Pour comprendre la dynamique des réseaux de microcircuits du néocortex, il est indispensable d'enregistrer simultanément l'activité d'un grand nombre de neurones. L'imagerie in vivo de calcium à deux photons est la seule méthode qui permet d'enregistrer l'activité d'une population dense de neurones avec une seule cellule de résolution. La méthode consiste à implanter une fenêtre d'imagerie crânienne, l'injection d'un colorant fluorescent de calcium indicateur qui peut être repris par un grand nombre de neurones et finalement d'enregistrer l'activité des neurones à l'imagerie calcique laps de temps en utilisant une in-vivo deux microscope photonique. La co-injection des astrocytes spécifiques colorants permet de différencier les neurones à partir des astrocytes. La technique peut être réalisée sur des souris exprimant des molécules fluorescentes dans les sous-populations spécifiques de neurones pour mieux comprendre les interactions en réseau des différents groupes de cellules.