הנוכחות של מיקרו RNA היציב (miRNAs) בexosomes יצרה עניין עצום כמו מצב רומן של תקשורת בין תאית, לשירות שלהם כסמנים ביולוגיים הפוטנציאלי וכנתיב להתערבות טיפולית. כאן אנו מדגימים טיהור exosome מתקשורת והתרבות בדם ואחרי PCR כמו לזהות miRNAs מועברת.
הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.
מאמר שיטה
טיהור וmicroRNA פרופיל של Exosomes נגזר מדיה דם ותרבות
במאמר זה
סיכום
תקציר
miRNAs יציבה נמצאות בכל נוזלי הגוף וכמה miRNAs מחזור מוגנת מפני השפלה על ידי תפיסה בשלפוחית קטנה בשם exosomes. Exosomes יכול להתמזג עם קרום הפלזמה וכתוצאה מכך ההעברה של רנ"א וחלבונים לתא המטרה. התפקודים הביולוגיים שלהם כוללים תגובה חיסונית, מצגת אנטיגן, ותקשורת תאית. מסירה של miRNAs שיכול לווסת את ביטוי הגנים בתאים המקבלים באמצעות דם פתחה אפיקים חדשים להתערבות היעד. בנוסף מציע אסטרטגיה למשלוח של תרופות או סוכנים טיפוליים RNA, תוכן exosomal יכול לשמש כסמנים ביולוגיים שיכול לסייע באבחון, קביעת אפשרויות טיפול וסיכויי החלמה.
כאן אנו מתארים את הליך ניתוח miRNAs כמותית וRNAs שליח (mRNA) מexosomes המופרש בדם ותרבות תקשורת סלולרי. exosomes המטוהר יהיה מאופיין באמצעות ניתוח כתם מערבי לexosסמני omal וPCR לmRNAs של עניין. מיקרוסקופ האלקטרונים הילוכים (TEM) וסימון immunogold ישמש כדי לאמת את המורפולוגיה והיושרה exosomal. סך RNA יהיה מטוהר מexosomes אלה כדי להבטיח שאנחנו יכולים ללמוד גם ה-mRNA ומירנה מהמדגם הזהה. לאחר אימות תקינות הרנ"א על ידי Bioanalyzer, נבצענו אמיתי תפוקת כמותית PCR בזמן בינוני (qPCR) כדי לזהות את מירנה exosomal באמצעות מערך TaqMan בצפיפות נמוך (TLDA) כרטיסים ומחקרי ביטוי גנים לתעתיקים של עניין.
פרוטוקולים אלה יכולים לשמש כדי לכמת את השינויים בmiRNAs exosomal בחולים, מודלים של מכרסמים ותרבות תקשורת סלולרי לפני ואחרי ההתערבות תרופתית. תוכן Exosomal להשתנות בהתאם למקור של המקור ואת התנאים הפיסיולוגיים של תאים המפרישים exosomes. וריאציות אלו יכולות לספק תובנות על אופן בו תאים ומערכות להתמודד עם מתח או הפרעות פיסיולוגיות. הנתונים שלנו מראים היציגים Variations בmiRNAs להציג בexosomes מטוהר מהדם עכבר, דם אדם ותקשורת בתרבות של תאי אדם.
כאן אנו מתארים את הליך ניתוח miRNAs כמותית וRNAs שליח (mRNA) מexosomes המופרש בדם ותרבות תקשורת סלולרי. exosomes המטוהר יהיה מאופיין באמצעות ניתוח כתם מערבי לסמני exosomal וPCR לmRNAs של עניין. מיקרוסקופ האלקטרונים הילוכים (TEM) וסימון immunogold ישמש כדי לאמת את המורפולוגיה והיושרה exosomal. סך RNA יהיה מטוהר מexosomes אלה כדי להבטיח שאנחנו יכולים ללמוד גם ה-mRNA ומירנה מהמדגם הזהה. לאחר אימות תקינות הרנ"א על ידי Bioanalyzer, נבצענו אמיתי תפוקת כמותית PCR בזמן בינוני (qPCR) כדי לזהות את מירנה exosomal באמצעות מערך TaqMan בצפיפות נמוך (TLDA) כרטיסים ומחקרי ביטוי גנים לתעתיקים של עניין.
פרוטוקולים אלה יכולים לשמש כדי לכמת את השינויים בmiRNAs exosomaln חולים, מודלים של מכרסמים ותרבות תקשורת סלולרי לפני ואחרי ההתערבות תרופתית. תוכן Exosomal להשתנות בהתאם למקור של המקור ואת התנאים הפיסיולוגיים של תאים המפרישים exosomes. וריאציות אלו יכולות לספק תובנות על אופן בו תאים ומערכות להתמודד עם מתח או הפרעות פיסיולוגיות. נתונים המייצגים שלנו מראים שינויים בmiRNAs להציג בexosomes מטוהר מהדם עכבר, דם אדם ותקשורת בתרבות תאים האנושית
מבוא
miRNAs noncoding קצר לווסת ביטוי גנים באמצעות הקשירה mRNA היעד. השלמת רצף זרע ~ 7 זוגות בסיסים מאפשרת מירנה להיקשר לmRNA המטרה וכתוצאה מכך העיכוב של תרגום או בירידה ביציבות של ה-mRNA, אשר שניהם יכולים לגרום לירידה בביטוי של חלבון 1 היעד. מחקר בעשור האחרון הוכיח באופן חד משמעי לתפקיד בסיסי miRNAs בתיווך תפקודים תאיים. יש גם מאמץ ניכר מכוון לנתח שינויים מולקולריים העומדים בבסיס תיווך מירנה מחלות שונות 2,3. יתר על כן, זיהוי האחרון של miRNAs יציבה בנוזלי גוף 4-6 סלל את הדרך לשימוש בם כסמנים ביולוגיים חדשניים המתאימים לאבחנה קלינית.
מצב אחד של התחבורה מירנה בנוזלי גוף הוא באמצעות exosomes, שלפוחית קטנה שנושאות mRNAs, חלבונים, שומנים בדם, ומתווכי miRNAs לתאים המקבלים באמצעות circulat דם המערכתייון 7-14. התוצאה הוא אפנון של ביטוי גנים בתאי נמען ומייצגת מנגנון חדשני של תקשורת סלולרית. לדוגמה, תאים יכולים לווסת את התהליכים חיסונית-רגולציה על ידי הפרשת ו / או exosomes קליטת המכיל מולקולות ביולוגיות מעורבות בדלקת כגון אינטרלויקין 1β (IL1β), נמק גידול גורם-α (TNFα) והפך את גורם גדילה-β5 (TGFβ5), ו את miRNAs המווסת את הגנים האלה 13. כביטוי חריג מירנה הוא תכונה נפוצה במגוון רחב של מחלות בבני אדם, מולקולות אלה מציעות הזדמנויות חדשות ומלהיבות עבור הגילוי והאימות של מטרות טיפוליות חדשניות 2.
miRNAs במחזור נמצא בכל נוזלי גוף וזה ידוע שרכב exosomes שונה המבוסס על תאי המקור שממנו הם שוחררו. לכן הם מציעים השדרה כדי ללמוד את המצב הפיזיולוגי של התאים וכיצד תאי אלתר איתות אפילוTS בתגובה ללחץ, כולל מחלות. לימוד שינויים בהרכב exosome יכול לספק תובנה הולכים אותות ולחקור את פוטנציאל השירות שלהם כסמנים ביולוגיים או מסלולי התערבות טיפוליות.
כאן אנו להדגים את טיהור exosomes ממקורות מרובים המבוססים על פרוטוקולים שפורסמו. exosomes אלה ישמש לבידוד RNA אחרי qPCR לזהות ולמדוד את רמות miRNAs בהווה בexosomes.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
פרוטוקול
כל הניסויים בשימוש בדגימות דם של בני אדם ומכרסמים הוצאו להורג בעמידה בכל ההנחיות הרלוונטיות, תקנות וגופים הרגולטוריים. בני אדם נרשמו לאחר שנתן הסכמה מדעת, כפי שאושר על ידי מכללת אוניברסיטת דרקסל של דירקטוריון סקירה מוסדי רפואה ואת כל הנהלים למחקרים שבוצעו באמצעות בעלי חיים אושרו על ידי הטיפול בבעלי החיים המוסדי של דרקסל ועדה השתמשו.
1. טיהור Exosome מדם (~ 5.5 שעות)
טיפים
- אנו resuspend exosomes מצינור אחד של דם (~ 10 מיליליטר דם אדם ודם ~ 2 מיליליטר עכבר) ב300 מאגר תמוגה RNA μl מערכת בידוד מירנה mirVana.
- כדי לטהר exosomes מתרבות תקשורת סלולרי, התקשורת הוא הסתובב במהירות XG 500 במשך 10 דקות כדי להסיר את התאים וגם מסונן דרך מסנן 0.22 מיקרומטר לאחר צנטריפוגה ב 12,000 x גרם. טיהור exosome מתרבות תקשורת סלולריאינו מחייב דילול PBS, לשטוף PBS או צעד ultracentrifugation השני.
- אם exosomes המטוהר ישמש למחקרי proteomics, והוסיף צעד צנטריפוגה שיפוע סוכרוז אחרי צעד ultracentrifugation יהיה להקטין את כמות אגרגטים חלבון ומזהמים 15.
- המורפולוגיה הנצפית של exosomes יכולה להשתנות בהתאם למקור והן בשלבי העיבוד עבור TEM. אנו לא צופים את המורפולוגיה בצורת הכוס לexosomes שיוחס בעבר להבדלים בעיבוד מדגם 9,15. תמונות TEM שלנו כוללים תיוג immunogold דומות לדיווחים קודמים ממקורות שונים, כולל דם, מרה ותרבות קליפת המוח נגזרת exosomes 9,16,17.
- הפוך צינור מצופה EDTA המכיל דם 5x ומקום זקוף בטמפרטורת חדר למשך 10-60 דקות.
- צנטריפוגה XG ב 2000 במשך 15 דקות ב 4 ° C. p>
- לאסוף את השכבה העליונה, הפלזמה, בצינורות 15 מ"ל ולשמור על קרח.
- לדלל נוזל עם נפח שווה של PBS. צנטריפוגה 30 דקות XG ב 2000 ב 4 ° C.
- העברה לצנטריפוגה צינורות, להוסיף 1X PBS עבור נפח כולל של 24 מ"ל, וצנטריפוגות 45 דקות ב XG 12,000 ב 4 ° C.
- העברה לultracentrifuge צינורות וצנטריפוגות שעה 2 ב 110,000 XG ב 4 ° C.
- Resuspend גלולה בPBS ו צנטריפוגות השעה 1 ב100,000 XG ב 4 ° C.
- Resuspend גלולה במאגר המתאים (מאגר תמוגה RNA).
- Resuspend בPBS או Ripa חיץ למיקרוסקופ אלקטרונים וניתוח כתם מערבי, בהתאמה.
2. RNA טיהור באמצעות ערכת בידוד מירנה mirVana השתנה (~ 1 שעות)
טיפים
- הכן את השטח לבידוד RNA על ידי לבישת ציוד מגן אישי (PPE), מנגב את המשטחים וטפטפות עם RNase זאפ, ובאמצעות טיפים סינון סטרילי וצינורות.
- class = "jove_content"> למרות שהפרוטוקול מהספק נותן את האפשרות של טיהור מירנה בלבד, אנחנו תמיד בודד RNA הכולל בין ה-mRNA ומירנה, כך שאנו יכולים ללמוד מאותו המדגם.
- הוספת שלב טיפול DNase בטור מסירה עקבות של ה-DNA שעשויה להיות נוכחת. בהתאם למקור של exosomes, ה-DNA כבר דיווח להיעדר בexosomes המטוהר מכמה מקורות, כולל עכבר ושורות תאי פיטום בני 8 אבל רצפי DNA כרומוזומליות זוהו בexosomes מטוהר מתקשורת של cardiomyocytes התרבותי 18.
- אנחנו הקטנו את היקף הפתרון לשטוף 1 ל -350 μl (שלב 2.4 להלן), כי הספק מספק מספיק רק לשטוף פתרון 1 לתוספת אחת 700 μl. אם הנפח לא מצטמצם אין פתרון מספק יצא לבאמצעות תוכן ערכה שלם. שלבים הנותרים בוצעו על פי המלצות היצרן.
- הוסף VO 1/10lume של תוסף מירנה homogenate (30 μl) ולדגור על קרח למשך 10 דקות.
- לחלץ עם נפח של חומצת פנול: כלורופורם שווה להיקף lysate הראשוני. צנטריפוגה ולשחזר את השלב העליון בצינור טרי.
- הוסף 1.25 כרכי אתנול 100% (375 μl). מערבולת. החל כדי לסנן מחסנית וצנטריפוגות 15 שניות ב10,000 x גרם.
- הוסף חצי ממומלץ פתרון לשטוף מירנה נפח 1 (350 μl) ו צנטריפוגות 15 שניות ב10,000 x גרם.
- הוסף 10 DNase 1-70 μl חיץ RDD μl (Qiagen) לכל דגימה. הוסף 80 μl לעמודה ודגירה 15 דקות בטמפרטורת חדר.
- הוסף לשטוף פתרון 1 (350 μl) ו צנטריפוגות 15 שניות ב10,000 x גרם.
- הוסף לשטוף פתרון 2/3 (500 μl) ו צנטריפוגות 15 שניות ב10,000 x גרם. חזור.
- Elute עם 40 μl 95 מעלות צלזיוס nuclease ללא H 2 O.
- קבע את הריכוז של רנ"א ולדלל את הרנ"א ל100 ng / μl.
3. פרופיל של מירנה Exosomes מBlooד באמצעות TaqMan צפיפות מערך (TLDA) כרטיסים נמוכים (~ 6.5 שעות)
טיפים
- הכן את השטח לבידוד RNA על ידי לובש PPE, מנגב את המשטחים וטפטפות עם RNase זאפ, ובאמצעות טיפים סינון סטרילי וצינורות.
- טרום הגברה צעד (לפני המגבר) מומלץ ל1-350 ng-RNA (350-1,000 דגימות ng אינן דורשות צעד מראש מגבר לאחר סינתזת cDNA). זה חשוב כדי לקבוע אם מראש מגבר הוא הכרחי עבור המדגם שלך, כי אתה חייב לטפל בכל הדגימות בתנאים שווים. צעד מראש מגבר מוסיף עלות ויש להם את ערכי ה-CT מחתך מקובל נמוך יותר (32 במקום 40).
- כדאי להכין את תגובת cDNA בצינורות רצועה במקום צלחת בהתאם למספר כרטיסים שניתן להפעיל ביום אחד. זה יהיה למזער הקפאת הפשרה של דגימות cDNA שלא יטופלו באותו היום.
- Exosomes שנאסף ממקורות שונים יש diffeלשכור כמויות של רנ"א. פרוטוקול זה מאפשר למקסימום של 3 תבנית RNA μl לתגובת סינתזת cDNA. בהתאם למקור, כמות של RNA exosomal שניתן לבודד אולי מוגבלת. בעוד רקמות טיפוסי יניבו מספיק RNA שcDNA יהיה עשויים מ100 ng-RNA בנפח 3 μl, exosomes מדם אנושי, או תקשורת תרבות תאים האנושית בדרך כלל מכיל פחות רנ"א וcDNA חייב להיות עשוי מחומר פחות התחלה. exosomes דם העכבר מכיל רמות גבוהות יותר של RNA וניתן להשיג לפחות 100 ng ב3 μl.
- כדי להכין cDNA ממטוהרי RNA באמצעות הבריכות קומפלקס ענקיות להפוך פריימרים transcriptase (בריכת וברכה שמכיל פריימרים לmiRNAs על כרטיסי microfluidic מערך B ו-B), להפשיר את מרכיבי תגובה על קרח.
- תווית שני צינורות 1.5 מ"ל RNase ללא לתגובת RT עם בריכת פריימרים או primers B בריכת ולהוסיף רכיבים על מנת תרשים. להוסיף נפח נוסף לפחות אחד מהרכיבים עבור 2 או יותר ריאקציות או לעשות תערובת אמן כפי שהומלצה על ידי tהוא ספק.
| רכיב תגובת RT | ריכוז רכיב | נפח למדגם 1 (4.5 = V / המדגם μl) |
| מים nuclease ללא | 0.20 μl | |
| קומפלקס ענקי RT חיץ (10X) | 1X | 0.80 μl |
| dNTPs (100 מ"מ) | 4.4 מ"מ | 0.20 μl |
| MgCl 2 (25 מ"מ) | 5 מ"מ | 0.90 μl |
| RNase מונעי (20U/μl) | 2 U | 0.10 μl |
| קומפלקס הענקי RT Primers A או B (10X) | 1X | 0.80 μl |
| MultiScribe רברס טרנסקריפטאז | 75 U | 1.50 μl |
- להפוך צינורות 6 פעמים והסנאטrifuge לזמן קצר. ואז, פיפטה μl 4.5 תמהיל RT תגובה לMicroAmp רצועות 8-צינור או צלחת תגובה אופטית 96, גם MicroAmp.
- הוסף 100 ננוגרם של רנ"א ולהתאים את עוצמת קול עד 3 μl עם מים שטופלו DEPC או להוסיף 3 רנ"א הכל μl, מערבבים עם קצה פיפטה, ולאטום את הצינורות או צלחת. ספין בקצרה ולדגור על קרח למשך 5 דקות.
- טען את התגובה למכונה ה-PCR ולהפעיל אותו בתנאים הבאים (כפי שהומלץ על ידי פרוטוקול יישומי Biosystems מגפלקס הבריכות):
| שלב | טמפ | זמן |
| מחזור (40x) | 16 מעלות צלזיוס | 2 דקות |
| 42 מעלות צלזיוס | 1 דקות | |
| 50 מעלות צלזיוס | 1 שניות | |
| להחזיק | 85 מעלות צלזיוס | 5 דקות |
| להחזיק | 4 מעלות צלזיוס | ∞ |
- אחסן cDNA ב -20 ° C (טוב למשך שבוע אחד לפחות) או להמשיך לשלב טרום מגבר שיכול להיות מאוחסן במשך שבוע אחד.
- הפשירי פריימרים קדם מגבר לברכה וברכה ב 'על קרח ולהפוך לערבב. מערבולת TaqMan טרום Amp מיקס מאסטר ולשמור על קרח גם.
- עקוב תרשים הוספת נפח נוסף לפחות אחד מהרכיבים עבור 2 או יותר ריאקציות או לעשות תערובת אמן כפי שהומלצה על ידי הספק.
| רכיב תגובה מראש Amp | נפח למדגם 1 |
| מים nuclease ללא | 7.5 μl |
| מיקס מאסטר קדם מגבר TaqMan (2X) | 12.5 μl |
| צבעי יסוד קדם מגבר A או B קומפלקס ענקי (10X) | 2.5 μl |
- פיפטה μl 2.5 RT produCT לMicroAmp רצועות 8-צינור או צלחת תגובה אופטית 96, גם MicroAmp ולוותר 22.5 תערובת תגובת קדם מגבר μl לכל אחד.
- חותם את הצלחת, דגירה על קרח דק 5 ולאחר מכן לטעון למכונה מדגם ה-PCR. הפעלה בתנאים הבאים.
| שלב | טמפ | זמן |
| להחזיק | 95 מעלות צלזיוס | 10 דקות |
| להחזיק | 55 מעלות צלזיוס | 2 דקות |
| להחזיק | 72 מעלות צלזיוס | 2 דקות |
| מחזור (12x) | 95 מעלות צלזיוס | 15 שניות |
| 60 מעלות צלזיוס | 4 דקות | |
| להחזיק | 99.9 מעלות צלזיוס | 10 דקות |
| להחזיק | 4 מעלות צלזיוס | ∞ |
- לאחר תגובת קדם המגבר הוא סיים, צנטריפוגות בקצרה את הצינורות או צלחת ולאחר מכן להוסיף 75 0.1X pH TE 8.0 μl היטב כל אחד או צינור.
- לאטום ולערבב וספין בקצרה. אחסן את המוצר בדילול המלא בשבוע אחד ב -20 ° C או להמשיך לטעון את הצלחת.
- לשלב הבא בצינור RNase ללא 1.5 מ"ל על קרח.
| רכיב | נפח לכרטיס 1 |
| TaqMan יוניברסל PCR מיקס מאסטר, לא AmpErase UNG (2X) | 450 μl |
| מוצר קדם מגבר בדילול מלא | 9 μl |
| מים nuclease ללא | 441 μl |
- להפוך את הצינור כדי לערבב וצנטריפוגות בקצרה. לוותר על 100 תערובת תגובת PCR μl לכל יציאה של כרטיס מערך MicroRNA TaqMan.
- צנטריפוגה XG כרטיס 1,000 x 2 דקות 1. חותם את הכרטיס ולהפעיל אותו באמצעות התבנית מסופקת עם פריימרים ביישומי Biosystems הידני ואת 384 הגדרות מערך צפיפות נמוכות TaqMan כן. אנו משתמשים במערכת יישומי Biosystems 7900HT מהירה בזמן אמת PCR.
4. mRNA ניתוח על ידי TaqMan (~ 1.5 שעות)
- כדי להכין תגובת qPCR, לערבב את מרכיבי התגובה בצו בתרשים. כל הדגימות תנותח עם בדיקות פריימר לגן של עניין, כמו גם rRNA 18S כגן מנרמל.
| רכיב תגובת TaqMan | נפח למדגם 1 |
| מים nuclease ללא | 7 μl (להתאים מבוסס על מדגם בודד) |
| TaqMan מהיר מיקס מאסטר (2X) | 10 μl |
| בדיקות פריימר TaqMan (20x) | μl 1 |
| cDNA מ100 ng-RNA | 2 & mu, L (להתאים מבוסס על מדגם בודד) |
- הפעל את הצלחת גם 96 שימוש בבלוק 96 גם המהיר כפי שהומלץ על ידי היצרן (Applied מערכת Real-Time PCR מהיר 7900HT Biosystems).
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
תוצאות
לאחר בידוד exosomes מתקשורת ותרבות דם או סלולרי, טוהר של exosomes יכול להיבדק על ידי מיקרוסקופית אלקטרונים (EM) וכתם המערבי (האיורים 1A ו-1B). אנחנו אישר הכנות exosome ממקורות שונים עם EM וכתם מערבי באמצעות נוגדנים מרובים. איור 1 א מציג תמונות EM המאשר כי exosomes הם שלמים בקוטר של 30 ננומטר ~ -100 ומכיל CD81 על ידי תיוג immunogold. סמני exosomal נפוצים הם גליקופרוטאינים משפחת HSP70 וtetraspannin CD63, CD81 וCD9 14. לאחר אישור התקינות ש...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
דיון
בפרוטוקול זה, אנו מראים כימות של miRNAs וmRNAs מexosomes מטוהרים על ידי צנטריפוגה ההפרש מאמצעי תקשורת והתרבות בדם. יש לי Exosomes מרכיבים שונים התלויים מוצאם והם מעורבים במספר תפקודים ביולוגיים, כולל תגובה חיסונית, מצגת אנטיגן, תקשורת תאית, והעברה של רנ"א וחלבונים 9,11,12,19,20. אמנם גודל וצורה הוא הקובע של טוהר exosome, מספר העיתונים המראים א"מ הנתונים מצביע על כך ששלפוחית exosomes אלה יכולים לנוע בגודל ובמורפולוגיה מבוססת על המקור שממנו הם מופרשים כמו גם א...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
גילויים
יש מחברים אין לחשוף.
תודות
מחקר זה נתמך על ידי קרנות מריטה אלן מענק קרן לSeena אג'יט. המחברים מבקשים להודות אריקה Balogh וד"ר Soumitra Ghoshroy מאוניברסיטת דרום קרוליינה מרכז מיקרוסקופית אלקטרונים לשימוש מכשיר, סיוע מדעי וטכני.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
חומרים
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| ואקטיינר מצופה EDTA (שפופרות 10 מ"ל) | BD Diagnostics | 366643 | לטיהור אקסוזום מדם אנושי |
| שואב אבק מצופה EDTA (שפופרות 2 מ"ל) | BD Diagnostics | 367841 | לטיהור אקסוזומים מדם עכבר |
| PAXgene Blood RNA Tube | BD Diagnostics | 762165 | לבידוד miRNA מסך הדם |
| miRVana ערכת בידוד microRNA | אמביון | AM1561 | |
| חומצה-פנול: CHCl3 | Ambion | 9721G | |
| DNase 1 | Qiagen | 79254 | |
| TaqMan אוניברסלי PCR Master Mix, No AmpErase UNG | Applied Biosystems | 4326614 | עבור כרטיסי TLDA |
| Megaplex RT מכרסמים בריכה סט v3.0 | Applied Biosystems | 4444746 | |
| Megaplex preamp מכרסמים בריכה סט v3.0 | Applied Biosystems | ||
| מערך Taqman מכרסם MicroRNA A+B סט V3.0 | יישומי ביוסיסטמס | 4444909 | |
| מגהפלקס RT בריכה אנושית סט V3.0 | יישומי ביוסיסטמס | 4444745 | |
| מגהפלקס Preamp בריכה אנושית סט v3.0 | יישומי ביוסיסטמס | 4444748 | |
| מערך תקמן אנושי מיקרו-רנ"א A+B כרטיסים סט v3.0 | יישומי ביוסיסטמס | 4444913 | |
| טקמן ערכת MicroRNA RT | Applied Biosystems | 4366596 | |
| Taqman מהיר אוניברסלי PCR מאסטר מיקס | Applied Biosystems | 4366072 | עבור mRNA qRT-PCR |
| גורם נמק גידול (בדיקת פריימר) | Applied Biosystems | Hs01113624_g1 | |
| גורם גדילה אנדותל כלי דם A (בדיקה פריימר) | Applied Biosystems | Hs00900055_m1 | |
| Maxima First Strand cDNA ערכת סינתזה עבור RT-qPCR | תרמו מדעי | K1642 | עבור mRNA |
| HSP70 נוגדן | Abcam | ab94368 | עבור כתם מערבי |
| אנטי ארנב IgG-Gold | Sigma | G7402 | למיקרוסקופיה אלקטרונית |
| ארנב-אנטי CD81 | סיגמא SAB3500454 | ||
| ניקל 300 רשת פחמן formvar רשתות | מיקרוסקופיה | מדעי FCF300-Ni | |
| נחושת 300 רשת פחמן פורמבר רשתות | אלקטרונים מדעי מיקרוסקופיה | אלקטרונית FCF300-Cu | |
| <חזק>טבלה 1. טבלה של ריאגנטים ספציפיים. |
מקורות
- Bartel, D. P. MicroRNAs: target recognition and regulatory functions. Cell. 136, 215-233 (2009).
- Mendell, J. T., Olson, E. N. MicroRNAs in stress signaling and human disease. Cell. 148, 1172-1187 (2012).
- Esteller, M. Non-coding RNAs in human disease. Nature reviews. Genetics. 12, 861-874 (2011).
- Mitchell, P. S., et al. Circulating microRNAs as stable blood-based markers for cancer detection. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105, 10513-10518 (2008).
- Chen, X., et al. Characterization of microRNAs in serum: a novel class of biomarkers for diagnosis of cancer and other diseases. Cell research. 18, 997-1006 (2008).
- Gilad, S., et al. Serum microRNAs are promising novel biomarkers. PloS one. 3, e3148(2008).
- Mittelbrunn, M., et al. Unidirectional transfer of microRNA-loaded exosomes from T cells to antigen-presenting cells. Nature. 2, 282(2011).
- Valadi, H., et al. Exosome-mediated transfer of mRNAs and microRNAs is a novel mechanism of genetic exchange between cells. Nat Cell Biol. 9, 654-659 (2007).
- Gyorgy, B., et al. Membrane vesicles, current state-of-the-art: emerging role of extracellular vesicles. Cell Mol Life Sci. 68, 2667-2688 (2011).
- Mathivanan, S., Ji, H., Simpson, R. J. Exosomes: extracellular organelles important in intercellular communication. J. Proteomics. 73, 1907-1920 (2010).
- Ramachandran, S., Palanisamy, V. Horizontal transfer of RNAs: exosomes as mediators of intercellular communication. Wiley Interdiscip Rev. RNA. , (2011).
- Record, M., Subra, C., Silvente-Poirot, S., Poirot, M. Exosomes as intercellular signalosomes and pharmacological effectors. Biochem Pharmacol. 81, 1171-1182 (2011).
- Thery, C., Ostrowski, M., Segura, E. Membrane vesicles as conveyors of immune responses. Nat Rev Immunol. 9, 581-593 (2009).
- Ludwig, A. K., Giebel, B. Exosomes: small vesicles participating in intercellular communication. The international journal of biochemistry & cell biology. 44, 11-15 (2012).
- Thery, C., Amigorena, S., Raposo, G., Clayton, A. Isolation and characterization of exosomes from cell culture supernatants and biological fluids. Curr. Protoc. Cell Biol. Chapter 3, Unit 3 22(2006).
- Masyuk, A. I., et al. Biliary exosomes influence cholangiocyte regulatory mechanisms and proliferation through interaction with primary cilia. American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology. 299, G990-G999 (2010).
- Fauré, J., et al. Exosomes are released by cultured cortical neurones. Molecular and Cellular Neuroscience. 31, 642-648 (2006).
- Waldenstrom, A., Genneback, N., Hellman, U., Ronquist, G. Cardiomyocyte microvesicles contain DNA/RNA and convey biological messages to target cells. PloS one. 7, e34653(2012).
- Simpson, R. J., Lim, J. W., Moritz, R. L., Mathivanan, S. Exosomes: proteomic insights and diagnostic potential. Expert Rev Proteomics. 6, 267-283 (2009).
- Turchinovich, A., Weiz, L., Langheinz, A., Burwinkel, B. Characterization of extracellular circulating microRNA. Nucleic acids research. 39, 7223-7233 (2011).
- El-Andaloussi, S., et al. Exosome-mediated delivery of siRNA in vitro and in vivo. Nature. 7, 2112-2126 (2012).
- Singh, P. P., Smith, V. L., Karakousis, P. C., Schorey, J. S. Exosomes isolated from mycobacteria-infected mice or cultured macrophages can recruit and activate immune cells in vitro and in vivo. J. Immunol. 189, 777-785 (2012).
- Etheridge, A., Lee, I., Hood, L., Galas, D., Wang, K. Extracellular microRNA: A new source of biomarkers. Mutat. Res. , (2011).
- Stenvang, J., Silahtaroglu, A. N., Lindow, M., Elmen, J., Kauppinen, S. The utility of LNA in microRNA-based cancer diagnostics and therapeutics. Seminars in cancer biology. 18, 89-102 (2008).
- Mathivanan, S., Fahner, C. J., Reid, G. E., Simpson, R. J. ExoCarta 2012: database of exosomal proteins, RNA and lipids. Nucleic acids research. 40, D1241-D1244 (2012).
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
הדפסות חוזרות והרשאות
