Palpage pour activité complexe mitochondrial dans les cellules souches embryonnaires humaines

Résumé

Dans cette vidéo, nous allons vous montrer comment les complexes de la chaîne respiratoire mitochondriale des cellules souches embryonnaires humaines peuvent être analysées à l'aide des tests d'activité de gel.

Résumé

Les mitochondries sont des organites cytoplasmiques qui ont un rôle primordial dans le métabolisme cellulaire et l'homéostasie, la régulation du réseau de signalisation cellulaire, et la mort cellulaire programmée. Les mitochondries produisent l'ATP, de réglementer l'état redox cytoplasmique et Ca2 + bilan, cataboliser acides gras, de synthétiser l'hème, nucléotides, hormones stéroïdes, acides aminés, et aider à assembler fer-soufre dans les protéines. Les mitochondries jouent également un rôle essentiel dans la production de chaleur. Les mutations du génome mitochondrial entraîner plusieurs types de trouble humain. L'accumulation de mutations de l'ADNmt est en corrélation avec le vieillissement et est soupçonné d'avoir un rôle important dans le développement du cancer. En raison de leur rôle d'une importance vitale dans tous les types de cellules, la fonction des mitochondries doit aussi être critique pour les cellules souches. Avancées majeures ont été faites dans notre compréhension de la viabilité des cellules souches, la prolifération, et la capacité de différenciation. Mais l'activité fonctionnelle des cellules souches, en particulier de leur état énergétique, ne fut pas encore été étudiés en détail. Presque rien n'est connu sur les propriétés des mitochondries des cellules souches embryonnaires humaines (CSEh) et leur descendance différenciée précurseur. Une façon de comprendre et d'évaluer le rôle des mitochondries dans la fonction de CSEh et le potentiel de développement est de mesurer directement l'activité des complexes respiratoires mitochondriaux. Ici, nous décrivons haute résolution électrophorèse sur gel natif claires et les suivants dans la visualisation de l'activité de gel comme une méthode pour analyser les cinq complexes de la chaîne respiratoire des CSEh.

Protocole

Haute Résolution électrophorèse sur gel natif Effacer (hrCNE) pour le complexe mitochondrial tests d'activité dans le gel

Cellules souches embryonnaires humaines (CSEh) ont été maintenus sur une monocouche de ˠ-irradiés ou la mitomycine C fibroblastes de souris traitées embryonnaires (MEF), puis passer à la croissance sur Matrigel pendant 5 jours dans MEF milieu conditionné utilisant des conditions standard. Pour enlever la contamination FAE, CSEh ont été re-plaquées sur Matrigel et cultivées en milieu conditionné MEF pour les 3 jours supplémentaires. Immunofluorescence pour les marqueurs de pluripotence Oct-4, SSEA-4 a été utilisé pour confirmer l'absence de différenciation des CSEh.

1. Laver les cellules avec des chaudes 1x PBS, pH 7,4, suivis par trypsinisation (1ml de la trypsine 1x par puits dans une plaque à 6 puits) pendant 5 min.
2. Ajouter un volume égal d'inhibiteur de trypsine frais (1mg/ml dans du PBS 1X, pH 7,4). Récolte des cellules et centrifuger à 200 g, 5 min, la température ambiante.
3. Jeter le surnageant et remettre les cellules granulées de 0,8 - 1.7ml (basée sur la taille du culot cellulaire) de glace isolée tampon froid mitochondries (83mm saccharose; 6.6mm imidazole / HCl, pH 7,0) avec 1 fraîchement préparés "cocktail inhibiteur de protéase. Incuber sur la glace pendant 10 min.
4. Dounce cellules avec un homogénéisateur (~ 40 - 50 coups). Stain une aliquote de cellules dounced bleu trypan pour vérifier l'exhaustivité de l'homogénéisation à l'aide d'un microscope optique.
5. Centrifuger à 20000 g pendant 10 min à 4 ° C pour obtenir un brut mitochondrial granulés qui contient également des noyaux et des fragments de cellules plus grandes. Décanter et jeter le surnageant et peser le précipité brut mitochondrial granulés. Le culot peut être conservé à -80 ° C après la congélation instantanée dans l'azote liquide, si ce n'est un point d'arrêt.
   
   REMARQUE: centrifugation différentielle ou d'autres basées sur les gradients procédures peuvent être utilisées pour isoler et de percevoir une fraction de membrane mitochondriale pures. Voir réf. 4 pour les détails. Cette approche alternative sera le rendement de l'activité mitochondriale complexes par mg de protéine mitochondriale lieu d'activité complexe par mg de poids cellulaire ou un numéro de cellulaire. La concentration de protéines mitochondriales devra être déterminé après la purification de faire cette comparaison. En outre, un tampon d'isolement différent peut être requis pour cette approche. Pour la solubilisation de la fraction de la membrane mitochondriale pur, voir la note suivante étape 6 ci-dessous.
   
   
6. Solubiliser le brut mitochondrial granulés sur la glace au vortex avec un tampon de solubilisation de la glace froide (50 mM NaCl, 50 mM imidazole / HCl pH 7,0, 1 mM EDTA, 2 mM d'acide 6-aminohexanoïque). L'acide 6-aminohexanoïque peut être remplacé par le cocktail d'inhibiteur de protéase 1x. Utilisez 35μl de tampon de solubilisation par 20mg de poids à granulés. Ajouter 20 pi de 10% p / v digitonine par 20mg de poids granulés et mélanger en feuilletant le tube. Incuber 5-10 min sur la glace. Dodécyl-bD-maltoside ou le Triton X-100 peut être substitué à la digitonine pour solubiliser les protéines. Le choix du détergent et de sa quantité peuvent affecter la formation de formes multimériques supercomplexes ou des complexes mitochondriaux. Pour plus d'informations, consultez ref.1.
   
   REMARQUE: La quantité de détergent nécessaire pour solubiliser une fraction membranaire mitochondrial pur correspond à un ratio poids du détergent / protéine allant de 2 à 6g / g. Le rapport optimal pour solubiliser les membranes mitochondriales est 2.5g / g pour dodécyl-bD-maltoside, 3g / g pour le triton X-100, et 6g / g pour la digitonine.
   
   
7. Centrifuger le culot solubilisé à 100.000 g pendant 15 min à 4 ° C. Recueillir le surnageant clair.
8. Ajouter un tampon de charge à une finale de 5% p / v de glycérol et 0,01% p / v Ponceau S (utilisation de 50% p / v de glycérol, 0,1% w / v de solution de chargement Ponceau S stock tampon).
9. Charger des puits du gel avec un volume qui contient 20-40mg du brut culot de mitochondries par voie. Utilisez un gel à gradient d'acrylamide (4 -13%) avec un empilage de 3,5% de gel.
   
   REMARQUE: préparation de gel et les conditions de l'électrophorèse:
   
   Pour la préparation du gel, utiliser un acrylamide / bis-acrylamide (AA / bisAA) 3 mélanger comme suit: 48g d'acrylamide et 1,5 g de bisacrylamide (49,5% T, 3% C. Si T est la concentration totale d'AA et bisAA et C est le pourcentage de réticulant (bisAA) au total des monomères).
   
   Gel de tampon (3 '): 1,5 M acide 6-aminohexanoïque; 75mm imidazole, pH 7,0

Gel de gradient:	4%	13%	Empilement de gel:	3,5%
AA / 3 mix bisAA	2 ml	6,5 ml		0,6 ml
Gel de tampon 3 '	8,3 ml	8,3 ml		2,7 ml
Glycérol		5 g
H 2 O	14,7 ml	5 ml		4,7 ml
Le volume total	25 ml	25 ml		8 ml
APS 10%	139 ul	125 pi		67 ul
TEMED	14 ul	12,5 ul		6,7 ul

Anode tampon: 25mm imidazole / HCl, pH 7,0

Buffer Cathode: Tricine 50 mM, 7,5 mm d'imidazole / HCl, 0,02% p / v dodécyl-bD-maltoside, 0,05% p / v désoxycholate, pH 7,0

Verser et exécuter des gels dans une chambre froide (4-7 ° C). La tension initiale utilisée est de 100V. Lorsque l'échantillon est entré dans le gel de concentration, la tension est élevée à 500V avec le courant limité à 15mA (pour 0,15 '14' 14 cm gels). L'électrophorèse est arrêté après 3-4 h quand la ligne forte de colorant du rouge Ponceau S se rapproche de la première gel. Alternativement, un gel peut être exécuté pendant la nuit avec une tension constante à 70-100V.

1. Tests d'activité dans le gel. Le temps d'incubation pour chaque dosage dépend de l'efficacité de la solubilisation des protéines et la quantité de matière chargée par puits. Complexes I, IV et V donnent habituellement des signaux plus forts que des complexes II et III.

Complexe I (CI)

Incuber la tranche de gel avec CI tampon (Tris-HCl 5 mM, pH 7,4; 0.1mg/ml NADH; 2.5mg/ml NBT) à température ambiante pendant plusieurs heures.

CI mémoire tampon: Ajouter de 5 mm par 100 ml de Tris-HCl, pH 7,4:

0,01 g NADH

0.25g NBT

Fixer le gel dans du méthanol à 50% et 10% d'acide acétique pour les 15-45 min. Le gel fixe est conservé dans l'acide acétique à 10%.

Complexe II (CII)

Incuber la tranche de gel avec des CII tampon (20 mM de sodium succinate; methasulfate phénazine 0.2mm; 2.5mg/ml NBT; 5mM Tris-HCl pH 7,4) à température ambiante pendant plusieurs heures.

CII mémoire tampon: Ajouter de 5 mm par 100 ml de Tris-HCl, pH 7,4:

200 pl de succinate de sodium 1M

Methasulfate phénazine 80μl (PMS 250mm dissous dans du DMSO)

0.25g NBT

Fixer le gel comme décrit pour le complexe I

Complexe III (CIII)

Incuber la tranche de gel avec CIII tampon (phosphate de sodium 50 mM, pH 7,2, de 0,05% de 3,3 '-diaminobenzidine tétrachlorhydrate (DAB)) à température ambiante pendant plusieurs heures.

CIII tampon: Ajouter par 100 ml de phosphate de sodium 50 mM, pH 7,2:

Tétrachlorhydrate diaminobenzidine 50mg

Fixer le gel comme décrit pour le complexe I

Complexe IV (CIV)

Incuber la tranche de gel avec CIV tampon (phosphate de sodium 50 mM, pH 7,2, de 0,05% de 3,3 '-diaminobenzidine tétrachlorhydrate (DAB), 50 microns cheval de coeur du cytochrome c) à température ambiante pendant plusieurs heures.

CIV tampon: Ajouter par 100 ml de phosphate de sodium 50 mM, pH 7,2:

Tétrachlorhydrate diaminobenzidine 50mg

0.1g cheval de coeur du cytochrome c

Fixer le gel comme décrit pour le complexe I

Complexe V (CV)

Incuber la tranche de gel avec CV de tampon (Tris-35mm de base, 270mm de glycine, pH 8,3 à 25 ° C, 14mm MgSO _4, 0,2% p / v Pb (NO _{3) 2,} 8mm ATP) à température ambiante pendant plusieurs heures.

CV de tampon: 100ml de solution par ajouter:

Base Tris	0.424g
Glycine	2.026g
MgSO 4	0.345g
Pb (NO 3) 2	0.29g

Pas besoin d'ajuster le pH (qui devrait être 8.3) - ne pas utiliser d'acide ou de base. Filtrez et ajoutez

ATP

0.441g

Fixer le gel dans du méthanol à 50% pendant 30 minutes et le transfert à l'eau.

Discussion

Dans cette vidéo, nous avons décrit l'extraction des complexes de protéines mitochondriales de cellules souches embryonnaires humaines, leur séparation par électrophorèse haute résolution claire gel natif (hrCNE), et l'analyse subséquente par en gel des essais d'activité catalytique. hrCNE résout mitochondriale des complexes protéine membranaire à une résolution comparable à celle de l'électrophorèse sur gel bleu natif et est supérieure pour les tests d'activité dans le gel. Cette technique peut être employée non seuleme...

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article

Nom	Entreprise	Numéro de catalogue	Commentaires
EDTA 0,5 M	Fisher Scientific	BP120-1	ajuster le pH à 8,0 avec du NaOH
NaCl 1 M	Sigma-Aldrich	S3014-500MG
Succinate de sodium 1 M	Fisher Scientific	S413-500
Buffer de phosphate de sodium 0,1 M, pH 7,2	Fisher Scientific	BP332-1 et BP329-1	Mélanger 68,4 ml de Na2HPO4 1 M et 31,6 ml de NaH2PO4 1 M pour préparer un tampon de phosphate de sodium 0,1 M à pH 7,2 à 25 °C
Tricine 1 M, pH 7,0 (ajusté avec NaOH)	EMD Millipore	9010	conserver à 4 °C
Imidazole/HCl 1 M, pH 7,0	Sigma-Aldrich	I-2399	conserver à 4 °C
Tris-HCl 1 M, pH 7,4	Fisher Scientific	BP153-1
Dodécyl-β-D-maltoside (DDM) 20 % (poids/volume)	Fluka	44205-500MG	Dissous dans l’eau. Conserver des aliquotes de 1 ml à –20 °C.
Digitonine 10 % (poids/volume) (>50 % de pureté, utilisée sans recristallisation)	Fluka	37008-1G	Dissous dans l’eau. Conserver des aliquotes de 0,1–1 ml à –20 °C. Doit être chauffé à 95 °C avant utilisation.
Acide 6-aminohexanoïque 2 M	Fluka	07260-100G	conserver à 4 °C
Solution mère de Ponceau S/glycérol 10x	Sigma-Aldrich	P-3504 et G6279-1L	Ponceau S 0,1 %, glycérol 50 % (poids/volume) dans l’eau.
Désoxycholate de sodium 10 % p/v	Fluka	30970-25G	Dissous dans l’eau. Doit être protégé de la lumière. Ajuster le pH à 7,0 avec du HCl, filtrer et conserver à température ambiante.
Phénazine méthasulfate (PMS) 250 mM	TCI America	P0083	Dissous dans le DMSO et aliquoté. Conserver à –20 °C.
Nitro-bleu de tétrazolium (NBT)	Amresco	0329-1G
3,3’-diaminobenzidine tétrahydrochlorure (DAB)	TCI America	D0078
Pb(NO3)2	Fisher Scientific	L62-100
MgSO4	Fisher Scientific	BP213-1
Base Tris	Fisher Scientific	BP152-10
Glycine	Fisher Scientific	G45-212
Adénosine 5’-triphosphate disodique (ATP)	Sigma-Aldrich	A2383-5G	Grade I, minimum 99 %
Bêta-nicotinamide adénine dinucléotide (NADH), forme réduite	Sigma-Aldrich	N-8129
Cytochrome c provenant du cœur de cheval	Sigma-Aldrich	C2506-250MG
Saccharose	Fisher Scientific	BP220-212
Cocktail d'inhibiteurs de protéases 100x	Sigma-Aldrich	P8340	Conserver à – 20 °C.
Diméthylsulfoxyde (DMSO)	Fisher Scientific	D128-500
Colorant bleu de trypan 0,4 %	GIBCO, by Life Technologies	15250-061
Tripsine 10x (0,5 %)	GIBCO, by Life Technologies	15400-054
Inhibiteur de la trypsine	GIBCO, by Life Technologies	17075-029