Hybridation in situ par fluorescence des bactéries intestinales dans les sections intestinales de la souris

Commencez par ajouter une solution contenant des sondes d’hybridation in situ (FISH) spécifiques à l’ARNr 16S bactérien sur une lame contenant les sections intestinales de la souris colonisées par des bactéries.

Placez une gaine de couverture pour répartir les sondes contenant le liquide et éviter l’évaporation.

Incubez la lame dans une chambre humidifiée à température élevée.

Cela déploie la structure secondaire de l’ARN, facilitant l’hybridation de la sonde avec des séquences complémentaires dans l’ARNr bactérien 16S.

Retirez la gaine de couverture et incubez la lame dans un tampon de lavage préchauffé pour retirer les sondes non liées.

Rincez avec un tampon phosphaté pour maintenir le pH physiologique.

Appliquez une contre-teinture contenant un colorant spécifique au mucus et un colorant nucléaire, puis incubez.

Ces colorants se lient sélectivement au mucus intestinal ainsi qu’à l’ADN des cellules bactériennes et hôtes. Lavez la culasse avec un tampon et montez les couvercles sur la culasse à l’aide d’un support de montage.

Au microscope confocal, observez des bactéries distinctes marquées par FISH, des cellules intestinales et la couche muqueuse à l’intérieur des sections.

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