Nouvelles fonctionnalités de Visual Dynamics 3.0

Summary

Visual Dynamics est un outil open-source qui accélère les implémentations et l’apprentissage dans la simulation de dynamique moléculaire à l’aide de Gromacs. Le protocole présenté vous guidera à travers les étapes pour effectuer une simulation protéine-ligand préparée dans ACPYPE avec facilité et les étapes générales vers d’autres modèles de simulation.

Abstract

Visual Dynamics (VD) est un outil Web qui vise à faciliter l’utilisation et l’application de la dynamique moléculaire (MD) exécutée dans Gromacs, permettant aux utilisateurs sans familiarité avec le calcul d’exécuter des simulations à court terme à des fins de validation, de démonstration et d’enseignement. Il est vrai que les méthodes quantiques sont les plus précises. Cependant, il n’y a actuellement aucune faisabilité informatique pour réaliser les expériences effectuées par MD. L’outil décrit ici a été continuellement amélioré au cours des deux dernières années. Ce protocole décrira ce qui est nécessaire pour exécuter une simulation en VD avec un complexe protéine-ligand préalablement préparé en ACPYPE et quelques orientations générales sur les autres modèles de simulation disponibles. Pour la simulation détaillée, la protéine de liaison FK506 de Plasmodium vivax complexée avec l’inhibiteur D5 (PDB ID : 4mgv) sera utilisée, et tous les fichiers utilisés seront fournis. Notez que ce protocole indiquera toutes les options à utiliser pour obtenir les mêmes résultats que ceux présentés, mais ces options ne sont pas nécessairement les seules disponibles.

Introduction

Selon la définition de l’IUPAC, la MD est la procédure de simulation qui consiste à calculer le mouvement des atomes d’une molécule ou d’atomes individuels ou de molécules dans des solides, des liquides et des gaz, selon les lois du mouvement de Newton. Les forces agissant sur les atomes, nécessaires pour simuler leur mouvement, sont généralement calculées à l’aide des champs de force de la mécanique moléculaire¹. Elle peut être appliquée à tout phénomène qui cherche à extraire des informations à un niveau moléculaire et souvent atomique².

La DM est l’une des techniques incorporées dans la bioinformatique, en particulier la bio-informatique structurale. Grâce à lui, il est possible d’obtenir des caractéristiques cinétiques et thermodynamiques de structures biomoléculaires. Par exemple, la stabilité macromoléculaire, l’identification de sites allostériques, l’élucidation des mécanismes de l’activité enzymatique, la reconnaissance moléculaire et les propriétés des complexes avec de petites molécules, l’association entre les protéines, le repliement des protéines et leur^{hydratation3.} De plus, la DM permet un large éventail d’études, y compris la conception moléculaire (largement utilisée dans la conception de médicaments), pour déterminer la structure et son affinement (modélisation des rayons X, RMN et des protéines)³. Les résultats obtenus à l’issue d’une MD sont les plus riches et les plus complets en termes^{de simulation non} quantique4. La DM classique est beaucoup plus efficace que ce à quoi on pourrait s’attendre d’une prise en compte complète de la physique des systèmes biomoléculaires en raison du nombre d’approximations substantielles. Notamment, les effets de la dynamique quantique sont généralement ignorés³. Cependant, la mise en œuvre d’une expérience de DM n’est pas anodine⁵. Cela nécessite des connaissances en informatique, en particulier le terminal Linux, car la plupart des logiciels de bioinformatique structurelle sont faits pour cela. Même avec ces connaissances, l’apprentissage des commandes et du paramétrage de Gromacs est une autre courbe d’apprentissage abrupte.

Depuis sa première application à la biologie en 1977⁶, beaucoup a évolué en raison de l’augmentation du traitement informatique et de l’amélioration du codage. Il y a plus de deux décennies, les premiers logiciels DM destinés aux problèmes biologiques ont été lancés, à savoir Gromacs⁷, AMBER⁸ et NAMD⁹.

Depuis leurs premières versions, ces logiciels restent les plus utilisés et les plus cités. Cependant, ils continuent avec les mêmes difficultés de mise en œuvre courantes qui affligent les chercheurs qui ne sont pas des spécialistes en informatique⁵. Certains ont des étapes d’installation et de configuration complexes, nécessitant parfois une connaissance approfondie du matériel sur lequel ils vont fonctionner pour en tirer le meilleur parti et une documentation technique très centrée sur l’informatique. Il est nécessaire de disposer d’un moyen plus simple de s’interfacer avec eux, en plus de la ligne de commande et des paramètres infinis.

Une interface fait office d’intermédiaire entre le processus logique à effectuer et l’humain¹⁰. Le paradigme de l’exécution des logiciels a évolué à mesure que les ressources informatiques s’amélioraient. Le premier paradigme numérique a été les interfaces de ligne de commande (CLI), suivies de l’évolution vers les interfaces utilisateur graphiques (GUI) ^connues11. Suivant le cycle évolutif, l’interface produite par le World Wide Web (ou simplement WEB) est considérée comme une évolution des interfaces^{graphiques 11}. Ces trois paradigmes coexistent actuellement selon les développeurs. Les applications CLI utilisent des commandes textuelles sur la console du système d’exploitation. Les applications GUI, également appelées bureaux graphiques, utilisent une interface graphique composée de fenêtres, de boutons et d’autres composants. Il est spécifique et préprogrammé pour un système d’exploitation. La principale différence avec l’interface de ligne de commande est l’utilisation de la souris comme élément supplémentaire dans l’interaction homme-machine¹². Les applications Web, bien qu’elles soient confondues avec une interface graphique, sont plus complexes à développer mais sont plus polyvalentes et de loin les plus agiles en fonctionnement. De plus, ils ne dépendent que d’un logiciel d’interprétation appelé navigateur, qui permet à l’application cliente de communiquer avec le serveur via un réseau indépendant du système d’exploitation¹³.

Les logiciels de bio-informatique structurelle utilisent le plus souvent des paradigmes CLI et GUI. Parmi les logiciels classiques qui utilisent l’interface de ligne de commande, citons Modeller¹⁴ pour la modélisation de similarité, Autodock¹⁵ pour l’amarrage moléculaire et Gromacs¹⁶ pour la dynamique moléculaire. Des exemples de logiciels qui adoptent le type GUI sont SwissPDBviewer¹⁷, Pymol¹⁸, VMD¹⁹, UCSF Chimera²⁰, Autodock tools¹⁵, PyRx²¹, Biovia²², Maestro²³ et Moe²⁴, entre autres.

Avec l’émergence du langage de balisage hypertexte version 5 (HTML5)²⁵, des feuilles de style en cascade (CSS)²⁶ et des technologies Javascript²⁷ , entre autres, de nombreuses applications de bioinformatique structurale ont pu être apportées au WEB, devenant ainsi plus accessibles. Des exemples de serveurs WEB de modélisation de similarité sont MODWEB²⁸, qui utilise Modeller¹⁴ comme back-end et Swissmodel²⁹. Des exemples de serveurs d’applications Web pour l’amarrage moléculaire sont Haddock³⁰, Swissdock³¹, Cluspro³², Dockthor³³, etc.

Alors que les méthodologies d’analyse structurelle, de modélisation et d’ancrage ont évolué des paradigmes CLI à l’interface graphique et enfin à WEB, MD continue d’être principalement pris en charge par l’exécution en ligne de commande (type CLI). Quelques bonnes initiatives ont vu le jour pour améliorer ce panorama. Des exemples de ces initiatives sont l’implémentation de plugins dans des logiciels existants, tels que le plugin QwikMD pour VMD³⁴, le plugin GROMACS pour PyMOL et l’option de simulation de dynamique moléculaire dans UCSF Chimera²⁰, de nouvelles applications CLI plus faciles, telles que ASGARD³⁵, Gmx_qk³⁶ et CHAPERONg³⁷, et une plate-forme Web robuste, BioBB-Wfs³⁸. Bien que l’utilisation de ces plugins et applications soit une avancée, leur mise en œuvre reste un défi pour la plupart des chercheurs non qualifiés. Parmi les difficultés courantes, citons les problèmes d’installation et de configuration du logiciel MD, qui compromettent souvent l’exécution complète de la simulation⁵.

En 2022, le logiciel Visual Dynamics pour la simulation informatique basée sur le Web a été mis à disposition par le Laboratório de Bioinformática e Química Medicinal à Fiocruz Rondônia³⁹. Sa version initiale a été construite en Python et Flask, permettant des simulations de systèmes avec des protéines libres (apoenzymes) pendant seulement 2 ns. Par la suite, il a été amélioré pour inclure une version de simulation automatisée avec des ligands préparés à l’aide de PRODRG⁴⁰.

VD a été conçu pour aider tous les chercheurs dans le domaine de la biophysique structurale, de la biotechnologie et des domaines connexes qui ont des limites en matière de connaissances informatiques ; l’outil permet à ces chercheurs de tester leurs hypothèses impliquant des simulations de MD à partir de n’importe quel système opérationnel et sans accès à un ordinateur haute performance (HPC). Le but de ce travail est de présenter les nouvelles fonctionnalités de Visual Dynamics version 3.0. De plus, il vise à introduire un protocole d’utilisation mis à jour pour l’outil et à mettre en évidence les limites à corriger à l’avenir, ainsi que les statistiques d’utilisation jusqu’à présent (Figure 1).

Protocol

1. Accès au logiciel et enregistrement d’un nouvel utilisateur

1. Visitez la page Web de Visual Dynamics (VD). Cliquez sur l’icône +S’inscrire en haut à droite pour créer un compte. Inscrivez-vous pour utiliser le logiciel.
   REMARQUE : Seules les adresses e-mail institutionnelles sont autorisées. L’utilisateur recevra une notification par e-mail une fois son inscription approuvée.
2. Cliquez sur Connexion en haut à droite pour accéder à l’écran de connexion du système. Remplissez les champs nom d’utilisateur/e-mail et mot de passe et cliquez sur Se connecter. Après s’être connecté, l’utilisateur aura accès à sa zone de soumission de simulation. Ils peuvent également afficher des didacticiels et des statistiques d’utilisation pour VD.

2. Soumission de la simulation Apoenzyme

1. Cliquez sur Nouvelle simulation dans la barre latérale gauche. Sur l’écran qui apparaît, cliquez sur le bouton APO, qui fait référence à l’apoenzyme.
2. Téléchargez le fichier gratuit protein 4mvg.pdb. Sélectionnez le champ de force AMBER94 (ou toute autre option appropriée).
   REMARQUE : Le fichier 4mvg.pdb peut être obtenu à partir du fichier supplémentaire 1 ou téléchargé directement à partir de la Banque de données sur les protéines (PDB).
3. Sélectionnez le modèle TIP3P Water. Sélectionnez la boîte cubique. Sélectionnez une distance de 0,5 nm entre la protéine et le bord de la boîte.
   REMARQUE : Les options sélectionnées ne sont que des suggestions. Toutes les autres options fonctionnent dans VD.
4. Cochez l’option Exécuter dans nos serveurs pour exécuter la simulation avec les fichiers et paramètres soumis. Après avoir cliqué sur Exécuter la simulation, l’utilisateur verra l’évolution des étapes de simulation à l’écran et recevra une notification par e-mail sur l’état de la simulation une fois la simulation terminée.

3. Présentation de la simulation d’une enzyme complexée avec un ligand préparée dans ACPYPE

1. À l’aide de UCSF Chimera²⁰, ouvrez le complexe protéine-ligand 4mgv.pdb⁴¹, sous Sélectionner, cliquez sur Résidu et définissez le code sur D5I. Ensuite, sous Fichier, cliquez sur Enregistrer la base de données pluggable, sélectionnez Enregistrer uniquement les atomes sélectionnés, définissez le nom du fichier sur ligand.pdb, puis cliquez sur Enregistrer.
2. Soumettez le fichier ligand.pdb généré à l’étape précédente au serveur ACPYPE⁴² de Bio2Byte, à partir des fichiers de sortie, ligand_NEW.itp et ligand_NEW.pdb seront ceux utilisés et fournis dans cette expérience.
   REMARQUE : Les fichiers ligand_NEW.itp et ligand_NEW.pdb peuvent être obtenus à partir du Fichier supplémentaire 2 et du Fichier supplémentaire 3.
3. Cliquez sur Nouvelle simulation dans la barre latérale gauche. Cliquez sur le bouton Protéine + Ligand (préparé dans ACPYPE).
4. Téléchargez le fichier gratuit protein 4mvg.pdb. Sélectionnez les fichiers de ligands préparés dans ACPYPE : ligand_NEW.itp et ligand_NEW.pdb. Sélectionnez le champ de force AMBER94.
5. Sélectionnez le modèle TIP3P Water. Sélectionnez la boîte cubique. Sélectionnez une distance de 0,5 nm entre la protéine et le bord de la boîte. Les options sélectionnées ne sont que des suggestions. Toutes les autres options fonctionnent dans VD.
6. Cochez l’option Exécuter dans nos serveurs pour exécuter la simulation avec les fichiers et paramètres soumis. Après avoir cliqué sur Exécuter la simulation, l’utilisateur verra l’évolution des étapes de simulation à l’écran et recevra une notification par e-mail sur l’état de la simulation une fois la simulation terminée.

4. Accès aux résultats de la simulation

1. Cliquez sur Mes simulations dans la barre latérale gauche.
2. Cliquez sur Télécharger les fichiers MDP pour télécharger les fichiers de configuration de simulation utilisés par la plateforme sur l’ordinateur de l’utilisateur.
3. Téléchargez les éléments de simulation comme décrit ci-dessous.
   1. Cliquez sur Commandes pour télécharger la liste des commandes exécutées par la plate-forme sur l’ordinateur de l’utilisateur.
   2. Cliquez sur GROMACS Log pour télécharger le fichier journal contenant les sorties de commande .gmx dans l’ordre sur l’ordinateur de l’utilisateur.
   3. Cliquez sur Résultats pour télécharger les fichiers générés par les commandes .gmx, tels que _npt.gro, _pr.edr, _pr.tpr, _pr_PBC.gro et pr_PBC.xtc sur l’ordinateur de l’utilisateur.
   4. Cliquez sur Figure Graphics pour télécharger des graphiques permettant d’analyser chaque étape de simulation au format image et .xvg sur l’ordinateur de l’utilisateur.

Results

VD fournit une exécution de simulation entièrement autonome qui ne nécessite pas d’intervention de l’utilisateur ou de ressources de calcul fournies par l’utilisateur. Après avoir soumis une simulation à l’exécution, l’utilisateur peut la quitter, éteindre ses machines et la simulation continuera à s’exécuter. Il permet également aux utilisateurs d’accéder aux résultats depuis n’importe quel appareil, qu’il s’agisse d’un ordinateur portable ou d’un appareil mobile.

À titre d’exemple d’utilisation de la VD en mode automatisé via le WEB, le test a été réalisé pour un complexe protéine-ligand préparé dans ACPYPE en utilisant la structure de la protéine de liaison FK506 de Plasmodium vivax complexée avec l’inhibiteur D5 (ID PDB : 4mgv)⁴¹. La préparation a suivi le protocole décrit, et les résultats de l’analyse sont présentés à la figure 2A-D.

La figure 2A représente l’écart quadratique moyen (RMSD) entre la structure initiale de la protéine et sa simulation sur une période de 5 ns (telle que fixée dans le système). Le squelette protéique a présenté une RMSD inférieure à 2,5 Å tout au long de la simulation. La figure 2B montre le rayon de giration (Rg), qui décrit la compacité de la protéine pendant la simulation de 5 ns. Ce graphique montre Rg dans les trois coordonnées, x, y et z, ainsi que la valeur globale. La figure 2C illustre la fluctuation quadratique moyenne (RMSF) qui représente la distance de fluctuation moyenne de chaque acide aminé dans la structure protéique au cours de la simulation de 5 ns. La figure 2D illustre la variation d’énergie en kJ/mol pour le système pendant le processus de minimisation de l’énergie à l’aide de la méthode de descente la plus abrupte. Sur ce graphique, on observe que le système s’est stabilisé avec une force maximale inférieure à 1000 kJ/mol/nm.

Un autre cas d’utilisation est lorsque l’utilisateur souhaite l’exécuter sur son propre serveur sur lequel Gromacs est installé. Cette forme d’utilisation n’a pas été couverte par ce protocole car elle nécessite un niveau modéré de connaissance du terminal Linux et des applications CLO. Cette méthode utilise VD comme générateur de commandes Gromacs modifiables qui obtiennent le même résultat que VD lorsqu’elles sont exécutées telles qu’elles ont été générées. Ils téléchargent les fichiers MDP et le fichier contenant les commandes générées (Figure 3A). Tout est disponible en VD. Lorsqu’ils l’exécutent dans le terminal Linux, ils obtiennent des résultats comme la figure 3B.

Figure 1 : Utilisation de VD pour générer des scripts de commande. (A) Liste des commandes générées dans le VD lorsque l’option de téléchargement de la liste de commandes est sélectionnée. (B) Exemple de sortie de l’exécution d’une commande. Il suffit de copier, coller et exécuter dans l’invite Linux locale. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 2 : Statistiques d’accès et d’utilisation de Visual Dynamics. Plus de 4 000 utilisateurs d’une seule adresse IP d’environ 63 pays ont déjà accédé à VD. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 3 : Exemples de graphiques de sortie relatifs à l’analyse VD automatique. (A) Écart quadratique moyen (RMSD) sur une période de 5 ns. (B) Rayon de giration (Rg) sur une longueur de 5 ns. (C) Fluctuation quadratique moyenne (RMSF) sur 5 ns. L’axe des x du graphique RMSF représente le nombre d’acides aminés dans l’enzyme et les sorties du logiciel d’imagerie avec une taille minimale. Si la protéine est plus grande, l’axe des x augmentera. (D) Variation d’énergie pendant le processus de minimisation de l’énergie. La variation d’énergie prend fin lorsque le processus atteint une valeur adéquate. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure supplémentaire 1 : Organigramme simplifié du processus utilisé par Visual Dynamics pour configurer une nouvelle simulation. Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.

Figure supplémentaire 2 : Organigramme simplifié du processus utilisé par Visual Dynamics pour gérer l’exécution des simulations en file d’attente. Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.

Fichier supplémentaire 1 : Fichier pdb de protéines. Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.

Fichier supplémentaire 2 : Fichier Ligand itp. Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.

Fichier supplémentaire 3 : Fichier pdb du ligand. Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.

Discussion

L’automatisation des processus n’est pas facile, mais elle l’est aussi moins que la reprogrammation d’un système à partir de zéro. Gromacs est actuellement le logiciel de simulation moléculaire le plus populaire, et il est constamment mis à jour. Le département de chimie biophysique de l’Université de Groningue l’a initialement développé, et il est maintenant maintenu par le Laboratoire des sciences de la vie de l’Université de Stockholm⁴³.

Pour tout nouvel utilisateur, l’apprentissage des techniques de simulation est un long parcours. La VD apparaît comme une alternative pour faciliter ce processus d’apprentissage, ainsi que pour valider les expériences avant d’investir des ressources dans l’exécution de simulations de plus longue durée. Les utilisateurs peuvent exécuter 5 ns de simulation et ainsi évaluer l’utilité d’étendre davantage la simulation.

L’automatisation des concaténations et du passage de paramètres aux commandes Gromacs n’est possible que grâce à la manière dont Linux fournit et permet la gestion de son terminal. L’une des principales caractéristiques de VD qui a permis une automatisation complète est illustrée à la figure 3B. Dans une approche manuelle, il est nécessaire que l’utilisateur interagisse en début d’exécution pour choisir les groupes à analyser¹⁶. Dans ce cas, le groupe 4 (Backbone) a été sélectionné par défaut. Pour contourner cette étape et automatiser l’interaction de l’utilisateur, la commande echo « 4 4 » est transmise à la commande .gmx en arrière-plan, ainsi qu’un outil de concaténation connu sous le nom de pipe (|) dans la ligne de commande elle-même. Ceci est utile pour les programmeurs qui souhaitent développer un outil similaire à VD et permet l’automatisation et l’émulation de l’interaction de l’utilisateur.

Actuellement, VD est limité à l’exécution de simulations d’une durée de 5 ns sur le serveur WEB. Dans la version précédente, cette limite n’était que de 2 ns³⁹. Si un temps de simulation plus long est nécessaire, il est recommandé de télécharger le script et les fichiers MDP pour l’exécution sur la propre machine de l’utilisateur sur laquelle Gromacs est installé. Les options Neutraliser le système et Ignorer les hydrogènes sont toujours activées et ne peuvent pas être désactivées. De même, l’option Utiliser la double précision est toujours désactivée. Ces options sont affichées pour informer l’utilisateur. Pour des raisons de performance, ils sont fixes. La version actuelle n’effectue pas de simulations avec des ligands préparés dans des champs de force OPLS ou CHARMM. Cette limitation est purement technique et temporaire.

Structurellement, VD dispose de deux applications : une interface Web, qui est l’application que l’utilisateur voit, et une interface serveur principale, qui est l’application qui effectuera le travail difficile de configuration et d’exécution du MD. Le front-end Web est une interface simple avec des formulaires pour collecter ce que les utilisateurs veulent faire par le biais de sélections, de bascules et de sélecteurs de fichiers ; L’organigramme du front-end web sera omis pour l’instant, tel qu’il est décrit, étape par étape dans le protocole.

Le back-end du serveur est composé de deux services : une application pour gérer et configurer les MD et une autre pour gérer et exécuter simultanément les MD. La figure supplémentaire 1 montre le flux utilisé pour configurer un MD, et la figure supplémentaire 2 montre le flux de l’application de file d’attente d’exécution.

Il existe également d’autres outils automatisés/Web pour exécuter MD en plus de Visual Dynamics, chacun avec son propre ensemble d’avantages et d’inconvénients. ASGARD³⁵, Gmx_qk³⁶ et CHAPERONg³⁷ sont d’excellents outils qui facilitent l’utilisation de GROMACS¹⁴ , mais restent des applications CLI qui nécessitent que l’utilisateur ait un minimum de connaissances sur le shell. BioBB-Wfs³⁸ est l’application la plus similaire à VD³⁹, il offre également beaucoup de choses que VD n’offre pas, car il utilise BioBB⁴⁴, une bibliothèque composée d’enveloppes autour des outils MD populaires. Les écrans peuvent être un peu trop complexes pour quelqu’un qui débute. Le processus est assez complexe par rapport à la VD. Après de nombreuses étapes, une sorte de composant universel appelé Common Workflow Language (CWL) est généré pour être exécuté sur les HPC. Cependant, l’utilisateur doit avoir accès à ces serveurs, ce qui n’est pas naturellement gratuit.

L’instance publique actuelle de VD a Gromacs installé pour utiliser le processeur, mais il peut être installé avec des instructions pour utiliser l’unité de traitement graphique (GPU) de la machine, ce qui améliore considérablement les performances de simulation⁴⁵. De plus, le script de commande généré dans VD est transparent au GPU, ce qui signifie qu’il peut être exécuté sur une machine avec un GPU installé sans avoir à modifier quoi que ce soit dans les commandes.

À l’heure actuelle, VD est un excellent outil pour présenter MD à quelqu’un de nouveau, mais il pourrait être mieux utilisé par ceux qui sont familiers avec MD et Gromacs. Il peut être utilisé dans les cours de simulation, où le professeur a besoin d’une approche rapide sans problèmes d’installation ou de configuration des paramètres pour exécuter un exercice. De plus, VD peut être utilisé pour valider une simulation ; S’il fonctionne pendant 5 ns, il est justifié d’investir dans l’extension de la simulation à l’aide des fichiers générés dans VD.In général, le groupe travaille à inclure des analyses plus automatisées telles que les liaisons h et l’énergie de liaison de la surface de Poisson-Boltzmann de mécanique moléculaire (MMPBSA) tout en cherchant continuellement à améliorer la convivialité.

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Serveur ACPYPE	Bio2Byte		Disponible chez https://www.bio2byte.be/acpype/
Logiciel GRACE	Plasma Laboratory à l’Institut Weizmann des sciences		Disponible sur https://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
Logiciel GROMACS	Équipe		Instructions d’installation sur https://manual.gromacs.org/current/install-guide/index.html
La structure de la protéine de liaison à FK506 de Plasmodium vivax complexée avec l’inhibiteur de l’inhibiteur D5	RCSB Data Bank		Disponible à l’adresse https://www.rcsb.org/structure/4mgv Contient déjà le ligand complexé à la macromolécule.