Dosage par phototaxie de cyanobactéries filamenteuses à l’aide d’un éclairage à lumière focalisée

Commencez par une parabole contenant une culture de cyanobactéries filamenteuses positionnée au-dessus d’une petite fenêtre équipée d’un support monté sur LED dans une pièce sombre.

La LED éclaire l’antenne parabolique par le bas, créant une petite zone lumineuse.

Pendant l’incubation, les cyanobactéries filamenteuses migrent vers le centre éclairé, démontrant une phototaxie.

Au fil du temps, les cyanobactéries migrent et s’accumulent au centre éclairé, formant une zone bactérienne visiblement dense.

Après l’incubation, placez un papier blanc sous le plat pour améliorer le contraste.

Capturez une image de la zone éclairée et analysez-la à l’aide d’un logiciel.

Tracez une ligne à travers la parabole qui passe par le centre de la zone bactérienne pour générer un profil d’intensité de pixels.

Comparez l’intensité moyenne des pixels à l’extérieur et à l’intérieur de la zone bactérienne.

Ensuite, tracez une ligne à l’intensité maximale dans la région centrale pour déterminer le diamètre de la zone bactérienne, qui représente la phototaxie cyanobactérienne.

Préparez des supports de LED où les LED de cinq millimètres sont montées pour irradier une zone de 20 millimètres carrés de bas en haut. Mesurez et ajustez l’intensité des LED. Assurez-vous que tout le cadre se trouve dans une pièce sombre ou un conteneur fermé et sombre.

Placez huit millilitres du milieu contenant P. lacuna dans une boîte de Pétri de six centimètres, fermez la boîte de Pétri avec le couvercle et placez-la sur un support LED de sorte que la LED soit au centre de la boîte de Pétri. Après généralement deux jours, capturez une image de la boîte de Pétri avec l’appareil photo d’un smartphone dirigé directement vers la position du traitement par la lumière. Utilisez un support et une feuille blanche comme arrière-plan pour assurer la même distance et les mêmes conditions de lumière pour chaque photo.

Ouvrez le logiciel ImageJ, cliquez sur Fichier, Ouvrir et sélectionnez le fichier. Sélectionnez le bouton droit et appuyez sur le bouton gauche de la souris pour tracer une ligne d’une extrémité de la boîte de Pétri à l’extrémité opposée.

Assurez-vous que la ligne passe par le centre du cercle de filaments. Cliquez sur Analyser et mesurer pour voir la longueur de la boîte de Pétri. Ensuite, cliquez sur Analyser et tracer le profil dans le menu ImageJ.

Estimez une valeur moyenne pour l’intensité des pixels à l’extérieur du cercle et une autre valeur moyenne pour l’intensité des pixels à l’intérieur du cercle. Pointez la souris sur la position Y entre ces valeurs pour estimer les valeurs X des deux côtés du cercle. Notez les deux valeurs et calculez la différence.

Sélectionnez ensuite le bouton droit et tracez une ligne à la valeur moyenne maximale de l’intensité du pixel. Enfin, cliquez sur Analyser puis sur Mesurer pour obtenir la longueur du cercle de la cellule intérieure.