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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Cet article décrit les protocoles de préparation des échantillons, de réduction des données et d’analyse des données dans les études d’écho de spin neutronique (NSE) des membranes lipidiques. Le étiquetage judicieux des lipides au deutérium permet d’accéder à différentes dynamiques membranaires sur des échelles de longueur et de temps mésoscopiques, sur lesquelles se produisent des processus biologiques vitaux.
Les bicouches lipidiques forment la matrice principale des membranes cellulaires et constituent la principale plate-forme pour l’échange de nutriments, les interactions protéine-membrane et le bourgeonnement viral, entre autres processus cellulaires vitaux. Pour une activité biologique efficace, les membranes cellulaires doivent être suffisamment rigides pour maintenir l’intégrité de la cellule et de ses compartiments, mais suffisamment fluides pour permettre aux composants membranaires, tels que les protéines et les domaines fonctionnels, de diffuser et d’interagir. Cet équilibre délicat des propriétés des membranes élastiques et fluides, et leur impact sur la fonction biologique, nécessitent une meilleure compréhension de la dynamique collective des membranes sur les échelles de longueur et de temps mésoscopiques des processus biologiques clés, par exemple les déformations membranaires et les événements de liaison aux protéines. Parmi les techniques qui peuvent sonder efficacement cette plage dynamique, il y a la spectroscopie par écho de spin neutronique (NSE). Combiné au labelage au deutérium, le NSE peut être utilisé pour accéder directement aux fluctuations de flexion et d’épaisseur ainsi qu’à la dynamique mésoscopique de certaines caractéristiques de la membrane. Cet article fournit une brève description de la technique NSE et décrit les procédures pour effectuer des expériences NSE sur les membranes liposomales, y compris des détails sur les schémas de préparation et de deutération des échantillons, ainsi que des instructions pour la collecte et la réduction des données. L’article présente également des méthodes d’analyse de données utilisées pour extraire des paramètres clés de la membrane, tels que le module de rigidité de flexion, le module de compressibilité de surface et la viscosité dans le plan. Pour illustrer l’importance biologique des études NSE, certains exemples de phénomènes membranaires sondés par NSE sont discutés, à savoir l’effet des additifs sur la rigidité de flexion de la membrane, l’impact de la formation de domaine sur les fluctuations membranaires et la signature dynamique des interactions membrane-protéine.
La compréhension des membranes cellulaires et de leur fonction a remarquablement évolué au cours des dernières décennies. L’ancienne vision des membranes cellulaires en tant que bicouches lipidiques passives qui définissent les limites cellulaires et abritent les protéines membranaires1 s’est progressivement transformée en un modèle dynamique dans lequel les bicouches lipidiques jouent un rôle important dans la régulation des processus biologiques vitaux, y compris la signalisation cellulaire, l’échange moléculaire et la fonction protéique – pour n’en nommer que quelques-uns2,3,4,5,6. Cette prise de conscience que les membranes cellulaires sont très dynamiques, en constante évolution et redistribution moléculaire, a poussé les explorations scientifiques au-delà des structures d’équilibre des membranes7,8,9. En conséquence, de multiples approches ont été développées pour étudier les différents modes dynamiques dans les membranes lipidiques biologiques et bioinspirées. À ce jour, la majorité de ces études se sont principalement concentrées sur les mouvements moléculaires diffusifs10,11,12,13 et les fluctuations de forme macroscopiques14,15,16, laissant une lacune significative dans la compréhension de la dynamique membranaire intermédiaire, c’est-à-dire les fluctuations collectives des assemblages lipidiques constitués de quelques 10 à 100 molécules lipidiques. Ces dynamiques se produisent sur des échelles de longueur de quelques dizaines à quelques 100 Å et sur des échelles de temps de sous-ns à quelques centaines de ns (voir figure 1),appelées ici échelles mésoscopiques. C’est en effet à ces échelles que l’activité biologique clé a lieu au niveau de la membrane17. Cela inclut le bourgeonnement viral18, le canal gating19et les interactions membrane-protéine20. Il est également important de souligner que le paysage énergétique des protéines membranaires21,22 montre que les changements conformationnels dans les protéines – nécessaires à leur rôle régulateur – se produisent sur les échelles de temps ns23 des fluctuations membranaires collectives, soulignant davantage l’importance de la dynamique mésoscopique dans la fonction biologique des membranes cellulaires et de leurs analogues bioinspirés20. Cet article se concentre sur les deux principaux modes dynamiques mésoscopiques dans les membranes lipidiques, à savoir les fluctuations de flexion et les fluctuations d’épaisseur.
Le principal défi pour sonder directement ces modes de fluctuation est la difficulté d’accéder simultanément à leurs échelles spatiales et temporelles à l’aide de méthodes de spectroscopie standard. L’autre défi est que les techniques de contact direct pourraient avoir un impact sur les mêmes fluctuations qu’elles sont censées mesurer16. Ceci est encore exacerbé par la complexité compositionnelle et structurelle des membranes biologiques24,25, qui se traduit par des caractéristiques membranaires non homogènes, y compris la formation de domaine lipidique26,27,28,29,30 et l’asymétrie membranaire31,32,33- exigeant des sondes sélectives pour comprendre la dynamique des différentes caractéristiques de la membrane. Heureusement, ces défis peuvent être surmontés avec des méthodes de spectroscopie neutronique non invasives, telles que l’écho de spin neutronique (NSE), qui accèdent intrinsèquement aux échelles de longueur et de temps requises, et permettent d’autres études des caractéristiques sélectives de la membrane sans modifier leur environnement physico-chimique34. En effet, au cours des dernières années, la spectroscopie NSE a évolué pour devenir une sonde unique et puissante de dynamique membranaire collective35. Les résultats des études NSE sur les membranes lipidiques ont produit de nouvelles connaissances sur les propriétés mécaniques36,37 et viscoélastiques38,39 des membranes lipidiques et ont jeté un nouvel éclairage sur leur rôle potentiel dans la fonction biologique40,41.
La technique de spectroscopie NSE est basée sur une conception d’instrument interférométrique, proposée pour la première fois par Mezei42,utilisant une série de spin-flippers et de bobines magnétiques pour contrôler la précession du spin neutronique lorsque les neutrons traversent l’instrument. La conception repose sur la mise en miroir magnétique des éléments du champ magnétique par rapport à la position de l’échantillon(Figure 1A). Cela implique qu’en l’absence d’échange d’énergie entre le neutron et l’échantillon, le neutron effectue le même nombre de précessions de spin, dans des directions opposées, dans la première et la deuxième moitié de l’instrument (remarquez le π-flipper entre les deux bobines de précession). En conséquence, l’état de spin final du neutron reste inchangé par rapport à l’état initial - un phénomène appelé écho de spin (voir neutron transparent à la figure 1A). Cependant, lorsque le neutron interagit énergétiquement avec l’échantillon, l’échange d’énergie modifie le nombre de précessions de spin dans la seconde moitié de l’instrument, conduisant à un état de spin final différent (voir Figure 1A). Ceci est détecté expérimentalement comme une perte de polarisation, comme nous le verrons plus loin dans cet article. Pour plus de détails sur la technique NSE, le lecteur est référé aux documents techniques dédiés42,43,44,45.
Ici, une description simplifiée est présentée pour fournir une estimation approximative de la durée et des échelles de temps accessibles avec NSE. Les échelles de longueur sont déterminées par la gamme des transferts de vecteurs d’onde réalisables, Q = 4π sin θ/λ, où 2θ est l’angle de diffusion et λ est la longueur d’onde du neutron. On peut voir que Q est défini par la gamme de longueurs d’onde et l’étendue de rotation du deuxième bras du spectromètre (voir Figure 1A). Une plage Qtypique sur les spectromètres NSE est ~0,02-2 Å-146,47, et jusqu’à 0,01-4 Å-1 avec des mises à niveau récentes48,49, correspondant à des échelles spatiales de ~ 1-600 Å. D’autre part, l’échelle de temps accessible est calculée à partir de l’angle total de précession (ou phase) acquis par le neutron à l’intérieur des bobines de précession magnétique, et se trouve êtrede 50:
. Dans cette expression, t est le temps de Fourier défini comme
, où est le rapport
gyromagnétique des neutrons,
est la longueur de la bobine et est la force du champ magnétique de
la bobine. Il convient de souligner que le temps de Fourier est une quantité qui dépend strictement de la géométrie de l’instrument, de l’intensité du champ magnétique et de la longueur d’onde des neutrons. Par exemple, en utilisant des neutrons de longueur d’onde
= 8 Å et des réglages d’instrument de
= 1,2 m et
= 0,4 T, le temps de Fourier est calculé à t ~ 50 ns. Expérimentalement, le temps de Fourier est réglé en modifiant le courant dans les bobines de précession (c’est-à-dire l’intensité du champ magnétique) ou en utilisant différentes longueurs d’onde de neutrons, ce qui donne des échelles de temps NSE typiques de ~ 1 ps à 100 ns. Cependant, les récentes mises à niveau des spectromètres NSE ont permis d’accéder à des temps de Fourier plus longs, jusqu’à ~400 ns sur le spectromètre J-NSE-Phoenix au Heinz Maier-Leibnitz Zentrum51 et le spectromètre SNS-NSE au Oak Ridge National Lab48,et jusqu’à ~1 000 ns au spectromètre IN15 NSE à l’Institut Laue-Langevin (ILL)49.
Outre l’accès direct à la durée et à l’échelle de temps de la dynamique membranaire, NSE a les capacités inhérentes de la sensibilité isotopiqueneutronique 52. Plus précisément, la capacité des neutrons à interagir différemment avec les isotopes de l’hydrogène, l’élément le plus abondant dans les systèmes biologiques, entraîne une densité de longueur de diffusion des neutrons différente,34 ou NSLD (l’équivalent de l’indice optique de réfraction50),lorsque le protium est substitué par du deutérium. Cela permet une approche connue sous le nom de variation de contraste, qui est couramment utilisée pour mettre en évidence des caractéristiques spécifiques de la membrane ou en dissimuler d’autres – ce dernier scénario est appelé correspondance de contraste. Une application fréquente de variation/correspondance de contraste est la substitution de l’eau (NSLD = -0,56 × 10-6 Å-2) par de l’eau lourde ouD2O (NSLD = 6,4 × 10-6 Å-2) pour amplifier le signal neutronique des membranes lipidiques protiées (NSLD ~ 0 × 10-6 Å-2). Cette approche est très efficace dans les études de la structure membranaire car la pénétration de D2O dans la région du groupe de tête de la membrane permet de déterminer avec précision les épaisseurs de membrane (voir Figure 2A,panneau de gauche) et de l’emplacement des différents sous-groupes lipidiques lorsque des modèles plus sophistiqués sont appliqués53,54. Cet article met en évidence quelques exemples sur l’utilisation de la variation de contraste pour les études de la dynamique collective dans les membranes biomimétiques et certaines caractéristiques membranaires.
Ici, l’efficacité de NSE à fournir des informations uniques sur les propriétés dynamiques et fonctionnelles des membranes est illustrée par des exemples tangibles d’études NSE sur des systèmes de membranes lipidiques modèles et biologiquement pertinents en mettant l’accent sur la dynamique à méso-échelle dans les membranes autoportantes, sous la forme de suspensions liposomales. Pour les mesures NSE de la dynamique des membranes dans le plan, le lecteur est référé à des publications dédiées sur la spectroscopie d’écho-spin neutronique d’incidence de pâturage (GINSES)55,56 et d’autres études de piles de membranes multilamellaires alignées57,58,59,60.
Pour simplifier, cet article met en évidence trois schémas différents de deutération membranaire illustrés sur un système de bicouche lipidique bien étudié formant ou séparant les phases de mélanges de 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DMPC) et de 1,2-distéaroyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DSPC)61,62. Les deux lipides sont caractérisés par un décalage dans leur longueur de chaîne hydrocarbonée (14 carbones/queue en DMPC vs 18 carbones/queue en DSPC) et leur température de transition gel-fluide (Tm, DMPC = 23 °C vs Tm, DSPC = 55 °C). Il en résulte une séparation latérale de phase dans les membranes DMPC:DSPC à des températures comprises entre les températures de transition supérieures et inférieures du mélange63. Les schémas de deutération considérés ici sont choisis pour démontrer les différents modes dynamiques accessibles dans les mesures NSE sur les membranes liposomales, à savoir les fluctuations de flexion, les fluctuations d’épaisseur et les fluctuations sélectives de flexion / épaisseur des domaines latéraux. Toutes les compositions lipidiques sont rapportées pour les bicouches DMPC:DSPC préparées à une fraction molaire de 70:30, en utilisant des variantes protiées et perdeuterées de DMPC et DSPC disponibles dans le commerce. Toutes les étapes de préparation de l’échantillon sont basées sur 4 mL de suspension liposomale, en D2O, avec une concentration lipidique de 50 mg/mL, pour une masse lipidique totale de Mtot = 200 mg par échantillon.
1. Schéma de deutération requis pour l’expérience
133,4 mg, où XDMPC et XDSPC sont les fractions molaires de DMPC et DSPC, ici réglés à 0,7 et 0,3, respectivement, et MwDMPC et MwDSPC sont les poids molaires donnés par 677,9 g/mol et 790,1 g/mol, respectivement. De même, mDSPC = 66,6 mg. Ce schéma de deutération augmente le contraste de diffusion entre la membrane (NSLD ~ 0 × 10-6 Å -2) et le tampon deutéré (NSLD ~ 6,4 × 10-6 Å -2) et amplifie le signal des ondulations membranaires (voir le panneau de gauche de la figure 2A).2. Préparation de la suspension lipidique pour l’extrusion
Mtot est la masse totale, fixée ici à 200 mg. Voir l’exemple ci-dessus pour les bicouches lipidiques DMPC-DSPC avec différents schémas de deutération.3. Extrusion de la solution lipidique hydratée
4. Mesures NSE pour le(s) échantillon(s) et réduction des données collectées


faisceau, donc les changements dans l’état de spin dus à l’échange d’énergie entre le neutron et l’échantillon est détectée comme une baisse de la polarisation (de l’unité).5. Analyse et interprétation des données

Les études NSE accédant aux fluctuations de flexion sont généralement réalisées sur une plage Q de ~ (0,04 - 0,2) Å-1. Cette gamme Q correspond à des échelles de longueur intermédiaires entre l’épaisseur de la membrane et le rayon liposomal, où la dynamique de flexion domine. La mesure sur une plage Q étendue peut donner accès à des modes dynamiques supplémentaires, y compris la diffusion liposomale et la dynamique intramembranaire. Pour plus de détails sur le cross-over dans la dynamique membranaire accessible par NSE, consultez ces publications pertinentes25,71. Il est important de souligner que les signaux NSE sont proportionnels à:
, où Icoh et Iinc sont, respectivement, l’intensité de diffusion cohérente et incohérente de l’échantillon. Par conséquent, il est conseillé de préparer des échantillons liposomaux NSE dans des tampons deutérés (c’est-à-dire des tampons préparés avec D2O au lieu de H2O) afin de minimiser le signal de diffusion incohérent, principalement contribué par la teneur en hydrogène de l’échantillon. Cependant, dans certains cas, des schémas de deutération intermédiaires (c’est-à-dire utilisant des mélanges deD2O et H2O) peuvent être nécessaires pour obtenir des conditions de contraste optimales. En règle générale, les mesures NSE des fluctuations de flexion de la membrane sont effectuées sur des liposomes entièrement protiés dans un tampon deutéré, appelés liposomes entièrement contrastés dans la figure 5. Ce schéma de deutération entraîne une grande différence NSLD entre le noyau de la membrane (~0 × 10-6 Å-2) et son environnement fluide deutéré (~6,4 × 10-6 Å -2), ce qui améliore considérablement le signal de diffusion des membranes liposomales et améliore les statistiques de mesure de la dynamique de flexion. Ce schéma de contraste(figure 2A panneau de gauche) est fréquemment utilisé dans les études de rigidité de flexion des membranes lipidiques avec des composants lipidiques simples38,72 et multiples39,66 et dans les études de ramollissement / raidissement de la membrane par des inclusions biologiques (par exemple, cholestérol, molécules médicamenteuses, peptides / protéines)36,37,73,74,75et des additifs synthétiques (par exemple, nanoparticules)76,77.
Les mesures des fluctuations de flexion entraînent des taux de relaxation qui suivent une dépendance Q3, comme prédit par Zilman et Granek pour les feuilles minces élastiques ondulantes thermiquement70. Une forme affinée de cette Q-dépendanceest obtenue à partir de corrections théoriques de Watson et Brown78,qui prennent en compte les effets du frottement intermonouche proposé par Seifert et Langer79. En définissant en outre le plan neutre comme faisant partie de l’interface entre les groupes de têtes hydrophiles et les queues hydrophobes de la membrane, les taux de relaxation en flexion peuvent alors être ajustés à l’expression suivante38.

où ηbuff est la viscosité tampon, kBT est l’énergie thermique, κ et est la rigidité de flexion de la membrane mesurée (ou de la partie contrastée de la membrane dans les systèmes deutérés sélectivement). Ce type de mesure permet le calcul direct des propriétés élastiques de la membrane sous la forme du module de rigidité de flexion. Notez que κ est extrait de la pente de l’ajustement linéaire de Γ vs Q3, comme le montre la figure 5C.
D’autre part, les mesures NSE des fluctuations d’épaisseur de membranemontrent des écarts par rapport à la dépendance Q3dans Γ( Q ) autour de valeurs Q qui correspondent à l’épaisseur de la membrane (voir figure 2 dans la réf.66). Pour isoler le signal de fluctuation d’épaisseur, on peut diviser Γ(Q) par Q3, comme le montre la figure 5D. Les données résultantes montrent que la dynamique excédentaire due aux fluctuations d’épaisseur suit une fonction lorentzienne dans Q, comme récemment corroboré dans les simulations de dynamique moléculaire à grains grossiers (MD)67. Pour s’adapter à la dynamique excessive observée, Nagao et al.38 ont développé une expression basée sur le cadre théorique des fluctuations membranaires par Bingham et al.80 comme suit.

Dans cette expression, Q0 est la valeur Qde crête correspondant à l’épaisseur de la membrane (qui peut être obtenue indépendamment à partir de mesures SANS), μ est la viscosité de la membrane dans le plan, AL est la surface par lipide (mesurée avec SANS/SAXS), et KA est le module de compressibilité de l’aire. En supposant que KA puisse être calculé à partir de κ à l’aide du modèle de brosse polymère, cette expression se réduit à un paramètre d’ajustement, à savoir la viscosité de la membrane μ, présentant une nouvelle approche pour mesurer la viscosité de la membrane sans avoir besoin de marquage de fluorescence ou d’attache/suivi des particules13. La prémisse est que selon les modèles de déformation des feuilles minces élastiques81, κ et KA sont interdépendantes telles que: ,
où tm est l’épaisseur mécanique (ou déformable) de la membrane et β est une constante qui décrit le couplage interleaflet. L’hypothèse est que β = 12 pour les folioles entièrement couplées, β = 48 pour les folioles complètement découplées et β = 24 pour les folioles à couplage intermédiaire. Ce dernier est appelé le modèle de brosse polymère81 et il a été démontré qu’il s’applique dans les membranes lipidiques fluides monocomposantes et binaires39. Cependant, cela doit être abordé avec prudence. Par exemple, des simulations récentes de Doktorova et al. 82 a montré que pour que le modèle de brosse en polymère maintienne dans des membranes lipidiques insaturées contenant du cholestérol, une expression modifiée de l’épaisseur mécanique de la membrane doit être utilisée. Idéalement, si une mesure indépendante de KA est possible, par exemple en utilisant l’aspiration par micropipette83, la combinaison des résultats KA avec des mesures de rigidité de flexion NSE présenterait une occasion unique d’étudier le couplage entre les feuilles dans les membranes modèles et biologiques – une question de longue date en biophysique membranaire et en biologie structurale. Une fois les valeurs de KA validées, elles peuvent être utilisées dans l’équation 5 pour obtenir la viscosité mésoscopique de la membrane.

Figure 1: Conception del’instrument NSE et chevauchement synergique avec les échelles longueur/temps de la dynamique membranaire mésoscopique. (A) Schéma des différents éléments magnétiques d’un instrument NSE, utilisé pour manipuler le spin des neutrons traversant l’instrument de gauche à droite. Le neutron mis en évidence indique un changement d’orientation de spin (ou une perte de polarisation) dû à l’échange d’énergie entre le neutron et l’échantillon, tandis que le neutron transparent représente l’écho de spin, c’est-à-dire aucun changement dans le spin du neutron dû à un échange d’énergie nul. La flèche grise indique la possibilité de faire pivoter le deuxième bras du spectromètre pour accéder à des angles de diffusion plus grands. (B) Représentation picturale de la dynamique hiérarchique dans les membranes lipidiques, montrant divers modes dynamiques qui s’étendent sur plusieurs échelles de longueur et de temps. La zone ombrée représente les échelles de longueur et de temps auxquelles accède NSE, qui chevauchent les méso-échelles des fluctuations membranaires collectives, à savoir les fluctuations de flexion et d’épaisseur. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 2: Exemples de schémas de deutération possibles dans les expériences NSE sur membranes lipidiques. (A) Gauche: Membranes entièrement contrastées, par exemple membranes protées dans un tampon deutéré, montrant le profil NSLD le long de la normale à la surface de la membrane. La différence dans la NSLD entre la région de la queue (~0 × 10-2 Å-2) et la région du groupe de tête (~4,5 × 10-6 Å-2) de la membrane est due à l’hydratation du groupe de tête avec tampon deutéré. Droite : Membranes appariées au contraste de la queue de telle sorte que la région de la queue d’hydrocarbure de la membrane a la même LNDS que le tampon, comme indiqué dans le profil NSLD correspondant le long de la membrane normale. (B) Membranes formant un domaine avec deux schémas de contraste neutronique où les domaines (au centre) ou la matrice (à gauche) sont assortis au tampon, permettant des études sélectives de la matrice ou de la dynamique du domaine, respectivement. Cette figure a été modifiée à partir de Nickels et al., JACS 201541. (C) Membranes asymétriques préparées par échange de cyclodextrine entre des vésicules lipidiques protées et deutérées, entraînant la deutération d’une feuillet membranaire tout en maintenant l’autre feuillet protiée. Cela permet d’études de la dynamique de flexion de la feuillet protiée et fournit des informations sur le couplage mécanique entre les folioles opposées dans les membranes asymétriques. Cette figure a été modifiée à partir de Rickeard et al., Nanoscale 202040. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 3: Illustration de la configuration pour l’extrusion automatisée de liposomes. (A) Extrudeuse automatisée sur mesure utilisant une pompe à seringue, un mini ensemble d’extrudeuses et un cadre en aluminium / acier pour permettre des extrusions cycliques. (B) et (C) montrent la différence d’aspect visuel des suspensions lipidiques avant (blanc laiteux) et après (bleu opale transparent) extrusion. Cela est dû à la formation initiale de piles lipidiques de la taille d’un micron ou de vésicules géantes qui sont de l’ordre ou supérieures à la longueur d’onde de la lumière visible. Après extrusion, la suspension comprendra des vésicules nanoscopiques (~100 nm), qui sont plus petites que la longueur d’onde de la lumière visible, donnant une suspension transparente. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 4: Données représentatives d’expériences NSE sur suspensions liposomiques. (A) Exemple d’un signal d’écho sur un seul pixel de détecteur (pixel marqué dans le panneau B), montrant les ajustements du signal d’écho à l’aide de l’équation (1), avec une illustration des différents paramètres requis dans l’ajustement de l’écho. Notez que le signal d’écho est tracé en fonction de l’angle de phase au lieu du courant de phase comme indiqué à l’étape 4.7 du protocole. (B) Image du détecteur NSE montrant la variation du nombre de neutrons par pixel. L’image montre également des pixels de détecteur éliminés (vert) en raison de mauvais signaux d’écho. Le binning des pixels du détecteur dans les arcs Q (également connus sous le nom d’anneaux de Debye-Scherrer) donne la Q-dépendance de la fonction de diffusion intermédiaire, nécessaire à l’analyse et à l’interprétation des données NSE. Cette figure a été modifiée à partir de Ashkar, J. Appl. Phys. 202050. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 5: Résultats représentatifs d’expériences NSE sur suspensions liposomales avec différents schémas de deutération. (A) Géométrie de diffusion d’un neutron interagissant avec un liposome, montrant l’angle de diffusion, 2θ, et le transfert du vecteur d’onde,
. (B) Les fonctions de diffusion intermédiaires, S(Q,t) / S(Q,0), présentent des désintégrations en fonction du temps de Fourier. L’ajustement des désintégrations mesurées à une fonction exponentielle étirée donnée par l’équation 3 donne les taux de relaxation, Γ(Q). (C) Pour les liposomes entièrement protiés dans un tampon deutéré, Γ(Q) suit une dépendance Q3, typique de la dynamique de flexion. L’ajustement linéaire des données obtenues à un modèle de Zilman-Granek donne le module de rigidité de flexion de la membrane. (D) Pour les liposomes deutérés de la queue, une dynamique excessive est observée en plus des fluctuations de flexion et sont plus prononcées à des valeurs Q qui correspondent à l’épaisseur de la membrane. L’ajustement de l’excès de dynamique à une fonction lorentzienne (équation 5) permet d’extraire la viscosité de la membrane. Des ensembles de données ont été recueillis sur le spectromètre NSE du NIST. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
Les auteurs ne déclarent aucun conflit d’intérêts et n’ont rien à divulguer.
Cet article décrit les protocoles de préparation des échantillons, de réduction des données et d’analyse des données dans les études d’écho de spin neutronique (NSE) des membranes lipidiques. Le étiquetage judicieux des lipides au deutérium permet d’accéder à différentes dynamiques membranaires sur des échelles de longueur et de temps mésoscopiques, sur lesquelles se produisent des processus biologiques vitaux.
R. Ashkar remercie M. Nagao, L.-R. Stingaciu et P. Zolnierczuk pour de nombreuses discussions utiles et pour leur aide fréquente dans les expériences NSE sur leurs lignes de faisceau respectives. Les auteurs reconnaissent l’utilisation de spectromètres d’écho de spin neutronique au NIST et à l’ORNL. Le spectromètre NSE du NIST est soutenu par le Center for High Resolution Neutron Scattering, un partenariat entre le National Institute of Standards and Technology et la National Science Foundation en vertu de l’accord no. DMR-1508249. Le spectromètre NSE de la source de neutrons de spallation de l’ORNL est soutenu par la Division des installations pour les utilisateurs scientifiques, Office of Basic Energy Sciences, Département de l’énergie des États-Unis. Oak Ridge National Laboratory est géré par UT-Battelle, LLC en vertu du contrat US DOE No. DE-AC05-00OR22725.
| Chloroforme (qualité biotechnologique) | Sigma Aldrich | 496189 | Catégorie biotechnologique, &ge ; 99,8 %, contient 0,5 à 1,0 % d’éthanol comme stabilisant |
| Bain d’eau en circulation | Julabo | SE-12 | Circulateur de chauffage avec pompe intelligente, réglages de température programmables et connexion de capteur externe pour la mesure et le contrôle |
| Oxyde de deutérium | Cambridge Isotopes Laboratories | DLM-4 | Eau deutérée ; Eau lourde (D2O) (D, 99.9 %) |
| Semi-microbalance numérique | Mettler Toledo | MS105 | Semi-microbalance d’une capacité de 120 g, d’une précision d’affichage de 0,01 mg, d’une cellule de pesée haute résolution, de portes ergonomiques et d’une application de contrôle de pipette |
| Éthanol (qualité biologie moléculaire) | Sigma Aldrich | E7023 | Éthanol 200 proof pour applications de biologie moléculaire |
| Pipettes en verre | VWR | 36360-536 | Verre sodocalcique jetable Pipettes Pasteur |
| Flacons en verre | Thermo Scientific | B7990-1 | Flacons en verre borosilicaté avec bouchons de septum PTFE/Silione |
| Congélateur de laboratoire | Fisher Scientific | IU2886D | Congélateur à ultra-basse température (-86 à -50 °C) pour le stockage à long terme des lipides et des protéines |
| Lipides (protaités ou perdeutérés) | Avanti Polar Lipids | varie selon les lipides | Les lipides peuvent être achetés auprès d’Avanti sous forme de poudre ou dans une solution de chloroforme avec les quantités et les schémas de deutération requis. |
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| Raccords à connexion rapide | Grainger | 2YDA1 et 2YDA7 | Raccords de tube à bouton-poussoir pour les applications de circulation d’eau QuickConnect, par exemple l’extrusion de vésicules à haute température |
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