Exposer une communauté bactérienne orale synthétique à des phases simulées de digestion

Commencez par un tube contenant une communauté bactérienne synthétique couramment présente dans la bouche humaine.

Ajoutez un liquide salivaire simulé contenant de la mucine, une glycoprotéine et l’enzyme α-amylase pour imiter l’environnement oral, puis incubez par secouage.

Les bactéries interagissent avec la mucine, qui favorise l’agrégation, tandis que la α-amylase reproduit les conditions enzymatiques de la salive.

Prélève un échantillon.

Ensuite, introduisez un liquide gastrique simulé avec de la mucine à un pH acide pour imiter l’environnement gastrique, et incubez avec des secousses.

Les conditions acides tuent les espèces bactériennes sensibles à l’acide, mais les espèces bactériennes tolérantes à l’acide, recouvertes de mucine, légèrement tolérantes à l’acide survivent.

Prélève un autre échantillon.

Enfin, ajoutez du liquide intestinal simulé contenant du bicarbonate et des sels physiologiques. Incubez avec des secousses.

L’environnement riche en sel induit un stress ionique, qui perturbe la membrane bactérienne et réduit la viabilité.

Prélever un échantillon final.

Les trois échantillons post-simulation sont désormais prêts pour l’évaluation de la viabilité bactérienne.

Pour simuler la digestion orale, transférez 3 millilitres de la communauté bactérienne dans un tube stérile de 50 millilitres, puis mélangez-les avec 3 millilitres de liquide salive simulé ou SSF.

Ajoutez 75 unités par millilitre d’alpha-amylase provenant de la salive humaine type 9A et deux grammes par litre de mucine provenant de type 2 de l’estomac porcin. Faites couver le mélange à 37 degrés Celsius et 100 tr/min pendant deux minutes. Prélever un échantillon de 2 millilitres pour l’extraction d’ADN et la quantification par cytométrie en flux.

Pour simuler la digestion gastrique, ajoutez 4 millilitres de liquide gastrique simulé ou SGF à 3 millilitres de la bactérie. Utilisez une molaire de HCl pour ajuster le pH à 3 si nécessaire. Incubez l’échantillon à 37 degrés Celsius et 100 tr/min pendant deux minutes.

Ensuite, prélève un échantillon de 2 millilitres. Pour la digestion de l’intestin grêle, ajoutez 4 millilitres de liquide intestinal simulé ou SIF à la bactérie. Utilisez de l’hydroxyde de sodium pour ajuster le pH si nécessaire.

Ensuite, incubez l’échantillon à 37 degrés Celsius et 100 RPM pendant deux minutes, puis prélevez un échantillon de 2 millilitres.