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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
L’article décrit la différenciation dirigée par étapes des cellules souches pluripotentes induites en organoïdes pulmonaires entiers tridimensionnels contenant à la fois des cellules pulmonaires épithéliales proximales et distales ainsi que du mésenchyme.
Le développement et la maladie pulmonaires humaines ont été difficiles à étudier en raison de l’absence de systèmes modèles in vitro biologiquement pertinents. Les cellules souches pluripotentes induites par l’homme (hiPSC) peuvent être différenciées progressivement en organoïdes pulmonaires multicellulaires 3D, constitués à la fois de populations de cellules épithéliales et mésenchymateuses. Nous récapitulons les signaux de développement embryonnaire en introduisant temporellement une variété de facteurs de croissance et de petites molécules pour générer efficacement un endoderme définitif, un endoderme de l’intestin antérieur et, par conséquent, des cellules progénitrices pulmonaires. Ces cellules sont ensuite intégrées dans un milieu de matrice membranaire basale à facteur de croissance réduit (DFG), ce qui leur permet de se développer spontanément en organoïdes pulmonaires 3D en réponse à des facteurs de croissance externes. Ces organoïdes pulmonaires entiers (WLO) subissent des stades précoces de développement pulmonaire, y compris une morphogenèse ramifiée et une maturation après exposition à la dexaméthasone, à l’AMP cyclique et à l’isobutylxanthine. Les WHO possèdent des cellules épithéliales des voies respiratoires exprimant les marqueurs KRT5 (basal), SCGB3A2 (club) et MUC5AC (gobelet) ainsi que des cellules épithéliales alvéolaires exprimant HOPX (type alvéolaire I) et SP-C (type alvéolaire II). Des cellules mésenchymateuses sont également présentes, notamment de l’actine musculaire lisse (SMA) et du récepteur A du facteur de croissance dérivé des plaquettes (PDGFRα). Les WFO dérivés de l’iPSC peuvent être maintenus dans des conditions de culture 3D pendant de nombreux mois et peuvent être triés pour les marqueurs de surface afin de purifier une population cellulaire spécifique. Les WFO dérivés de l’iPSC peuvent également être utilisés pour étudier le développement pulmonaire humain, y compris la signalisation entre l’épithélium pulmonaire et le mésenchyme, pour modéliser les mutations génétiques sur la fonction et le développement des cellules pulmonaires humaines et pour déterminer la cytotoxicité des agents infectieux.
Le poumon est un organe compliqué, hétérogène et dynamique qui se développe en six stades distincts - maturation embryonnaire, pseudoglandulaire, canaliculaire, sacculaire, alvéolaire et microvasculaire1,2. Les deux dernières phases se produisent avant et après la naissance dans le développement humain, tandis que les quatre premières étapes se produisent exclusivement pendant le développement du fœtus, à moins qu’une naissance prématurée ne se produise3. La phase embryonnaire commence dans la couche germinale endodermique et se termine par le bourgeonnement de la trachée et des bourgeons pulmonaires. Le développement pulmonaire se produit en partie par signalisation entre les cellules épithéliales et mésenchymateuses4. Ces interactions entraînent la ramification pulmonaire, la prolifération, la détermination du devenir cellulaire et la différenciation cellulaire du poumon en développement. Le poumon est divisé en zones conductrices (trachée aux bronchioles terminales) et zones respiratoires (bronchioles respiratoires aux alvéoles). Chaque zone contient des types uniques de cellules épithéliales; y compris les cellules basales, sécrétoires, ciliées, de brosse, neuroendocrines et ionocytaires dans les voies respiratoires conductrices5, suivies des cellules alvéolaires de type I et II dans l’épithélium respiratoire6. On ignore encore beaucoup de choses sur le développement et la réponse aux blessures des différents types de cellules. Les modèles d’organoïdes pulmonaires dérivés de la CSPi permettent d’étudier les mécanismes qui stimulent le développement pulmonaire humain, les effets des mutations génétiques sur la fonction pulmonaire et la réponse de l’épithélium et du mésenchyme aux agents infectieux sans avoir besoin de tissu pulmonaire humain primaire.
Les marqueurs correspondant aux différents stades de la différenciation embryonnaire comprennent CXCR4, cKit, FOXA2 et SOX17 pour l’endoderme définitif (DE)7, FOXA2, TBX1 et SOX2 pour l’endoderme antérieur de l’intestin antérieur (AFE)8, et NKX2-1 pour les cellules progénitrices pulmonaires précoces9. Dans le développement pulmonaire embryonnaire, l’intestin antérieur se divise en œsophage dorsal et trachée ventrale. Les bourgeons des poumons droit et gauche apparaissent comme deux outpouchings indépendants autour du bourgeon trachéal10. Au cours de la morphogenèse ramifiée, le mésenchyme entourant l’épithélium produit du tissu élastique, du muscle lisse, du cartilage et du système vasculaire11. L’interaction entre l’épithélium et le mésenchyme est essentielle au développement normal des poumons. Cela inclut la sécrétion de FGF1012 par le mésenchyme et de SHH13 produit par l’épithélium.
Ici, nous décrivons un protocole pour la différenciation dirigée des hiPSC en organoïdes pulmonaires entiers (WLO) tridimensionnels (3D). Bien qu’il existe des approches similaires qui intègrent l’isolement des cellules progénitrices pulmonaires par tri au stade LPC pour fabriquer des organoïdes alvéolaires14,15 (distaux) ou des organoïdes des voies respiratoires16 (proximaux), ou génèrent des sphéroïdes ventraux-antérieurs de l’intestin antérieur pour fabriquer des organoïdes pulmonaires humains exprimant des marqueurs alvéolaires et mésenchymateux et des organoïdes progénitrices de la pointe des bourgeons17 , la force de cette méthode est l’inclusion des deux types de cellules épithéliales et mésenchymateuses pulmonaires pour modéliser et orchestrer la morphogenèse, la maturation et l’expansion des ramifications pulmonaires in vitro.
Ce protocole utilise de petites molécules et des facteurs de croissance pour diriger la différenciation des cellules souches pluripotentes à travers l’endoderme définitif, l’endoderme de l’intestin antérieur et les cellules progénitrices pulmonaires. Ces cellules sont ensuite induites en organoïdes pulmonaires entiers 3D à travers des étapes de développement importantes, y compris la ramification et la maturation. Le résumé du protocole de différenciation est illustré à la figure 1a avec des images représentatives en champ clair de la différenciation endodermique et organoïde illustrées à la figure 1b. La figure 1c,d montre les détails de l’expression génique de la différenciation endodermique ainsi que l’expression génique des populations proximales et distales des cellules épithéliales pulmonaires après avoir terminé la différenciation.
Ce protocole d’étude a été approuvé par l’Institutional Review Board du Human Research Protections Program de l’UCSD (181180).
1. Induction définitive de l’endoderme à partir de cellules souches pluripotentes induites (Jour 1 - 3)
2. Induction de l’endoderme de l’intestin antérieur (AFE) (Jour 4 - 6)
3. Différenciation des cellules progénitrices pulmonaires (LPC) (Jour 7 - 16)
4.3D induction organoïde pulmonaire (Jour 16 - 22)
5.3D Ramification organoïde pulmonaire (Jour 23 - 28)
6.3D maturation organoïde pulmonaire (Jour 29 - 34)
7.3D Immunocytochimie organoïde pulmonaire
8. Retrait d’organoïdes pulmonaires entiers du milieu de la matrice de la membrane basale DU DFG pour le passage, le FACS ou la cryoconservation
24 heures après le placage, jour 1, les CSPi doivent être confluents à 50% à 90%. Le jour 2, DE devrait être confluent à 90% à 95%. Au cours de l’induction de DE, il est courant d’observer une mort cellulaire importante au jour 4, mais les cellules attachées conserveront une morphologie pavée compacte (Figure 2b). Arrêter la différenciation si la majorité des cellules adhérentes se détachent et envisager de raccourcir l’exposition aux milieux DE avec l’activine A de 6 à 12 h. Pendant l’induction de l’AFE, la mort cellulaire est minime et les cellules restent adhérentes, mais apparaîtront plus petites et plus hétérogènes. Le passage des cellules au jour 7 ne doit être effectué que si le rendement de SOX2 et FOXA2 double positif est de >80%. Après avoir passé dans la matrice de la membrane basale pour l’induction LPC 3D, de petits sphéroïdes apparaîtront d’abord, puis se développeront et certains peuvent commencer à se ramifier. Les profils d’expression génique pour une différenciation endodermique réussie comprennent une augmentation de SOX17 à DE, une augmentation de FOXA2 et SOX2 avec une diminution de SOX17 et la première apparition de NKX2-1, et une augmentation de NKX2-1, ainsi que la présence de SOX2 et FOXA2. Conformément au développement embryonnaire précoce, la ventralisation de l’AFE se produit pour le développement des bourgeons pulmonaires (NKX2-1+) et la dorsalisation de l’AFE se produit pour le développement gastro-intestinal (SOX2+). Les cultures au LPC auront un mélange de progéniteurs pulmonaires et gastriques.
L’induction organoïde pulmonaire à partir de LPC a été réalisée en utilisant diverses méthodes. Certains groupes trient les cellules à l’aide de rapporteurs fluorescents NKX2-1 ou d’un proxy d’antigène de surface (CPM, CD26lowCD47high). Mais ces organoïdes pulmonaires contiennent des cellules alvéolaires de type II sans cellules alvéolaires de type I ni mésenchyme. D’autres groupes ont recueilli des amas de cellules qui bourgeonnent sur la monocouche AFE/LPC et les ont incorporés dans la matrice de la membrane basale. Ces organoïdes contiennent une population mixte de cellules épithéliales et mésenchymateuses pulmonaires, mais il faut des mois pour les mettre en culture19. Notre protocole inclut à la fois la présence de cellules épithéliales et mésenchymateuses. Les WHO expriment les marqueurs cellulaires épithéliaux proximaux p63 et KRT5 (cellules basales) et SCGB3A2 (cellules club) ainsi que les marqueurs cellulaires épithéliaux distaux HOPX (ATI) et proSPC, SPB et NKX2-1 (ATII). Ils expriment également le marqueur mésenchymateux Vimentin au stade LPC, ainsi que dans l’ensemble des organoïdes pulmonaires. PDGFRα est un marqueur pour les fibroblastes qui ont une fonction importante dans le poumon pendant la sacculation et l’alvéolarisation20 et est co-exprimé avec le facteur de transcription important dans la différenciation des cellules distales, SOX9 (Figure 3).
Notre méthode génère efficacement des cultures LPC 3D exprimant NKX2-1 en utilisant des molécules de signalisation qui se produisent dans le développement pulmonaire fœtal pour former des organoïdes pulmonaires précoces. Lors du passage des LPC dans un milieu de matrice membranaire basale GFR pour l’induction organoïde pulmonaire, il est impératif de ne pas trop se dissocier en une suspension à cellule unique, mais plutôt de conserver de petits amas de cellules (10 cellules / amas). Le comptage cellulaire ne sera pas complètement précis, mais toujours nécessaire pour éviter une confluence excessive pendant la différenciation organoïde pulmonaire de 3 semaines.
L’induction organoïde pulmonaire devrait donner de petits organoïdes ramifiés au jour 6 de l’induction (jour 23 de la différenciation). Ceux-ci devraient continuer à croître pendant l’étape de ramification organoïde et l’étape de maturation. Vingt-quatre heures après l’introduction de la dexaméthasone, de l’AMPc et de l’IBMX, les branches devraient s’étendre dans des sphères transparentes. L’analyse des organoïdes pulmonaires entiers peut être effectuée à la fin de la différenciation, ou les WHO peuvent être passés dans une matrice de membrane basale fraîche avec DFG ou cryoconservés par congélation dans 10% de DMSO.

Figure 1: Schéma global de la différenciation des organoïdes pulmonaires entiers (WLO) à partir des hiPSC et des données représentatives. (a) Schéma de la différenciation WLO des hiPSC. Les cercles représentent le type de cellule endodermique avec des marqueurs d’identification. La chronologie de la différenciation est indiquée dans des barres noires. Facteurs de croissance et/ou petites molécules pour l’induction de populations organoïdes endodermiques et pulmonaires. En résumé, les cellules souches sont différenciées en endoderme définitif, en endoderme de l’intestin antérieur et en cellules progénitrices pulmonaires en environ 16 jours. Ces cellules sont ensuite passées dans un milieu de matrice membranaire basale GFR contenant des inserts de milieu et subissent une induction, une ramification et une maturation organoïdes pulmonaires. La différenciation totale prend environ 35 jours. b) Images représentatives en phase contrastée des cellules aux principaux stades endodermiques et images 3D d’organoïdes pulmonaires entiers. Taille de la barre d’échelle comme indiqué dans le panneau. c) analyse qRT-PCR des marqueurs du développement pulmonaire au cours de l’endoderme et d) différenciation organoïde pulmonaire entière des marqueurs cellulaires proximaux et distaux. Toutes les données représentent en moyenne 3 à 5 réplications biologiques. Les barres d’erreur représentent l’erreur-type de la moyenne et sont normalisées en actine. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 2 : Caractérisation de la différenciation des endodermes par cytométrie en flux et immunocytochimie. (a) Cytométrie en flux du marqueur endodermique définitif CXCR4. Le panneau de gauche montre la barrière contre la population non tachée tandis que le panneau du milieu montre la population positive CXCR4. Le panneau de droite montre l’image immunocytochimique de SOX17 (rouge) recouverte de noyaux (bleu). (b) Image immunocytochimique des marqueurs AFE FOXA2 et SOX2 superposés avec des noyaux (bleu). c) Expression endogène de NKX2-1-GFP dans une lignée cellulaire rapporteure en LPC 3D. Images prises à partir d’une culture de cellules vivantes en champ clair et GFP. Cytométrie en flux du marqueur intracellulaire du progéniteur pulmonaire NKX2-1 après fixation et perméabilisation. Taille de la barre d’échelle = 50 μM. Veuillez cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.

Figure 3 : Caractérisation d’organoïdes pulmonaires entiers 3D après 3 semaines de différenciation par immunocytochimie. (a) Marqueurs pulmonaires proximaux. Le panneau de gauche montre SOX2 (blanc) et SOX9 (rouge) superposés par des noyaux (bleu). Ces marqueurs sont importants dans la morphogenèse ramifiée et représentent les populations épithéliales proximales et distales. Les panneaux du milieu montrent P63 (rouge) et KRT5 (rouge), deux marqueurs des cellules basales. Le panneau de droite montre SCGB3A2, un marqueur de cellules de club. b) Marqueurs pulmonaires distaux. Le panneau de gauche représente des marqueurs pro-SPC (PSPC) (vert) et HOPX (rouge), des marqueurs de cellules alvéolaires de type II et I, respectivement, recouverts de noyaux (bleu). Le panneau du milieu montre des marqueurs pro-SPC (PSPC) (vert) et SPB (rouge), des cellules alvéolaires de type II, recouvertes de noyaux (bleu). Le panneau de droite montre NKX2-1 (rouge) et ZO1 (vert) recouverts de noyaux (bleu). c) Marqueurs du mésenchyme pulmonaire. Le panneau de gauche montre PDGFRA (rouge) et SOX9 (blanc), représentant le mésenchyme distal. Le panneau de droite montre Vimentin (rouge), qui est dispersé dans tout le poumon. Taille de la barre d’échelle = 50 μM. Veuillez cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.
| RÉACTIFS ET SOLUTIONS - Pour les noms de sociétés, veuillez consulter la liste des matériaux du tableau des matériaux |
| Milieu d’induction organoïde 3D (jour 17-22) |
| Milieu basal sans sérum (voir recette) complété par : |
| FGF7 (10 ng/mL) |
| FGF10 (10 ng/mL) |
| CHIR99021 (3 μM) |
| FEM (10 ng/mL) |
| Milieu de ramification organoïde 3D (jour 23-28) |
| Milieu basal sans sérum (voir recette) complété par : |
| FGF7 (10 ng/mL) |
| FGF10 (10 ng/mL) |
| CHIR99021 (3 μM) |
| Acide rétinoïque tout trans (0,1 μM) |
| FEM (10 ng/mL) |
| VEGF/PIGF (10 ng/mL) |
| Milieu de maturation organoïde 3D (jour 29-34) |
| Milieu basal sans sérum (voir recette) complété par : |
| Dexaméthasone (50 nM) |
| Br-cAMP (100 μM) |
| IBMX (100 μM) |
| Milieu d’induction AFE (jour 4-6) |
| Milieu basal sans sérum (voir recette) complété par : |
| SB431542 (10 μM) |
| Dorsomorphine (2 μM) |
| Milieu d’induction DE (jour 1-3) |
| 48,5 mL RPMI1640 + Glutamax |
| 1 mL B27 sans acide rétinoïque |
| 500 μl HEPES (1 %) |
| Stylo/streptocoque de 500 μl |
| Activité humaine A (100 ng/mL) |
| CHIR99021 (5 μM) - seulement dans les premières 24 heures |
| Milieu d’induction LPC (jour 7-16) |
| Milieu basal sans sérum (voir recette) complété par : |
| BMP4 (10 ng/mL) |
| Acide rétinoïque (PR) tout trans (0,1 μM) |
| CHIR99021 (3 μM) |
| Milieu de trempe |
| 49 mL DMEM/F12 |
| 1 mL FBS |
| Milieu basal sans sérum (SFBM) |
| 375 mL Iscove’s Modified Dulbecco’s Medium (IMDM) + Glutamax |
| 125 mL F12 de Ham |
| 5 mL B27 sans acide rétinoïque |
| 2,5 mL N2 |
| 500 μl d’acide ascorbique, 50 mg/mL |
| 13 μl de monothioglycérol/1 ml d’IMDM » utiliser 300 ul de 0,4 mM de monothioglycérol par 100 ml de milieu libre sérique |
| 3,75 mL d’albumine sérique bovine (BSA) Fraction V, solution à 7,5 % |
| Stylo/streptocoque de 500 μl |
| Milieu de passage des cellules souches (jour 0) |
| 500 mL DMEM/F12 |
| 129 mL De remplacement sérique Knockout (KSR) |
| 6,5 mL glutamax |
| 6,5 mL NEAA |
| 1,3 mL de 2-mercaptoéthanol |
| Stylo/streptocoque de 6,5 mL |
Tableau 1 : Tableau des médias.
| Problème | Solution |
| La différenciation DE n’est pas efficace | 24 heures après le placage dans un milieu de cellules souches, les cellules doivent être confluentes à 50-70% |
| L’inhibiteur de GSK3β / activateur Wnt CHIR99021 doit être retiré dans les 20 à 24 heures suivant le jour 1 de l’induction DE | |
| La différenciation DE ne doit pas dépasser un total de 72 heures | |
| La différenciation AFE n’est pas efficace | S’assurer que la différenciation DE a réussi et que les cellules expriment > 80% de CXCR4 |
| S’assurer que de nouveaux facteurs de croissance / petites molécules sont ajoutés quotidiennement aux médias | |
| La différenciation LPC n’est pas efficace | S’assurer que la différenciation AFE a réussi et que les cellules expriment > 80% FOXA2 / SOX2 |
| Assurez-vous que les cellules AFE sont passées sous forme d’agrégats de 4 à 10 cellules et non d’une seule cellule | |
| Organoïdes pulmonaires 3D ne se développent pas ou ne se différencient pas | Assurez-vous que la différenciation LPC a réussi et que les cellules expriment > 30% NKX2-1 |
| S’assurer que les LPC ont été passés sous forme d’agrégats de 4 à 10 cellules et non d’une seule cellule | |
| S’assurer qu’il n’y a pas de matrigel résiduel provenant des LPC pendant le passage | |
| Ajouter l’inhibiteur de ROCK Y-27632 à chaque changement de support | |
| S’assurer que le milieu est changé à temps et que de nouveaux facteurs de croissance / petites molécules sont ajoutés | |
| S’assurer que la concentration des facteurs de croissance/petites molécules est correcte |
Tableau 2 : Dépannage.
Les auteurs n’ont rien à divulguer.
L’article décrit la différenciation dirigée par étapes des cellules souches pluripotentes induites en organoïdes pulmonaires entiers tridimensionnels contenant à la fois des cellules pulmonaires épithéliales proximales et distales ainsi que du mésenchyme.
Cette recherche a été soutenue par le California Institute for Regenerative Medicine (CIRM) (DISC2-COVID19-12022).
| Cell Culture | |||
| 12 plaques à 12 puits | Corning | 3512 | |
| inserts 12 puits, 0,4 um, translucide | VWR | 10769-208 | |
| 2-mercaptoéthanol | Sigma-Aldrich | M3148 | |
| Accutase | Innovative Cell Tech | AT104 | |
| acide ascorbique | Sigma | A4544 | |
| B27 sans acide rétinoïque | ThermoFisher | 12587010 | |
| Albumine sérique bovine (BSA) Fraction V, solution à 7,5 % | Gibco | 15260-037 | |
| Dispase | StemCellTech | 7913 | |
| DMEM/F12 | Gibco | 10565042 | |
| FBS | Gibco | 10082139 | |
| Glutamax | Life Technologies | 35050061 | |
| Ham s F12 | Invitrogen | 11765-054 | |
| HEPES | Gibco | 15630-080 | |
| Iscove' s Dulbecco modifié' s Medium (IMDM) + Glutamax | Invitrogen | 31980030 | |
| Knockout Serum Replacement (KSR) | Life Technologies | 10828028 | |
| Matrigel | Corning | 354230 | |
| Monothioglycérol | Sigma | M6145 | |
| mTeSR plus Kit (10/caisse) | Stem Cell Tech | 5825 | |
| N2 | ThermoFisher | 17502048 | |
| NEAA | Life Technologies | 11140050 | |
| Pen/streptocoque | Lonza | 17-602F | |
| ReleSR | Stem Cell Tech | 5872 | |
| RPMI1640 + Glutamax | Life Technologies | 12633012 | |
| TrypLE | Gibco | 12605-028 | |
| Y-27632 (Inhibiteur de roche) | R& D Systems | 1254/1 | |
| Facteurs de croissance/Petites molécules | |||
| Activin A | R& D Systems | 338-AC | |
| Acide rétinoïque tout-trans (RA) | Sigma-Aldrich | R2625 | |
| BMP4 | R& D Systems | 314-BP/CF | |
| Br-cAMP | Sigma-Aldrich | B5386 | |
| CHIR99021 | Abcam | ab120890 | |
| Dexaméthasone | Sigma-Aldrich | D4902 | |
| Dorsomorphine | R& D Systems | 3093 | |
| EGF | R& D Systems | 236-EG | |
| FGF10 | R& D Systems | 345-FG/CF | |
| FGF7 | R& D Systems | 251-KG/CF | |
| IBMX (3-Isobtyl-1-méthylxanthine) | Sigma-Aldrich | I5879 | |
| SB431542 | R& D Systems | 1614 | |
| VEGF/PIGF | R& D Systems | 297-VP/CF | |
| strong>Anticorps primaires | Taux de dilution | ||
| CXCR4-PE | R& D Systems | FAB170P | 1:200 (F) |
| HOPX | Santa Cruz Biotech | sc-398703 | 0.180555556 |
| HTII-280 | Terrace Biotech | TB-27AHT2-280 | 0.145833333 |
| KRT5 | Abcam | ab52635 | 0.180555556 |
| NKX2-1 | Abcam | ab76013 | 0.25 |
| NKX2-1-APC | LS-BIO | LS-C264437 | 1:1000 (F) |
| proSPC | Abcam | ab40871 | 0.215277778 |
| SCGB3A2 | Abcam | ab181853 | 0.25 |
| SOX2 | Invitrogen | MA1-014 | 0.180555556 |
| SOX9 | R& D Systems | AF3075 | 0.180555556 |
| SPB (mature) | 7 Hills | 48604 | 1:1500 (F) 1:500 (W)a |
| SPC (mature) | LS Bio | LS-B9161 | 1:100 (F) ; 1:500 (W) a |