Créer et appliquer une référence afin de faciliter la Discussion et la Classification des protéines dans un groupe diversifié

Summary

Ce protocole vise à développer une référence pour les protéines divergentes dans un groupe qui n’a pas de critères cohérents pour la classification et la nomenclature. Cette référence facilitera l’analyse et la discussion du groupe dans son ensemble et peut être utilisée en plus de noms établis.

Abstract

Protéines apparentées qui ont été étudiés dans des laboratoires différents utilisant des différents organismes n’ont pas un système uniforme de la nomenclature et classification, rendant difficile de discuter de l’ensemble du groupe et de placer de nouvelles séquences dans le contexte approprié. Développer une référence qui donne la priorité aux fonctionnalités importantes séquences liées à structure et/ou de l’activité peut être utilisée en plus des noms établis pour ajouter quelque cohérence à un groupe diversifié de protéines. Cet article utilise la super-famille des (CS-αβ) hélice alpha cystéine stabilisé à titre d’exemple pour montrer comment une référence générée en tableur peut clarifier les relations entre les protéines existantes dans la superfamille, ainsi que faciliter l’ajout de nouveaux séquences. Il montre également comment la référence peut aider à affiner les alignements de séquences générées dans les logiciels couramment utilisés, dont l’incidence sur la validité des analyses phylogénétiques. L’utilisation d’une référence sera probablement plus utile pour les groupes de protéines qui incluent des séquences très divergentes d’un vaste éventail de taxons, avec des fonctionnalités qui ne sont pas suffisamment couverts par les analyses moléculaires.

Introduction

Nom de la protéine devrait refléter est caractéristiques et relation à d’autres protéines. Malheureusement, les noms sont généralement affectés au moment de la découverte et que les recherches se poursuivent, la compréhension de l’ensemble des contextes peut-être changer. Cela peut conduire à plusieurs noms si une protéine a été identifiée séparément par plus d’un laboratoire, à des changements dans la nomenclature ou dans les caractéristiques considérés comme définitif lorsque vous affectez le nom et le nom n’est plus suffisamment différenciant la protéine d’autres personnes.

Les défensines invertébrés offrent un bon exemple de la dégénére....

Protocol

1. déterminer les caractéristiques de définition du groupe de protéines d’intérêt

1. consulter des publications antérieures pour déterminer s’il existe un consensus sur les fonctions qui sont nécessaires pour être considérés comme faisant partie du groupe. Prendre note des incohérences ou divergences d’opinion entre les groupes de recherche et comprennent des caractéristiques qui peuvent servir à différencier un sous-groupe de l’autre.
2. Si la littérature antérieure ne traite pas les caractéristiques qui définissent, utiliser des séquences qui sont considérés comme représentatifs du groupe comme point de départ pour identifier les caractéristiques cons....

Results

Groupes de séquences de la super-famille des CS-αβ rapportées dans la littérature sont affichés dans la Figure 4. Les appariements de cystéine basées sur la numérotation pour chaque séquence suggèrent cinq groupes principaux (tableau 1, colonne du milieu). Le groupe 1 a 6 cystéines qui de disulfure de trois obligations et comprend des séquences d’insectes, les arachnides, les mollusques, les nématodes et les champignons. Les groupes 2, 3 et 4.......

Discussion

Les critères pour nommer une protéine au sein d’un groupe doivent être clairs, mais ce n’est pas toujours le cas. Les séquences qui ont le CS-αβ plier ont été étudiés dans plusieurs laboratoires en utilisant une variété d’organismes, ayant pour résultat différents systèmes de nomenclature, ainsi que différents niveaux de qualification. Tentative d’imposer une toute nouvelle nomenclature n’est pas raisonnable et se traduirait par une grande confusion lors de la consultation de la littérature antérieure. Une référence syst.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Page web			https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
EditSeq (suite Lasergene)	DNASTAR		https://www.dnastar.com/t-allproducts.aspx
Excel 2013	Microsoft
FigTree			; http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/
MEGA			www.megasoftware.net
MrBayes			http://mrbayes.sourceforge.net/
base de données			http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/