Method Article

Microdissection לייזר יישומית כדי Gene Expression Profiling של תת קבוצה של תאים מן תסיסנית אגף דיסק

DOI:

10.3791/1895

April 30th, 2010

In This Article

Summary

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Microdissection לייזר יושמה כדי לנתח את הביטוי פרופיל גנטי בתאים מסוימים של הדיסק כנף תסיסנית נתון RNAi מקומי In vivo. RNA המופק אזורים המקבילה של תאים הושתק unsilenced נותח על ידי RT-PCR כמותי כדי לקבוע פרופיל השוואתי ביטוי גנים בהקשר של microecology רקמות הילידים.

Abstract

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

טבע הטרוגניות של רקמות הוכיחה להיות גורם מגביל בסכום של מידע ניתן להפיק מן דגימות ביולוגיות, להתפשר על מנתח במורד הזרם. בהתחשב עמותות הסלולר מורכב ודינמי הקיימים בתוך רקמות רבות, על מנת לשחזר את הניתוח באינטראקציות vivo מולקולרית יסודי אחד חייב להיות מסוגל לנתח אוכלוסיות תאים ספציפיים בהקשר הטבעי שלהם. לייזר בתיווך microdissection יכולים להשיג מטרה זו, המאפשרת זיהוי חד משמעי וקציר מוצלח של תאים בעלי עניין תחת להדמיה מיקרוסקופית ישירה תוך שמירה על שלמות מולקולרית. יש לנו ליישם את הטכנולוגיה הזאת כדי לנתח ביטוי גנים באזורים מוגדרים של הדיסק בפיתוח האגף תסיסנית, המייצג את מערכת מודל יתרון ללמוד לשלוט צמיחה, התמיינות תאים ו organogenesis. הדיסקים מחולקים דמותי הזחל מפותח על ידי גבולות הגבלה השושלת לתאים הקדמי ואת האחורי, הגבי ו הגחון. עשיית שימוש של ועין מתנהלת GAL4-כטב"מ ביטוי בינארי המערכת, כל אחד תאים אלה יכולים להיות מתויג במיוחד זבובים מהונדס המבטא כטב"מ-GFP transgene בשליטת המתאים GAL4 נהג לבנות. ב הדיסקים מהונדס, ביטוי גנים פרופיל של תת דיסקרטית של תאים יכול להיקבע בדיוק אחרי microdissection לייזר בתיווך, באמצעות אותות ה-GFP ניאון מדריך לחתוך לייזר.

בין מגוון של יישומים במורד הזרם, אנו מתמקדים פרופיל תעתיק הרנ"א לאחר מקומי התערבות RNA (RNAi). עם כניסתו של RNAi הטכנולוגיה, GFP תיוג יכול להיות בשילוב עם מציאה מקומי של גן מסוים, המאפשר דטרמיניסטיות תעתיק את התגובה של האוכלוסייה תא בדידים כדי להשתיק את הגן הספציפי. כדי לאמת גישה זו, ניתחנו אזורים המקבילה של הדיסק מן האחורי (מסומן על ידי ביטוי של GFP), ואת תא קדמי (תווית) על השתקה אזורי בתא P של הגן אחרת לידי ביטוי בכל מקום בגוף. RNA הופק מאזורים הושתק unsilenced microdissected ואת הגן השוואתי הביטוי פרופיל נקבע על ידי כמותי בזמן אמת RT-PCR. אנו מראים כי בשיטה זו יכול למעשה להיות מיושם עבור transcriptomics מדויק של תת קבוצות של תאים בתוך הדיסקים דמותי תסיסנית. ואכן, תוך הכנת דיסק מסיבי כמקור של RNA בדרך כלל מניחה הומוגניות התא, זה ידוע היטב כי הביטוי תעתיק יכול להשתנות במידה רבה בתוך מבנים אלה עקב מידע מיקומית. בעזרת ה-GFP מקומי אות ניאון מדריך לחתוך לייזר, ניתוחים תעתיק מדויק יותר ניתן לבצע ויישומי רווחי ליישומים שונים, כולל פרופיל תמליל של שושלות תאים נפרדים בהקשר הטבעי שלהם.

Protocol

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

חלק 1. הכנת דיסקים תסיסנית דמותי אגף נתון RNAi ספציפיים לשפות אחרות.

כמו חומר ביולוגי, השתמשנו תסיסנית דיסקים דמותי כנף המתקבל הזחלים מהונדס נתון השתקת הגן מקומיים ספציפיים באמצעות המערכת GAL4/UAS 1. זה הצאצאים הזחל orginates מן הצלב גנטית מעורבים שני קווים ההורים: האחד נושא את הנהג GAL4, השני מגיב כטב"מ. בנוסף להביע GAL4 דפוס הזמני ספציפיים ו / או מרחבית, קו הנהג נושא כתב כטב"מ-GFP המאפשר לחזות את תחום GAL4 הביטוי. הקו המגיב כטב"מ מבטא, תחת שליטתו של רצף כטב"מ, מכבנה השתקת RNA (hpRNA) מסוגלים במיוחד למקד את הגן הנבחר של עניין (קוראי....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

לגבי רמות הבסיס שלהם ביטוי להשיג התאים קדמית / אחורית של דיסקים כנף unsilenced, הפעילות של הגן X שנבחר נמצא מופחת 40% על ההשתקה. לעומת זאת, אחת המטרות המשוערת שלה (גנים Y) נמצא באופן משמעותי מעלה מוסדר (7 מתקפלת עליה), מוביל אותנו כדי לאמת את ההשערה כי זה היה מוסדר באופן שלילי על ידי גן X.

אנו מסיקים כי הגישה הניסוי המתואר לעיל יכול להיות מיושם בהצלחה אימות של מטרות המשוערת של מסלולים רגולטוריים שונים.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Acknowledgements

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המחברים מודים פרופ. קיארה קמפנלה ואת עמרה מרכז כשירות, אוניברסיטת נאפולי פדריקו השני, נאפולי, איטליה, למתן אותם עם השימוש microdissector לייזר, ומר נצו Vicidomini לעזרה נדיבה אנימציה 3D.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

טוס זנים

תסיסנית כטב"מ-השתקת השורות ניתן לקבל VDRC RNAi אוסף 2. אוסף של GAL4 נהג קווי זמין ב תסיסנית Bloomington במלאי מרכז (אינדיאנה, ארה"ב).

ציוד

הציוד הנדרש כולל לייזר microdissector (לייקה LMD6000), קולטר Microfuge 22R (Beckman), PCR (BIO-RAD Cycler שלי), זמן PCR נדל (BIO-RAD iQ5).

כלים

כלים נדרשים כוללים: זכוכית בארות, מברשת, מלקחיים microdissection, מגלשות ירידה תלוי, סיכות חרקים רכוב על מחטי מזרק, מסגרות מתכת עם קרום PET, צינורות פלסטיק (50 מ"ל, 05 מ"ל, 0.25 מ"ל).

References

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Elliott, D. A., Brand, A. H. The GAL4 System A Versatile System for the Expression of Gene. Dahmann, C. , Humana Press Inc. Totowa, NJ. (2008).
  2. Klein, T. Wing disc development in the fly: the early stages. Current Opinion in Genetics & Development. 11, 470-475 (2001).
  3. Dietzl, G.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Laser MicrodissectionDrosophila Wing DiscGene Expression ProfilingRNA InterferenceGAL4 UAS SystemGFP LabelingReal Time PCRRNA ExtractionTissue DissectionFluorescent Imaging

Related Articles