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La capacité de l'image du système vasculaire cérébral (à partir de grands navires de capillaires) et la dynamique d'enregistrement du débit sanguin dans le cerveau intact de rongeurs vivants est une technique puissante. L'utilisation in vivo 2-microscopie biphotonique à travers une fenêtre crânienne il est possible de colorants image fluorescente injectée par voie intraveineuse. Cela permet un à l'image de la vascularisation corticale et aussi pour obtenir des mesures du flux sanguin. Cette technique a été initialement développé par David Kleinfeld et Winfried Denk. La méthode peut être utilisée pour étudier la dynamique des flux de sang pendant ou après une ischémie cérébrale, de maladies neurodégénératives, dans les tumeurs du cerveau, ou dans la physiologie du cerveau normal. Par exemple, il a été utilisé pour étudier comment un AVC provoque des changements dans la direction du flux sanguin et des changements dans la vitesse des globules rouges ou de flux dans et autour de l'infarctus. Ici, nous montrent comment utiliser deux microscopie biphotonique à la dynamique d'image du flux sanguin dans le néocortex de souris vivantes en utilisant des colorants fluorescents injectés dans la veine de la queue.