Détection d’altérations ciblables dans le cancer du poumon non à petites cellules à l’aide du séquençage de nouvelle génération

Mes recherches découvrent des mutations génétiques dans le cancer afin d’améliorer le diagnostic et le traitement. Pour commencer, enregistrez les informations de l’échantillon dans le Laboratoire Information Management System et remplissez le formulaire de consentement éclairé pour les tests de mutations génétiques. À l’aide de lames de microtomes jetables, découpez des coupes du cancer du poumon non à petites cellules, un échantillon formel et fixe de paraffine incorporé.

Effectuez ensuite une coloration régulière de l’hématoxyline et de l’éosine pour évaluer la teneur en cellules tumorales. Pour l’extraction d’acides nucléiques, à l’aide d’un microtome, séparez le bloc formel et fixe de paraffine pour obtenir un ruban, puis placez le ruban dans un tube microcentrifuge de 1,5 millilitre. Transférez le tube à l’emplacement d’entrée désigné de l’échantillon sur l’instrument d’extraction automatisé.

Ensuite, utilisez un instrument d’extraction automatique avec un kit d’extraction automatique. Remplacez les étapes de pipetage manuelles par un système automatique d’extraction d’acides nucléiques magnétiques à billes magnétiques. Ensuite, sélectionnez le programme C1102 sur l’instrument.

Choisissez le temps d’incubation de décirage de l’échantillon à 16 heures, et réglez le volume élucien à 100 microlitres. Utilisez la spectrophotométrie pour vérifier la pureté de l’ADN. Ensuite, utilisez un kit de détection avec des colorants fluorescents spécifiques à la séquence pour effectuer un test fluorométrique afin de mesurer précisément la concentration d’ADN.

Pour préparer de l’ADN génomique fragmenté par ultrasonicisation, mélangez 200 nanogrammes d’ADN génomique dans 50 microlitres de tampon tris-EDTA faible. Placez le tube d’échantillonnage dans un support pré-refroidi, maintenu à huit degrés Celsius. Réglez les paramètres de l’instrument selon le protocole et initiez la fragmentation de l’ADN.

Pour commencer la préparation automatisée de la bibliothèque, appuyez sur le bouton d’alimentation pour activer le système et attendez la fin de l’initialisation. Naviguez dans les paramètres du programme, sélectionnez le protocole exécuter, puis sélectionnez le protocole BurningRock HS. Réglez le type d’échantillon à ADN de haute qualité, la quantité d’entrée de nanogrammes à 50, les cycles pré-PCR à 12, et les cycles post-PCR à 12. Puis cliquez sur Exécuter pour continuer.

Ensuite, insérez la cartouche de réactif préemballée dans la fente désignée de l’instrument, ce qui validera automatiquement le placement et l’état du réactif. Après avoir chargé les échantillons, appuyez sur start pour lancer la course autonome. Observez les indicateurs LED sur le système pour suivre l’avancement.

Après la fin du programme, cliquez sur OK pour confirmer et le système transférera automatiquement la bibliothèque finale dans le tube de la bibliothèque, complétant ainsi la préparation de la bibliothèque. Mesurez la concentration de la bibliothèque pré-bibliothèque et de la bibliothèque totale à l’aide de la fluorométrie. Diluez la bibliothèque de séquençage à 1,6 picomolar et 1300 microlitres pour les opérations de séquençage.

Contrôlez l’environnement de séquençage en maintenant une température intérieure et une humidité intérieure. Contrôle qualité complet des données de sortie de l’instrument en vérifiant la qualité de base au-dessus de Q 30 et filtre de passage de densité de cluster. Le flux de travail optimisé de détection a identifié de manière fiable plusieurs altérations génomiques cliniquement exploitables dans des échantillons tumoraux représentatifs.

Les résultats du séquençage ont démontré une fréquence élevée EGFR p. Mutation missense L858R, accompagnée d’une amplification significative du nombre de copies du gène EGFR. Une amplification modérée du gène MET a été observée et une amplification de bas niveau du gène BRAF a été observée.

L’échantillon présentait une charge de mutations tumorales intermédiaires et un statut stable des microsatellites. Tous les loci génétiques ciblés, y compris ALK, BRAF, KRAS et ROS1, ont atteint un taux de détection de 100 % sur quatre expériences de réplication. Chaque mutation a été détectée de manière cohérente dans les quatre expériences répétées, avec des valeurs d’abondance attendues restant dans la plage normale de fluctuation, le NJS fournit un profil génétique compressif pour le cancer du poumon non à petites cellules en détectant simultanément des gènes communs, rares et nouveaux.

Nos recherches futures porteront sur la combinaison de la pathologie moléculaire avec l’intelligence artificielle pour explorer de nouveaux biomarqueurs du cancer du poumon.