Mitophagy est un processus d’élimination sélective des mitochondries endommagés ou inutiles à l’aide de machines de l’autophagie. Des liens étroits ont été trouvés entre mitophagy défectueux et diverses maladies humaines, y compris les maladies neurodégénératives, le cancer et les maladies métaboliques. En outre, des études récentes ont montré que mitophagy est impliqué dans les processus cellulaires normaux, tels que la différenciation et le développement. Cependant, le rôle précis des et des mécanismes moléculaires qui sous-tendent les mitophagy nécessitent une étude plus approfondie. Par conséquent, il est essentiel d’élaborer une méthode robuste et pratique pour mesurer les changements dans l’activité mitophagy. Nous décrivons ici un protocole détaillé pour évaluer quantitativement l’activité mitophagy par cytométrie de flux à l’aide de la protéine fluorescente axés sur les mitochondries Keima (mt-Keima). Ce dosage de cytométrie de flux peut analyser l’activité de mitophagy plus rapidement et plus sensible que les méthodes conventionnelles microscopie ou immunoblotting dotés. Ce protocole peut être appliqué pour analyser l’activité mitophagy dans divers types de cellules.