroid Charbon; Karen A. Krogfelt; Anders Løbner-Olesen

doi:10.3791/55946

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Article de méthode

Détermination de l’emplacement chromosomique optimale pour un élément d’ADN chez Escherichia coli en utilisant une nouvelle approche induite par le Transposon

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DOI :

10.3791/55946

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11 septembre 2017

Jakob Frimodt-Møller¹ , Godefroid Charbon¹ , Karen A. Krogfelt² , Anders Løbner-Olesen¹

¹Department of Biology, Section for Functional Genomics and Center for Bacterial Stress Response and Persistence (BASP), University of Copenhagen, ²Department of Microbiology and Infection Control, Statens Serum Institut

Dans cet article

Résumé

Ici, la puissance d’une insertion aléatoire d’un élément d’ADN non codant, induite par le transposon a été utilisée pour résoudre sa position chromosomique optimale.

Résumé

La position optimale chromosomique d’un élément d’ADN donné a/ont été déterminée par insertion aléatoire induite par le transposon, suivie par la sélection de remise en forme. Chez les bactéries, l’impact du contexte génétique sur la fonction d’un élément génétique peut être difficile à évaluer. Plusieurs mécanismes, y compris les effets topologiques, interférence transcriptionnelle des gènes voisins, et/ou dosage des gènes associés à la réplication, peuvent affecter la fonction d’un élément génétique donné. Nous décrivons ici une méthode qui permet l’intégration aléatoire d’un élément d’ADN dans les chromosomes des Escherichia coli et sélectionnez les emplacements plus favorables à l’aide d’un concours de croissance simple experiment. La méthode tire parti d’un système transposon bien décrit d’insertion aléatoire, de pair avec une sélection de la clone(s) plus fort avantage de croissance, une procédure qui est facilement réglable à besoins expérimentaux. La nature de le clone(s) plus fort peut être déterminée par le séquençage du génome entier sur une population clonale multiples complexe ou par simple gène à la marche pour l’identification rapide des clones sélectionnés. Ici, la région de l’ADN non codant DARS2, qui contrôle l’initiation de la réplication du chromosome chez e. coli, a été utilisée à titre d’exemple. La fonction de DARS2 est connue pour être affecté par le dosage des gènes associés à la réplication ; le plus proche DARS2 obtient à l’origine de réplication de l’ADN, il devient plus active. DARS2 a été insérées au hasard dans le chromosome d’un DARS2-supprimé de souche. Les clones résultantes contenant des insertions individuelles ont été mis en commun et a concouru contre l’autre pour des centaines de générations. Enfin, les clones plus forts étaient caractérisés et avérés pour contenir DARS2 inséré à proximité de l’emplacement d’origine DARS2 .

Introduction

La fonction de tout élément génétique peut être affectée par son emplacement dans le génome. Chez les bactéries, cela s’explique principalement par l’interférence de la transcription des gènes voisins, topologie de l’ADN local et/ou dosage des gènes associés à la réplication. En particulier, les processus de réplication de l’ADN et la ségrégation sont contrôlés, au moins en partie, par les régions chromosomiques non codantes¹et le bon fonctionnement de ces régions dépend de génomique emplacement/contexte. Dans e. coli, on peut citer le site dif , requis pour la soeur du chromosome résolution²; Séquences....