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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
L’objectif général du présent protocole est de mesurer les émissions de gaz à effet de serre de rizières en utilisant la technique de la chambre fermée statique. Le système de mesure a besoin d’ajustements spécifiques en raison de la présence de deux une couche d’eau permanente dans le domaine et des plantes dans l’espace de tête de chambre.
Ce protocole décrit la mesure des émissions de gaz (GES) à effet de serre provenant des sols de paddy en utilisant la technique de la chambre fermée statique. Cette méthode est basée sur la théorie de la diffusion. Un volume connu d’air qui vient se superposer une zone définie du sol est enfermé dans une couverture de parallélépipède (appelée « chambre »), pour une période de temps définie. Au cours de cette période de l’enceinte, gaz (méthane (CH4) et l’oxyde nitreux (N2O)) passer d’air pores du sol près de leurs sources de pollution microbienne(p. ex., méthanogènes, bactéries nitrifiantes, dénitrifiantes) à l’espace de tête de chambre, suite à un naturel gradient de concentration. Flux sont ensuite estimés des variations de concentration chambre headspace échantillonnés à intervalles réguliers tout au long de l’enceinte et puis analysés par chromatographie en phase gazeuse. Parmi les techniques disponibles pour la mesure des GES, la méthode statique chambre fermée est appropriée pour les expériences de terrain, car il ne nécessite pas de grandes aires de sol traitement homogène. En outre, il est facile à gérer avec des ressources limitées et peut identifier les relations entre les propriétés des écosystèmes, des processus et flux, surtout lorsqu’il est combiné avec GES, mesure de la force de conduite. Néanmoins, en ce qui concerne la méthode micrométéorologique, il provoque une minime mais la perturbation du sol reste inévitable et permet une résolution temporelle mineure. Plusieurs phases sont la clé de l’implémentation de la méthode : i) chambre de conception et déploiement, ii) traitement et analyses de l’échantillon et iii) estimation du flux. Réussite de mise en œuvre technique dans les rizières exige des ajustements pour champ inondations durant une grande partie du cycle de culture et pour la maintenance des installations riz au sein de l’espace de tête de chambre pendant les mesures. Par conséquent, les éléments supplémentaires à prendre en considération en ce qui concerne l’application habituelle des sols agricoles non inondées se composent des dispositifs pour : i) éviter une gêne involontaire de l’eau qui puisse surestimer le flux et ii) y compris les plants de riz dans l’espace de la chambre d’examiner pleinement les gaz émis par le biais de transports aérenchyme.
L’agriculture est un secteur productif qui, avec des forêts et autres utilisations, produit environ 21 % des émissions de GES global1. Mesure précise des émissions de GES des sols agricoles est important non seulement pour établir la détermination du rôle des agroécosystèmes comme sources et de puits dans le climat changement2, mais aussi à définir des stratégies d’atténuation appropriées et efficaces au sein de le cadre les cibles d’entente de Paris.
Flux d’émission de deux GES plus importantes produites par les sols agricoles (c.-à-d., N2O et CH4) peuvent être mesurées par les méthodes micrométéorologiques ou la technique fermée-chambre3. La grande majorité des études indiquant des données sur les émissions de GES provenant des sols pendant les trois dernières décennies a appliqué la technique fermée-chambre4,5 qui a été décrite en 1926,6. Plusieurs efforts ont été faits à affiner la technique et à surmonter toutes les sources d’artéfacts expérimentaux et biais7,8,9,10,11,12 ,13,14. Des protocoles spécifiques, mise à jour à des moments différents, visant à normaliser les méthodes15,16,17,18,19, et tentatives scientifiques sont toujours en cours pour établir les meilleures pratiques pour employant la technique et de minimiser les biais dans les estimations de flux.
La technique fermée-chambre statique, dont l’application aux sols de paddy est décrite dans cet article, s’appuie sur la théorie de la diffusion et prévoit une période précise de l’enveloppe d’un volume connu d’air recouvrant une partie de la surface du sol. Au cours de l’enceinte, CH4 et N2O molécules migrent par diffusion le long d’un gradient de concentration naturelle d’air de pores du sol, où elles sont produites par des microorganismes spécifiques (méthanogènes dans le cas de CH4; bactéries nitrifiantes et dénitrifiants pour N2O), de l’air intérieur headspace chambre, éventuellement par le biais de l’inondation par l’eau ou l’aérenchyme plante. Les concentrations des deux gaz dans l’espace de tête de chambre augmentent au fil du temps, et l’occurrence de ces augmentations fournit pour les estimations de flux.
En ce qui concerne les méthodes micrométéorologiques, chambre fermée mesures sont souvent préférés pour les écosystèmes et les différents types d’utilisation de terres lorsque étudiant GES flux à l’échelle de la parcelle, car ils ne sont pas grevés par un grand champ homogène2 ou haut logistique et investissement exigences20. En outre, ils permettent l’analyse simultanée des expériences manipulés, comme les différentes pratiques agronomiques ou d’autres traitements de la zone12,21. Enfin, la technique permet d’identifier les relations entre les propriétés des écosystèmes, des processus et flux. Alternativement, les deux principaux inconvénients de la technique comprennent l’exploration relativement inefficace de l’hétérogénéité spatiale et temporelle et les effets de la perturbation du sol en raison du déploiement de chambre22. Toutefois, ces inconvénients peuvent, au moins en partie, être surmontées avec : conception de chambre correcte (pour minimiser la perturbation du sol), l’adoption d’un nombre suffisant de répétitions (pour explorer la variabilité spatiale) et automatisé d’utilisation du système qui permet l’intensification des la fréquence des mesures quotidiennes (pour tenir compte de la variabilité diurne) ou de la mesure régulière (même heure du jour) (d’omettre l’effet de la température dans la variabilité résiduelle).
Une première application de la méthode à une rizière remonte au début des années 8023et les principales particularités de son utilisation en ce qui concerne les domaines des hautes terres sont la présence de l’envahissement de l’eau sur le sol et la nécessité d’inclure les plantes dans l’espace de tête au cours de la chambre pièce jointe. Comme soigneusement décrits dans cet article, le premier trait indique la nécessité pour des systèmes spécifiques éviter de perturber l’eau lors des événements de mesure, d’éviter une surestimation flux causée par la turbulence induite par l’amélioration de la diffusion des gaz par l’inondation par l’eau. La deuxième caractéristique essentielle est de rendre compte pour le transport de gaz par l’aérenchyme de riz, ce qui représente jusqu'à 90 % d’émis CH424, qui nécessite des dispositifs appropriés d’inclure les plantes pendant les événements de la mesure.
1. Chambre Design
2. ancrer le déploiement et la disposition du système pour prévenir la perturbation des sols
3. mesures de GES et de fermeture de chambre
4. manipulation et Analyses de l’échantillon
5. Estimation des flux
Chaque événement de mesure produit une série de concentrations de GES dans le temps pour chacune des chambres de surveillance qui est la base pour l’estimation des flux de GES. Fondamentalement, il n’y a aucun besoin particulier de se défaire des données, mais un taux élevé de situations qui ne correspondent pas au modèle théorique de fonction monotone (strictement en augmentant ou en diminuant) mérite une attention à l’exactitude de l’application du protocole et, éventuellement imprévue d’erreurs (par exemple, fuite des flacons).
La figure 1 indique une année entière de flux correct exemple CH4 . Comme l’a démontré avec barres d’erreur, ces résultats peuvent varier considérablement, principalement en raison d’à l’hétérogénéité spatiale des processus microbiens responsables de la production de GES. Pour les utilisateurs qui éprouvent une variabilité élevée, ces résultats signale pas nécessairement mauvais résultats. À la variabilité élevée d’adresse qui fait des différences de traitement impossible à détecter, tout simplement augmenter le nombre de répétitions.
Dans la Figure 2, un exemple de mauvaise exploration de la variabilité saisonnière est illustré : l’insuffisance du nombre d’événements de mesure a conduit à une sous-estimation du flux annuels.
Flux quotidiens peuvent être combinées par la suite pour calculer les émissions cumulées au cours d’une année solaire, au cours d’une saison culturale ou au cours des étapes spécifiques de recadrage. En règle générale, le calcul des flux cumulés s’appuie sur la variation linéaire de flux entre deux événements mesure subséquentes. Un exemple de flux cumulés est illustré Figure 3 CH4.

La figure 1. Exemple de variation saisonnière des flux quotidiens de4 CH d’une rizière inondée sur une année complète, y compris un recadrage cycle (de mai à septembre) et intercalaires de périodes. Barres d’erreur représentent des écarts-types. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.

La figure 2. Exemple de variation saisonnière des flux quotidiens de4 CH d’une rizière inondée pendant une année entière, avec un nombre insuffisant de mesurer des événements n’est pas bien couvrant tous les moments marquants pour les émissions de GES. Barres d’erreur représentent des écarts-types. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.

La figure 3. Exemple d’émissions cumulées de4 CH pendant une saison culturale. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.

La figure 4. Phases principales de l’application de la méthode avec les correspondants des points critiques et les indicateurs de succès. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.
Les auteurs n’ont rien à divulguer.
L’objectif général du présent protocole est de mesurer les émissions de gaz à effet de serre de rizières en utilisant la technique de la chambre fermée statique. Le système de mesure a besoin d’ajustements spécifiques en raison de la présence de deux une couche d’eau permanente dans le domaine et des plantes dans l’espace de tête de chambre.
Les auteurs sont reconnaissants à Marco Romani et Eleonora Francesca Miniotti et au personnel de recherche Centre d’Ente Nazionale Risi, qui a accueilli l’essai expérimental où la vidéo a été créée. Nous tenons également à remercier Francesco Alluvione pour le premier flash scientifique menant à la réalisation du protocole et à Joan Leonard pour son précieux travail de l’édition anglaise du manuscrit.
| Ancre/chambre | - | Mousse à cellules fermées de | |
| 5 cm d’épaisseur | autoproduite- | C’est un matériau isolant, que l’on trouve dans un magasin de matériaux de construction. | |
| Revêtement réfléchissant la lumière (semblable à de l’aluminium) | - | Nous utilisons une couverture brillante, mais il est possible d’utiliser du papier d’aluminium pour la nourriture. | |
| Morceau de tube en plastique incurvé (1,5 cm et 24 cm, DxL) | - | - | Nous utilisons un conduit électrique, que l’on trouve dans une quincaillerie. |
| Connecteur à vis | -- | Nous utilisons un connecteur pour les conduits électriques, que l’on trouve dans une quincaillerie. | |
| Bouchon en caoutchouc (1 cm D) | - | - | À trouver dans un magasin de matériel de laboratoire. |
| Tube en téflon (3 mm D interne) | - | - | À trouver dans un magasin d’équipements de laboratoire. |
| Robinet d’arrêt à sens unique | - | Nous utilisons un robinet d’arrêt pour l’égouttement, que l’on trouve dans un magasin d’équipements médicaux. | |
| Ventilateur PC 12V | - | - | À trouver dans un magasin de PC. |
| Batterie rechargeable et portable 12V-7Ah | - | À trouver dans un magasin de matériel électrique. | |
| Fixations en acier | - | À trouver dans une quincaillerie. | |
| Planches de bois de 30 cm X 3 m (LxL) | - | À trouver dans un magasin de matériaux de construction. | |
| Cadre en acier | - | ||
| Niveau à bulle | autoproduit- | À trouver dans une quincaillerie. | |
| Blocs de béton | - | À trouver dans un magasin de matériaux de construction. | |
| Seringue de 50 ml | - | - | A trouver dans le magasin pour les équipements médicaux/vétérinaires. |
| Règle pliante | - | - | À trouver dans une quincaillerie. |
| Enregistreur de données de température | Onset | HOBO U23 Pro v2 Enregistreur | de données de température externe |
| Exetainer 12ml Flacon - Fond plat | Labco UK | 736 W | |
| Septa en caoutchouc Butil pour flacons | Labco UK | VW101 | |
| Aiguille hypodermique de calibre 25 | - | - | À trouver dans un magasin de matériel médical. |
| Étalons CH4 et N2O | - | - | Àtrouver chez un fournisseur de bouteilles de gaz. |