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<ol><li>Poss, K. D., Wilson, L. G., Keating, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heart+regeneration+in+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Science+%281979%29%22%5BJournal%5D)">Heart regeneration in zebrafish.</a> Science (1979). 298 (5601), 2188-2190 (2002).</li>
<li>Jopling, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zebrafish+heart+regeneration+occurs+by+cardiomyocyte+dedifferentiation+and+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Zebrafish heart regeneration occurs by cardiomyocyte dedifferentiation and proliferation.</a> Nature. 464 (7288), 606-609 (2010).</li>
<li>Kikuchi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Primary+contribution+to+zebrafish+heart+regeneration+by+gata4%2B+cardiomyocytes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Primary contribution to zebrafish heart regeneration by gata4+ cardiomyocytes.</a> Nature. 464 (7288), 601-605 (2010).</li>
<li>Bertozzi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Is+zebrafish+heart+regeneration+%22complete%22%3F+Lineage-restricted+cardiomyocytes+proliferate+to+pre-injury+numbers+but+some+fail+to+differentiate+in+fibrotic+hearts%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Is zebrafish heart regeneration "complete"? Lineage-restricted cardiomyocytes proliferate to pre-injury numbers but some fail to differentiate in fibrotic hearts.</a> Dev Biol. 471, 106-118 (2021).</li>
<li>Nguyen, P. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interplay+between+calcium+and+sarcomeres+directs+cardiomyocyte+maturation+during+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Science+%281979%29%22%5BJournal%5D)">Interplay between calcium and sarcomeres directs cardiomyocyte maturation during regeneration.</a> Science (1979). 380 (6646), 758-764 (2023).</li>
<li>Fukuda, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stimulation+of+glycolysis+promotes+cardiomyocyte+proliferation+after+injury+in+adult+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Rep%22%5BJournal%5D)">Stimulation of glycolysis promotes cardiomyocyte proliferation after injury in adult zebrafish.</a> EMBO Rep. 21 (8), e49752(2020).</li>
<li>Honkoop, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+analysis+uncovers+that+metabolic+reprogramming+by+ErbB2+signaling+is+essential+for+cardiomyocyte+proliferation+in+the+regenerating+heart%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Single-cell analysis uncovers that metabolic reprogramming by ErbB2 signaling is essential for cardiomyocyte proliferation in the regenerating heart.</a> Elife. 8, e50163(2019).</li>
<li>Lekkos, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oxidative+phosphorylation+is+required+for+cardiomyocyte+redifferentiation+and+long-term+fish+heart+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Cardiovasc+Res%22%5BJournal%5D)">Oxidative phosphorylation is required for cardiomyocyte redifferentiation and long-term fish heart regeneration.</a> Nat Cardiovasc Res. 4 (10), 1363-1380 (2025).</li>
<li>Zhang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Langendorff-like+system+to+quantify+cardiac+pump+function+in+adult+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Dis+Model+Mech%22%5BJournal%5D)">A Langendorff-like system to quantify cardiac pump function in adult zebrafish.</a> Dis Model Mech. 11 (9), dmm034819(2018).</li>
<li>Zhang, P. C., Llach, A., Sheng, X. Y., Hove-Madsen, L., Tibbits, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Calcium+handling+in+zebrafish+ventricular+myocytes%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Regul+Integr+Comp+Physiol%22%5BJournal%5D)">Calcium handling in zebrafish ventricular myocytes.</a> Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol. 300, 56-66 (2011).</li>
<li>Lin, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+and+use+of+a+zebrafish+heart+voltage+and+calcium+optical+mapping+system%2C+with+integrated+electrocardiogram+and+programmable+electrical+stimulation%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Regul+Integr+Comp+Physiol%22%5BJournal%5D)">Construction and use of a zebrafish heart voltage and calcium optical mapping system, with integrated electrocardiogram and programmable electrical stimulation.</a> Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol. 308, R755-R768 (2015).</li>
<li>Miklas, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amino+acid+primed+mTOR+activity+is+essential+for+heart+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22iScience%22%5BJournal%5D)">Amino acid primed mTOR activity is essential for heart regeneration.</a> iScience. 25 (1), 103574(2022).</li>
<li>García-Poyatos, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cox7a1+controls+skeletal+muscle+physiology+and+heart+regeneration+through+complex+IV+dimerization%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Cox7a1 controls skeletal muscle physiology and heart regeneration through complex IV dimerization.</a> Dev Cell. 59 (14), 1824-1841.e10 (2024).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22How+Agilent+Seahorse+XF+Analyzers+Work%22">How Agilent Seahorse XF Analyzers Work</a>. , Agilent. https://www.agilent.com/en/products/cell-analysis/how-seahorse
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<li>Yoo, I., Ahn, I., Lee, J., Lee, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extracellular+flux+assay+%28Seahorse+assay%29%3A+Diverse+applications+in+metabolic+research+across+biological+disciplines%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cells%22%5BJournal%5D)">Extracellular flux assay (Seahorse assay): Diverse applications in metabolic research across biological disciplines.</a> Mol Cells. 47 (8), 100095(2024).</li>
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<li>Cook, M., Lal, S., Hume, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptional%2C+proteomic+and+metabolic+drivers+of+cardiac+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Heart%22%5BJournal%5D)">Transcriptional, proteomic and metabolic drivers of cardiac regeneration.</a> Heart. 111 (18), 851-858 (2025).</li>
<li>Chen, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+reprogramming%3A+A+byproduct+or+a+driver+of+cardiomyocyte+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Circulation%22%5BJournal%5D)">Metabolic reprogramming: A byproduct or a driver of cardiomyocyte proliferation.</a> Circulation. 149 (20), 1598-1610 (2024).</li>
<li>Bond, S. T., McEwen, K. A., Yoganantharajah, P., Gibert, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Live+metabolic+profile+analysis+of+zebrafish+embryos+using+a+seahorse+XF+24+extracellular+flux+analyzer%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Live metabolic profile analysis of zebrafish embryos using a seahorse XF 24 extracellular flux analyzer.</a> Methods Mol Biol. 1797, 393-401 (2018).</li>
<li>Gibert, Y., McGee, S. L., Ward, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+profile+analysis+of+zebrafish+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Metabolic profile analysis of zebrafish embryos.</a> J Vis Exp. (71), e4300(2013).</li>
<li>Trampel, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seahorse+metabolic+analysis+for+human+and+mouse+cardiac+organotypic+slices%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Seahorse metabolic analysis for human and mouse cardiac organotypic slices.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Ruggiero, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+balanced+circadian+glycolytic+rhythm+drives+cardiomyocyte+cell+cycle+progression+during+fish+heart+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">A balanced circadian glycolytic rhythm drives cardiomyocyte cell cycle progression during fish heart regeneration.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Lee, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+assessment+of+cardiac+responses+of+adult+zebrafish+%28Danio+rerio%29+to+acute+and+chronic+temperature+change+using+high-resolution+echocardiography%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Functional assessment of cardiac responses of adult zebrafish (Danio rerio) to acute and chronic temperature change using high-resolution echocardiography.</a> PLoS One. 11 (1), e0145163(2016).</li>
<li>Shaftoe, J. B., Geddes-McAlister, J., Gillis, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrated+cellular+response+of+the+zebrafish+%28Danio+rerio%29+heart+to+temperature+change%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Biol%22%5BJournal%5D)">Integrated cellular response of the zebrafish (Danio rerio) heart to temperature change.</a> J Exp Biol. 227 (20), jeb247522(2024).</li>
<li>Ryan, R., Moyse, B. R., Richardson, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zebrafish+cardiac+regeneration%E2%80%94looking+beyond+cardiomyocytes+to+a+complex+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Histochem+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Zebrafish cardiac regeneration—looking beyond cardiomyocytes to a complex microenvironment.</a> Histochem Cell Biol. 154 (5), 533-548 (2020).</li>
<li>Angelini, A., Pi, X., Xie, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+long-chain+fatty+acid+respiration+in+neonatal+mouse+cardiomyocytes+using+SeaHorse+instrument%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Evaluation of long-chain fatty acid respiration in neonatal mouse cardiomyocytes using SeaHorse instrument.</a> STAR Protoc. 3 (2), 101392(2022).</li>
<li>Ludikhuize, M. C., Meerlo, M., Burgering, B. M. T., Rodríguez Colman, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+to+profile+the+bioenergetics+of+organoids+using+Seahorse%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol to profile the bioenergetics of organoids using Seahorse.</a> STAR Protoc. 2 (1), 100386(2021).</li>
<li>Neary, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hypoxia+signaling+controls+postnatal+changes+in+cardiac+mitochondrial+morphology+and+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Cell+Cardiol%22%5BJournal%5D)">Hypoxia signaling controls postnatal changes in cardiac mitochondrial morphology and function.</a> J Mol Cell Cardiol. 74 (100), 340-352 (2014).</li>
<li>Cheng, Y. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+changes+associated+with+cardiomyocyte+dedifferentiation+enable+adult+mammalian+cardiac+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Circulation%22%5BJournal%5D)">Metabolic changes associated with cardiomyocyte dedifferentiation enable adult mammalian cardiac regeneration.</a> Circulation. 146 (25), 1950-1967 (2022).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inhibition+of+fatty+acid+oxidation+enables+heart+regeneration+in+adult+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Inhibition of fatty acid oxidation enables heart regeneration in adult mice.</a> Nature. 622 (7983), 619-626 (2023).</li>
<li>Mookerjee, S. A., Goncalves, R. L. S., Gerencser, A. A., Nicholls, D. G., Brand, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+contributions+of+respiration+and+glycolysis+to+extracellular+acid+production%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">The contributions of respiration and glycolysis to extracellular acid production.</a> Biochim Biophys Acta. 1847 (2), 171-181 (2015).</li>
<li>Mookerjee, S. A., Brand, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measurement+and+analysis+of+extracellular+acid+production+to+determine+glycolytic+rate%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Measurement and analysis of extracellular acid production to determine glycolytic rate.</a> J Vis Exp. (106), e53464(2015).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1,5 ml de tubes Eppendorf &nbsp ;</td><td>Starlab</td><td>S1615-5550</td><td></td></tr><tr><td>Plaques à 96 puits &nbsp ;</td><td>ThermoFisher</td><td>AB-0800</td><td></td></tr><tr><td>Antimycine A</td><td>ChemCruz & nbsp ;</td><td>SC-202467A</td><td></td></tr><tr><td>Médium DMEM</td><td>Agilent</td><td>1035755-100</td><td></td></tr><tr><td>DMSO</td><td>Sigma-Aldrich & nbsp ;</td><td>D2650-100 mL</td><td></td></tr><tr><td>Glace sèche &nbsp ;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Éthanol</td><td>Supelco</td><td>1.00983.2500</td><td></td></tr><tr><td>Kit de test de flux extracellulaire &nbsp ;</td><td>Agilent</td><td>103518-100</td><td>Le pack contient une plaque utilitaire, un hydrobooster, une cartouche de capteur, un couvercle (fourni avec les plaques d’îlot)</td></tr><tr><td>FCCP</td><td>Sigma-Aldrich & nbsp ;</td><td>C2920</td><td></td></tr><tr><td>Glucose</td><td>Agilent</td><td>103577-100</td><td></td></tr><tr><td>Glutamine</td><td>Agilent</td><td>103579-100</td><td></td></tr><tr><td>Incubateur</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Microplaque de capture d’îlots</td><td>Agilent</td><td>101122-100</td><td>25 grilles incluses dans le pack</td></tr><tr><td>Outil d’intégration d’écran de capture d’îlots</td><td>Agilent</td><td>101135-100</td><td></td></tr><tr><td>Pinces de microdissection</td><td>ideal-tek</td><td>3131760</td><td>Taille 5-S (2x seront nécessaires pour isoler le ventricule du bulbus artérieux et de l’oreillette)</td></tr><tr><td>ciseaux de microdissection</td><td>FST</td><td>15009-08</td><td></td></tr><tr><td>MS-222</td><td>Sigma-Aldrich & nbsp ;</td><td>E10521</td><td></td></tr><tr><td>Oligomycine</td><td>MP&nbsp ;</td><td>151786</td><td></td></tr><tr><td>Homogénéiseur mottor pilon&nbsp ;</td><td>VWR</td><td>431-0100</td><td></td></tr><tr><td>Pilons</td><td>VWR</td><td>431-0094</td><td></td></tr><tr><td>Boîte de Pétri 35mm</td><td>Greiner Bio-One</td><td>627102</td><td></td></tr><tr><td>Boîte de Pétri 92mm</td><td>Starstedt</td><td>82.1473</td><td></td></tr><tr><td>Kit d’analyse BCA Pierce</td><td>Thermo Scientific</td><td>23227</td><td></td></tr><tr><td>Comprimés Mini comprimés de protéase et inhibiteur de phosphatase Pierce, sans EDTA</td><td>Thermo Scientific</td><td>A32961</td><td></td></tr><tr><td>Pyruvate</td><td>Agilent</td><td>103578-100</td><td></td></tr><tr><td>Tampon de lyse RIPA</td><td>Santa Crus</td><td>SC-364162</td><td></td></tr><tr><td>Roténone</td><td>MP&nbsp ;</td><td>02150154-CF</td><td></td></tr><tr><td>Interphase Agilent de Seahorse Analytics</td><td>Agilent</td><td>https://www.agilent.com/en/product/cell-analysis/real-time-cell-metabolic-analysis/xf-software/agilent-seahorse-analytics-787485</td><td></td></tr><tr><td>Analyseur Seahorse XFe24</td><td>Agilent</td><td>https://www.agilent.com/en/product/cell-analysis/real-time-cell-metabolic-analysis/xf-analyzers/seahorse-xfe24-analyzer-740878</td><td></td></tr><tr><td>Scellant</td><td>Thermo Scientific</td><td>AB-0558</td><td></td></tr><tr><td>SPECTROstar Nano</td><td>MG LABTECH GmbH</td><td>601-0298</td><td></td></tr><tr><td>Sponge</td><td></td><td></td><td>Fais une incision assez longue et profonde pour que le côté ventral du poisson se relève</td></tr><tr><td>Wave (version 2.6.1.56)</td><td>Agilent</td><td>https://www.agilent.com/en/products/cell-analysis/software-download-for-wave-desktop</td><td></td></tr><tr><td>XF calibrant &nbsp ;</td><td>Agilent</td><td>100840-000</td><td></td></tr></tbody></table>

Évaluation de l’activité métabolique des ventricules entiers régénérateurs de poisson-zèbre ex vivo à l’aide d’un test de flux extracellulaire

Assessing the Metabolic Activity of Whole Regenerating Zebrafish Ventricles Ex Vivo Using an Extracellular Flux Assay

The ability of zebrafish to regenerate their hearts throughout adulthood is partially attributed to metabolic adaptations. Although it has been ...

Le test du hippocampe permet l'évaluation à haut débit du métabolisme dans des ventricules de zebrafish intacts ex vivo. Cette méthode peut être utilisée pour valider des perturbations génétiques dans des gènes métaboliques et caractériser les modifications du métabolisme durant la régénération. Allumez le système et préparez toutes les solutions de médicaments et les milieux avant de commencer l'expérience.Dans la page Définitions des groupes du logiciel WAVE, sous l'onglet Stratégies d'injection, attribuer l'oligomycine au port A, le cyanure de carbonyle 4-trifluorométhoxy phénylhydrazone, ou FCCP, au port B, et le mélange de roténone et d'antimycine au port C à partir du catalogue de composés. Supprimer toutes les stratégies d'injection préexistantes une fois la stratégie expérimentale définie. Ensuite, dans le panneau Groupes, définir les groupes expérimentaux et attribuer la stratégie d'injection correspondante.Sur la page Carte de la plaque, sélectionnez les positions des échantillons sur la plaque à 24 puits en cliquant sur chaque groupe et les puits correspondants, en laissant quatre puits vides. Sur la page Protocole, supprimez les onglets de contrôle ou expérimentaux inutiles et associez les attributions de ports du logiciel aux positions des médicaments sur la cartouche. Réglez 10 cycles pour la ligne de base, trois cycles pour l'oligomycine, sept cycles pour le FCCP, et neuf cycles pour le mélange de roténone et d'antimycine-A.Veillez à ce que chaque cycle comprenne trois minutes de mélange, deux minutes d'attente et trois minutes de mesure. Retirez la cartouche et la plaque d'appoint de l'incubateur humidifié préparé la veille au soir. Ensuite, retirez le hydrobooster et le couvercle de la cartouche, puis placez la cartouche capteur sur la plaque d'appoint contenant l'étalon. Introduisez délicatement les inhibiteurs dans leurs orifices respectifs le long de la paroi latérale, sans taper. Dans le logiciel, sélectionnez Exécuter le test. Donnez un nom à l'essai et cliquez sur Démarrer l'essai.Enregistrez l'exécution avec un nom de fichier et chargez le test. Une fois le plateau de l'analyseur ouvert, placez la cartouche chargée avec les médicaments et la plaque utilitaire contenant l'étalon conformément à la carte de la plaque sur le plateau. Appuyez sur Exécuter le test pour démarrer le test.Après avoir recouvert la microplaque à orifices contenant les cœurs isolés d'une grille, vérifiez que tous les puits ont été correctement étalonnés, indiqué par une coche verte sur le logiciel. Ensuite, cliquez sur Ouvrir le plateau pour éjecter la plaque d'utilité. Sans le couvercle, placez la microplaque à orifices dans l'analyseur en positionnant le puits A1 dans le coin supérieur gauche, puis cliquez sur Charger la plaque cellulaire pour démarrer l'expérience.Une fois l'expérience terminée, cliquez sur Éjecter pour éjecter la microplaque à œillets et la cartouche. Retirez la plaque à œillets et la cartouche éjectées de l'analyseur et fermez la cartouche avec son couvercle. Conservez la plaque à œillets sur de la glace sèche.Ensuite, cliquez sur Terminé pour fermer le plateau. Enfin, cliquez sur Afficher les résultats pour visualiser les données. Enregistrez et exportez les mesures depuis l'ordinateur de l'analyseur.Transférez les données sur l'interface analytique et sélectionnez le graphique du taux de consommation d'oxygène, ou OCR, parmi les vues standard. Visualisez l'OCR et le taux d'acidification extracellulaire, ou niveau ECAR, puis corrigez le fond en utilisant les puits vides. Sélectionnez les puits sur la carte de la plaque pour afficher ou masquer les données.Après avoir quantifié les niveaux de protéines, normalisez les mesures du taux de consommation d'oxygène (OCR) et du taux d'acidification extracellulaire (ECAR) afin d'assurer une comparaison fiable entre les échantillons. Les ventricules sauvages non lésés, sans traitement médicamenteux, ont montré un taux de consommation d'oxygène et un taux d'acidification extracellulaire stables, indiquant une fonction respiratoire normale des ventricules et leur survie en conditions ex vivo. Une légère augmentation du taux de consommation d'oxygène a été observée avec 10 micromolaire d'oligomicine, 8 micromolaires de FCCP et 25 micromolaires de rotenone et d'antimycine.Une augmentation légèrement plus importante a été observée avec 50 micromolaire d'oligomicine, 30 micromolaire de FCCP et 45 micromolaire de rotenone et d'antimycine. Après perméabilisation, la vitesse de consommation d'oxygène a montré une réduction durable et n'a pas augmenté après l'injection de FCCP, indiquant un échec métabolique des ventricules perméabilisés. Le traitement à l'oligomicine ne modifie pas de manière significative la vitesse de consommation d'oxygène.Le FCCP a augmenté la vitesse de consommation d'oxygène et la vitesse d'acidification extracellulaire, les ventricules surexprimant la malate déshydrogénase 1 cytosolique AB présentant la capacité respiratoire maximale la plus élevée par rapport aux ventricules témoins. À l'aide de ce protocole, la consommation d'oxygène et la vitesse d'acidification extracellulaire des cœurs de poisson zèbre peuvent être mesurées ex vivo. Les données d'ECAR reflètent non seulement le lactate issu de la glycolyse, mais aussi le dioxyde de carbone provenant de la respiration, les deux influençant l'acidification extracellulaire.

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Developmental Biology

Biologie du développement

Poisson-zèbre constituent un modèle vertébré puissant qui a été sous-utilisée pour les études métaboliques. Nous décrivons ici un moyen rapide pour mesurer...

Analyse du profil métabolique des embryons de poisson zèbre

L’utilisation du poisson-zèbre pour la recherche cardiovasculaire s’étend à la recherche sur les cœurs adultes. Pour ces applications, l’isolement rapide et simple des tissus cardiaques est essentiel afin d’éviter les modifications post-mortem et d’obtenir un nombre adéquat d’échantillons. Nous décrivons ici une méthode rapide et reproductible pour disséquer des cœurs de poissons-zèbres adultes.

Recouvrement des adultes coeurs de poisson zèbre à haut débit pour des applications

Les poissons-zèbres sont un organisme modèle important pour l’étude de l’homéostasie énergétique.  En utilisant un indicateur redox sensible au NADH2, alamar Blue, nous avons mis au point un test qui mesure le taux métabolique des larves de poisson-zèbre dans un format de plaque à 96 puits et peut être appliqué à la découverte de médicaments ou de gènes.

High Throughput<em&gt; Danio rerio</em&gt; Dépense énergétique Assay

Nous présentons ici un protocole afin de visualiser le développement des cœurs chez le poisson zèbre en 4 Dimensions (4D). L’imagerie 4D, par l’intermédiaire de la microscopie en fluorescence lumière-feuille (LSFM), prend 3 Dimensions (3d) images au fil du temps, de reconstruire les cœurs en voie de développement. Nous montrons qualitativement et quantitativement que cette contrainte de cisaillement active endocardique Notch signalisation au cours du développement de chambre, qui favorise la...

Microscopie de Fluorescence lumière-feuille pour capturer des Images 4-dimensionnelle des effets de modulation de la contrainte de cisaillement sur le coeur de poisson-zèbre en développement

Cette technique décrit enregistrement en temps réel de la consommation d’oxygène et le taux d’acidification extracellulaire dans les tissus rétiniens explantés souris à l’aide d’un analyseur de flux extracellulaire.

Mesure du métabolisme énergétique chez Explanté tissu rétinien en utilisant l’analyse de Flux extracellulaire

Nous décrivons un protocole pour évaluer la morphologie et la fonction de coeur dans le poisson zèbre adulte utilisant l’échocardiographie à haute fréquence. La méthode permet la visualisation du cœur et la quantification ultérieure des paramètres fonctionnels, tels que la fréquence cardiaque (HR), le débit cardiaque (CO), le changement fractionnel de zone (FAC), la fraction éjection (EF), et les vitesses d’affluence et d’écoulement du sang.

Échocardiographie à ultrasons à haute fréquence pour évaluer la fonction cardiaque des poissons zèbres

Ce protocole utilise l’imagerie par feuille de lumière pour étudier la fonction contractile cardiaque chez les larves de poisson-zèbre et mieux comprendre la mécanique cardiaque grâce au suivi cellulaire et à l’analyse interactive.

Imagerie 4D de la contraction cardiaque du poisson-zèbre

Ce protocole décrit une méthode de microscopie optique peu coûteuse pour évaluer la morphologie et la fonction cardiaques chez les embryons de poisson-zèbre, permettant une évaluation reproductible de la cardiotoxicité pour le développement sans avoir besoin de systèmes d’imagerie avancés.

Imagerie cardiaque fonctionnelle chez les embryons de poisson-zèbre à l’aide de la microscopie standard et de l’analyse vidéo : applications dans la recherche environnementale et biomédicale

Les méthodes présentées fournissent des instructions étape par étape pour la réalisation d’une collection de tests respiratoires basés sur des microplaques utilisant des mitochondries isolées à partir de quantités minimales de muscle squelettique de souris. Ces tests sont capables de mesurer les changements/adaptations mécanistes de la consommation d’oxygène mitochondrial dans un modèle animal couramment utilisé.

Utilisation de mitochondries isolées à partir des quantités minimes de souris muscle squelettique pour microplaques à haut débit respiratoire mesurée

La culture de gouttelettes verticales ex vivo est une alternative aux techniques expérimentales in vitro et in vivo actuelles. Ce protocole est facile à réaliser et nécessite de plus petites quantités de réactif, tout en permettant de manipuler et d’étudier la vascularisation, la morphogenèse et l’organogenèse du fœtus.

Utilisation<em&gt; Ex Vivo</em&gt; Cultures Upright gouttelettes de toute fœtus organes pour étudier les processus de développement au cours de la souris Organogenèse

University of Oxford.  Dans cet article, nous décrivons un protocole détaillé pour quantifier le taux de consommation d’oxygène et le taux d’acidification extracellulaire des ventricules de poisson-zèbre adultes ex vivo afin de caractériser leur capacité métabolique oxydative et glycolytique.

Évaluation de l’activité métabolique des ventricules entiers régénérateurs de poisson-zèbre ex vivo à l’aide d’un test de flux extracellulaire

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