Échantillonnage de Biofilm oral Microbiome analyse chez les enfants en bonne santé

L’objectif global de cette procédure est de présenter une méthode standardisée d’échantillonnage de biofilm oral pour l’analyse du microbiome chez les enfants en bonne santé. Pour ce faire, il faut d’abord préparer et stériliser les instruments et le matériel. Ensuite, l’enfant est préparé pour l’échantillonnage du biofilm.

Ensuite, l’échantillonnage du biofilm est effectué à partir de trois sites, le sillon sous-gingival, la muqueuse du pli vestibulaire et la salive. Enfin, les échantillons sont systématiquement stockés. À terme, les analyses du microbiome oral seront réalisées pour répondre à des questions cliniques et scientifiques.

Bonjour, je m’appelle Elizabeth et je suis orthodontiste. Mes recherches portent sur les changements du microbiome buccal qui accompagnent le traitement orthodontique. L’échantillonnage du biofilm buccal peut être délicat.

L’espace dans le sillon sous-gingival est limité, en particulier chez les enfants. En comparant nos données sur le microbiome à celles de recherches mondiales, nous avons constaté un manque de protocoles d’échantillonnage standardisés. Avec cette vidéo, nous faisons le premier pas pour combler cette lacune.

Les pointes de papier calibrées et stériles qui sont généralement utilisées en thérapie endodontique sont coupées au premier repère annulaire afin d’uniformiser leur longueur. Après la découpe, les pointes de papier doivent être irradiées par des UV afin d’éviter la contamination de l’ADN et de l’ARN. Les tubes de stockage seront également autoclavés et irradiés aux UV.

Avant l’échantillonnage du biofilm, les dents doivent être complètement nettoyées, en commençant par l’application du beurre de cacao. Ensuite, les dents sont tachées de la divulgation de la plaque. Après la coloration, la bouche est rincée à l’eau.

Les dents sont brossées correctement avec une brosse à dents électrique et de l’eau. Aucun dentifrice n’est appliqué, car cela modifierait le biofilm buccal. Un écarteur de joue et de langue est utilisé pour garder la bouche ouverte et sèche.

La mise en place de l’écarteur nécessite des mains habiles et stables, afin de minimiser l’inconfort de l’enfant et de garder la procédure aussi courte que possible. Des pinces dentaires stériles sont utilisées et le site d’échantillonnage n’est pas affecté tout au long de la procédure. Les dents sont nettoyées et séchées à l’aide de cotons-tiges stériles pour éviter l’absorption de liquide supra-gingival lors de l’échantillonnage ponctuel du papier.

Différentes méthodes peuvent être utilisées pour l’échantillonnage du biofilm dans la cavité buccale. En raison de l’espace limité dans le sillon sous-gingival des enfants, l’échantillonnage ponctuel en papier est la méthode de choix. Les pointes de papier sont insérées tangentiellement jusqu’à une longueur définie de quatre millimètres pendant 20 secondes.

Des précautions particulières doivent être prises pour ne pas traumatiser l’épithélium jonctionnel. Les pointes de papier sont ensuite coupées à la troisième marque à une longueur standardisée de quatre millimètres. La pointe de papier peut également être insérée simultanément dans le même site ou les échantillons peuvent être regroupés à partir de plusieurs sites.

L’appareil en champ sec est retiré pour l’échantillonnage des muqueuses et de la salive. Les pointes de papier peuvent être appliquées de la même manière pour prélever un biofilm muqueux dans le pli vestibulaire. Le biofilm salivaire peut être collecté en crachant de la salive non stimulée.

Selon la conception de l’étude, les points de papier seront stockés sous forme d’échantillons uniques, groupés ou parallèles. Un système de stockage à code couleur facilitera la gestion des échantillons. Enfin, les échantillons sont stockés pour l’analyse du microbiome à moins 80 degrés Celsius.

Plusieurs kits commerciaux ont été développés pour l’identification rapide et précise des bactéries parodontopathogènes. Les points de papier sont envoyés à des laboratoires spécialisés. L’extraction, la préparation et l’analyse de l’ADN sont ensuite effectuées dans les trois heures.

L’ADN peut également être utilisé dans la recherche pour l’étude du microbiome. Le séquençage de nouvelle génération, par exemple, permet d’obtenir des ensembles complets de données sur le microbiome. L’abondance relative globale de certaines espèces bactériennes peut être analysée, tout comme les changements dans le microbiote dus à des conditions changeantes.

Ce graphique à barres et cette carte thermique montrent l’abondance relative du microbiote sous-gingival sur le phylum et au niveau de l’ordre. Les différences dans la composition microbienne au fil du temps, les comparaisons entre les individus ou au sein de ceux-ci ou les différentes méthodes d’échantillonnage sont présentées dans des histogrammes. Cette figure montre les résultats d’une comparaison de deux méthodes d’échantillonnage, le mode A et le mode B, à différents niveaux taxonomiques.

L’analyse statistique des valeurs créées avec le séquençage de nouvelle génération peut être présentée dans des tableaux. Différents points temporels, comme le montre ce tableau, peuvent être analysés à différents niveaux taxonomiques. Les valeurs P sont calculées pour prouver des résultats significatifs.

Enfin, le microbiome buccal au niveau de l’OTU peut être visualisé avec des analyses de coordonnées principales. Cette figure montre les différences intra et interindividuelles chez cinq sujets. Un regroupement de certains groupes peut montrer des changements dans la composition du microbiome.

Cette animation 3D montre les résultats d’une étude cas-témoins. Les points rouges sont les cas. Les points bleus sont les commandes.

Un regroupement clair des cas après intervention orthodontique à T3, les gros points rouges, visualisent un changement dans le microbiome. Les points bleus montrant le groupe témoin sont répartis uniformément. Cette méthode peut donner un aperçu de l’échantillonnage clinique du biofilm dans le sillon sous-gingival d’enfants en bonne santé.

Nous avons choisi les pointes en papier les plus adaptées à ce compartiment vulnérable. Dans cette vidéo, nous avons appliqué la méthode uniquement à l’état permanent. Il peut également être appliqué à des conditions mixtes ou matures.

Avec certains patients, vous pouvez également échantillonner les sites parodontalement malades selon le même protocole. Bonjour, je m’appelle Barbara et je suis microbiologiste moléculaire. Lorsque j’analyse un biofilm en laboratoire, je dois m’appuyer sur une bibliothèque d’échantillons cliniques impartiaux.

Chaque étape dans le domaine interdisciplinaire de la recherche microbienne orale doit être entièrement normalisée. Et il y a un autre fait important. Vous ne pouvez réussir qu’en équipe.

Traitez donc toujours vos collègues avec gentillesse.