Isolement photodégradable à base d’hydrogel de colonies bactériennes dans des réseaux de micropuits

Commencez par un réseau de micropuits recouvert d’une couche inerte sur sa surface plane.

Ajoutez une suspension de cellules bactériennes sur le réseau, leur permettant de s’installer dans les puits.

Décollez le revêtement pour éliminer les cellules liées à la surface, en conservant celles localisées dans les puits.

Ensuite, fixez le réseau de micropuits entre les entretoises.

Prenez une lame avec un revêtement non adhésif et déposez-y une solution de précurseur d’hydrogel contenant un polymère synthétique et un agent de réticulation dissous dans un tampon.

Inversez la diapositive sur le réseau et incubez. L’agent de réticulation réagit avec le polymère pour former un hydrogel poreux qui piège les cellules.

Retirez la lame et placez le réseau dans un milieu qui favorise la croissance bactérienne et contient des antibiotiques pour éviter la contamination.

Les bactéries confinées prolifèrent en colonies spatialement distinctes.

L’hydrogel contient des réticulations photodégradables qui se brisent lors de l’exposition à la lumière ultraviolette, permettant une dégradation ciblée de l’hydrogel pour l’extraction sélective des colonies bactériennes.

Semez 700 microlitres de suspensions de cellules bactériennes avec une OD 600 de 0,1 sur le substrat du réseau de micropuits et préparez la solution de précurseur d’hydrogel comme démontré précédemment en utilisant 12,5 microlitres de solution saline tamponnée au phosphate ATGN de pH huit. Pipeter 12,5 microlitres de la solution précurseur sur une lame de verre perfluoroalkylé non réactif et placer deux entretoises en acier de 38 micromètres sur deux côtés opposés du substrat du réseau de micropuits inoculé de cellules. Ensuite, inversez la lame de verre perfluoroalkylé avec la gouttelette de solution précurseur et placez une gouttelette au milieu du substrat du micropuits.

Lorsque l’hydrogel se forme après une incubation de 25 minutes à température ambiante, retirez délicatement la lame de verre du substrat du micropuits et placez le substrat dans une boîte de Pétri contenant un milieu ATGN complété par un antibiotique.