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Research Article
Delphine M. Depierreux*1,2, Emily Seshadri*1,2, Evgeniya V. Shmeleva*1,2, Jens Kieckbusch1,2, Delia A. Hawkes1, Francesco Colucci1,2
1Department of Obstetrics and Gynaecology, National Institute for Health Research Cambridge Biomedical Research Centre,University of Cambridge School of Clinical Medicine, 2Centre for Trophoblast Research,University of Cambridge
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Il s’agit d’une méthode pour isoler les cellules lymphoïdes utérines de souris gestantes et non enceintes. Cette méthode peut être utilisée pour de multiples applications en aval telles que le phénotypage FACS, le tri cellulaire, les tests fonctionnels, la séparation de l’ARN et la protéomique. Le protocole montre ici comment phénotyper les cellules lymphoïdes innées utérines du groupe 1 par cytométrie en flux.
Décrit ici est une méthode simple pour isoler et phénotyper les cellules lymphoïdes utérines innées du groupe de souris 1 (uIC g1) de l’utérus enceinte individuel par cytométrie en flux. Le protocole décrit comment mettre en place un accouplement temporel pour obtenir plusieurs barrages synchrones, la digestion mécanique et enzymatique de l’utérus gravide, la coloration des suspensions unicellulaires et une stratégie FACS pour phénotyper et discriminer les uIC g1. Bien que cette méthode perde inévitablement l’information spatiale de la distribution cellulaire dans le tissu, le protocole a été appliqué avec succès pour déterminer l’hétérogénéité uILC, leur réponse aux facteurs maternels et fœtaux affectant la grossesse, leur profil d’expression génique et leurs fonctions.
Décrit ici est une méthode simple pour obtenir un rendement élevé de lymphocytes innés utérins à partir de l’utérus individuel enceinte. Cette méthode préserve l’expression de surface des protéines et la fonctionnalité des lymphocytes innés utérins et convient à des applications ultérieures telles que le phénotypage FACS, l’ARNiq, la protéomique ou les tests fonctionnels. Ici, l’accent est mis sur le phénotypage des uIC du groupe 1 par cytométrie en flux.
L’utérus est composé de trois couches : l’endomètre, le myomètre et le périmétrie (Figure 1). L’endomètre est la muqueuse, tapissant la lumière de l’utérus. La progestérone, produite par le corps jaune, convertit l’endomètre en décidua. Le myomètre est composé de deux couches de muscle lisse qui composent la paroi utérine. Le périmétrie est la séreuse qui enveloppe l’utérus et le relie au péritoine par le ligament large appelé mésomètre. Dans une section transversale de l’utérus, la partie opposée à la lumière est appelée côté mésométrial, tandis que la partie proche de la lumière est appelée côté anti-mésométrial. Une variété de leucocytes maternels peuplent l’endomètre et le décidua, y compris plusieurs types de cellules, où les cellules immunitaires innées représentent la grande majorité des cellules. Les cellules lymphoïdes innées (ILC), les macrophages, les cellules dendritiques (DC), ainsi que les lymphocytes T CD4+ et CD8+, les lymphocytes T régulateurs (Tregs) et les cellules B rares peuvent tous jouer un rôle important dans la régulation de l’environnement utérin tout au long de la grossesse1,2. Les ILC dans l’utérus se trouvent non seulement dans la muqueuse, mais aussi dans le myomètre chez la souris. En incluant les trois groupes d’ILC, l’utérus est en effet l’organe le plus densément peuplé par les ILC du groupe 1. Avec la transformation structurelle des tissus utérins tout au long de la gestation, le nombre et la proportion de leucocytes utérins changent également (voir la figure 2A pour un exemple de variations du pourcentage de sous-ensembles uILC du groupe 1)3,4.
Lorsque les souris sont mentionnées dans le présent article, on entend par souche C57BL/6 de souris de laboratoire consanguines. Les souris consanguines (p. ex., les souris IRNM) sont souvent utilisées dans la recherche sur la reproduction en raison de leur taux de reproduction élevé. Cependant, l’utilisation de souches consanguines est nécessaire pour générer des résultats cohérents, et le bagage génétique préféré de l’immunologiste est C57BL / 6, également connu sous le nom de B6.
Environ 30 % des leucocytes utérins dans les mères B6 en milieu de gestation sont des uIC g1, qui sont définis par cytométrie en flux comme des cellules CD45+CD3-CD19-NK1.1+NKp46+ viables (Figure 2B) : NK pro-angiogénique résidant dans les tissus (trNK), IFN-g produisant du NK conventionnel (cNK) et uILC14,5. Le pourcentage de cellules uNK est encore plus élevé chez l’homme, atteignant environ 70% au cours du premier trimestre6. Il y a plus de similitudes que de différences entre l’homme et la souris uNK et uILC7,8. Bien qu’il soit important de garder les différences à l’esprit, il est utile d’intégrer les informations disponibles sur les deux espèces. Lorsque l’on combine les informations obtenues lors de l’étude de l’uILC chez les humains et les rongeurs de laboratoire, il est clair que les cellules NK aident aux changements homéostatiques essentiels à la biologie de l’utérus, y compris le maintien de l’intégrité artérielle9 et le remodelage de l’artère en spirale10, ainsi que l’invasion des trophoblastes11,12. Ils jouent également des rôles spécifiques dans la défense contre les agents pathogènes13,14. Chez la souris et le rat, en plus de remplir la décidua autour du site d’implantation, les cellules NK s’accumulent entre les deux couches musculaires du myomètre des mères dans une structure transitoire connue sous le nom d’agrégat lymphoïde mésométrial de la grossesse (MLAp)15 (Figure 1B), également connue dans le passé sous le nom de glande métriale, dont la fonction n’a pas encore été découverte.
Voici un protocole détaillé de la méthode utilisée en laboratoire pour isoler les lymphocytes de l’utérus de souris gravides en utilisant une combinaison de désagrégation mécanique et de digestion enzymatique. Comme l’utérus entier est utilisé dans la méthode, les lymphocytes isolés de l’utérus pendant la gestation sont un mélange de cellules décidues et myométriques. Une dissection supplémentaire de la décidua de la paroi utérine et de son MLAp est possible, et elle a été décrite précédemment16. La méthode décrite ici a été développée pour obtenir des lymphocytes utérins tout en préservant l’expression de surface des protéines, la fonctionnalité cellulaire et la viabilité. Le résultat est une suspension unicellulaire avec un minimum de débris cellulaires résiduels et un rendement allant généralement de 1 à 5 millions de cellules à mi-gestation (10,5 jours) pour un utérus enceinte. Les applications de cette méthode englobent le phénotypage par cytométrie en flux, le tri cellulaire pour des études transcriptomiques ou protéomiques ultérieures, des études fonctionnelles telles que la production intracellulaire de cytokines, la dégranulation, ELISPOT ou des essais cytotoxiques. Le protocole présenté ici se concentre sur l’identification des ILC du groupe 1, mais peut être adapté à d’autres types de cellules telles que d’autres ILC, lymphocytes T, cellules B, DC ou macrophages avec des modifications mineures du panel d’anticorps utilisé pour l’analyse FACS. Le protocole peut également être utilisé pour isoler les cellules d’autres tissus et pour les utérus non enceintes regroupés.
Toutes les expériences sur les animaux décrites dans cet article ont été menées conformément à la loi de 1986 sur les animaux (procédures scientifiques) en vertu de la PP2363781 émise par le ministère de l’Intérieur du Royaume-Uni. Le protocole ci-dessous se compose de plusieurs sections commençant par l’élevage de souris et se terminant par la coloration pour l’analyse FACS. La figure 3 illustre les principales étapes du protocole. Les matériaux utilisés dans le protocole sont énumérés dans le tableau des matériaux.
1. Élevage, accouplement et dissection généraux des souris
2. Digestion mécanique et enzymatique de l’utérus
3. Transformation de l’utérus en une suspension unicellulaire
4.Lyse des globules rouges
5. Stratégie et contrôles de conception des panneaux
REMARQUE: Le panneau décrit dans ce document est adapté à la discrimination des cellules uILC1, trNK et cNK et a été conçu pour être utilisé sur un 5 lasers BD LSRFortessa. Des modifications mineures peuvent être apportées pour étudier différentes populations cellulaires et utiliser des fluorochromes alternatifs. Il est recommandé de vérifier la configuration de l’instrument, en utilisant des anticorps titrés pour une séparation optimale, en consultant l’indice de luminosité du fabricant et en utilisant les colorants les plus brillants pour les antigènes à faible expression tels que NKp46, et en suivant les directives générales19. Il est recommandé d’inclure un contrôle de fluorescence moins un (FMO) pour NKp46.
6. Coloration innée des cellules lymphoïdes pour le phénotypage FACS
Les principales étapes de la méthode décrites pour obtenir une suspension unicellulaire de leucocytes utérins sont résumées à la figure 3. La figure 2B illustre la stratégie de base de contrôle du FACS utilisée pour l’identification de trois sous-ensembles d’ILC g1 chez les souris B6 : les cellules uILC1 (CD49a+Eomes-), trNK (CD49a+Eomes+) et cNK (CD49a-Eomes+). Une analyse plus approfondie de ces populations peut être effectuée pour étudier divers marqueurs de surface et intracellulaires des ILC g1. À titre d’exemple, la coexpression des récepteurs IFN-ɣ et auto-CMH peut être évaluée dans les cellules uILC1, trNK et cNK après stimulation avec un anticorps anti-NK1.1 (Figure 7).
Selon la question de recherche, le protocole (Figure 3) et le panel d’anticorps peuvent être adaptés. Il est important de noter qu’il est recommandé d’utiliser à la fois des anticorps anti-NK1.1 et anti-NKp46 dans un panel FACS pour le contrôle de l’ILC g1 (Figure 2B et Tableau 1). Il convient de noter que les ILC g1 obtenus à partir du sang, de la rate ou du foie ont une expression plus élevée de NKp46 à leur surface que leur homologue utérin (Figure 8). La coloration de surface pour NK1.1 donne une meilleure séparation et permet de fermer facilement les ILC g1 utérins (Figure 8). Bien que NKp46 soit exprimé par toutes les souches de souris, l’antigène NKR-P1C reconnu par l’anticorps anti-NK1.1 PK136 n’est exprimé que par certaines souches de souris, y compris C57BL/6 (c.-à-d. B6), FVB/N et NZB, mais pas dans AKR, BALB/c, CBA/J, C3H, DBA/1, DBA/2, NOD, SJL ou 129. De plus, si l’investigateur a l’intention d’étudier des récepteurs cruciaux des cellules NK tels que les récepteurs Ly49 du CMH, il est important d’être conscient des variations alléliques dans les souches de souris de laboratoire, qui récapitulent la grande variabilité des récepteurs de type immunoglobuline des cellules tueuses humaines (KIR). De plus, si les cellules doivent être stimulées avec NK1.1 pour un test fonctionnel, comme décrit dans Kim, S. et al.20, il pourrait être souhaitable de colorer les cellules avec anti-NKp46 plutôt qu’anti-NK1.1, car l’antigène NKR-P1C peut être occupé par l’anti-NK1.1 réticulant ou une régulation négative du récepteur peut suivre la stimulation. L’occupation des récepteurs ou la régulation négative peuvent empêcher la coloration avec le même anticorps utilisé pour stimuler.
Un problème courant avec la dissociation des tissus enzymatiques est l’altération des épitopes de surface sur les cellules par des enzymes utilisées pour un milieu de digestion. Par exemple, la coloration du récepteur CD94:NKG2A du CMH est mauvaise si Liberase TM est utilisée. Cependant, la digestion avec Liberase DH préserve la reconnaissance NKG2A par clone d’anticorps 16A11 (Figure 9). Il est recommandé de vérifier l’influence des enzymes sur tous les épitopes du panel FACS. À cette fin, utilisez la suspension de splenocytes de souris obtenue par dissociation mécanique (passage de toute la rate à travers une passoire de 70 μm). L’échantillon est ensuite divisé en deux parties ou plus suivies d’une incubation avec un milieu avec ou sans enzyme(s).
Comme mentionné précédemment, les cellules dérivées du sang sont présentes dans les échantillons de tissus dissociés. Si nécessaire, les contaminants sanguins peuvent être exclus en utilisant une méthode de coloration intravasculaire telle que développée dans le laboratoire Masopust21. La figure 10 montre qu’environ 6,5 % des ILC g1 présents dans les échantillons de tissu utérin au jour de gestation 8,5 sont d’origine sanguine. Les anticorps anti-CD45 utilisés pour la coloration intravasculaire peuvent être conjugués avec un fluorochrome utilisé pour un canal de décharge; cela exclura les contaminants sanguins sans utiliser de canal de fluorescence supplémentaire. Les problèmes les plus courants et leurs solutions sont présentés dans le tableau 2.

Figure 1 : Coupe transversale d’un utérus de souris. (A) Coupe transversale de l’utérus de la souris (non enceinte) indiquant une variété de leucocytes maternels qui peuplent l’utérus. (B) Coupe transversale de l’utérus de la souris (jour de gestation 8.5). (C) Coupe transversale de l’utérus de la souris (jour de gestation 13,5). (D) Comparaison de la formation de placenta chez la souris par rapport à la formation de placenta humain à partir du stade de blastocyste. Images créées avec BioRender.com. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 2 : Sous-populations d’ILC1 g1 utérin. (A) Pourcentages de cNK utérin, ILC1 et trNK chez la souris au début de la vie et de la grossesse. W - semaines, gd - jour de gestation. Graphique modifié de Filipovic, I. et al.4. (B) Stratégie de contrôle pour analyser les sous-ensembles d’ILC du groupe utérin 1 par cytométrie en flux. Les lymphocytes ont été isolés des tissus utérins au jour de gestation 10,5. La digestion des tissus a été réalisée à l’aide d’un milieu de digestion contenant Liberase TM. Les cellules étaient fermées en fonction de leur capacité à diffuser la lumière. Les doublets ont été exclus à l’aide d’un diagramme FSC-A par rapport au FSC-H, et seules les cellules viables CD45+CD3-CD19 ont été analysées plus avant. Dans les cellules viables CD45+CD3-CD19-, la porte ILC du groupe 1 a été identifiée comme étant des cellules NK1.1+ NKp46+. Dans les ILC du groupe 1, trois sous-ensembles peuvent être identifiés : les cellules NK conventionnelles CD49a-Eomes+ (cNK), les cellules NK tissulaires CD49a+Eomes+ (trNK) et les cellules CD49a+Eomes-uILC1. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 3 : Guide visuel des principales étapes du protocole. (1) Disséquer l’utérus enceinte exempt de graisse mésométriale. (2) Enlever les fœtus; renvoyer l’utérus dans le tube de 5 mL et hacher le tissu. Passez à l’étape de digestion enzymatique : ajoutez 3 mL de mélange chaud de digestion enzymatique à chaque échantillon. Incuber les tubes de 5 mL pendant 30 min à 37 °C avec agitation. (3) (i) Après digestion, rincer le tout des tubes de 5 mL dans des tubes de 15 mL à l’aide de 10 mL de solution glacée de 5 mM d’EDTA PBS. ii) Centrifuger des tubes de 15 mL contenant des tissus digérés pendant 10 min à 400 x g. iii) Jeter le surnageant; agiter délicatement la pastille et la remettre en suspension dans 10 mL de solution chaude (37 °C) 5 mM EDTA PBS. (iv) Incuber les échantillons dans les tubes de 15 mL à 37 °C avec agitation, pendant 15 min. (4) À l’aide du piston d’une seringue stérile de 1 mL, forcer le tissu digéré à travers une passoire de 70 μm sur un tube de 50 mL correctement marqué et stérile, et tourner pendant 10 min à 400 x g. (5) Après la rotation, procéder à l’option A (représentée ici dans les diagrammes) ou B. Option A: jeter le surnageant du tube de 50 mL et, à l’aide d’un pipet boy, remettre en suspension chaque pastille dans 8 mL de Percoll isotonique à 40% (v / v) dans PBS. (6) i) L’option A s’est poursuivie : À l’aide d’un pipet boy à vitesse lente, superposer soigneusement les granulés remis en suspension dans une solution à 40 % de Percoll sur la solution à 5 mL de Percoll à 80 %. Pipette lentement et continuellement; maintenir le tube de 15 mL à un angle de 45°. (ii) Sans perturber la superposition, centrifuger les tubes de 15 mL à 850 x g pendant 20 min à température ambiante, avec une accélération moyenne et une rupture lente. (7) Après la rotation, tout en essayant d’aspirer une quantité minimale de solution de Percoll (jusqu’à 4-5 mL au total), prélèvez soigneusement l’anneau de leucocytes. (8) Effectuer des étapes de lyse des globules rouges. (9) Cellule de comptage à l’aide de bleu de trypan et d’une chambre de Neubauer. (10) Transférer 1 à 2 millions de cellules par puits dans une plaque de 96 puits à fond rond. (11) Procéder à la coloration du colorant de viabilité et des anticorps. (12) Enfin, transférer les échantillons dans des tubes FACS étiquetés. Conservez les tubes sur de la glace ou au réfrigérateur jusqu’à ce qu’ils soient traités avec l’analyse FACS dans les 24 heures. Images créées avec BioRender.com. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 4: Bouchon vaginal (A) et absence de bouchon (B) chez les femelles C57BL/6 à 0,5 jour après l’accouplement. Veuillez cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.

Figure 5: Dissection pour extraire l’utérus d’une souris enceinte. (A) La mère est fixée avec des aiguilles sur une planche souple pour essuyer le corps avec de l’éthanol à 70%. Deux incisions verticales sont pratiquées, comme l’indiquent les lignes pointillées bleues. (B) La peau est soulevée pour exposer les organes internes. Les boucles intestinales sont doucement déplacées vers le haut pour visualiser l’utérus. (C) L’utérus est échantillonné en coupant en trois points: à côté des ovaires et au niveau du col de l’utérus, comme l’indiquent respectivement les deux lignes pointillées bleues et la flèche bleue. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 6: Préparation d’une suspension unicellulaire. (A) Retrait mécanique des embryons de leur site d’implantation. B) Superposition de gradient percoll; la couche supérieure contient la suspension monocellulaire dans 40% de Percoll et la couche inférieure dans 80% de Percoll. (C) Formation de l’anneau lymphocytaire après centrifugation du gradient de percoll. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 7 : Analyse représentative du TESTA du test fonctionnel avec les ILC du groupe 1. Détection intracellulaire de l’IFN-ɣ et du CD107a de surface dans les ILC du groupe 1 exprimant des récepteurs NK pour l’auto-CMH (Ly49C, Ly49I et NKG2A) par rapport à ceux qui ne le font pas, après réticulation de NK1.1 avec des anticorps liés aux plaques. Les cellules ont été isolées des tissus utérins au jour de gestation 9,5. La digestion des tissus a été réalisée à l’aide d’un milieu de digestion contenant de la libérase DH. Les valeurs brutes des quatre quadrants (coins) ainsi que le pourcentage relatif de répondeurs parmi les cellules exprimant des récepteurs pour soi et les répondeurs qui n’ont pas d’auto-récepteurs (chiffres gras) sont montrés. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 8 : Coloration des lymphocytes spléniques et utérins avec des anticorps anti-NKp46 et anti-NK1.1. (A) Les suspensions cellulaires obtenues à partir de la rate de souris et de l’utérus (B) au jour de gestation 10,5 ont été séparées en deux; une partie a été colorée avec NKp46-APC (rouge) et l’autre avec NK1.1-APC (bleu). Notez que la coloration NKp46 des lymphocytes utérins ne sépare pas les cellules NKp46+ et NKp46- aussi proprement que les lymphocytes spléniques. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 9 : Diminution de l’IFM NKG2A (clone d’anticorps : 16A11) par incubation avec milieu de digestion. La suspension cellulaire des splenocytes de souris C56BL/6 a été divisée en trois parties. Une partie a été incubée dans un milieu de digestion Liberase DH (HBSS contenant 0,13 WU/mL Liberase DH et 30 μg/mL de DNAse), et une autre partie a été incubée avec un milieu de digestion Liberase TM (HBSS contenant 0,52 WU/mL Liberase TM et 30 μg/mL de DNAse). La troisième partie a été traitée avec du HBSS pur pendant 30 min à 37 °C. L’expression du marqueur NKG2A sur les ILC g1 a été évaluée par cytométrie en flux. Graphique tiré de Shreeve N. Le rôle de l’inhibition utérine des cellules NK pendant la grossesse (thèse); Superviseur : Colucci F, 2020. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 10 : Coloration intravitale avec des anticorps anti-CD45 pour l’exclusion des ILC g1 d’origine sanguine. Une souris mère C57BL/6 au jour de gestation 8,5 a été éliminée 3 min après injection intraveineuse avec 3 μg de CD45-AF647. L’utérus, le sang total et le thymus ont été récoltés et traités pour l’analyse FACS. L’axe X montre le signal de la coloration intraveineuse avec CD45-AF647, et l’axe Y montre le signal de CD45-BUV395 coloré in vitro. Les pourcentages de sous-populations sont indiqués en quadrants. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
| Anticorps / Colorant | Clone | Fluorochrome | Laser | |
| 1 (Canal de vidage) | Zombie Violet Fixable Viability colorant | Violet | ||
| CD19 | 1D3 | BV421 | ||
| CD3 | 145-2C11 | BV421 | ||
| 2 | CD45 | 30-F11 | Le | Bleu |
| 3 | NK1.1 | PK136 | BV605 | Violet |
| 4 | NKp46 | 29A1.4 | APC | Rouge |
| 5 | CD49a | Ha31/8 | BUV395 | Ultraviolet |
| 6 | EOMES | Dan11mag | PE | Vert |
Tableau 1 : Un exemple de panneau FACS pour cytomètre conventionnel à 5 lasers.
| Problème | Cause possible | Suggestion |
| L’anneau cellulaire n’est pas visible à l’interface de deux solutions percoll | Mauvaise stratification de la solution de percoll ou mélange de deux couches lors de la manipulation de l’échantillon | Prenez des précautions supplémentaires pour ne pas casser le coussin de 80% par percoll lors de la superposition. Faites attention lors de la manipulation de l’échantillon : ne pas déranger l’interface percoll |
| Faible nombre de leucocytes (par exemple, lors de l’utilisation d’un utérus non enceinte) | L’interface peut être vue même lorsque le numéro de cellule à l’interface est très bas. Même si l’anneau n’est pas visible, collectez le liquide entre 40% et 80% de solutions percoll, car il pourrait encore y avoir suffisamment de cellules pour un traitement ultérieur. | |
| Lyse incomplète des globules rouges | Les cellules n’ont pas été remises en suspension correctement dans le tampon de lysage | Pipetter les cellules de haut en bas pour briser les amas et remettre complètement en suspension les cellules dans un tampon de lysage |
| La solution de lysage est froide | Équilibrer la solution de lysage à la température ambiante avant utilisation | |
| Prolongez le temps d’incubation avec la solution de lysage jusqu’à 15min | ||
| L’étape de lyse des globules rouges peut être répétée | ||
| Faible rendement cellulaire | Mauvaise digestion enzymatique | Vérifiez si les enzymes ne sont pas périmées et ont été stockées conformément à leurs manuels |
| Perte de cellules pendant les étapes de lavage | Inspectez la pastille de cellule après chaque étape de lavage : la pastille opaque au fond du puits après l’essorage. L’utilisation de plaques à fond en V au lieu de plaques à fond en U, d’une centrifugeuse à rotor oscillant, d’un temps de centrifugation plus long peut réduire la perte de cellules | |
| L’échantillon de tissu contient un faible nombre de lymphocytes (par exemple, lors de l’utilisation d’un utérus non enceinte) | Regrouper plusieurs utérus pour obtenir suffisamment d’événements pour l’analyse. Envisagez d’utiliser l’option B du protocole pour l’isolation cellulaire | |
| Grande variabilité du nombre absolu de leucocytes obtenus à partir de souris du même groupe | Collecte incohérente de cellules à l’interface de solutions à 40 % et 80 % de percoll | Assurez-vous de collecter la fraction de cellule entière sur l’interface percoll. Envisagez d’utiliser l’option B du protocole pour l’isolation cellulaire |
| Incapacité de détecter les sous-populations/marqueurs lymphocytaires attendus ou une IMF anormalement faible pour certains marqueurs de surface cellulaire | La digestion enzymatique affecte l’expression superficielle de certains épitopes ou leur dégradation | Optimiser la digestion enzymatique en modifiant : l’enzyme (par exemple en différents types de libérase ou de collagénase) et/ou la durée d’incubation et/ou la concentration enzymatique |
| Bruit de fond élevé dans le cytomètre en flux | Forte proportion de débris cellulaires ou de contamination par les globules rouges | Ajustez le paramètre de seuil FSC. Envisagez d’utiliser l’option A du protocole pour l’isolation cellulaire |
Tableau 2 : Guide de dépannage.
Les auteurs n’ont rien à divulguer et aucun conflit d’intérêts.
Il s’agit d’une méthode pour isoler les cellules lymphoïdes utérines de souris gestantes et non enceintes. Cette méthode peut être utilisée pour de multiples applications en aval telles que le phénotypage FACS, le tri cellulaire, les tests fonctionnels, la séparation de l’ARN et la protéomique. Le protocole montre ici comment phénotyper les cellules lymphoïdes innées utérines du groupe 1 par cytométrie en flux.
Nous remercions les membres de l’équipe précédents et actuels qui ont contribué au développement de cette méthode, notamment Jean-Marc Doisne, Norman Shreeve, Iva Filipovic et Anita Qualls. Cette recherche a été financée par le Wellcome Trust [Grant number 200841/Z/16/Z] et le Medical Research Council (MR/P001092/1). Aux fins du libre accès, l’auteur a appliqué une licence de droit d’auteur public CC BY à toute version manuscrite acceptée par l’auteur découlant de cette soumission.
| 70 et micro ; Filtres à cellules m | Falcon | 352350 | |
| BSA | Sigma | A9647-100G | |
| Anticorps CD19 | BD | 562701 | |
| Anticorps CD3 | BD | 562600 | |
| Anticorps CD45 | BioLegend | 103108 | |
| Anticorps CD49a | BD | 740262 | |
| DNase I | Roche (Sigma) | 10104159001 | |
| Anticorps EOMES | eBioscience | 12-4875-82 | |
| Fc block Trustain fcx | BioLegend | 101320 | |
| Sérum de veau fœtal | Gibco | 10217-106 | |
| Fix/Perm buffer (fait partie du kit BD Cytofix/Cytoperm Fixation/Permeabilization) | BD | 554714 | |
| HBSS, calcium, magnésium, sans rouge de phénol | Gibco | 14025092 | |
| Liberase DH | Roche (Sigma) | 5401089001 | |
| Tampon de lyse Pharmlyse | BD | 555899 | |
| NK1.1 Anticorps | BioLegend | 108739 | |
| NKp46  ; Anticorps | BioLegend | 137608 | |
| Paraformaldéhyde 16 % Solution (sans méthanol) | Agar Scientific | AGR1026 | |
| PBS 10x | Gibco | 14030-048 | |
| PBS 1x (sans Ca2+ ou Mg2+) | Thermo Scientific | 14190144 | |
| Percoll | VWR international | 17-0891-01 | |
| Solution saline tamponnée au phosphate | Sigma-Aldrich | P5368-10PAK | |
| Filtres de pré-séparation | Miltenyi | 130-095-823 | |
| RMPI-1640 medium + GlutaMAX | Gibco | 61870-010 | |
| UltraPure 0.5M EDTA, pH 8.0 | Thermo Scientific | 15575020 | |
| Zombie Violet Fixable Viability | colorant BioLegend | 423113 |