Ici, un protocole est présenté dans lequel de multiples outils bioinformatiques sont combinés pour étudier les fonctions biologiques de TMEM200A dans le cancer. De plus, nous validons également expérimentalement les prédictions bioinformatiques.
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Article de méthode
Analyse multiomique de TMEM200A en tant que biomarqueur pancancéreux
Dans cet article
Résumé
Résumé
La protéine transmembranaire, TMEM200A, est connue pour être associée aux cancers humains et à l’infiltration immunitaire. Ici, nous avons évalué la fonction de TMEM200A dans les cancers courants par analyse multiomique et utilisé des cultures cellulaires in vitro de cellules gastriques pour vérifier les résultats. L’expression de TMEM200A dans plusieurs types de cancer humain a été évaluée à l’aide des données de séquençage de l’ARN de la base de données Xena de l’UCSC. L’analyse bioinformatique a révélé un rôle potentiel de TMEM200A en tant que biomarqueur diagnostique et pronostique.
Des cultures de lignées cellulaires gastriques et cancéreuses normales ont été cultivées et TMEM200A a été abattue. Les niveaux d’expression de TMEM200A ont été mesurés à l’aide d’une réaction en chaîne par polymérase quantitative en temps réel et d’un transfert Western. Des études in vitro de perte de fonction ont ensuite été utilisées pour déterminer les rôles de la TMEM200A dans le comportement malin et la formation tumorale des cellules cancéreuses gastriques (GC). Des Western blots ont été utilisés pour évaluer l’effet de l’inhibition sur la transition épithélio-mésenchymateuse (EMT) et la voie de signalisation PI3K/AKT dans la GC. L’analyse bioinformatique a montré que TMEM200A était exprimée à des niveaux élevés dans la GC.
La prolifération des cellules GC a été inhibée par TMEM200A knockdown, qui a également diminué la vimentine, la N-cadhérine et les protéines Snai, et a inhibé la phosphorylation de l’AKT. La voie de signalisation PI3K/AKT semble également être impliquée dans la régulation médiée par TMEM200A du développement de la GC. Les résultats présentés ici suggèrent que TMEM200A régule le microenvironnement tumoral en affectant l’EMT. TMEM200A peut également affecter l’EMT par le biais de la signalisation PI3K/AKT, influençant ainsi le microenvironnement tumoral. Par conséquent, dans les pan-cancers, en particulier la GC, TMEM200A peut être un biomarqueur et un oncogène potentiel.
Introduction
Le cancer est devenu un problème de santé publique persistant mettant en danger la santé humaine dans le monde1en raison de ses taux élevés de morbidité et de mortalité dans le monde, ce qui représente un lourd fardeau financier et médical pour la société2. Des progrès significatifs dans le traitement du cancer ont été réalisés ces dernières années grâce à la découverte de marqueurs du cancer3, et les chercheurs ont mis au point de nouvelles méthodes de diagnostic et de nouveaux médicaments pour traiter le cancer. Cependant, certains patients atteints de cancer ont encore un mauvais pronostic en r....
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Protocole
1. La base de données de l’Atlas du génome du cancer (TCGA)
NOTE : La base de données de l’Atlas du génome du cancer (TCGA) contient les données de séquençage des gènes dans différents tissus tumoraux14. Les données de séquençage de l’ARN dans TCGA pour l’étude des formats de transcrits TMEM200A par partie par million (TPM) ont été extraites du site Web Xena de l’UCSC Xena 15 (https://xenabrowser. net/datapages/) et log2 transformées pour comparer les expressions entre les échantillons.
- Accédez à l’interface du site Web
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Résultats
Expression de TMEM200A dans divers cancers
Comme l’illustre la figure 1, nous avons d’abord analysé les niveaux d’expression différentiels de TMEM200A dans divers cancers à l’aide de différentes bases de données. TMEM200A expression était élevée dans le cholangiocarcinome (CHOL), le carcinome épidermoïde de la tête et du cou (HNSC), le carcinome rénal à cellules claires (KIRC), le carcinome papillaire rénal (KIRP), le carcinome .......
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Discussion
TMEM200A appartient à une famille de TMEM qui est essentielle à la prolifération des cellules cancéreuses38. L’expression variable de la TMEM200A dans les différentes tumeurs malignes a reçu moins d’attention, et une enquête approfondie sur le cancer fait défaut. Cependant, les preuves continuent de s’accumuler, montrant que la famille des protéines transmembranaires TMEM peut être importante dans le maintien de la malignité des cellules cancéreuses grâce à des interactions avec .......
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Déclarations de divulgation
Les auteurs déclarent qu’il n’y a pas de conflits d’intérêts.
Remerciements
Ces travaux ont été soutenus par la Fondation nationale des sciences naturelles de Chine (82160550).
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Matériaux
| Nom | Entreprise | Numéro de catalogue | Commentaires |
|---|---|---|---|
| Anticorps anti-AKT | Proteintech Group, Inc | 60203-2-Ig | |
| Anticorps anti-E-cadhérine | Proteintech Group, Inc | 20874-1-AP | |
| Anticorps anti-glycéraldéhyde 3-phosphate déshydrogénase (GAPDH) | Proteintech Group, Inc | 10494-1-AP | |
| Anticorps anti-N-cadhérine | Proteintech Group, Inc | 22018-1-AP | |
| Anticorps anti-P-AKT | Proteintech Group, Inc | 66444-1-Ig | |
| Anticorps anti-escargot | Proteintech Group, Inc | 13099-1-AP | |
| Anticorps anti-vimentine | Proteintech Group, Inc | 10366-1-AP | |
| AxyPrepMultisourceTotalRNAMini- kit de préparation | Suzhou Youyi Landi Biotechnology Co., Ltd | UEL-UE-MN-MS-RNA-50G | |
| Kit de dosage des protéines BCA | Epizyme Biotech | ZJ101L | |
| CCK-8 réactif | MedChemExpress | HY-K0301-500T | |
| Sérum fœtal bovin (FBS) | CYAGEN BIOSCIENCES (GUANGZHOU) INC | FBSSR-01021 | |
| GAPDH primer | Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd. | Amorce avant (5'-3') : TGACATCAAGAAGGTG GTGAAGCAG ; Amorce inverse (5'-3') : GTGTCGCTGTTGAAG TCAGAGGAG | |
| HighGene plus Réactif de transfection | ABclonal | RM09014P | |
| Affinipure Goat conjugué HRP Anti-Mouse lgG (H+L) | Proteintech Group, Inc | SA00001-1 | |
| HRP Affinipure Goat Anti-Rabbit lgG (H+L) | Proteintech Group, Inc | SA00001-2 | |
| Épithélium de la muqueuse gastrique humaine GES-1 | Guangzhou Cellcook Biotech Co.,Ltd. | ||
| Cellules humaines STAD HGC-27 | Procell Life Science& Technology Co., Ltd | ||
| Cellules humaines STAD SGC-7901 | Procell Life Science& Technology Co.,Ltd | ||
| MonAmp SYBR Green qPCR Mix (Aucun ROX) | Mona (Suzhou) Biotechnology Co., Ltd | MQ10101S | |
| MonScript RTIII Mélange tout-en-un avec dsDNase ; ; | Mona (Suzhou) Biotechnology Co., Ltd | MR05101M | |
| Omni-ECL Femto Light Chemiluminescence | Kit Epizyme Biotech | SQ201 | |
| PAGE Gel Fast Preparationb Kit ; | Epizyme Biotech | PG111 | |
| Pénicilline-streptomycine (Pen-Streptocoque) | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd | P1400-100 | |
| Membrane de difluorure de polyvinylidène (PVDF) | Merck KGaA | IPVH00010-1 | |
| Tampon de blocage rapide sans protéines | Epizyme Biotech | PS108P | |
| RIPA solution de lyse | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd | R0010 | |
| RPMI 1640 milieu complet | Thermo Fisher Scientific | C11875500BT | |
| Lait écrémé | Campina : Elk | ||
| TBST solution tampon | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd | T1082 | |
| Le tampon de charge protéique | Epizyme Biotech | LT101S | |
| TMEM200A plasmide | knockdown Plasmid | ||
| TMEM200A primer | Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd. | Amorce avant (5'-3') : AAGGCGGTGTGGTGGTGTTCG ; Amorce inverse (5'-3') : GATTTTGGTCTTTGTCACGGTT | |
| TMEM200A SiRNA1 | MiaoLing Plasmid | Amorce directe (5'-3') : ACAACTGATGATAAGACCAG ; Amorce inverse (5'-3') : TGTTGACTACTATTCTGGTC | |
| TMEM200A SiRNA2 | MiaoLing Plasmid | Amorce directe (5'-3') : CGTGTGAATGTCAATGACTG ; Amorce inverse (5'-3') : GCACACTTACAGTTACTGAC | |
| TMEM200A SiRNA3 | MiaoLing Plasmid | Amorce directe (5'-3') : ACAACCACAACATCTGCCCG ; Amorce inverse (5'-3') : TGTTGGTGTTGTAGACGGGC | |
| Protéine transmembranaire 200A Anticorps | Proteintech Group, Inc | 48081-1 | |
| Equipment | |||
| CO2 incubateur de culture cellulaire | Haier Group | PYXE-80IR | |
| Instrument d’électrophorèse | Bio-RAD | ||
| Instrument de PCR quantitative à fluorescence | Bio-RAD | ||
| Étiqueteur enzymatique multifonctionnel | Berthold |
Références
- Torre, L. A., Siegel, R. L., Ward, E. M., Jemal, A. Global cancer incidence and mortality rates and trends--an update. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 25 (1), 16-27 (2016).
- Long, X., et al. Economic burden of malignant tumors - Yichan....
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Réimpressions et autorisations
