Croissance bactérienne et techniques

Source : Cian, M. B. et. al., Séparation de l’enveloppe cellulaire pour les bactéries à Gram négatif en fractions de membrane interne et externe avec ajustements techniques pour Acinetobacter baumannii. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre la séparation des fractions membranaires interne et externe des bactéries à Gram négatif à l’aide de l’ultracentrifugation par gradient de saccharose. Les fractions membranaires sont purifiées et stockées à basse température pour une analyse ciblée des...

Source : Mercier, N., et al. Purification de l’affinité MS2 couplée au séquençage de l’ARN chez les bactéries à Gram positif. J. Vis. Exp. (2021)Cette vidéo montre une procédure étape par étape pour récolter des cellules bactériennes et les lyser mécaniquement pour libérer du contenu intracellulaire.

Source : Mercier, N., et. al., MS2-Affinity Purification couplée au séquençage de l’ARN chez les bactéries à Gram positif. J. Vis. Exp. (2021)Cette vidéo démontre l’isolement de petits ARN régulateurs (ARNs) marqués par MS2 et liés à leur ARN cible bactérien à l’aide d’une purification par affinité avec une fusion de protéines de liaison au maltose (MBP) et de protéines d’enrobage MS2 immobilisées sur de la résine d’amylose.

Source : Feltwell, T., et.al. Séparation des bactéries par quantité de capsules à l’aide d’un gradient de densité discontinu. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo montre l’utilisation d’un gradient de densité discontinu pour séparer les souches bactériennes en fonction de la quantité de capsules. En centrifugeant une banque de mutants transposons à travers le gradient, les bactéries avec des densités de capsule différentes se localisent dans des couches distinctes. Les fractions séparées peuvent...

Source : Gupta, S., Marcela Rodriguez, G. Isolement et caractérisation des vésicules extracellulaires produites par des mycobactéries limitées en fer. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo démontre l’isolement par étapes de vésicules extracellulaires (VE) de Mycobacterium tuberculosis cultivées dans des conditions limitant le fer qui imitent l’environnement de l’hôte. Il décrit l’utilisation de l’ultrafiltration, de la centrifugation différentielle et de la séparation par gradient de densité pour...

Source : Watson, D. C., et.al. Isolement et purification évolutifs des vésicules extracellulaires d’Escherichia coli et d’autres bactéries. J. Vis. Exp. (2021)Cette vidéo démontre l’isolement et la concentration de vésicules extracellulaires (VE) dérivées de la membrane externe de bactéries génétiquement modifiées. Le processus implique la culture des bactéries pour libérer des VE, suivie d’étapes de centrifugation et de filtration séquentielles pour éliminer les cellules et les débris. Enfin,...

Source : Watson, D. C., et al. Isolement et purification évolutifs des vésicules extracellulaires d’Escherichia coli et d’autres bactéries. J. Vis. Exp. (2021)Cette vidéo montre l’utilisation de la chromatographie d’exclusion stérique avec des billes de résine poreuse pour isoler les vésicules extracellulaires bactériennes (VE) d’un filtrat de culture bactérienne. Les VE plus grandes éluent tôt en contournant les pores de résine, tandis que les protéines plus petites pénètrent dans les pores et...

Source : Fattahi, N., et al. Interfaces hydrogel photodégradables pour le dépistage, la sélection et l’isolement des bactéries. J. Vis. Exp. (2021).Cette vidéo montre l’extraction de colonies bactériennes à partir d’un hydrogel photodégradable à l’aide de la lumière UV. Une colonie spécifique est sélectionnée et une exposition à la lumière structurée est conçue pour initier la dégradation localisée de l’hydrogel. Après avoir ajusté l’intensité et la durée de la lumière, la lumière UV est...

Source : Ghadigaonkar, D. et Rath, A. Isolement et identification des bactéries résistantes aux antibiotiques d’origine hydrique et caractérisation moléculaire de leurs gènes de résistance aux antibiotiques. J. Vis. Exp. (2023)Cette vidéo montre l’isolement et la préparation de bactéries résistantes aux antibiotiques à partir d’un échantillon d’eau à l’aide de milieux sélectifs. L’ADN est extrait de bactéries résistantes aux antibiotiques et amplifié pour identifier les gènes bactériens...

Source : Kazi, M. I., et. al., Génération de banques d’insertion de transposons chez des bactéries à Gram négatif pour le séquençage à haut débit. J . Vis. Exp. (2020)Cette vidéo démontre la sélection, la quantification et la préservation de bactéries réceptrices à Gram négatif portant des insertions de transposons en fonction de la résistance à la kanamycine.

Source : Fernández-Coll, L. et Cashel, M. Utilisation du radiomarquage par antenne parabolique de microtitration pour de multiples mesures in vivo d’Escherichia coli (p)ppGpp suivies d’une chromatographie sur couche mince. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo présente un protocole à haut débit pour mesurer les niveaux et la dynamique des nucléotides bactériens de réponse au stress ppGpp et pppGpp à l’aide de la chromatographie sur couche mince (CCM). La méthode offre une approche puissante, rapide et...

Source : Streather, B. R., et al. Production et analyse optimisées de vésicules remplies de protéines recombinantes d’E. coli. J. Vis. Exp. (2023)Cette vidéo démontre la production et l’isolement de protéines recombinantes marquées avec le peptide de nucléation des vésicules (VNp) à partir de vésicules bactériennes. Un inducteur déclenche l’expression de la protéine marquée VNp, entraînant la formation et l’encapsulation des vésicules, suivie d’une centrifugation et d’une sonication pour une...

Source : Shivaiah, K., et al. Isolement de gouttelettes lipidiques de plastoglobules à partir de tissus foliaires de plantes et de cyanobactéries. J. Vis. Exp. (2022).Cette vidéo démontre l’isolement des plastoglobules des cyanobactéries à l’aide de la centrifugation par gradient de densité de saccharose, mettant en évidence leur nature riche en lipides et à faible densité et assurant leur préservation structurelle pour l’analyse en aval.

Source : Armbruster, K. M., Meredith, T. C. Enrichissement des lipoprotéines bactériennes et préparation de lipopeptides N-terminaux pour la détermination structurale par spectrométrie de masse. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre l’enrichissement des lipoprotéines bactériennes à l’aide d’un détergent non ionique qui subit une séparation de phase lors du réchauffement. Grâce à des changements de température séquentiels et à des étapes de centrifugation, les lipoprotéines sont sélectivement...

Source : Leuthold, M. M., et al. Production de domaines saillants de norovirus humains chez E. coli pour la cristallographie aux rayons X. J. Vis. Exp. (2016).Cette vidéo démontre la purification du domaine P du norovirus humain recombinant à l’aide de la chromatographie d’exclusion stérique, mettant en évidence la séparation de la protéine cible des impuretés de poids moléculaire supérieur et inférieur en fonction de l’accessibilité différentielle des pores. Le processus est surveillé par...

Source : Kuo, T., et al. Purification chromatographique négative en une étape de la protéine activatrice des neutrophiles d’Helicobacter pylori surexprimée chez Escherichia coli en mode batch. J. Vis. Exp. (2016)La vidéo fait la démonstration d’une technique de chromatographie négative permettant de purifier une protéine associée à la virulence à partir d’un lysat bactérien. En utilisant une résine chargée positivement dans une solution tamponnée, les protéines de la cellule hôte sont...

Source : Murata, T., et al. Purification d’une protéine de masse moléculaire élevée chez Streptococcus mutans. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo montre une procédure étape par étape pour la purification d’une protéine marquée à la polyhistidine sécrétée par Streptococcus mutans.

Source : Venuprasad, K., et al. Administration intra-trachéale d’Haemophilus influenzae dans des modèles murins pour étudier l’inflammation des voies respiratoires. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre la collecte et le traitement d’un liquide de lavage broncho-alvéolaire d’une souris euthanasiée infectée par Haemophilus influenzae non typable pour une analyse en aval.

Source : Ginies, C., et al. Identification des acides gras chez Bacillus cereus. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre le processus de préparation des esters méthyliques d’acides gras (EMAG) à partir d’échantillons bactériens en traitant la biomasse avec une solution alcaline, suivie d’une séparation de phase et d’une évaporation du solvant pour l’analyse en aval.

Source : Shivaiah, K., et al. Isolement de gouttelettes lipidiques de plastoglobules à partir de tissus foliaires de plantes et de cyanobactéries. J. Vis. Exp. (2022)La vidéo montre l’isolement des plastoglobules des cyanobactéries. Elle commence par une culture de cyanobactéries et se poursuit par la rupture cellulaire à l’aide de la force mécanique. La libération de pigments photosynthétiques indique une lyse réussie. Un gradient de pas de saccharose est ensuite utilisé pour séparer les...

Commencer par des cultures d’espèces de Yersinia à Gram négatif et d’Enterobacteriaceae non Yersinia.À l’aide d’inoculateurs à aiguilles stériles, parsemer les cultures sur la gélose traditionnelle Cefsulodin-Irgasan-Novobiocin ou CIN et la gélose CIN modifiée.Incuber les plaques pour favoriser la croissance bactérienne.Les gélose CIN traditionnelles et modifiées favorisent la croissance des entérobactéries Yersinia et non Yersinia qui fermentent le mannitol pour produire des sous-produits...

Commencer par une culture d’enrichissement dérivée du sol d’un milieu humide contenant des communautés bactériennes.La culture présente une activité Feammox, l’oxydation de l’ammonium couplée à la réduction du fer ferrique, indiquant l’enrichissement d’une bactérie capable de ce processus métabolique.Diluer la culture en série à l’aide de milieux.Étalez les échantillons dilués sur des plaques de gélose d’essai complétées par du fer ferrique et de l’ammonium.Utilisez des plaques de contrôle qui...

Source : Becker, B., et al. Un simple test de reporter basé sur la fluorescence pour identifier les composants cellulaires nécessaires au trafic de la chaîne de la toxine A (RTA) dans la levure. J. Vis. Exp. (2017).Cette vidéo démontre la purification d’une protéine recombinante marquée à la polyhistidine en utilisant la chromatographie d’affinité à base de nickel. Il décrit les étapes clés, notamment la lyse bactérienne par sonication, la clarification et la filtration du lysat, ainsi que la...

Source : Wunderlin, T., et al. Isolement physique des endospores à partir d’échantillons environnementaux par lyse ciblée des cellules végétatives. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo démontre une méthode pour isoler des endospores à partir d’un échantillon environnemental contenant à la fois des cellules végétatives et diverses bactéries. La procédure implique la filtration, la perturbation mécanique et un traitement chimique sélectif pour affaiblir et lyser les cellules végétatives tout en...

Source : Gulla, S., et al. Analyse en tandem à nombre variable multi-locus de la bactérie poisson-pathogène Yersinia ruckeri par PCR multiplex et électrophorèse capillaire. J. Vis. Exp. (2019).Ce protocole extrait l’ADN génomique de Yersinia ruckeri en suspendant les colonies isolées dans de l’eau ultrapure et en appliquant de la chaleur pour lyser les cellules. La centrifugation sépare le surnageant contenant de l’ADN des débris cellulaires, produisant ainsi de l’ADN modèle adapté au...

Source : Gulla, S., et al. Analyse en tandem à nombre variable multi-locus de la bactérie poisson-pathogène Yersinia ruckeri par PCR multiplex et électrophorèse capillaire. J. Vis. Exp. (2019).Ce protocole extrait l’ADN génomique de Yersinia ruckeri en suspendant les colonies isolées dans de l’eau ultrapure et en appliquant de la chaleur pour lyser les cellules. La centrifugation sépare le surnageant contenant de l’ADN des débris cellulaires, produisant ainsi de l’ADN modèle adapté au...

Source : Stones, D. H., et al. Matériaux biomimétiques pour caractériser les interactions bactéries-hôtes. J. Vis. Exp. (2015)Cette vidéo démontre l’utilisation de billes bactériomimétiques pour quantifier l’adhésion bactérienne aux cellules épithéliales de l’hôte dans des conditions compétitives. Il décrit les étapes du traitement des cellules, de leur lyse et de l’enrobage des dilutions en série pour mesurer les unités formant des colonies.

Source : Jung, A. L. et. al., Legionella pneumophila Outer Membrane Vesicles : Isolement et analyse de leur potentiel pro-inflammatoire sur les macrophages. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre le prétraitement de macrophages avec des vésicules de membrane externe (OMV) de Legionella pneumophila pour examiner leur effet sur la réplication bactérienne. En modifiant la signalisation immunitaire de l’hôte, les OMV rendent les macrophages plus permissifs à l’infection. Un nombre plus élevé de...

Source : Jagau, H. et al. Infection à pneumocoque des cellules endothéliales humaines primitives en flux constant. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo montre la visualisation en temps réel de l’attachement du pneumocoque aux chaînes du facteur de von Willebrand (VWF) sur les cellules endothéliales dans des conditions de flux de milieu constant. Il décrit les étapes pour stimuler la libération de VWF, étiqueter les cordes et quantifier la liaison bactérienne.

Source : Morrill, S. R., et al. Modèles de colonisation vaginale murine par des bactéries cultivées en anaérobie. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo présente un protocole de modélisation de la colonisation vaginale chez la souris à l’aide de bactéries anaérobies résistantes aux antibiotiques. Elle commence par un traitement hormonal pour augmenter la susceptibilité épithéliale, suivi d’une inoculation vaginale et d’une co-inoculation dans des conditions anaérobies. La procédure se termine par un...

Source : Li, J. et al. Développement d’un modèle d’infection larvaire du poisson-zèbre pour Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo démontre l’administration par micro-injection de Clostridioides difficile marqué par fluorescence dans la lumière intestinale d’une larve de poisson-zèbre anesthésiée. Il décrit les étapes de la préparation larvaire, de l’injection bactérienne et de la confirmation de la localisation bactérienne dans l’intestin par microscopie à fluorescence.

Source : Cruz-Adalia, A., et al. Les lymphocytes T capturent les bactéries par transinfection à partir de cellules dendritiques. J. Vis. Exp. (2016).Cette vidéo démontre la transinfection bactérienne par le biais d’interactions entre les lymphocytes T et les cellules dendritiques spécifiques de l’antigène. Les cellules dendritiques infectées par des bactéries présentant un peptide d’ovalbumine sont incubées avec des lymphocytes T, soit directement, soit séparés par une membrane. Le contact...

Source : Balczon, R., et al. Méthodes de détection des amyloïdes cytotoxiques à la suite de l’infection de cellules endothéliales pulmonaires par Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre la procédure de génération d’un surnageant cytotoxique à partir de cellules endothéliales pulmonaires après une infection par Pseudomonas aeruginosa. Il décrit comment les protéines effectrices bactériennes perturbent la structure de la cellule hôte et induisent la libération d’oligomères...

Source : Lee, H. et. al., Système de protéines fluorescentes vertes divisées pour visualiser les effecteurs délivrés par les bactéries pendant l’infection. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo présente une méthode de surveillance de l’infection bactérienne et de l’administration de protéines effectrices dans les cellules végétales à l’aide de la complémentation de la protéine fluorescente verte superfolder (sfGFP) combinée à la microscopie confocale. L’approche permet une visualisation précise de la...

Source : Islam, A., et al., Évaluation de la transcytose intestinale des isolats néonatals de bactériémie d’Escherichia coli . J. Vis. Exp. (2023)Cette vidéo montre la procédure d’évaluation de la transcytose d’Escherichia coli néonatal à travers les monocouches épithéliales intestinales à l’aide d’inserts transwell, de la mesure de la résistance électrique et de la quantification bactérienne.

Source : Anderson, Q. L., et al. Un système pathologique de C. elegans à haut débit, à haute teneur et à base de liquide. J. Vis. Exp. (2018)La vidéo montre un essai en milieu liquide où des larves de C. elegans génétiquement modifiées sont exposées à des bactéries pathogènes dans une microplaque. Les toxines bactériennes sécrétées dans le milieu induisent le stress et la mort de l’hôte. Un colorant fluorescent colore les vers morts, ce qui permet de quantifier la mortalité par imagerie pour...

Source : Yarringto, K. D., et al. Visualisation cinétique des interactions bactériennes unicellulaires interespèces. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre la préparation d’un système de coculture utilisant des bactéries mobiles et non mobiles sous un tampon d’agarose pour l’imagerie de cellules vivantes. Il montre comment les bactéries mobiles détectent les attractifs chimiques et envahissent les colonies non mobiles, révélant ainsi les interactions bactériennes.

Source : Sorokulova, I., et al. Prévention des effets néfastes du stress thermique chez le rat par la souche Bacillus subtilis . J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre des rats prétraités avec des bactéries bénéfiques ou une solution saline tamponnée au phosphate (PBS) et exposés à un stress thermique pour évaluer l’intégrité de la barrière intestinale. Un nombre moins élevé de colonies bactériennes dérivées de l’intestin provenant du foie des rats traités, contrairement aux nombreuses colonies...

Source : Yi, Y., et al. Interaction plante-microbe : réponse transcriptionnelle de Bacillus mycoides aux exsudats de racine de pomme de terre. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre la préparation et le traitement de cultures de Bacillus mycoides pour étudier les interactions plantes-microbes. Il décrit les étapes allant de la strie d’une culture mère et de son incubation dans un milieu liquide à l’exposition des bactéries aux exsudats racinaires des plantes sous agitation. Le processus aboutit...

Source : Venuprasad, K., et al. Administration intra-trachéale d’Haemophilus influenzae dans des modèles murins pour étudier l’inflammation des voies respiratoires. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo démontre l’administration intratrachéale d’un inoculum bactérien pathogène pulmonaire dans une souris anesthésiée pour modéliser une infection des voies respiratoires inférieures.

Source : Taylor, M. N., et.al. Utilisation de données sur un seul ver pour quantifier l’hétérogénéité des interactions entre Caenorhabditis elegans et les bactéries. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo démontre l’exposition de vers Caenorhabditis elegans exempts de germes et d’âge apparié à une souche bactérienne pour la colonisation intestinale. Il explique l’élimination sélective des bactéries non adhérentes et externes, ne laissant que les bactéries viables adhérant à l’épithélium intestinal pour...

Source : Taylor, M. N. et al. Utilisation de données sur un seul ver pour quantifier l’hétérogénéité des interactions entre Caenorhabditis elegans et les bactéries. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo démontre la quantification de la variabilité de la charge bactérienne intestinale chez Caenorhabditis elegans individuel par perturbation mécanique. Il décrit les étapes de préparation des échantillons, de perturbation mécanique, de dilution en série et de comptage des colonies afin d’évaluer les...

Les bactéries endophytes colonisent les tissus végétaux et favorisent leur croissance.Pour étudier leur impact sur la croissance des plants de tomates en stress salin, commencez par des semis stériles montrant des feuilles et des racines en développement.Immerger les racines du semis expérimental dans une suspension de bactéries endophytes ; Laissez le témoin non inoculé.Transférez les deux groupes dans un sol stérilisé pour éviter les interférences microbiennes externes et incubez dans une...

Prenez un mélange d’inoculum de bactéries solubilisantes de phosphate ou PSB et de bactéries violettes non soufrées ou PNSB.Vaporisez le mélange sur le sol mélangé à de l’engrais et du fumier de bouse de vache.Semez la graine et recouvrez-la de terre.Laissez la plante pousser.Les bactéries se localisent près de la racine dans une zone appelée rhizosphère.Le PSB convertit les phosphates insolubles du sol en formes solubles.Pendant ce temps, le PNSB fixe l’azote en convertissant l’azote gazeux...

Commencez avec des plants de riz pré-germés dans des conditions sombres et aseptiques pour assurer une germination uniforme.Transférez ces plantules dans un flacon contenant un milieu semi-solide riche en nutriments pré-inoculé avec une bactérie d’essai.Au fur et à mesure que la plante grandit, les racines libèrent des composés chimiotactiques dans le milieu environnant.Ces composés stimulent la prolifération bactérienne, conduisant à l’adhésion, à la multiplication et à la formation de...

Source:Ocean E. Clarke1, Romy A. Dop1, Tom Hasell1, Joanne L. Fothergill1, Daniel R. Neill21Université de Liverpool, 2 Université de DundeeCette vidéo démontre l’utilisation d’un dispositif imprimé en 3D, recouvert de silicone, qui imite la surface interne des cathéters urinaires pour simuler une infection des voies urinaires associée aux cathéters.

Source : Arroyo, M. C., et al. Évaluation de la viabilité d’un consortium bactérien synthétique à l’interface intestin-microbe in vitro . J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre l’évaluation de la viabilité d’une communauté microbienne orale synthétique lors d’une digestion orale, gastrique et intestinale simulée. La survie bactérienne est quantifiée après chaque phase, révélant un déclin progressif dû au stress digestif.

Source : Okamoto, A., et al. Installation électrochimique autonome pour enrichir les bactéries respiratoires d’anode sur site. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre l’utilisation d’un système électrochimique sur place pour enrichir les bactéries respiratoires d’anode (ARB) à partir de réservoirs naturels. Un gradient redox est établi en plaçant l’anode dans une eau profonde sans oxygène et la cathode dans une eau de surface riche en oxygène. Les ARB forment des biofilms et transfèrent les...

Source : Ahmadi, S., et al. Un modèle de culture batch-in vitro visant à estimer les effets des régimes interventionnels sur le microbiote fécal humain. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo démontre une méthode pour modéliser la fermentation microbienne intestinale en incubant des échantillons fécales avec des fibres fermentescibles alimentaires dans des conditions anaérobies afin d’étudier la production de métabolites par le microbiote intestin.

Source : Biller, S. J., et al. Isolement et caractérisation des vésicules extracellulaires cyanobactériennes. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo montre la préparation de vésicules extracellulaires cyanobactériennes pour la microscopie électronique à transmission par coloration négative, permettant une visualisation à haute résolution de la morphologie, de la taille et de la pureté des vésicules pour des analyses structurales et comparatives.

Source : Zhang, Y., et al. Application de nanoparticules fluorescentes pour étudier le remodelage du système endo-lysosomal par des bactéries intracellulaires. J. Vis. Exp. (2015)Cette vidéo démontre l’utilisation de nanoparticules fluorescentes pour visualiser le remodelage endo-lysosomal dans les cellules épithéliales humaines infectées par des bactéries intracellulaires. À la suite d’une invasion bactérienne, les agents pathogènes manipulent le cytosquelette de l’hôte et le système...

Source : Valentine, M. E., et al. Génération de mutants de délétion de gène dans le cadre chez Pseudomonas aeruginosa et test d’atténuation de la virulence dans un modèle murin simple d’infection. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo démontre l’utilisation de la bioluminescence pour visualiser et comparer le comportement in vivo de souches bactériennes virulentes et atténuées chez la souris. Il décrit la préparation de suspensions bactériennes bioluminescentes et leur injection intrapéritonéale chez...

Source : Guo, S., et al. Quantification de la motilité d’essaimage de surface bactérienne sur des plaques de gradient d’inducteur. J. Vis. Exp. (2022).Cette vidéo montre l’utilisation d’une plaque d’essaim à gradient à double couche pour étudier le comportement de l’essaimage bactérien sous différentes concentrations d’inhibiteurs. Une plaque avec un inhibiteur formant un gradient dans la couche inférieure est inoculée avec des bactéries et incubée. Des images sont capturées à intervalles...

Source : Zhang, X., et al. Un modèle d’embryon de poisson-zèbre pour la visualisation in vivo et l’analyse intravitale de l’infection à Staphylococcus aureus associée aux biomatériaux. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo démontre l’imagerie par fluorescence d’embryons de poisson-zèbre injectés avec Staphylococcus aureus, permettant de quantifier la progression de l’infection et la distribution bactérienne pour évaluer l’impact des microsphères de biomatériaux sur les interactions hôte-pathogène in...

Source : Schlimpert, S. et al. Imagerie en accéléré de fluorescence du cycle de vie complet de S. venezuelae à l’aide d’un dispositif microfluidique. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo fait une démonstration d’imagerie en fluorescence du cycle de vie complet de la bactérie Streptomyces venezuelae à l’aide d’un dispositif microfluidique pour visualiser la germination, la croissance des hyphes et la sporulation en temps réel.

Source : Bru, J., et.al. Imagerie en accéléré des essaims bactériens et de la réponse collective au stress. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre comment visualiser et mesurer le comportement d’évitement d’essaim chez Pseudomonas aeruginosa à l’aide d’un test sur plaque de gélose en essaimage. Il montre la configuration de l’imagerie en accéléré dans des conditions contrôlées et explique comment les signaux de stress induits par les antibiotiques redirigent le mouvement bactérien, qui est...

Source: Heering, J., et al., l’induction de la différenciation cellulaire et l’imagerie unicellulaire des cellules nageuses et de l’essaim de Vibrio parahaemolyticus . J. Vis. Exp. (2017).Cette vidéo montre la préparation de cellules d’essaim d’une colonie de Vibrio parahaemolyticus pour l’imagerie par fluorescence. Les bactéries sont génétiquement modifiées pour exprimer une protéine marquée au fluorophore qui se localise unipolairement dans les cellules nageuses et bipolairement dans les...

Source : Bennett, J. A. et al. Évaluation visuelle et microscopique des mutants développementaux de Streptomyces . J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre l’utilisation de la microscopie à contraste de phase pour examiner les différences phénotypiques entre Streptomyces coelicolor de type sauvage et mutant. Il décrit les étapes de la préparation et de l’imagerie des filaments aériens pour détecter les défauts de développement dans la formation des spores.

Source : Chu, W., et Zhuang, X. Visualisation de la motilité bactérienne sur la base d’une réaction de couleur. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo fait la démonstration d’un essai de gélose semi-solide à base de colorant redox pour évaluer la motilité bactérienne en distinguant visuellement les souches mobiles et non mobiles.

Source : Pioli, R., et al., Structuration des micro-organismes et des microparticules par assemblage séquentiel assisté par capillarité. J. Vis. Exp. (2021)Cette vidéo montre la méthode de capture de cellules uniques d’Escherichia coli (E. coli) marquées par fluorescence dans des pièges microfluidiques à l’aide d’une suspension sans carbone et d’un flux contrôlé, suivi d’un ajout de nutriments pour déclencher la croissance et d’une imagerie par fluorescence des microcolonies.

Source : Wen, J., Pasman, et. al., Visualisation des germinosomes et de la membrane interne dans les spores de Bacillus subtilis . J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo démontre l’utilisation de la microscopie à éclairage structuré pour acquérir des images de fluorescence tridimensionnelles qui révèlent l’organisation des protéines de germination au sein de la spore bactérienne.

Source : Oms, T., et al. Analyse de la population et de la cellule unique de la persistance des antibiotiques chez Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2023)Cette vidéo présente un protocole de surveillance de cellules bactériennes individuelles exprimant une protéine de liaison à l’ADN marquée par fluorescence au sein d’un système microfluidique. Il illustre comment les antibiotiques inhibent la plupart des cellules, tandis qu’une sous-population de cellules persistantes survit au traitement et...

Source : Murata, K. et. al., Visualisation de la compaction de l’ADN chez les cyanobactéries par cryotomographie électronique à haute tension. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre la culture synchrone de cyanobactéries dans des cycles lumière-obscurité pour étudier la compaction de l’ADN régulée par le rythme circadien. La microscopie à fluorescence révèle de l’ADN condensé à des moments définis, confirmant l’alignement du cycle cellulaire dans la population.

Source : Chetrit, D., et al. Application de l’imagerie de cellules vivantes et de la cryo-tomographie électronique pour résoudre les caractéristiques spatio-temporelles du système de sécrétion Dot/Icm de Legionella pneumophila . J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo démontre l’utilisation de l’imagerie par fluorescence de cellules vivantes pour quantifier la polarité et la dynamique des composants du système de sécrétion chez Legionella pneumophila, permettant l’analyse du recrutement spatial et de la...

Source : Chetrit, D., et al. Application de l’imagerie de cellules vivantes et de la cryo-tomographie électronique pour résoudre les caractéristiques spatio-temporelles du système de sécrétion Dot/Icm de Legionella pneumophila . J. Vis. Exp. (2020)La vidéo décrit comment préparer des échantillons de Legionella pneumophila pour la cryotomographie électronique en combinant la culture bactérienne, le marquage de nanoparticules d’or et les techniques de vitrification. Le processus préserve les...

Source : Weber, N., et al., Transformation naturelle, expression protéique et cryoconservation de la cyanobactérie filamenteuse Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo montre la procédure d’évaluation de la motilité du glissement chez Phormidium lacuna en homogénéisant les cultures de filaments pour créer une suspension uniforme, en préparant une configuration de test de plaque de Petri sur une lame de microscope et en visualisant le mouvement du filament.

Source : Sorokulova, I., et al. Prévention des effets indésirables liés au stress thermique chez les rats par la souche Bacillus subtilis. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo présente des analyses histologiques et de microscopie sanguine utilisées pour évaluer les effets protecteurs de Bacillus subtilis chez les rats exposés au stress thermique.

Source : Chaimovitz, E. A., et al. Mesure continue du bruit biologique dans Escherichia coli à l’aide de la microscopie en accéléré. J. Vis. Exp. (2021)Cette vidéo démontre la visualisation en temps réel du bruit biologique chez E. coli en suivant les fluctuations de la fluorescence de la GFP lors de la croissance et de la division bactérienne à l’aide de la microscopie en accéléré.

Source : Fattahi, N., et al. Interfaces hydrogel photodégradables pour le dépistage, la sélection et l’isolement des bactéries. J. Vis. Exp. (2021)Cette vidéo démontre l’utilisation d’hydrogels photodégradables pour isoler les colonies bactériennes dans les réseaux de micropuits en silicium. Les cellules bactériennes sont d’abord chargées dans des micropuits, encapsulées dans un hydrogel réticulé et cultivées en colonies distinctes. Lors de l’exposition à la lumière ultraviolette, la...

Source : Feltwell, T., et.al. Séparation des bactéries par quantité de capsules à l’aide d’un gradient de densité discontinu. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo montre la préparation et la caractérisation de souches bactériennes avec une production de gélules variable. Les souches pathogènes porteuses de différentes mutations dans les gènes liés aux capsules sont cultivées, cultivées dans des milieux liquides et soumises à une centrifugation pour distinguer les phénotypes des capsules en fonction...

Source : Le Nagard, L., et al. Croissance des bactéries magnétotactiques du genre Magnetospirillum : souches MSR-1, AMB-1 et MS-1. J. Vis. Exp. (2018).Cette vidéo montre comment cultiver des bactéries Magnetospirillum dans des conditions microaérobies en utilisant des milieux liquides et semi-solides. Il met en évidence la formation d’une bande bactérienne visible à l’interface oxique-anoxique et sa migration vers le haut lorsque l’oxygène s’appauvrit. La vidéo montre également comment évaluer...

Source : Valentine, M. E., et al. Génération de mutants de délétion de gène dans le cadre chez Pseudomonas aeruginosa et test d’atténuation de la virulence dans un modèle murin simple d’infection. J. Vis. Exp. (2020).Cette vidéo démontre la génération de recombinants à double croisement chez Pseudomonas aeruginosa à l’aide d’une stratégie de délétion de gènes basée sur un plasmide. Le processus consiste à sélectionner des bactéries qui hébergent un plasmide non réplicatif intégré dans le génome...

Source : Schlimpert, S., et al. Imagerie par fluorescence du cycle de vie complet de S. venezuelae à l’aide d’un dispositif microfluidique. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre la culture et l’isolement des spores de Streptomyces venezuelae. Les spores, cellules dormantes qui aident les bactéries à survivre au stress, sont produites lors de la limitation des nutriments et collectées par centrifugation. La méthode garantit une suspension de spores pures et stockées au froid pour les...

Source : Heering, J., et al. Induction de la différenciation cellulaire et imagerie unicellulaire des cellules nageuses et de l’essaim de Vibrio parahaemolyticus . J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre l’induction de la différenciation des cellules d’essaim chez Vibrio parahaemolyticus à l’aide d’un milieu gélosé spécialement préparé. En manipulant les signaux environnementaux tels que l’épuisement en fer, la supplémentation en calcium et le contact de surface, les bactéries sont stimulées pour...

Source : Li, J., et. al., Développement d’un modèle d’infection larvaire du poisson-zèbre pour Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo démontre l’isolement et l’élevage de la bactérie Clostridioides difficile dans l’intestin de larves de poisson-zèbre. L’intestin infecté est disséqué, homogénéisé et incubé dans un milieu anaérobie sélectif contenant des antibiotiques. Ces conditions suppriment les microbes concurrents et favorisent la croissance de cellules viables.

Source : Ayivi, R. et al., La culture, la croissance et la viabilité des bactéries lactiques : une perspective de contrôle de la qualité. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo montre la méthode de récupération des bactéries lactiques stressées par le froid à partir d’un stock de glycérol congelé, de restaurer la viabilité bactérienne par incubation anaérobie et d’isoler les colonies actives pour l’expansion de la culture.

Source : Kuo, C., et al. Détection de la colonisation entérohémorragique d’Escherichia coli chez l’hôte murin par un système de bioluminescence in vivo non invasif. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre la préparation d’une suspension entérohémorragique d’Escherichia coli exprimant la luciférase à partir de stocks congelés pour une utilisation comme inoculum oral dans des modèles animaux. Cela permet un suivi bioluminescent en temps réel de la colonisation intestinale pendant les études...

Source : Nathoo, N., et al. Un système de co-culture hydroponique pour l’analyse simultanée et systématique des interactions moléculaires et de la signalisation plantes/microbes. J. Vis. Exp. (2017).Cette vidéo fait la démonstration d’un système de co-culture hydroponique pour étudier les interactions plantes-bactéries dans des conditions stériles. Les semis sont transférés dans un milieu de croissance stérile et acide, incubés et inspectés pour détecter toute contamination avant d’être...

Source : Figueroa, D. M., et al. Production et visualisation de sphéroplastes et protoplastes bactériens pour caractériser la localisation des peptides antimicrobiens. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre une procédure étape par étape pour générer des protoplastes à partir de la bactérie à Gram positif Bacillus megaterium.

Source : Eggers, C. H. Manipulation génétique médiée par phage de la maladie de Lyme spirochète Borrelia burgdorferi. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo montre la préparation d’une culture génétiquement modifiée de Borrelia burgdorferi conçue avec de l’ADN de bactériophage dormant porteur d’un gène de résistance aux antibiotiques. Après la sélection et l’incubation d’un antibiotique, un inducteur chimique déclenche des dommages à l’ADN, conduisant à l’excision, à la réplication et à l’assemblage de...

Source : Morales-Soto, N. et al., Préparation, imagerie et quantification des essais de motilité de surface bactérienne. J. Vis. Exp. (2015)Cette vidéo montre un test d’essaimage utilisant des bactéries qui expriment une protéine fluorescente verte pour observer la motilité de surface sur la gélose molle. L’imagerie en accéléré capture l’expansion coordonnée et la formation de vrilles, mettant en évidence la motilité de surface bactérienne.

Source : Anwar, Z., et al. Enrichissement et détection des toxinotypes de Clostridium perfringens dans des échantillons d’aliments vendus au détail. J. Vis. Exp. (2019).Dans cette vidéo, les bactéries sulfito-réductrices sont cultivées dans un milieu gélosé contenant des sulfites, où elles se développent en anaérobie et réduisent le sulfite en sulfure d’hydrogène, formant des précipités noirs avec des ions fer. Les colonies noires sont isolées à partir de la profondeur de la gélose à l’aide de...

Source : Morita, M., et al. Culture cellulaire bactérienne au niveau de la cellule unique à l’intérieur de vésicules géantes. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo présente une méthode de culture et d’observation de cellules bactériennes individuelles encapsulées dans des vésicules géantes ancrées à une bicouche lipidique soutenue. Le système permet une imagerie stable et à long terme de la dynamique de croissance d’une cellule unique dans un microenvironnement confiné et physiologiquement pertinent.

Source : Tomás, J. M., et al. Génération de mutants nuls pour élucider le rôle des glycosyltransférases bactériennes dans la motilité bactérienne. J. Vis. Exp. (2022).Cette vidéo démontre l’amplification dépendante de l’initiateur d’un plasmide suicide chez E. coli. Le plasmide, qui porte un gène de résistance aux antibiotiques, ne se réplique qu’en présence d’une protéine initiatrice codée par l’hôte. Après électroporation et incubation dans un milieu de récupération, le mélange est plaqué sur...

Source : Cafini, F., et.al. Méthodologie pour l’étude du transfert horizontal de gènes chez Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo démontre l’absorption de l’ADN induite par la compétence chez Staphylococcus aureus par transformation naturelle. Une souche sensible au chloramphénicol conçue pour exprimer constitutivement un facteur sigma est cultivée dans des conditions limitant les nutriments afin d’améliorer la compétence, puis incubée avec de l’ADN de donneur porteur d’un gène...

Source : Anderson, Q. L., et al., Un pathosystème de C. elegans à haut débit, à haut contenu et à base de liquide. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre la préparation de bactéries d’interférence ARN (ARNi) portant des plasmides pour inhiber l’expression des gènes cibles. Il décrit les étapes de sélection, de croissance et d’induction des bactéries ARNi pour produire des plaques exprimant l’ARNdb pour les tests en aval.

Source : Brodl, E., et al. In situ Mesure et corrélation de la densité cellulaire et de l’émission de lumière des bactéries bioluminescentes. J. Vis. Exp. 1 (2018)Cette vidéo montre la culture de bactéries bioluminescentes marines pour observer l’activation de l’opéron de luminescence médiée par la détection du quorum, ce qui permet de surveiller en temps réel l’expression des gènes et l’émission de lumière pour les études de communication microbienne et de régulation des gènes.

Source : Gilmore, S. F., et al. Production à l’échelle acellulaire et ajout d’un adjuvant à une protéine majeure de membrane externe recombinante de Chlamydia muridarum pour le développement d’un vaccin. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo démontre la synthèse acellulaire d’antigènes protéiques membranaires stabilisés par des nanodisques à l’aide d’un système à deux compartiments. Le dispositif maintient des conditions optimales pour une synthèse efficace des protéines, un bon repliement et une...

Source : Bru, J., et al., Imagerie en accéléré des essaims bactériens et de la réponse collective au stress. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre la procédure d’analyse du comportement d’essaimage de Pseudomonas aeruginosa en observant la croissance bactérienne d’une culture centrale vers des points satellites contenant la même culture mélangée à un antibiotique, à l’aide d’une configuration de plaque de gélose et d’une imagerie en accéléré.

Source : Liu, P. C., et al. Conception et utilisation d’un morbidostat automatisé à faible coût pour l’évolution adaptative des bactéries sous sélection d’antibiotiques. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo démontre l’utilisation d’une puce microfluidique pour visualiser et comparer la croissance et la morphologie de souches d’E. coli de type sauvage et résistantes au triméthoprime sous stress antibiotique du triméthoprime.

Source : Bhaduri, S., et al., Précipitation de calcite induite par des facteurs microbiologiques médiée par Sporosarcina pasteurii. J . Vis. Exp. (2016)Cette vidéo démontre la méthode d’enrichissement de Sporosarcina pasteurii avec de l’urée et du chlorure de calcium pour déclencher l’activité de l’uréase, conduisant à la formation de cristaux de calcite visibles par précipitation de calcite induite par voie microbiologique, ou MICP.

Source : Figueroa, D. M., et.al. Production et visualisation de sphéroplastes et protoplastes bactériens pour caractériser la localisation des peptides antimicrobiens. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre la production de sphéroplastes d’Escherichia coli en inhibant d’abord la division cellulaire pour induire la filamentation, suivie d’une digestion enzymatique de la paroi cellulaire. Le processus comprend l’ajout contrôlé d’un agent chélateur, la DNase, et d’un stabilisateur osmotique pour...

Source : Collins, A. J., et al., Établissement de cultures binaires stables de saccharibactéries symbiotiques à partir de la cavité buccale. J. Vis. Exp. (2021)Cette vidéo démontre l’établissement et le maintien d’une culture binaire de Saccharibacteria et de sa bactérie hôte en les co-incubant séquentiellement dans un milieu de croissance spécifique à l’hôte.

Source : Erdogan, F., et al., Tests d’accouplement conjugatif pour l’analyse spécifique à la séquence des protéines de transfert impliquées dans la conjugaison bactérienne. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre la procédure de transfert d’un plasmide F de cellules E. coli donneuses à receveuses à l’aide d’un plasmide de secours et de sélection de transconjugants par double résistance aux antibiotiques. Le processus comprend le mélange de cultures bactériennes, l’incubation sans secousse, la...

Source : Cheng, C., et al. Inactivation des agents pathogènes par photolyse en lumière visible de la riboflavine-5'-phosphate. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo présente une méthode d’évaluation des effets phototoxiques du mononucléotide de flavine (FMN) sur les bactéries pathogènes. Les cultures bactériennes sont exposées à des concentrations croissantes de FMN et éclairées par une lumière visible pour générer des espèces réactives de l’oxygène (ROS) qui endommagent les composants cellulaires.

Source : Gupta, S., et al. Isolement et caractérisation des vésicules extracellulaires produites par des mycobactéries limitées en fer. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo montre la procédure de culture de Mycobacterium tuberculosis dans des conditions limitées en fer pour induire un stress en fer et favoriser la sécrétion de sidérophores qui favorisent la survie bactérienne.

Source : Niu, L., et al., Visualisation de la mort des cellules lytiques des macrophages au cours d’une infection mycobactérienne chez des embryons de poisson-zèbre via la microscopie intravitale. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo montre la préparation d’une suspension unicellulaire de Mycobacterium marinum à partir d’une culture en phase logarithmique tardive pour une utilisation cohérente dans les tests d’infection et les applications en aval.

Source : Paschke, P., et al. Génie génétique des cellules de Dictyostelium discoideum basé sur la sélection et la croissance sur des bactéries. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo montre la procédure d’introduction d’un plasmide portant un gène cible dans les cellules d’amibes par électroporation, suivie d’une récupération dans un supplément bactérien pour permettre une livraison efficace de gènes dans les amibes de type sauvage.

Source : Gutiérrez, S., et al., Isolement des phagosomes contenant Salmonella typhimurium à partir de macrophages. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre la culture et la préparation de Salmonella typhimurium pour obtenir une suspension bactérienne propre et métaboliquement active adaptée à une utilisation expérimentale.

Source : Lin, P., et al. Synthèse de microcapsules de tungstate de sodium et de molybdate de sodium par excrétion de minéraux bactériens. J. Vis. Exp. (2018).Cette vidéo montre la préparation d’une culture bactérienne monoclonale pour la production minérale par dilution en série et isolement de colonie sur une plaque de gélose. En secouant la plaque avec des billes de verre, les cellules individuelles sont séparées spatialement pour former des colonies génétiquement uniformes, qui sont ensuite...

Source : Lin, P., et al. Synthèse de microcapsules de tungstate de sodium et de molybdate de sodium par excrétion de minéraux bactériens. J. Vis. Exp. (2018).Cette vidéo montre la procédure de synthèse de microcapsules d’oxyde métallique rigide en cultivant des bactéries réductrices de métaux avec des ions métalliques, suivie d’une purification séquentielle par sonication, centrifugation et lavage à l’éthanol.

Source : Fuchs, F. M., et al. Étude des effets néfastes de la stérilisation au plasma à basse pression sur la survie des spores de Bacillus subtilis à l’aide de la microscopie à cellules vivantes. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre la production, la purification et le dépôt par aérosol de spores de Bacillus subtilis pour créer une monocouche uniforme, permettant des applications en aval telles que l’analyse microscopique de la germination, de la viabilité ou de la réponse au stress des...

Source : Vieira, J., et al. Conception et développement d’un modèle pour étudier l’effet de l’oxygène supplémentaire sur le microbiome des voies respiratoires de la fibrose kystique. J. Vis. Exp. (2021).Cette vidéo montre la préparation d’un milieu d’expectoration artificiel qui imite la viscosité, la composition nutritionnelle et le pH des expectorations pulmonaires de la fibrose kystique. Le milieu résultant fournit une plate-forme physiologiquement pertinente pour les études ex vivo.

Source : Maurakis, S., et Cornelissen, C. N. Croissance limitée aux métaux de Neisseria gonorrhoeae pour la caractérisation des gènes sensibles aux métaux et l’acquisition de métaux à partir de ligands hôtes. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre la procédure de culture de Neisseria gonorrhoeae dans des conditions limitées en métaux à l’aide d’un milieu défini et appauvri en métal.

Source : Naji, A., et al. Étude du stress oxydatif causé par les streptocoques du groupe Mitis chez Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo montre la méthode de culture de Streptococcus mitis dans des conditions microaérophiles à l’aide d’extrait de levure Todd-Hewitt, ou milieu gélosé THY, pour préparer des cultures bactériennes pour les études d’interaction hôte-pathogène.

Source : Venuprasad, K. et. al., Administration intra-trachéale d’Haemophilus influenzae dans des modèles murins pour étudier l’inflammation des voies respiratoires. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre la culture d’Haemophilus influenzae non typable et la préparation d’un inoculum à dose normalisée pour les études de colonisation ou d’infection en aval.

Source : Stefan, A., et al., Les avantages multiformes de la co-expression des protéines chez Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2015)Cette vidéo montre la procédure de transformation d’Escherichia coli avec un plasmide porteur d’un gène de résistance aux antibiotiques, y compris la préparation cellulaire, l’électroporation, la récupération et la sélection des transformants.

Source : Jiang, H., Ho, M. Isolement et caractérisation de phycobilisomes intacts chez les cyanobactéries. J. Vis. Exp. (2021).Cette vidéo montre la procédure de culture des cyanobactéries pour obtenir de la biomasse en cultivant des cellules sous un éclairage continu avec un apport en dioxyde de carbone et des conditions riches en nutriments, suivie d’une récolte par centrifugation.

Source : Wiegand, D. J., Lee, et al., Expression de protéines acellulaires à l’aide de la bactérie à croissance rapide Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo montre la culture et la récolte de Vibrio natriegens, une bactérie à croissance rapide, dans des conditions aérées pour préparer des granulés bactériens pour la production d’extraits bruts.

Source : Wiegand, D. J., et al. Expression de protéines acellulaires à l’aide de la bactérie à croissance rapide Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo montre la préparation d’un extrait cellulaire de Vibrio natriegens, une bactérie à croissance rapide connue pour son taux élevé de synthèse des protéines. La pastille bactérienne est lavée et remise en suspension dans un tampon de lyse avant d’être sonicationnée sur de la glace pour éviter la dégradation cellulaire. Le lysat est...

Source : Wiegand, D. J., et al. Expression de protéines acellulaires à l’aide de la bactérie à croissance rapide Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo démontre l’utilisation d’un système d’expression de protéines acellulaires bactériennes basé sur le lysat brut de Vibrio natriegens pour effectuer une transcription et une traduction in vitro couplées. Il met en évidence la préparation d’un master mix avec des composants essentiels et la synthèse étape par étape de protéines...

Source : Jian, X., et al., Culture microbienne automatisée et évolution adaptative à l’aide d’un système de culture de microgouttelettes microbiennes (MMC). J. Vis. Exp. (2022).Cette vidéo démontre l’utilisation d’un système de culture de microgouttelettes microbiennes pour favoriser l’évolution adaptative des bactéries vers la tolérance au méthanol. En mélangeant des cultures bactériennes modifiées avec un milieu à fort stress de méthanol et en les segmentant en microgouttelettes, le système...

Source : Weber, N., et al., Transformation naturelle, expression protéique et cryoconservation de la cyanobactérie filamenteuse Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo décrit une procédure de transformation naturelle dans les cyanobactéries filamenteuses à l’aide de l’ADN plasmidique pour obtenir une expression stable de la GFP et une résistance aux antibiotiques par recombinaison homologue.

Source : Wagner, A. O., et al., Préparation de milieu pour la culture de micro-organismes dans des conditions strictement anaérobies/anoxiques. J . Vis. Exp. (2019)Cette vidéo montre la préparation et l’inoculation de cultures anaérobies à l’aide de boues sans oxygène dans des conditions strictement contrôlées et désoxygénées.

Source : Lea-Smith, D. J., et al. Génération de mutants marqués et sans marqueurs chez des espèces cyanobactériennes modèles. J. Vis. Exp. (2016)La vidéo montre une méthode pour générer des mutants marqués par des antibiotiques chez les cyanobactéries. Le protocole commence par la culture de cyanobactéries, suivie d’étapes de centrifugation et de lavage qui préservent les piles de surface. Un plasmide porteur d’un gène de résistance aux antibiotiques flanqué de séquences homologues est ensuite...

Commencez avec un digesteur anaérobie, un réacteur scellé et sans oxygène ensemencé d’une boue synthétique qui imite les solides décantés des eaux usées.Les boues contiennent des microbes anaérobies mésophiles, une communauté microbienne mixte.Ces microbes se développent à des températures modérées et entraînent la digestion de la matière organique des boues.Mélanger en continu les boues pour soutenir l’activité bactérienne et favoriser la digestion.Plus tard, ajoutez des bioplastiques, qui...

Commencez avec un turbidostat, un dispositif qui maintient une densité cellulaire constante en culture.L’appareil contient un récipient avec une culture bactérienne, qui est aérée en permanence par agitation et maintenue à une température constante.Une diode laser émet un faisceau lumineux qui est divisé en deux chemins.Un chemin est dirigé vers un capteur de référence pour surveiller les fluctuations d’intensité laser, tandis que l’autre passe à travers la culture.Les cellules bactériennes...

Commencer avec une souche de la bactérie Pseudomonas aeruginosa , isolée d’un sol contaminé par l’huile, dans un milieu contenant une source d’azote et un excès d’huile comestible comme source de carbone.Cette souche synthétise le polyhydroxyalcanoate (PHA), un polymère à longue chaîne utile dans la production de bioplastiques.Incuber sous agitation pour faciliter l’aération et favoriser la croissance bactérienne.Initialement, le milieu fournit à la fois des sources de carbone et d’azote pour...

Commencez par une culture d’Alishewanella, une bactérie à Gram négatif tolérante au sel.Ensuite, étalez la culture sur des plaques de gélose contenant des concentrations croissantes de chlorure de sodium pour simuler différents niveaux de stress salin.Recouvrir chaque plaque d’une couche de milieu non solidifié pour empêcher la diffusion de l’oxygène et maintenir la culture dans un environnement limité en oxygène.Scellez et incubez les plaques à une température optimale pour favoriser la...

Source : Arias, S. L., et al. Fabrication d’une nanocellulose bactérienne magnétique fonctionnalisée avec des nanoparticules d’oxyde de fer. J. Vis. Exp. (2016).Cette vidéo montre la production de nanocellulose en cultivant des bactéries productrices de cellulose dans un milieu nutritif contenant du mannitol. Les bactéries métabolisent le mannitol en glucose, qui est ensuite polymérisé et extrudé sous forme de chaînes de glucan cristallisant en feuilles de cellulose, formant une matrice...

Source : Brumfield, K. D. et al., Techniques de laboratoire utilisées pour maintenir et différencier les biotypes des isolats cliniques et environnementaux de Vibrio cholerae . J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre la croissance des cultures bactériennes dans un milieu liquide. Le secouement favorise l’aération et répartit les nutriments de manière uniforme, favorisant une croissance exponentielle et aboutissant à une suspension uniforme et métaboliquement active, adaptée aux applications en...

Source : Schumacher, D., et al. Imagerie par cellule vivante par fluorescence du cycle cellulaire végétatif complet de la bactérie sociale à croissance lente Myxococcus xanthus. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre la préparation et l’imagerie de Myxococcus xanthus, une bactérie du sol à croissance lente. La culture est cultivée dans un milieu, appliquée sur une couche de couverture avec des microsphères fluorescentes, puis recouverte d’un coussinet d’agarose préchauffé pour soutenir...

Source : Yang, Z., et al. Une plateforme à haut débit pour le dépistage des espèces de Salmonella /Shigella spp. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre l’enrichissement sélectif et l’identification de Salmonella à l’aide de la lysine xylose, lysine désoxycholate (XLD) et de l’agare chromogénique. Le bouillon de sélénite favorise la croissance de Salmonella , tandis que l’agar XLD révèle des colonies au centre noir grâce à la production de sulfure d’hydrogène. L’agar chromogénique confirme...

Source : Jeong, H., et al. Procédure pour l’évolution adaptative en laboratoire des micro-organismes utilisant un chimiot. J. Vis. Exp. (2016).Cette vidéo montre l’isolement sélectif et la croissance de bactéries adaptées au stress issues d’une culture exposée à des conditions de stress prolongées. La culture est placée sur un agar contenant un facteur de stress, et une seule colonie est sélectionnée pour inoculer un milieu liquide avec le stresseur. L’absorption est mesurée à intervalles...

Source : Villela, H. D. M. , et al. Prospection de souches microbiennes pour la bioremédiation et le développement de probiotiques pour la recherche et la préservation des métaorganismes. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo montre l’isolement des bactéries marines dégradant les polluants par dilution en série, sélection de colonies et croissance dans un milieu contenant de l’EE2. En utilisant EE2 comme seule source de carbone, le protocole identifie les souches bactériennes capables de métaboliser...

Source : Villela, H. D. M. , et al. Prospection de souches microbiennes pour la bioremédiation et le développement de probiotiques pour la recherche et la préservation des métaorganismes. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo démontre l’isolement sélectif des bactéries marines dégradant le pétrole en enrichissant des échantillons d’eau de mer sur des milieux pétroliers, permettant la récupération de souches pures susceptibles d’être utilisées dans la bioremédiation du pétrole brut et le nettoyage...

Source : Berens, C. et al. Application d’un système d’expression inductible pour étudier l’interférence des facteurs de virulence bactérienne avec la signalisation intracellulaire. J. Vis. Exp. (2015)Cette vidéo démontre l’utilisation d’un système d’expression inductible pour identifier où la protéine effectrice bactérienne CaeB perturbe la cascade apoptotique de l’hôte. Il décrit les étapes pour transfecter les cellules exprimant CaeB avec un système sensible à la tétracycline afin d’induire...

Source : Wei, D., et al., Production de produits chimiques par Klebsiella pneumoniae utilisant l’hydrolysat de bambou comme matière première. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre la conversion microbienne de sucres dérivés du bambou en 2,3-butanediol en cultivant Klebsiella pneumoniae dans un milieu hydrolysé dans des conditions microaérobies et légèrement acides.

Source : Hemmerich, J., et al. Protocole pour l’optimisation de la production de protéines hétérologues utilisant la technologie automatisée des microbioréacteurs. J. Vis. Exp. (2017).Cette vidéo démontre l’utilisation d’un micro-opérateur automatisé pour surveiller la croissance bactérienne et la sécrétion de protéines fluorescentes en réponse à différentes formulations de milieux. Une bactérie génétiquement modifiée exprimant une protéine fluorescente sécrétoire est cultivée sous sélection...

Source : Lea-Smith, D. J., et al. Génération de mutants marqués et sans marqueurs chez des espèces modèles de cyanobactéries. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo démontre la cryopréservation des souches cyanobactériennes en combinant des suspensions cellulaires concentrées avec du glycérol ou du DMSO et en les stockant à basse température, permettant un maintien à long terme de cultures viables pour la photosynthèse et les études génétiques.

Source : Arias, S. L., et al. Fabrication d’une nanocellulose bactérienne magnétique fonctionnalisée avec des nanoparticules d’oxyde de fer. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo démontre la synthèse in situ de nanoparticules de magnétite à l’intérieur d’une pellicule bactérienne de nanocellulose produite par Gluconacetobacter xylinus. Il explique comment la nanocellulose bactérienne magnétique est générée par infusion d’ions fer, précipitation alcaline et purification.

Source : Rufián, J. S., et al, Analyse unicellulaire de l’expression des gènes de Pseudomonas syringae dans le tissu végétal. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo montre une méthode de pression basée sur une seringue pour extraire les bactéries apoplasiques, qui prolifèrent et forment des microcolonies au sein de l’apoplaste, l’espace intercellulaire entre les cellules végétales. La méthode permet d’obtenir des échantillons bactériens sans débris, adaptés à l’analyse monocellulaire en aval.

Source : Becker, B., et al. Un simple test de reporter basé sur la fluorescence pour identifier les composants cellulaires nécessaires au trafic de la chaîne de la toxine A (RTA) dans la levure. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo démontre l’expression inductible de la chaîne de la toxine ricine A (RTA) marquée à His, dans Escherichia coli. Il décrit les étapes impliquées dans la culture sélective des bactéries transformées avec un plasmide d’expression recombinante, l’induction de l’expression RTA...

Source : Pokhrel, A., et al. Dosage du polyphosphate inorganique dans les bactéries. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo présente un test colorimétrique pour mesurer le polyphosphate inorganique (polyP) dans des échantillons bactériens. La procédure consiste à convertir enzymatiquement le polyP en phosphate libre, qui réagit ensuite avec le molybdate et l’acide ascorbique pour produire un complexe de couleur bleue. En comparant l’absorbance de ce complexe à une courbe standard de concentrations...

Source : Choi, H. J., et al. Acoustophorèse microfluidique pour la séparation par écoulement continu de bactéries à Gram négatif à l’aide de billes d’affinité d’aptamères. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo montre la méthode de séparation sélective des bactéries à Gram négatif d’un échantillon bactérien mixte à l’aide de microbilles enrobées d’aptamères et de forces acoustiques à l’intérieur d’une puce microfluidique.

Source : Brodl, E., et al. Mesure in situ et corrélation de la densité cellulaire et de l’émission de lumière de bactéries bioluminescentes. J. Vis. Exp. (2018).Cette vidéo démontre la mesure et la corrélation de la bioluminescence avec la densité cellulaire chez les bactéries transformées. Une seule colonie bactérienne est utilisée pour initier une culture liquide. La culture est placée dans un puits à la concentration cellulaire souhaitée. Un antibiotique et un inducteur sont ajoutés pour...

Source : Koeth, L. M., et. al., A Reference Broth Microdilution Method for Dalbavancin In Vitro Susceptibility Testing of Bacteria that Grow Aerobi. J. Vis. Exp. (2015).Cette vidéo montre la méthode de microdilution en bouillon pour déterminer la concentration minimale inhibitrice (CMI) d’un antibiotique lipoglycopeptide contre les bactéries à Gram positif. Il couvre l’isolement des colonies bactériennes, la dilution, l’inoculation de puits de microplaques avec des concentrations variables...

Source : Zhang, X. et. al., Un modèle d’embryon de poisson-zèbre pour la visualisation in vivo et l’analyse intravitale de l’infection à Staphylococcus aureus associée aux biomatériaux. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo présente un modèle d’embryon de poisson-zèbre pour étudier les infections liées aux biomatériaux implantés. L’injection de microsphères de polystyrène à Staphylococcus aureus améliore la survie bactérienne, confirmant le rôle de promotion des infections des matériaux implantés.

Source : Yeung, M., et al. Mise au point d’un milieu gélaire chromogène plus sensible et plus spécifique pour la détection de Vibrio parahaemolyticus et d’autres espèces de Vibrio . J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo présente une méthode basée sur la culture pour identifier les espèces de Vibrio , mettant en évidence la gélose chromogène comme une alternative plus précise à la gélose thiosulfate-citrate-sels biliaires-saccharose ou TCBS couramment utilisée. La gélose chromogène permet une...

Source : Al Ahmar, R., et al. Culture d’une variante en petite colonie de Pseudomonas aeruginosa et quantification de son alginate. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo présente un test colorimétrique pour quantifier l’alginate produit par Pseudomonas aeruginosa, en utilisant le carbazole pour détecter les acides uroniques après hydrolyse acide. La méthode permet une analyse comparative de la production d’alginate normalisée à la biomasse bactérienne dans la recherche et les études cliniques.

Source : Al Ahmar, R., et al. Culture d’une variante en petite colonie de Pseudomonas aeruginosa et quantification de son alginate. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo fait la démonstration d’un immunodosage colorimétrique pour quantifier l’alginate, un exopolysaccharide protecteur produit par Pseudomonas aeruginosa. La procédure consiste à recouvrir une microplaque avec l’échantillon, à appliquer des anticorps spécifiques et à utiliser une réaction enzyme-substrat pour générer un changement de...

Source : Hassan, J. A., et al. Identification à haut débit de la résistance à Pseudomonas syringae pv. Tomate dans la tomate à l’aide d’un test d’inondation de semis. J. Vis. Exp. (2020).Cette vidéo fait la démonstration d’une méthode de dépistage de la résistance bactérienne dans différentes souches de tomates à l’aide de semis âgés de dix jours inoculés avec une suspension bactérienne. Il explique comment les bactéries envahissent les stomates, délivrent des protéines effectrices pour...

Source : Anderson, Q. L. et al. Un système pathologique de C. elegans à haut débit, à haute teneur et à base de liquide. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo présente une méthode de criblage à haut débit utilisant Caenorhabditis elegans pour étudier les inactivations de gènes lors d’interactions hôte-pathogène. Il décrit la procédure de préparation des vers neutralisés et de leur transfert sur des plaques d’essai afin d’évaluer les effets de l’élimination des vers induite par les agents pathogènes.

Source : Cayron, J., et Lesterlin, C. Analyse multi-échelle de la croissance bactérienne sous traitements de stress. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo montre la procédure d’évaluation de la filamentation d’E. coli et de la réplication de l’ADN dans le cadre d’un traitement antibiotique inhibiteur de la division cellulaire à l’aide d’un placage pour mesurer la viabilité et d’une cytométrie en flux pour analyser la taille des cellules et le contenu en ADN.

Source : Cheng, C., et al. Inactivation des agents pathogènes par photolyse en lumière visible de la riboflavine-5'-phosphate. J. Vis. Exp. (2022).Dans cette vidéo, un mélange réactionnel tamponné contenant de la L-méthionine, du nitro-bleu tétrazolium (NBT) et du mononucléotide de flavine (FMN) est irradié avec une lumière violette pour induire la production d’espèces réactives de l’oxygène (ROS). Cela conduit à l’inactivation bactérienne et à la formation de formazan détectable par...

Source : Weber, N. et al., Transformation naturelle, expression protéique et cryoconservation de la cyanobactérie filamenteuse Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo présente un test focalisé basé sur des LED pour l’étude de la phototaxie chez les cyanobactéries filamenteuses. Les bactéries migrent vers la source lumineuse, formant une accumulation dense au centre éclairé, qui est visualisée et quantifiée par l’analyse de l’intensité des pixels de l’image capturée.

Source : Balczon, R., et al. Méthodes de détection des amyloïdes cytotoxiques à la suite de l’infection de cellules endothéliales pulmonaires par Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre le protocole permettant de quantifier les amyloïdes dans les surnageants de culture à partir de cellules endothéliales pulmonaires infectées par des bactéries virulentes, à l’aide de la thioflavine T, un colorant fluorescent qui se lie aux structures de la bêta-feuillet amyloïde. Une...

Source : Speare, L., et al. Essai de coïncubation pour quantifier les interactions compétitives entre les isolats de Vibrio fischeri . J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo présente un test de co-incubation utilisé pour étudier comment les souches bactériennes se font concurrence dans un environnement partagé. Il est largement utilisé en microbiologie pour identifier les mécanismes, tels que la destruction dépendante ou indépendante du contact, qui sont à l’origine de ces interactions.

Source : Venkateswaran, S., et al. Identification à haut débit de polymères répulsifs pour les dispositifs médicaux. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo présente une méthode à haut débit pour identifier les polymères répulsifs aux bactéries à l’aide d’une lame de microréseau exposée à des cultures bactériennes mixtes. La liaison bactérienne est évaluée par fluorescence DAPI, où un signal réduit indique des polymères avec une fixation de surface minimale.

Source : Barber, A. E., et al. Préparation et application d’un nouveau biocapteur bactérien pour la détection présumée des résidus de balle. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo montre la détection d’analytes spécifiques à l’aide d’un biocapteur bactérien. Une culture bactérienne portant un plasmide avec un gène de protéine fluorescente rouge (RFP) sous un promoteur sensible à l’analyte est prélevée. Après avoir soigneusement essuyé la surface d’essai, une petite partie de la lingette est immergée...

Source : Augimeri, R. V. et al., Utilisation du composé libérant de l’éthylène, l’acide 2-chloroéthylphosphonique, comme outil pour étudier la réponse de l’éthylène chez les bactéries. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo démontre l’effet de l’éthylène généré par l’acide 2-chloroéthylphosphonique (CEPA) sur la croissance bactérienne et la production de cellulose. L’éthylène active les voies de signalisation qui stimulent la synthèse de la cellulose, ce qui améliore la formation des pellicules. Ces...

Source : Cayron, J., et al. Analyse multi-échelle de la croissance bactérienne sous traitement de stress. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo montre comment préparer et utiliser une plaque microfluidique pour l’imagerie des cellules bactériennes dans des conditions de stress. Il décrit le processus d’introduction d’une culture bactérienne et d’un milieu antibiotique induisant un stress, suivi d’une charge cellulaire et d’une configuration microscopique. L’imagerie time-lapse en mode contraste de...

Source : Sekar, A., et. al., Une nouvelle méthode pour déterminer l’activité antibactérienne longitudinale des matériaux d’élution de médicament. J. Vis. Exp. (2023)Cette vidéo présente un test basé sur la luminescence pour évaluer l’efficacité antibactérienne d’une bande polymère chargée d’antibiotiques en quantifiant la luminescence induite par l’ATP, qui diminue dans les cultures bactériennes exposées à l’antibiotique.

Source : Zhu, W., & Chu, W. Méthode visuelle sensible pour la détection des bactéries productrices de sulfure d’hydrogène. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo présente une méthode visuelle sensible pour la détection rapide des bactéries productrices de sulfure d’hydrogène. Un changement de couleur du jaune au noir indique une activité bactérienne par la formation de sulfure de bismuth.

Source: Bennett, J. A., et al. Évaluation visuelle et microscopique des mutants développementaux de Streptomyces. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre la culture et la comparaison phénotypique de souches de Streptomyces coelicolor de type sauvage et mutantes. Il décrit les procédures visant à minimiser les mutations spontanées, à prévenir la contamination croisée et à favoriser la croissance bactérienne grâce à des techniques de placage appropriées. Enfin, la vidéo met en évidence les...

Source : Francis, M. B., et al. Détection de fragments de cortex pendant la germination de spores bactériennes. J. Vis. Exp. (2016).Cette vidéo présente une méthode colorimétrique permettant de détecter la dégradation du cortex pendant la germination des spores bactériennes en mesurant la libération de sucres réducteurs au fil du temps. À l’aide d’étalons de N-acétylglucosamine et d’échantillons ponctuels, le test quantifie la concentration en sucre par une réaction chromogène violette,...

Source : Stenzler, B. R. et al., Un essai de biocapteur anaérobie pour la détection du mercure et du cadmium. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre l’utilisation de biocapteurs bactériens génétiquement modifiés pour mesurer avec précision la fraction biodisponible des ions mercure dans des conditions anaérobies. En faisant varier la concentration de sulfate de magnésium, le test garantit que le biocapteur répond de manière sélective aux ions mercure libres, comme l’indiquent les changements...

Source : Vidilaseris, K., et al. Dépistage des inhibiteurs de la pyrophosphatase liés à la membrane de Thermotoga maritima . J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo présente un test colorimétrique pour dépister les inhibiteurs de la pyrophosphatase liée à la membrane bactérienne (mPPase) en quantifiant la libération d’orthophosphate. La méthode permet d’identifier des composés qui inhibent la mPPase de Thermotoga maritima, une cible potentielle de médicament antimicrobien.

Source : Sarathy, J. P. et al. Un test de liaison in vitro Caseum qui prédit la pénétration du médicament dans les lésions de tuberculose. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo présente un test in vitro permettant de mesurer la liaison d’un médicament au caseum à partir de lésions de tuberculose à l’aide d’une dialyse d’équilibre rapide. Il décrit les étapes de préparation des suspensions de caséum, d’exécution de la dialyse et de calcul de la fraction médicamenteuse non liée pour prédire la...

Source : Rugjee, K. N. et al., Mise en place d’une configuration à haut débit pour le criblage de petites molécules qui modulent la signalisation c-di-GMP chez Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo démontre la génération d’une souche rapporteuse cyclique-di-GMP chez Pseudomonas aeruginosa par électroporation. La réussite de la transformation est confirmée par la sélection d’antibiotiques et l’analyse basée sur la...

Source : Rugjee, K. N., et al. Mise en place d’une configuration à haut débit pour le criblage de petites molécules qui modulent la signalisation c-di-GMP chez Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2016).Cette vidéo montre le criblage de modulateurs cycliques di-GMP à l’aide de bactéries génétiquement modifiées qui expriment la protéine fluorescente verte (GFP) sous le contrôle d’un promoteur sensible au c-di-GMP. La fluorescence est mesurée dans une plaque multipuits contenant différents...

Source : Chapman, I. J., et al., Optimisation de la sonde moléculaire pour déterminer la mortalité cellulaire dans un organisme photosynthétique (Microcystis aeruginosa) à l’aide de la cytométrie en flux. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre la méthode permettant de distinguer les cellules vivantes et mortes de Microcystis aeruginosa en combinant le marquage par sonde fluorescente avec l’analyse cytométrique en flux de l’autofluorescence de la phycocyanine et du signal de la sonde.

Source : Nickling, J. H., et.al. Peptides antimicrobiens produits par incorporation sélective par pression d’acides aminés non canoniques. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo fait la démonstration d’un test de diffusion de puits de gélose utilisé pour évaluer l’activité antimicrobienne des variantes de la nisine. Il montre comment Lactococcus lactis exprimant la peptidase membranaire NisP active les précurseurs de la nisine produits chez E. coli, entraînant des halos d’inhibition de la croissance.

Source : Tokunou, Y., et al, Détection électrochimique de l’effet de l’isotope cinétique du deutérium sur le transport extracellulaire d’électrons chez Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo présente une méthode électrochimique à l’échelle d’une cellule entière pour évaluer comment le transfert de protons affecte le transport extracellulaire d’électrons (EET) dans les bactéries électroactives. En remplaçant les protons par des deutons à l’aide d’oxyde de deutérium, la...

Source : Dodge, R., et al. Comptage rapide d’unités de formation de colonies sous forme de plaque à 96 puits appliquée au microbiome de la drosophile . J. Vis. Exp. (2023)Cette vidéo démontre la quantification des unités formant des colonies (UFC) de bactéries associées à l’intestin chez les mouches drosophiles à l’aide d’une approche de dilution et de placage en série. Des échantillons de mouches homogénéisés contenant des bactéries intestinales sont dilués en série, placés sur de la gélose et...

Source : Maurakis, S., et al. Croissance limitée en métaux de Neisseria gonorrhoeae pour la caractérisation des gènes sensibles aux métaux et l’acquisition de métaux à partir de ligands hôtes. J. Vis. Exp. (2020).Cette vidéo présente un test de croissance bactérienne limité aux métaux pour étudier le rôle des gènes sensibles aux métaux. Les bactéries de type sauvage et mutantes cultivées dans un milieu appauvri en métal sont incubées avec des ligands métalliques, et leur croissance est...

Source : Maurakis, S., et Cornelissen, C. N. Croissance limitée aux métaux de Neisseria gonorrhoeae pour la caractérisation des gènes sensibles aux métaux et l’acquisition de métaux à partir de ligands hôtes. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre la procédure de détection des transporteurs de métaux de surface chez Neisseria gonorrhoeae cultivée dans des conditions limitées en métaux à l’aide d’un test par transfert de points, impliquant la liaison de ligands, la détection d’anticorps et la...

Source : Chen, Y., et al., Mesure de taux spécifiques d’erreur de traduction mycobactérienne avec des systèmes rapporteurs de gain de fonction. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo présente une méthode pour quantifier les erreurs de traduction chez Mycobacterium smegmatis à l’aide d’une GFP inductible et d’un système de rapporteur de luciférase mutante sécrétée. Il montre comment la luminescence résultant d’une erreur de traduction est mesurée et comparée à la fluorescence GFP pour évaluer l’impact...

Source : Gilmore, S. F. et al. Production à l’échelle acellulaire et ajout d’un adjuvant à une protéine majeure de membrane externe recombinante de Chlamydia muridarum pour le développement d’un vaccin. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo démontre l’utilisation du Western blot pour évaluer l’intégrité structurelle de la principale protéine de membrane externe (MOMP) dans des complexes vaccinaux à base de nanoparticules. Il décrit les étapes clés du transfert de protéines, du marquage des anticorps...

Source : Stefan, A., et al. Les avantages à multiples facettes de la co-expression des protéines chez Escherichia coli. J. Vis. Exp. (96), (2015).Cette vidéo démontre l’évaluation de la fréquence des mutations chez les bactéries à l’aide d’un test de bêta-glucosidase. Des cultures bactériennes exprimant une ADN polymérase déficiente en relecture sont collectées sur des générations successives. Les erreurs de réplication causées par une relecture réduite peuvent activer un gène de la...

Source : Jian, X. et. al., Culture microbienne automatisée et évolution adaptative à l’aide du système de culture de microgouttelettes microbiennes (MMC). J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo démontre l’utilisation d’une plateforme à base de gouttelettes microfluidiques pour la surveillance en temps réel de la croissance bactérienne. En générant des gouttelettes uniformes contenant des suspensions bactériennes et en les guidant à travers une voie de détection, le système permet une mesure optique...

Prenons une culture de Corynebacterium glutamicum, transformée à l’aide d’un plasmide portant un gène rapporteur fluorescent en aval de la séquence de l’anti-terminateur de l’acide ribonucléique ou RAT, dans une plaque multi-puits.Au cours de la transcription, l’ARN-RAT forme une structure en boucle souche qui bloque l’ARN polymérase, arrêtant l’expression du gène rapporteur.Le plasmide exprime également constitutivement LicV, une protéine de fusion comprenant la protéine de liaison à l’ARN...

Commencez par une boue contenant des cellules bactériennes traitées avec des nanoparticules d’argent en suspension dans une matrice exopolysaccharide.Ajoutez un tampon phosphate à la suspension pour maintenir un pH stable.Ensuite, introduisez une solution contenant du glucose et un indicateur redox soluble, puis incubez le mélange. L’indicateur redox agit comme un accepteur d’électrons.Pendant l’incubation, le glucose et l’indicateur redox pénètrent dans les cellules bactériennes...

Prenez des dilutions en série d’une culture bactérienne et ajoutez des aliquotes dans des flacons calorimétriques contenant du milieu de croissance.Chargez les flacons scellés dans la plaque multi-puits d’un microcalorimètre isotherme pour mesurer la production de chaleur métabolique.L’appareil est maintenu à une température constante pour s’assurer que la chaleur détectée provient uniquement du métabolisme bactérien.Lorsque les bactéries métabolisent les nutriments et prolifèrent, elles...

Source : Ali, I., et al. Dépistage à haut débit des isolats microbiens ayant un impact sur la santé de Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo présente un test fluorescent à haut débit pour évaluer comment les bactéries intestinales affectent la résilience au stress chez Caenorhabditis elegans. En suivant la fluorescence bleue des granules intestinaux rompus, le test révèle des signaux de mort plus précoces chez les vers exposés aux bactéries testées.

Source : Sutlief, A. L., et al. Analyse en cellules vivantes des contraintes de cisaillement sur Pseudomonas aeruginosa à l’aide d’un système microfluidique automatisé à plus haut débit. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo montre la préparation d’une plaque microfluidique pour les études de contraintes de cisaillement dans des cultures bactériennes. Après amorçage des canaux avec un milieu, des cellules bactériennes sont introduites dans le canal expérimental et incubées pour leur attachement. Les...

Source : Brumfield, K. D., et al. Techniques de laboratoire utilisées pour maintenir et différencier les biotypes d’isolats cliniques et environnementaux de Vibrio cholerae . J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre un test d’agar souple utilisant du chlorure de triphényltétrazolium pour évaluer et comparer la motilité des souches de Vibrio cholerae en visualisant l’activité métabolique via la formation de zones rouges autour des cellules migratrices actives.

Source : Brumfield, K. D., et al., Techniques de laboratoire utilisées pour maintenir et différencier les biotypes des isolats cliniques et environnementaux de Vibrio cholerae . J. Vis. Exp. (2017).Cette vidéo montre le test Voges-Proskauer (VP) pour différencier trois biotypes de Vibrio cholerae : classique, type sauvage d’El Tor et variante d’El Tor. Chaque culture est inoculée dans un milieu contenant du glucose, incubée, puis traitée avec du α-naphthol et de l’hydroxyde de potassium pour...

Source : Mettrick, K. A., Lawrence, et al., Induire un blocage de réplication spécifique au site chez E. coli à l’aide d’un système opérateur de répresseur fluorescent. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre un blocage de la fourche de réplication spécifique à un site chez Escherichia coli en utilisant l’expression induite par l’arabinose de TetR jaune fluorescent marqué par une protéine qui se lie aux réseaux chromosomiques de tetO.

Source : Domesle, K. J., et al. Amplification isothermique médiée par boucle pour le dépistage de Salmonella dans la nourriture animale et la confirmation de Salmonella par isolement en culture. J. Vis. Exp. (2020).Cette vidéo démontre la technique d’amplification isothermique médiée par boucle (LAMP) pour détecter un gène bactérien cible en amplifiant l’ADN à température constante. Le mélange réactionnel est préparé en ajoutant un mélange maître isotherme, des amorces spécifiques pour le gène...

Source : Aigrain, L., et al. Internalisation et observation de biomolécules fluorescentes chez des micro-organismes vivants via électroporation. J. Vis. Exp. (2015)La vidéo montre la délivrance de biomolécules fluorescentes dans des cellules microbiennes électrocompétentes grâce à l’électroporation. Le processus commence par l’introduction d’ADN ou de protéines marqués par fluorophore dans une suspension cellulaire refroidie. Une impulsion haute tension est ensuite appliquée pour créer des...

Source : Kurokawa, M., et al. Analyse précise et à haut débit de la croissance bactérienne. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo démontre la quantification à haut débit de la croissance bactérienne à l’aide d’un lecteur de microplaques. Il décrit les étapes impliquées dans la préparation de la culture, la mesure de la densité optique et l’analyse de la dynamique de croissance.

Source : Dahl, J. et al. Détection de l’activité dépendante du pH d’Escherichia coli Chaperone HdeB In vitro et In Vivo. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo démontre un test basé sur un spectrophotomètre à fluorescence pour évaluer l’activité des chaperones sur une protéine substrat soumise à un stress acide et thermique. Il décrit les étapes pour surveiller le déploiement et l’agrégation du substrat par diffusion de la lumière, en comparant les conditions avec et sans le chaperon.

Source : Dahl, J., et al. Détection de l’activité dépendante du pH d’Escherichia coli Chaperone HdeB In vitro et In Vivo. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre l’utilisation de cultures recombinantes d’E. coli pour évaluer l’effet protecteur d’une chaperonne activée par l’acide lors du stress acide. La surveillance de la croissance bactérienne révèle une survie accrue dans les cultures exprimant des chaperones par rapport aux témoins, soulignant le rôle des chaperones dans la stabilisation des...

Source : Stenum, T. S., et al. Quantification de l’abondance et des niveaux de charge des ARN de transfert chez Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo démontre l’utilisation de l’électrophorèse sur gel et du blot nord pour détecter et comparer les niveaux de charge des ARN de transfert chez E. coli en séparant les formes aminoacylées et déacylées.

Source : Gulla, S., et al. Analyse en tandem à nombre variable multi-locus de la bactérie poisson-pathogène Yersinia ruckeri par PCR multiplex et électrophorèse capillaire. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo illustre la procédure de séparation des amplicons à répétition en tandem (VNTR) marqués par fluorescence, dérivés d’une bactérie pathogène des poissons, en utilisant l’électrophorèse capillaire pour générer des profils électrophhérographiques spécifiques à chaque taille pour l’identification...

Source : Hockett, K. L., et Baltrus, D. A. Utilisation de la technique de superposition à l’agar mou pour dépister les composés inhibiteurs produits par des bactéries. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo illustre la procédure pour détecter la mort médiée par la bactériocine en repérant le surnageant d’une souche donneuse induite par antibiotique sur une superposition d’agar mou contenant une souche test. Les zones claires formées après l’incubation indiquent une inhibition bactérienne.

Source : Cabeen, M. T., et al. Analyse microfluidique monocellulaire de Bacillus subtilis. J. Vis. Exp. (2018)La vidéo montre l’utilisation d’un dispositif microfluidique pour observer la croissance bactérienne au niveau de la cellule unique. Il montre comment les cellules bactériennes non mobiles, confinées dans des tranchées à l’échelle microscopique, sont continuellement nourries et imagées au microscope à fluorescence. Cette configuration permet la visualisation en temps réel de la division...

Source : Scheidweiler, D., et al. Combiner des dispositifs fluidiques avec la microscopie et la cytométrie en flux pour étudier le transport microbien dans des milieux poreux à l’échelle spatiale. J. Vis. Exp. (2020).Cette vidéo démontre l’utilisation d’un dispositif microfluidique pour quantifier la motilité bactérienne via une matrice poreuse composée de piliers disposés aléatoirement. Des bactéries marquées par fluorescence sont introduites dans l’appareil, imagées au microscope au fur et à...

Source : Kim, H. et al., Dépistage multi-enzymatique utilisant un système de criblage enzymatique génétique à haut débit. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo démontre une méthode de dépistage génétique permettant de détecter l’expression enzymatique à l’aide de bibliothèques de fosmides métagénomiques et de substrats chromogéniques. La cytométrie en flux identifie et isole des cellules individuelles produisant des produits colorés, permettant une sélection à haut débit des cellules actives exprimant...

Source : Samuels, D. J., et al. Une approche basée sur la chromatographie liquide en tandem et la spectrométrie de masse pour l’analyse des métabolites de Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo démontre l’utilisation de la chromatographie liquide-spectrométrie de masse pour identifier et quantifier les métabolites intracellulaires de S. aureus. Il décrit les étapes impliquées dans l’extraction des métabolites, la normalisation des peptides, la chromatographie liquide et l’analyse...